“政治限共”的实施辅之于“军事限共”。蒋介石把“做了日军傀儡的汉奸”和“不服从命令的共产党”作为国民政府面对着两大内敌。蒋介石在日记中一再攻击中国共产党是“假抗日，真作敌”。甚至对中国共产党的恨超过了对日伪的恨。当日本忙于制造汪精卫的伪政权而在军事上暂时停止了大规模的侵犯时，蒋介石在日记上说：“军事如常，无变化，唯共产党作祟为可恨耳！”
为了实施“军事限共”，国民党当局于1939年初设立冀察、鲁苏两个战区，逐步向华北和华中敌后增派兵力，这一部署虽然也有积极展开广大的游击战的一面，但其主要目的则是加强国民党在华北的武力，以限制共产党的发展。6月，蒋介石又密令朱绍良、胡宗南、马鸿逵、马步芳等部，对陕甘宁边区实施“监围”，“严防‘奸伪’向西南流窜。”到1939年5月止，国民党在陕甘宁边区周围修筑了五道封锁线，西起宁夏，南沿泾水，东至黄河，绵延千里。
但是在反侵略的民族战争中，个人的命运与民族是很难分开的。这促使蒋介石不敢公开撕裂抗日民族统一战线，除了一些防共限共文件秘而不宣外，不得不为一系列反共军事行动和惨案，寻找各种借口。
2.第一次反共高潮
蒋介石并不是头脑简单的一介武夫，他有着丰富的政治谋略，善于把握形势变化提供的契机。这表现在他的外交实践中，也表现在他的反共实践中。
1939年春，日本为逼迫国民政府投降，千方百计孤立中国，先后攻占海南岛和南沙群岛，直接威胁英法势力范围的东南亚，并且封锁了中国出海口，蒋介石关于日本侵华势必破坏整个远东秩序的论断开始得到美英的慎重考虑。
更大的变化还在后面。
希特勒利用英、法与苏联的矛盾，成功地开展了对苏联的外交活动，于1939年8月23日签订了《苏德互不侵犯条约》。消息公布后，举世震惊，舆论一致谴责，只有苏联认为“具有惊人的积极价值”。由于在诺门坎冲突中日军损失6万，日本决定暂时放弃“北进”，以尽快结束中日战争，它也加紧了与苏联进行停战谈判，苏联很快与日达成《日苏停战协定》。
《日苏停战协定》在中国引起的反响比《苏德互不侵犯条约》要强烈得多，因为该协定直接涉及中国，它规定由日、“满”、苏、“蒙”“四国”组成委员会，勘定所谓“满”、“蒙”边界。此举充分表现出日、苏以中国主权和领土做交易的国际强权政治，引起“国人议论纷纷”，尤其是中国中间党派对苏联以牺牲中国利益换取与法西斯暂时和解、嫁祸于人的极端民族利己主义行为产生严重憎恶。
国民党方面对上述条约和协定的态度是复杂的。蒋介石对苏联的恶感和敌意陡然增加，不过考虑到当前抗战获得苏援必不可少，在苏与英法反目为仇的情况下，仍一厢情愿地希望促成中苏英法联合对日的局面。正因为这样，国民党当局没有直接对条约进行评论，只说和约签订后国际形势迅速变化，“我们应以一定不变来应付瞬息万变的时局”。不过，对日苏侵犯中国主权，国民党方面提出了强烈抗议，昭示中外，决不承认所谓“四国”勘定的边界。
德国解除了后顾之忧，一个星期后即发动了对波兰的武装侵占。1939年9月3日，英法对德宣战，欧洲战争爆发。苏联认为这是“帝国主义之间的掠夺战争”，宣布对双方“严守中立”。然而，事实上，苏联却向德国源源不断地输送军事物资和谷物，目的是使双方遭到最大消耗，两败俱伤，从中渔利。更加无法解释的是它乘人之危将其边界向西推进二三百公里。
