刘智认为物质世界之前还有一个先天世界，先天世界的本原为“无称”，为先天世界的最初之境。“无称”既相当于《易经》的太极、周敦颐的无极、老子的道，又与这些概念有所区别。尽管太极、无极、道都为整个物质世界的总根源，而刘智所说的“无称”则是先天世界的总根源，由它到物质世界还要经过先天世界的六个品级。所以《天方性理》“本经”一开始就描述了一个相当系统的客观唯心主义体系：“最初无称，真体无着。惟兹实有，执一含万。惟一含万，妙用斯浑。惟体运用，作为始出。真理流行，命昭气化。本厥知能，爰兮性智。一实万分，人天理备。中含妙质，是谓元气。先天之末，后天之根。”这也就是说，在“造化”的最初之境（即太初）是无称可称的，性理学家将其命名为“无对待而自立”的实有。这个实有之中隐藏着以后显露的万理万物，所以是真实存在。在这个独一无偶实有的本体中，含有一种妙用，最初与实有浑而为一。后来这个“翕翕乎有欲动之机”的妙用开始发露了，体用开始有所区分了，大世界的造化过程便开始了。由“真宰”前定的真理便不断流行起来，并被“真宰”命令来代理其“造化”世界，这个真理即是包括千古群命的“总名”。在人体中本来就具有的性便表现为人之所以然的性，智便表现为物之所以然的理，决定人和天的理就具备了。随着作为“万灵之纲”的真理的流行，在最初无称之时就寓于其中的一种“妙质”便发露出来，这就是被作为“先天之末，后天之根”的元气。很显然，这是一种相当系统的客观唯心主义思想体系。
刘智为了证实自己的哲学体系的系统性与全面性，他用“真宰”这个伊斯兰教一神论概念来作为其最为核心的思想基础，并以此来构建自己的哲学思想体系，表明了刘智的伊斯兰教信仰。如他说：“宇宙间千头万绪之理至尽也。然不过一‘真宰’之自为、升降来复而已矣。”（《天方性理·卷四》）也就是说，在这个体系中，心、性、理、大世界、小世界、天、人等等都不过是真宰的不同表现。为了论述真主的独一性思想，刘智还在《天方典礼》中说：“维初太始，万物未形，惟一真宰，无方无似，命弘开辟之功，始立亿兆之类”，“维皇真宰，独一无相。生天生地，生人生物，体立于二气未肇之先，用著于万象既形之后，前无始，后无终，大无外，细无内。无形似、无方所、无遐迩，无对待。纲维理数，掌握天人。”刘智在这里所说的真宰就是真主。
由此可见，“无称”或“真宰”是刘智哲学体系的最高概念，而性和理是其中的基本概念，标志着大小世界不同品级的二十四个概念（下面详述）是主要结构。这一系列概念再和表示空间的概念“大世界”“小世界”，表示时间的概念“先天”“后天”，表示发展变化的概念“显着”“生化”“流行”等结合起来，就形成了一个以真宰为起终点，以性与理为基本线索的生生变化，往返循环的哲学体系。
3.“大世界”与“小世界”的思想
伊本·阿拉比有一种关于大世界（物质世界）和小世界（人）相互关系的理论，刘智受其启发，不但沿用大小世界这两个概念，而且还把世界的造化循环和小世界的原始返终分别构造为两个相互对应的系统，从而使他的世界图式更加详密。刘智用相当篇幅叙述了大小世界（即天与人）及其相互关系。在这里，大世界指天地万物，小世界指人身。按照唯物主义的解释，大世界就是指独立于意识之外的客观物质世界。但按刘智的解释，大世界却被分为先天、后天两个部分，并各有六个品级（即六个发展次第）。相应的，小世界亦先有六品有形之象，后有六品无形之理。大世界先天六品为体、用、为、命、理世（包括人性、物理）、溟渣，大世界后天六品为元气（即气）、阴阳（即象）、四元（即气、水、火、土）、天地（即质）、象世（包括金石、草木）、活类。小世界有形六品为种子、胚胎（即清浊）、四本（即四液：黑红黄白）、身心、体窍、灵活，小世界无形六品为坚定、长性、觉性、气性、灵性、继性。这就是前面所说的“二十四个概念”。刘智还认为，小世界之形虽后于天地，小于天地，但小世界之理却先于天地，广于天地，作为小世界起点的种子乃“先天性理所余而成为溟渣者也”。
根据刘智的观点，所谓大世界中的“先天世界”部分，其本原已被作者命名为“无称”，而大世界中的后天世界部分（包括六品），则相当于唯物主义者所说的客观物质世界。从反映小世界的十二个品级的概念来看，好像与大世界完全相反，因为在这里是先有六品有形之象，后有六品无形之理，象在理先，而且起首的一品名曰“种子”，颇似唯物论观念。其实，作者认为小世界之形虽后于天地，小于天地，但小世界之理却先于天地，广于天地，作为小世界起点的种子，乃“先天性理所余而成为溟渣者也”（《天方性理》）。可见其对世界、人及二者关系的解释完全是唯心的。
