进入相持阶段后，蒋介石对共产党的疑心越来越重，以至于不惜动用本来应该用来打鬼子的枪炮对付共产党。但是，由于与日军的正面交锋并没有完全停止，所以国民党与中共领导的敌后战场的配合与支持也没有断绝。从武汉失手到日本投降的7年时间中，蒋介石在正面战场先后发动了近70次较大的战役，绝大多数战役中共产党领导的部队都做出了有力的支援和配合。
也就是在这个阶段，敌后战场的武装力量逐渐发展成中国抗战的中坚力量。1944年，当日军发动豫湘桂战役，继续向正面战场进攻的时候，中共在“敌进我进”的作战方针下，领导敌后战场的军民对日军发起了局部反攻，主动配合了友军的作战。到1945年，敌后战场已经成为全国大反攻的“最前面的战略基地”。
3.想搞两党合并和统一
中国有一句老话，“兄弟阋于墙，外御其侮”。日军全面侵华的狂风骤雨终于把国民党和共产党两个老对手逼到了守土抗战的同一条船上，相逢一笑，十年恩仇虽未冰消融释，总算不记前嫌，在患难中携起手来，共渡劫波。这是一次令人欣慰和感怀的同舟共济，就连蒋介石也觉得自己干得漂亮，大有领袖风范。
蒋介石在谈话中说：“在存亡危急之秋，更不应计较过去之一切，而当使国民彻底更始，力图团结，以共保国家之生命与生存。”话虽如此，行动却异常的艰难。
对于在抗日战争中日益发展壮大的中国共产党和人民武装，蒋介石心怀叵测，不断谋划对策。在武汉失守前，中国共产党曾经向蒋介石和国民党领导提出过各党派联盟的主张，即建立民族统一战线组织，以及建议制定共同纲领，改革政治机构等，但为蒋介石一一拒绝。蒋的打算是把共产党合并到国民党里面来，加以溶化，实现他一个领袖，一个主义，一个党的梦想。
1938年2月10日，蒋介石向周恩来表示，他无意取消各党派，也不是不容许它们存在，最大的希望是使它们溶成一体。后来，在武汉国民党临时全国代表大会前后，蒋介石又接连两次谈话表明他对党派问题的态度。他说与其用政权力量抑制其他党派或思想的存在，不如把其他党派溶化在一个信仰一个组织下，使它们都能为国家和民族前途作出贡献。
（1938年2月8日，蒋介石致电负责接洽收编工作的顾祝同，指示：“我方最要注意之一点，不在形式之统一，而在精神实质之统一”）
其实，早在全面抗战爆发之前，蒋介石对这种“溶共”政策，就有较周详的构想。西安事变后，蒋介石接受了国共合作的主张，只是在合作的方式上心存疑问。1937年5月，蒋介石对周恩来提出了成立“国民革命同盟会”的主张，具体办法是：由国民党和共产党各自推出同等数量的干部，共同组成国民革命同盟会，蒋介石为主席，拥有最后决定权；由同盟会讨论决定两党对外的一切行动和宣言；同盟会在进行顺利后，如果情况允许，可以扩大为国共两党合组的政党，也可与第三国际发生关系，并由此坚定联俄政策，形成民族国家间的联合。蒋介石的如意算盘是要把共产党合并到国民党中，取消共产党的独立性。这样，既顺应了民众停止内战一致抗日的要求，又实现了自己孜孜以求的“安内”目标，何乐而不为呢？正因为看到了蒋介石的这种用心，周恩来拒绝了他的提议。
全面抗战爆发之后，蒋介石“溶共”的心情更为迫切，并且更加注意策略，注重用政治方式达此目的。国共如何溶成一体呢？蒋介石认为，共产党独立于国民党之外，“跨党”是绝对不行的。
在参加完第一次南岳军事会议后，蒋介石转道桂林去重庆。桂林，素来就以“山水甲天下”闻名于世。由于当时国民党桂系势力在当地实行了比较开明的统治，大批从沦陷区撤退大后方的文人学士、社会名流汇集桂林。在抗日的旗帜下，各界人士求同存异，桂林一时呈现出比重庆还活跃的生机。蒋介石也为当地人文荟萃，济济一堂的新气象感动，再次萌生了并党的欲望。
12月6日，蒋介石在桂林会晤了周恩来，继续商谈国共关系问题。对于大革命时期的经历，双方都记忆犹新，但是感受却截然相反。蒋介石明确表示，不赞成中国共产党保留党籍加入国民党这种跨党合作办法。他说，中共既然实行三民主义，最好与国民党合并成一个组织；如果此点可谈，将邀请毛泽东面谈。如果中共全体加入做不到，可以先由一部分中共党员加入国民党，但是绝对不能跨党。周恩来对于这种取消共产党独立性的合作方式当然予以拒绝，话虽委婉，意思却毫不含糊。意识到事无可为，蒋介石此时则表示：如果考虑合并之事不可能，就不必邀毛泽东到西安会谈了。
桂林会谈表明蒋介石仍然希望利用国共合作的机会，以统一战线的头衔来削弱共产党的实力，进而达到“溶共”的目的。在第二年的国民党五届五中全会上，他的这种思想开始明确公开地表达了。