对于欧洲战争，蒋介石认为是世界战争的正式开端，并且与中国的抗战联系起来。蒋介石声明：“我们认为中国问题，实在是世界问题之一环”，这次抗战“一定与势在必起的世纪战争连接起来，并且与世界战争同时结束，才能获得最后的胜利”。然而蒋介石的出发点，是把抗战胜利收回主权的主要希望寄托于英美等国际力量；主要目的是为了鼓舞国民党军政人员的士气，扫除长期存在的悲观情绪。这就等于告诉他的部下，今后可消极抗战，坐等英美等打败日本，保存实力用于解决中共问题。
此后，国民党当局利用当时国际政治形势的重大变化、人们对苏联的恶感及对中共的误解，策动一些国民党军队和地方顽固势力，接连制造了山东博山惨案、河北深县惨案、湖南平江惨案、河南确山惨案等反共摩擦事件，掀起了一股同室操戈、豆萁相煎的反共逆流。
1939年11月，国民党召开五届六中全会，实行把“政治限共为主”改变为“军事限共为主”的政策，并发出进攻八路军、新四军的密令。
（晋察冀抗日根据地军民抗议国民党当局的反共分裂活动）
12月，胡宗南率部向陕甘宁边区进攻，占领了淳化、杨邕、正宁、中县、镇原五座县城，并集结部队，准备进攻延安。
在山西，阎锡山惧怕迅速发展起来并受共产党抗日统一战线影响较深的新军变为异己力量，决定“讨伐”新军。1939年12月3日，阎军首先在永和附近袭击决死队第二纵队之第一九六旅旅部，同时破坏永和、石楼、洪洞、蒲县等6个县的抗日民主政权及“牺盟会”等抗日团体，杀害包括洪洞、蒲县县长在内的政府人员，牺盟会干部及八路军晋西支队后方医院伤病员，工作人员共数十人，制造了晋西事变，亦称十二月事变。
在晋西事变同时，阎锡山部队伙同蒋介石嫡系部队于12月8日至26日，连续破坏沁水、阳城、晋城等7县抗日政权，袭击第五专署、牺盟会长治中心区《黄河日报》上党分馆等机关，屠杀共产党及进步群众500余人，拘捕1000余人。
在随后共产党组织反击中，阎锡山军事进攻被打败，削弱了自己的力量，使蒋系势力乘隙而入。阎锡山权衡利害，与共产党达成停止武装冲突、划区抗敌的协议。
晋冀鲁豫根据地东连鲁西、西接晋西北，是华北敌后战场的中枢，也是国民党制造反共摩擦的多发区。
早在1939年4月，蒋介石就密示石友三：“华北平原不能让共产党八路军作根据地，遗患未来。石总司令必须与鹿主席（即鹿钟麟）同心协力，将八路军包围或撵到北边去。这次给你们充分补充，你们赶快加紧准备，中央还要派有力部队到前方，用钳形攻势一举消灭那里的八路军。在得到了武器补充和冀察战区副总司令兼察哈尔省主席后，石友三在1939年11月下旬，在冀南不断制造反共摩擦，但几战下来，损失万余人，石友三的失败，打乱了蒋介石围攻冀南的计划。但蒋介石并不甘心，1940年2月蒋介石指使进占磁县、武安、涉县、林县、清丰等地的朱怀冰、石友三部，再次向太行、冀南进攻，同时令黄河之南的第四十一、七十一军渡河北进太南协助。八路军面对国民党军的不断进攻，在1940年3月初，发动了卫东战役和磁武涉林战役，驱逐了石友三、朱怀冰。在此之后，八路军主动后撤至平顺之线，提出休战。3月中旬，朱德和卫立煌商定：以临（汾）屯（留）公路和长治、平顺、磁县之线为界，该线以南为国民党军防区，以北为八路军防区。至此，第一次反共摩擦停止。”
在中日民族矛盾为主要矛盾，抗日为中国人民的首要任务的情况下，国共两党的摩擦控制在一个有限的范围内。因为蒋介石还打着抗日的旗帜，抗日民族统一战线还不能破裂，国共两党关系也不能破裂。
3.严令新四军北撤