为了深入阐述伊斯兰教的一神论，他又提出“世界”只不过是唯一真宰的“一呼一吸”，即“一呼一吸之谓息”，“圣者”一息而终古，“主宰”终古而一息，大世界、小世界因这一呼一吸而产生，又因这一呼一吸而消失，从而将自己的哲学体系推进到神秘主义的领域中去。
4.“真一”的“三品”说
刘智沿用了中国伊斯兰哲学著述中用来说明真主特性的三个常用概念“真一”“数一”“体一”，并赋予这三个概念以新的含义，进一步表达了他的神学宇宙观和神人合一的认识论。刘智关于真一学说的理论是在对王岱舆、马注等先贤的真一说加以继承和扬弃的基础上发展而来的，所以他的理论在形式上更加明晰、精炼，理论上更加细腻、精致。刘智的真一学说是其宗教哲学的理论基石。他对于其“真一”“数一”、“体一”等概念内涵的系统阐述构成了其哲学的本体论体系。
刘智对于真一的定义为：“真者，无妄之谓也。一者，不二之称也。”又说：“真一之一，独之义也，谓其独一无偶也。”也就是说，刘智认为“真一”的含义就是真实无妄、独一无偶。关于真一的特性，刘智认为真一存在于冥冥之中，是无形的，但却是宇宙间万事万物的主宰。如他说：“冥冥不可得而见之中，有真一焉，万有之主宰也。”在此基础之上，刘智进一步认为真一还具有“体”“用”“为”三品。他说：“其寂然无着者，谓之曰体。其觉照无遗者，谓之曰用。其分数不爽者，谓之曰为。”
关于真一的三品之说，也就是中国伊斯兰教学者所谓的“三一说”，就是指真宰所具有的“真一”“数一”“体一”三品，即指真宰的“体”“用”“为”三种属性。他认真阐述了三者之间的关系，进而把它们抽象为一，由此把自己在论述“无称”“真宰”时提出的哲学体系概括为一个由“一”开始，又到“一”终结的系统。按照这种观念，世界的起源和归宿只要通过唯一真宰的“真一”“数一”“体一”这三个概念即可得到解释。真宰三品的内在关系其实是“一而三、三而一”的。所谓“一而三”指的是真宰的自我显化出无形的“体”“用”“为”三种属性（或称三品），这是由唯一的真宰显化为三，即显现为“真一”“数一”“体一”。所谓“三而一”则指的是“真一”“数一”“体一”在名称上和功能上虽然表现为“三”，但究其实质仍然是“一”，即在本质上依然是唯一的真宰。这是真宰内在的、无形的自我显化。而根据许多伊斯兰学者的观点来看，正是由于真宰的逐步显化，才造化了这丰富多彩的大千世界。
刘智关于真宰三品的思想较之王岱舆和马注则更加丰富和系统。首先，真宰的三品分别显现为“真一”“数一”“体一”。其次，“真一”“数一”“体一”三者是异名同实的。从逻辑上来说，三者分别是真宰显现过程中所依次呈现出来的三种不同境界，但它们都是真宰的自我显现，而不是外在于真宰的独立体。三者的所谓次序，既不是时间上的，也不是空间上的，而仅仅是逻辑上的。这正如刘智所指出的那样：“真一显而为数一，数一即真一之通也。非真一之外，另有数一也。数一显而为体一，体一即数一之通也。非数一之外，另有体一也。”
关于它们的特性，刘智指出：“真一”是“万有之主宰也”。刘智又说：“圣人曰：隐而名真，显而名物”，“无所非显，即无所非真”。也就是说，真宰或隐或显。当其隐时，则是宇宙万物的本原，是万有的主宰；当其显时，则是先天无形理世和后天有形象世的显现阶段，随其自显和外化，“真一”“数一”“体一”在逻辑上依次显现，这是它就是真宰的本体即“真一”。关于“数一”，一方面，数一由真一显现；另一方面，数一又是真宰“用”的载体。数一具有两个特点：其一，数一是由真一显化而来，故次于真一。刘智认为“其以真对，则真一为真，数一为幻。其以尊对，则真一为主，数一为仆。其以大对，则真一为海，数一为沤”。也就是数一与真一相比，它在各个方面都处于次要部分。其二，数一又是理世、象世所从出。刘智指出：“理世、象世皆自此数一而分派以出，即真一之从理世而之于象世，亦须从此出而乃得意以为显著也”。又说：“数一之一，数之所自始也。万理之数自此一起，万物之数自此一推”。也就是说，数一虽然在真一之下，但却是居于其后显化的万有之上。另外，数一之后的显化都是直接源自于数一，而不是源自于真一。关于“体一”，一方面，“体一”由“数一”显化；另一方面，“体一”是真宰“为”的载体。刘智指出：“人之生也，其体有三：身体、心体、性体是也。以体而体夫真一也亦有三，即以此三体而体之也。”又说“以身体而体夫真一者，其功在于遵循”；“以心体而体夫真一者，其功在于解悟”；“以性体而体夫真一者，其功在于无间”。比较而言，刘智使用“身体”“心体”“性体”取代王岱舆的“真性”“本性”“形质”的概念更加简洁和明晰、统一；他使用“真一”取代王岱舆的“真一之妙”“无极之理”“太极之用”不仅概念简洁、明晰，而且更加符合伊斯兰教的教义。从理论上讲，应该也更能够为一般穆斯林大众所理解和认同。根据刘智的观点，作为小世界的人，实际上是指先天性理和后天身形的结合，所以能够体认“真一”。纵观“三一”则形成了从“真一”到“数一”，从“数一”到“体一”，再通过“体一”对“真一”的体认、见认、续认而复返“真一”的完整过程，此即所谓“大化循环，尽终返始”。