12月12日，蒋介石在重庆又约见参加国民参政会的中共代表王明、博古、董必武、吴玉章、林伯渠继续洽谈。
由于前几次会晤都不欢而散，而蒋介石溶共并党的心情又如此的强烈，这次他说得很激动：“共产党员退出共产党，或共产党取消名义将整个加入国民党我都欢迎，或共产党仍然保存自己的党，我也赞成，但跨党办法，是绝对办不到的。我的责任是将共产党合并于国民党成为一个组织，国民党名义可以取消，我过去打你们，也是为保存共产党革命分子合于国民党。此乃我的生死问题，此目的如达不到，我死了心也不安，抗战胜利了也没有什么意义，所有我的这个意见，至死也不变的。”
中共参政员则解释：“一个组织办法做不到，如跨党办法做不到，则可采取我们提议的其他方式合作。”
但是在蒋介石看来，唯有国民党才是中国政治舞台上的主角，解决中国党派问题的唯一途径就是其他党派都消溶于国民党，正如后来在国民党五届五中全会上明确表达的那样，他始终认为：“本党是创造民国领导革命的唯一大党”，“如果本党今后能日趋健全，日益充实，负得起革命建国的责任，不仅共产党尊重本党，服从领导，国内现在一切党派，都必然消溶于三民主义之下，共同为完成国民革命而努力丝毫没有问题。”会谈持续了五六小时，相持不下，最后不了了之。
二、“溶共”政策
（1939年12月，王震向干部作战斗动员）
1.五届五中全会形成反共文件
1938年12月汪精卫的叛逃使得蒋介石认为这会给国共两党的联合注入一针强心剂，他可以趁机推动两党合并方案的再次出台。1月20日，即五届五中全会开幕前一天，蒋介石约周恩来面谈又提统一之事。他说，汪精卫离去更是两党团结的好机会，即使暂时不统一也要有新办法。
对此，中共中央电贺五中全会，表示愿意加强两党合作，并密电蒋，指出：两党为反对共同的敌人、为实现共同的纲领而进行抗战建国之合作为一事，所谓两党合并，则纯为另一事。前者为现代中国之必然，后者则为根本原则所不许。共产党诚意愿与国民党共同为实现民族独立、民权自由、民生幸福之三民主义新中华民国而奋斗。但共产党绝不能放弃马克思主义的信仰，绝不能将共产党的组织合并于其他任何政党。意想不到的是，这一密电立即引起国民党中央强烈反响。
1939年1月21日至31日，中国国民党在重庆召开了第五届中央执行委员会第五次全体会议。这次会议对随后的抗战产生了较大的影响。五届五中全会的内容涉及第二期抗战的政治、军事、经济、外交、教育等方面，主要议题是抗战与党务问题。
在抗日问题，五届五中全会基本上坚持了继续持久抗战的立场，其宣言中声称“吾人所求为合乎正义之和平，非屈服之和平，屈服只能助长侵略。中国若怵于日本暴力，以屈服谋一时之苟安，则将降为日本之殖民地。”
蒋介石也在题为《以事实证明敌国必败我国必胜》的开幕词中，表示要坚持抗战。他说：“我们一定要持久抗战奋斗到底，不但使敌人过去‘速战速决’的目的不能达到，而且要使他现在‘速和速结’的阴谋成为粉碎，这就是我们今日唯一的方略，这就是敌之失败，也就是我国胜利的基础。”同样，他还说到“我们目前如果妄想妥协，希求侥幸的和平，就无异于自投罗网，自取灭亡。须知敌国前首相近卫上月二十二日发表的所谓调整国交的谈话，实质是诱降的文告，而不是讲和的条件。如果依此而讲和平，老实说就是降服。”
这其中的前一段话是讲给美国人听的。因为对日本侵略中国一直无动于衷的美国，到了1938年底，看出日本不仅要霸占中国，而且要控制整个亚洲和太平洋地区的野心，这势必触犯美国的切身利益。这时蒋介石派胡适出任驻美大使，经胡适的活动，美国总统罗斯福准备贷款给中国，金额为2500万美元，用以购买卡车和重要物资。但罗斯福首先要求蒋介石保证继续抗日，因而蒋介石大讲“抗战到底”。而后一段话则是说给日本人听的。因为自开战以来，蒋介石与日本政府之间的和谈大门一直没有关闭，但近卫文麿的第三次宣言所提出的条件，已经彻底打破了蒋介石的底线，即恢复七七事变以前的原状。所以蒋介石在当时反对对日妥协，但并非断然排除与日本谈判媾和的可能性，问题在于时机与条件。
国民党的五届五中全会是在反共情绪高涨的情况下召开的。因此，如何对付共产党，在五届五中全会上，蒋介石做了异常明确的、总结式的回答：“现在要溶共，不是容共，它如能取消共产主义我们就容纳它。”
