1840年鸦片战争后，中国一步步地沦为半封建半殖民地社会。云南和西北的回族人民在外国列强的不断侵略、清王朝的加剧剥削和压迫下，相继爆发了保卫民族生存、反对清朝封建统治的武装斗争。其中以云南杜文秀领导的起义，声势和影响最为壮大。起义虽然失败了，但回族人民反封建、保民族生存的斗争并未止息。随后，又出现了振兴回族、改良宗教、普及教育、拥护共和的社会思潮，反映了回族人民随着中国的近代潮流的前进而前进。
一、杜文秀的社会政治思想
杜文秀（1827~1873年），字云焕，云南保山人。他出生于商人家庭，自幼勤奋好学。14岁考取秀才，16岁补禀膳生员。由于清王朝推行民族歧视政策，“回汉械斗”不断发生，又未得以合理解决，激起回族人民极大的愤慨。1856年9月，在太平天国革命影响下，他领导了蒙化回民反清起义。10月，在大理建立了元帅府，并设立文武官员，他被推举为“总统兵马大元帅”。经过十多年的顽强斗争，终因敌我力量悬殊，内部分化，遭到清政府的残酷镇压，起义失败。
杜文秀在起义军统辖地区推行一系列政策，反映了他的社会政治思想，这集中地体现在他提出的“连回汉为一体，竖立义旗。驱逐鞑虏，恢复中华，翦除贪污，出民水火”的口号之中。杜文秀提出“祖述于唐尧虞舜”，“效法于汉祖明宗”，“遥奉太平天国南京之号召，革命满清”，蓄发易服改年号，“救劫救民”等口号，实际上就是他的“驱逐鞑虏，恢复中华”的政治思想。就其“祖述”“效法”“恢复”来说，则是他的社会历史观的一个重要表现。在起义过程中，针对清朝各级官吏贪污腐败、血肉人民等不法行为，他又提出起义队伍中的地方官员“勿论文武，须以廉洁自持”，若有受贿者，或追缴、罢官、处斩。
随着斗争的深入进行，杜文秀等才逐渐认识到清政府的民族压迫政策，正是官练屠回的护符。认识到民族纠纷、回汉互斗，咎多在官而不在民。在后来的起义文告中，表明了他们对自清朝建立以来压迫了人民二百多年的统治阶级认识。杜文秀在《兴师檄文》中把清朝建立前后上千年的民族关系作了比较后明确提出：“窃思滇南一省，回当夷三教杂处，已千百年矣。出入相友，守望相助，何尝有畛域之分？概自满清僭位以来，虐我人民二百年余（于）兹矣。妖官偏袒为计，石羊起衅，池鱼皆殃。强者逞鸱张之威，弱者无鼠窜之地。尔时百姓危若倒悬，可恶妖官犹安然高枕，置苍生亦（于）不问，弃黎庶其如遗。甚至汉强则助汉以杀回，回强则助回以杀汉。”这篇檄文把清朝民族政策的丑恶本质揭露无余，使杜文秀的反清革命思想提高到了一个新的高度：对回汉民族都可以这样翻云覆雨，肆意妄为，对其他弱小民族就更不用说了。这篇檄文表明杜文秀的反清革命不再是站在个别或少数几个民族的立场上，而是代表了所有被压迫民族，包括满族内部的被压迫者。因此便自觉地肩负起了“除残暴以安良善”的使命。故杜文秀称帅后即明确宣布“本帅目击时艰，念关民寞（瘼），不忍无辜之回为汉所杀，更不忍无辜之汉为回所伤。爰举义师以清妖孽。志在救劫救民，心存安回安汉。”其目标已不局限于滇西，而是“连回汉为一体，竖立义旗，驱逐鞑虏，恢复中华，剪除贪污，出民水火。”