5.性理思想
刘智认为说明人之所以然的概念就是性，说明物之所以然的概念就是理，所谓“性者根于大命中之性而起人之所以然”，“理者根于大命中之智而起物之所以然”，“性者人性，理者物理”。按《天方性理》总图《先天理化次第图》所示，性与理乃是“理世”所分成的两部分，是物和人的最直接的根据或本原。世界的万物（包括自然界、人类社会和人的思维）来自先天的性理，先天的性理皆来自“真宰”。
为便于解释天地万物和人类的千差万别，刘智不仅将性理说成是先天的，而且是有次第和品级的。理的次第就是大世界先天六品，表示所谓代理真宰造化天地万物和人的理世界的次第；性的次第就是小世界无形六品，由它决定性的品级，从而使人与植物、动物相区别。性的品级，作者分为十四品，即人性九品：至圣之性、大圣之性、钦圣之性、列圣之性、大贤之性、智者之性、廉介之性、善人之性、庸常之性，此外另有鸟兽之性、草木之性、金之性、石之性、溟渣之性。理的品级也分为阿而实之理、库而西之理、土天之理、木天之理、火天之理、太阳之理、金天之理、水天之理、太阴之理等九天之理及风、火、水、土四行之理。作者通过这样划分性理的次第与品级，不仅解释了物质世界的千差万别，而且解释了唯心主义和宗教哲学所宣传的人生下来就有圣贤、庸常之分的原因。
刘智论性理的一个重要内容，是把性与认识能力联系起来。他认为天地万物和各种不同的人各在先天具有的性品的范围内穷性尽理，从而使人的认识能力和人的善恶、美丑一样，被认为是先天的、前定的。按他的区分，只有至圣才能将自己的知能与真宰的知能浑同一体，大圣只能任用知能，钦圣只能顺应知能，列圣只能显物知能，大贤只有体认知能，廉介只有坚守知能，善人只有循习知能，庸人则只有用知能。按黑鸣凤在《天方性理》序中解释，知能就是真宰赋予各物的本领。尽管这样，作者并未囿于人的认识完全依靠命定，而是提出“半以天定、半以自由”的思想，认为人在自己的性品里尽性，努力“各极其心之所胜而以为知行”，即如果按照伊斯兰教的伦理道德办事，也是可以获得相对自由的。
刘智受到中国传统文化的影响，宋明以来高度发展的程朱理学深深地融入他的思想之中。性理思想是程朱理学的中心概念，同时也是刘智哲学思想的中心概念。在刘智那里，仍然是先天性理决定后天人物的本性，决定人物的产生和向最初实有的复归。如刘智认为“性理未分之先，只此一心。心也者，无方所者也。性理既分之后，不名心而名性。性自理世而趋象世之时，无形无体而寓于心。”在《天方性理》第五卷，最高实体又称为真一，“自真一一念之动，显有此数一”，真一能动念，动念之后显现、产生数一及一切事物，可见真一就是真心。将真心当作最根本的实在，主要是为了更好地把真宰与性理联系起来，他既要坚持真宰观念，又要讲性理之学，那么，把真宰理解为真心比理解为理更好，因为心具有能动性，而且从心中推出性理对于受力学思想影响的中国人来说也更为方便。
6.“复归”思想
刘智的主要著作都在一定程度上表述了“复归”问题。其实，这一问题不仅早在《古兰经》中已有大量经文提及，如说：“你们要像他创造你们的时候那样返本归原”（《古兰经》七章二十九节）、“真主是最后的归宿”（《古兰经》三章三十八节）等，也是中世纪以来穆斯林学者不厌其烦地讨论的一个重要课题。
所谓“复归”，或者说“归根复命”“返本还原”，是指安拉创造世人之后，人以对安拉的认识和信仰而遵命返归安拉；安拉既是人的起始点，又是人的终结地；既是人之源出，又是人之归宿。安拉造化一切，一切向安拉“复归”，并接受末日审判。如果透过上述神秘的迷雾，从哲学角度分析，则可看出这种“复归”思想不外乎是一产生万有，万有“复归”于一的形象比喻。刘智在《天方典礼·原教篇》中说：“归根，返吾自始也，复命，完吾政事也……是以圣教教人识主，以返其本体，教人敬事，以完其初命。初命完，本体返，圣道之极致也。”根据他的见解，所谓归、还、返、复具有大致相同的含义，即通过“识主”“敬事”返回到人的“初”“始”之处。“初”“始”不是别的，正是作为大世界（宇宙万物）和小世界（指人）本原的“真宰之本然”。