会后，国民党中央还连续制定了一系列秘密文件，如《防止异党活动办法》（1939年4月）、《共党问题处置办法》（1938年6月）、《异党问题处理办法》（1939年12月）、《沦陷区防范共产党办法草案》等等。这些文件在“国家至上，民族至上，军事第一，胜利第一，意志集中，力量集中”的口号下，利用国民党执政党的地位，对中国共产党进行防范、限制、排斥及至打击。
从这次全会可以看出，共产党明确表示拒绝两党合并方案，而国民党则郑重声明拒绝跨党方案。第二次国共合作并无统一的纲领和具体的组织形式，此后，两党合作关系，继续以临时协商的方式维持，直至再次破裂。
限制异党活动的秘密文件主要是针对共产党的，一些民主党派民众团体也受到限制，蒋介石对他们的发展壮大同样不放心。在这种情形下，维系抗日民族统一战线的只有两个东西：一个是《抗战建国纲领》，一个是国民参政会。
《抗战建国纲领》，各党各派各界均表示拥护，并且愿意为它的彻底实现而努力；国民参政会，是抗战时期的民意机关，各党各派各界也愿意积极参加。国民参政会在组织上起着沟通国民党与各党各派各界的桥梁和纽带作用。因此，国民参政会虽然在名义上是民意机关，而在事实上又起到了抗日民族统一战线的各党各派各界的联盟机关的作用。国内各种尖锐复杂的矛盾和斗争，在这个机构里都有集中的反映。
这一时期蒋介石所奉行的“溶共、防共、限共”方针至少在表面上还是维持两党合作的政策，想分裂但又不敢公开化，使得抗日统一战线不至于四分五裂，但与前一阶段国共两党间比较融洽的合作关系相比，无疑是一个倒退，其对两党关系，以及由此而产生的对抗战事业的恶劣影响是极其严重的。
1939年1月21日至31日，中国国民党在重庆召开了第五届中央执行委员会第五次全体会议。主要议题是抗战与党务问题。在抗日问题，基本上坚持了继续持久抗战的立场。关于党务问题，蒋介石作了《唤醒党魂，发扬党德与巩固党基》报告和《整理党务之要点》的讲话。
蒋介石说：“到了现在，本党差不多是奄奄一息，沉寂无声，一般民众不仅对党无信仰，而且表示蔑视，我们现在要振兴本党，领导革命，第一根本要务是要树立党基，巩固党基。”国民党重视自身的建设和发展，这本无可非议，也是抗战事业所必要的。但是这次全会把中共力量的壮大，及其在全国政治影响和地位的提高，视为国民党自身颓势的一个重要原因，唯恐中国共产党在抗战中“坐大”危及国民党对全国的统治。
于是，国民党确定了以“溶共、防共、限共”的手段来试图达到其壮大自身的目的，还设置专门的“防共委员会”。五届五中全会极力制造反共舆论，确立了“溶共、防共、限共、反共”方针，为其日后进行反共活动创造条件。
有多年“剿共”经历的蒋介石，深知中共的力量源泉在于他的思想体系动员了广大的民众。所以，要“溶共”，除了组织上的合并或取消、军事上的打击与分化，还要从根本上否定中共及共产主义思想体系在中国存在的合理性、五届五中全会因而确立了以“政治限共”为主的方针。
蒋介石深受传统文化的熏陶和历史环境的影响，也懂得怎样充分发挥这些因素的作用击败政治对手。在与日本人打交道过程中，他坚定地举起了民族主义旗帜，党内多年的对手汪精卫则走向了卖国的深渊。蒋介石深知这面旗帜、这种精神需求的伟力。1936年12月那段令他脸上无光的经历给他的教训太深刻了。在民族主义意识高涨的形势逼迫下，蒋介石承认了中共的合法地位。当抗战相持阶段来临，战线基本稳定后，他积极地开始筹划利用民族主义意识反击内部的对手。
（国民党五届五中全会后秘密下达的《防制异党活动办法》）
与《防制异党活动办法》等反共决议的出台相一致，以“一个主义、一个政府、一个领袖”为号召的国民精神总动员运动随即正式拉开序幕。国民精神总动员运动宣扬“国家至上，民族至上”，“军事第一，胜利第一”，“意志集中，力量集中”，尤其强调纠正“分歧错杂之思想”，要求“不违反国民革命最高原则之三民主义”、“不能鼓吹超越民族之理想与损害国家绝对性之言论”、“不破坏军政国令及行政系统之统一”、“不利用抗战形势以达成国家民族利益以外之任何企图。”
在所有关于国民精神总动员的文件和正式宣传材料中，文字上都没有直接提及共产党，不过国民党精神总动员所包含的反共用意连日本方面也洞若观火。日本人说：蒋介石“藉国民精神总动员运动赋予三民主义一种反共色彩，使之成为国民党的三民主义的组织。同时，又在全国内施行了过去蒋在江西用以剿共而奏奇功的保甲制度，藉国民公约而使国民遵守三民主义排斥共产主义。”
国民党政府还加强了新闻检查力度，查封民主报刊，指使特务任意逮捕审讯抗日爱国青年和民主人士，取缔抗日民众团体。