1940年日本为了尽早结束侵华战争，用尽一切手段，彻底谋求重庆政府的屈服，使蒋汪合作。11月30日本与汪精卫签署《基本关系条约》及附属决定书，正式承认汪伪政权，以此对国民政府施加压力。
与此同时，美、英也在加紧对中国的援助，以保持中国对日作战的延续。1940年美国给中国政府贷款1.45亿美元。10月，英国重新开放滇缅公路，允许蒋介石重新经过此路运送援华物资。
英美和日本两方面都想拉蒋介石，这就从国际形势中加重了蒋介石集团的地位。蒋介石感到此时趁机打击共产党的力量，把中国命运完全掌握在国民党的手里，在国际上不会引起英美的反对，这次蒋介石把矛头集中指向新四军。
新四军全称是国民革命军新编第四军，主要是在改编南方八省红军游击队的基础上建立起来的，新四军是国共合作抗日的产物。不过出于对中共的戒备之心，从谈判改编之日起，蒋介石就处心积虑限制新四军的发展。在政治拉拢的图谋失败后，蒋介石采取了军事上和经济上的限制手段。
蒋介石限制新四军是蓄谋已久的。早在抗战初期，他就把新四军作战地区划在东西不过百余公里，南北约五六十公里的沿江狭长地带，企图限制新四军的发展。他还指使下属经常克扣新四军的军需供给，破坏皖南的工业合作运动，阻止新四军发展军事经济。但蒋介石的这一企图并没得逞，新四军在斗争中迅速发展壮大。由成立时的1万多人，发展到8.8万多人，并且建立了多个根据地。
第一次反共逆流被打退之后，蒋介石把反共的中心由华北移到华中。国民党对新四军经济上的限制更为严重了，这种限制的实质是在国共合作的条件下“攘外必先安内”的特殊表现形式之一；蒋介石希望由此造成国民党军队与共产党军队在军事经济实力上的更大差距。1940年，新四军发展到9万之众，但军费却以12321人的编制发放，经过叶挺等据理力争，每月军晌才由86000元增加到132000元，还不到蒋介石嫡系部队一个师的军饷。至于军粮、军械和弹药的克扣就更加的严重。除了克扣外，当局还在发放方式上想尽办法，故意整人。每次军需供给都分几次发放，使新四军汽车运输队多次往返，有时领到一次供给还不足抵偿油耗。
为了割断新四军与八路军的联系，1940年3月，蒋介石命令在江北的新四军部队一律开赴长江以南，并命令韩德勤部和李品仙部向江北的新四军第四、第五支队发动进攻。中共中央拒绝了蒋介石的命令，并针锋相对地提出江南部队北调的要求。同时，新四军江北部队粉碎了韩德勤部和李品仙部的进攻。
蒋介石隔断八路军新四军之间战略联系的企图被挫败后，又企图逼令八路军、新四军由50万人缩编为10万人，并全部开赴黄河以北，以限制其发展。为此，7月17日，国民党提出了一个“中央提示案”，要点如下：“一、拟定‘陕甘宁边区’范围（此时准其包括十八县），改称‘陕北行政区’暂隶行政院，但归陕西省政府领导。二、划定第十八集团军及新四军作战地境，将冀察战区取消，其冀察两省及鲁省黄河以北，并入第二战区，仍以阎锡山为司令长官，以卫立煌、朱德为副司令长官，秉承军事委员会命令指挥作战。三、第十八集团军及新四军于奉令后一个月内，全部开到前条规定地区之内。四、第十八集团军准编为三军六个师，三个补充团，另再增两个补充团。新四军准编为两个师。”“提示案”的实质在于极度削弱和限制共产党领导下的人民抗日武装，对此，中国共产党进行了坚决的斗争。蒋介石想通过谈判来削弱或消灭新四军的企图没得逞，便决定以军事手段来达到目的。