在经济方面，杜文秀实施发展农工商政策，“轻徭薄赋”，扶助穷民。比如农业上招民开荒，注意兴修水利，严禁课税上私立名目，妄自征收各种课税；“田赋征粮秣，除丁银”，严禁士兵“无故下乡”，“滋扰良民”，“多田归公者，岁给赴仓领谷，以养其家”。工商业方面，开采盐、石磺矿，用矿石与缅甸换棉花，以发展大理的纺织业。同时派军队在大理通向四川、缅甸的两条商路上保护来往客商，如发生意外，由当局负责赔偿等。总之，为了恢复社会秩序、发展生产，实行“为士者，设学校以养之；为农者，给耕牛以助之；为工者，广设造以惠之；为商者，建行馆以安之。春秋祀孔圣，钱帛济灾民”，这就是他发展生产、“出民水火”的思想表现。
在民族关系方面，杜文秀主张民族团结、平等，他一直坚持这一思想，并具体翔实地贯彻到其军政管理条例当中，其主要精神是：任用贤能、安扶人民、兴利除弊、轻赋薄敛、发展生产、减轻人民负担。“军官所过地方，有拆毁庙宇，扰害民房者，斩”。“官兵若有倚势占奸，强夺民女为妻者，立斩”。这些条文，是各民族联合反清革命思想的具体化，在各民族中公平执行，一视同仁，不分亲疏，没有例外。大理政权军政纪律如此严明，因而得到各族人民的广泛拥护。作为中央政府的清王朝，规定满族享有各种特权，而作为滇西回民起义军的地方政权，却不给回族任何特权，反而规定：“汉犯法则罪从轻减，回犯法则罪从重加”。“回汉有讼者，必选考察回人有无权势欺压汉人之弊而处理焉”。正是由于杜文秀实行对回族从严，对其他民族从宽的政策，得到了各民族的敬重和援助。大理政权明文规定各民族“出入相友，守望相助”，“一视同仁，不准互相凌虐，违者，不拘官兵，以重治罪”。从而使他领导的起义队伍中，逐渐形成了“回之受职者数千，汉之受职者数万的局面。例如，大理政权中的大司寇李芳园是汉族，大司卫姚得胜是回族，大司藩李正学是彝族，以及滇西傣族、纳西族的土司，彝族、僳僳族的领袖人物，也都接受了大理政权委任的官职，共同御清。这就是他的“连回汉为一体”、各民族“一视同仁”、团结和睦的思想表现。
杜文秀的政治思想有两个显著特点：其一，没有提出以往传统的农民革命那样的土地革命的纲领性口号。其二，注重并且在一定程度上代表了具有资本主义萌芽性质和反封建民主因素的工商业阶层的利益。其三，有平等自由的宗教政策。其四，革命与建设紧密结合，同时并举。杜文秀的起义，特别突出的是反对民族压迫的特征。清中晚期的云南回族，因人多地少的矛盾，经济发展的方向已转移到工、矿、商业贸易方面，资本主义因素较多，其业主多由地主转化而来，或是与地主有紧密的联系。重商思想在滇西不少人口稠密的回族地区已经普遍存在。所以要保护工商业和与工商业关系密切的地主的利益。按照杜文秀的设想，“反满清、扶汉夷、锄奸邪”三大目标是必须分阶段、择重点依次进行。从其思想形成发展的逻辑过程来看，他的“三步走”思想，也需在其革命实践中依次展开、发展、丰富并加以修正。杜文秀的政治思想，为中国民主革命思想的丰富和发展提供了绝无仅有的宝贵材料，成为中国民主革命思想宝库中一个不可缺少的部分。
杜文秀的政治思想，作为云南回族政治思想发展史上的一个典型代表和重要环节，是不能孤立看待的。自元以后的各朝代，云南回族中涌现了许多政治家和思想家，其中能代表云南回族政治思想传统和风格的著名思想家不少，如赛典赤·赡思丁、郑和、李贽、杜文秀等，尽管他们中有生于云南死于云南的；有生于外域而死于云南的；有生于云南而死于外域的；也有生卒于他乡而仕于云南的，但他们与云南回族和云南的历史文化等有着千丝万缕的联系。作为不同时代的人物，他们的历史命运自然有许多不同之处，但作为与云南和回族的历史文化联系在一起的人物，他们的思想和事业有着承前启后的联系，因而有许多共同的或相通的地方。