1940年9月30日，韩德勤倾其主力15000余人向驻黄桥的新四军进攻。10月3日，新四军7000余人在陈毅指挥下奋起反击，击毙韩德勤部11000余人。至此，蒋介石已无力在苏北与新四军进行较量，便将其军事进攻的重点，指向皖南。
皖南地处华中抗日根据地的腹地、华中抗日根据地位于江、淮、河、汉之间，东临大海，西屏武当，南起浙赣，北至陇海，包括江苏的绝大部分，安徽、湖北的大部分，河南、浙江的一部分，湖南的一小部分，总面积约30万平方公里，人口六千余万。这一地区物产丰富，交通发达，不仅在政治上、军事上、而且在经济上更具有重要地位。这个地区，对日寇来说，它是掠夺我国人力、物力、财力的主要地区所在，也是连接华北、华南的枢纽和实施南进计划的后方基地之一；对国民党来说，它是自1927年后10多年统治的最基本地区，也是它在华北失败后与中共拼死争夺的主要地区；对中共来说，是继华北之后进一步开展敌后抗战、建立抗日民主根据地、发展革命力量的主要地区。
新四军之所以能在这一地区立足和发展，除了第二次国共合作的合法因素、中共中央的正确领导和指挥外，其重要因素是华中地区经济资源和人力、物力、财力条件较全国其他地区优越，特别是新四军军部所在地的皖江地区，它处于日寇在华中的心脏地带，扼制着长江下游咽喉和淮南路两侧，迫近南京、芜湖。皖江地区的经济条件更为优越，土地肥沃，物产丰富，是我国著名的鱼米之乡，而且水陆交通便利发达，有良好的税收来源，所以，新四军军部设在皖南，一方面，有利于抗日民主根据地的建立，另一方面，有利于指挥所属各部展开行动，保证新四军这个神经中枢既能屈，又能伸，退可进山，进可以向平原地区发展，游刃有余。皖南既处日寇侵华沦陷区的心脏地带，又是国民党与共产党争夺以谋它图的重要地区之一，因此，蒋介石不可能让新四军军部这个全军的神经中枢久居皖南。
1940年，10月19日（皓日），蒋介石指示国民政府军事委员会参谋总长何应钦、副参谋总长白崇禧，致电朱德、彭德怀、叶挺，将国民党顽固派在华北、华中发动的反共摩擦，责任全推到共产党头上，指责八路军、新四军所属部队，“一，不守战区范围自由行动；二，不遵编制数量自由扩充；三，不服从中央命令破坏行政系统；四，不打敌人专事并吞友军。”同时将国民党“中央提示案”以最后决定的形式通知，限令八路军，新四军于一个月内全部移到黄河以北。这实际上就是要将新四军以合法名义挤出华中这块人力资源充足、经济条件富裕、水陆交通发达的地区，将新四军军部挤出退可以进山，进可以向平原发展的地区，使新四军在羽毛尚未完全丰满之时，到黄河以北与敌之重兵作战，以假日本人之手，大量消耗我军。同时，夺取我党我军经过浴血奋战而建立起来的黄河以南及长江流域的抗日根据地。
11月9日，中共中央以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义向国民党和全国人民发表通电，一方面揭露国民党的反共阴谋，拒绝开赴黄河以北；一方面表示，为了顾全大局，愿将皖南新四军部队开赴长江以北，但须宽限时日。国共之间的关系开始紧张起来。
国民党部分军事领导人自恃军力雄厚，扬言八路军、新四军不过“威胁我军”，对此前在河北、晋西和苏北等处与中共军队冲突惨遭失败愤愤不平，必欲报复。正是在这种气氛下，蒋介石于12月7日批准了军令部一再呈报的《剿灭黄河以南匪军作战计划》。