只有通过这些相同或相通之处的联系，才能了解云南回族政治思想发展的历史脉络和现实意义。由此看来，杜文秀的政治思想，从立场上来说，是站在云南各族人民反对民族压迫和封建专制的革命阵营一边的。比较而言，这是与赡思丁、郑和、李贽的不同之处。而在维护国家统一、民族团结、宗教自由、人民安居乐业等方面则是一脉相承的。从根本上说，这是由回族在中国形成和发展的基本历史条件决定的。没有祖国的统一、民族的团结，就不会有回族的形成和发展，也不会有其他民族的发展和整个中华民族的繁荣。因此一个热爱自己民族的回族政治家，必然要以维护国家的统一和各民族的平等团结，坚持宗教信仰自由，使人民安居乐业为职志，才能代表回族人民的根本利益和愿望，这是回族历史发展的客观要求，因而也是回族政治思想的优良传统。
二、“改良宗教”“普及教育”的新思潮
19世纪末20世纪初，回族社会经济的发展水平与汉族大致相似，也形成了资产阶级势力，力主向西方学习，进行社会改革，提出了“振兴回族，普及教育”等主张，反映了他们在意识形态领域的新的希望和要求，清末留日回族青年成为他们的代言人。
甲午战争后，中国进步知识分子纷纷负笈东渡日本留学，在追求知识的同时，组织团体，创办刊物，探索救国救民的真谛。其中回族青年，分别就读于日本陆军士官、法政、东洋、早稻田、同山、仙台、东亚、警监等大学和专科学校。1905年，云南回族学生赵钟奇等还参加了中国同盟会，成为回族中最早的一批资产阶级革命先进分子。1907年11月，各省留日学生在日本东京江户川亭召开“留东清真教育会”成立大会，确立了章程，推选云南保廷梁为会长。其宗旨是：“联络同教传谊，提倡教育普及、宗教改良。”同时决定编辑刊物，印送国内同胞。1908年12月初，《醒回篇》第一号问世，这是清末回族知识分子在国外创办的进步刊物之一，也是回族历史上第一本由本民族自办的刊物，该刊集中反映了20世纪初回族知识分子的先进思想。主要内容有：第一，把强盛祖国、抵制列强、挽救民族危亡作为奋斗目标，把振兴回族提到强盛国家的高度，启迪回族爱国思想，正确地分析了回族与祖国的关系。第二，从当时回族的具体情况出发，提出宗教改良和教育普及，论述其必要性，主张在全国设立统一的宗教学会，创办宗教模范学堂和宗教报纸，使伊斯兰教发挥促进回族团结的凝聚作用。第三，主张向西方学习，变革中国教育制度，建立新的教育体系和制度，以改变祖国落后面貌，主张用新的科学文化知识来充实经堂教育等。
与留日回族知识分子活动的同时，国内回族人士也开展了一系列活动。1906年，回族商人童琮在镇江发起成立“东亚穆民教育总会”，旨在倡导普及回族教育。1907年，王宽（字浩然，俗称“王五阿洪”）在北京创办回文师范学堂，由其得意门生达浦生主持教育，“改良教法，增订课本，经学中兼学汉文及科学”。1908年，他又创办京师公立清真第一高等学堂，并于城内回民聚居区分设四所回民小学。1912年，又发起组织“中国回教促进会”，其宗旨为“兴教育，固团体，回汉亲睦”。顾颉刚称赞其业绩时说：“这是近代中国回教徒第一次自觉发动的文化运动。”王宽不仅是回族的一位追求进步、主张改革的进步教育家，还是一位拥护民主共和的进步学者，衷心支持孙中山的革命事业。1912年，孙中山辞去临时大总统之职后到北京，与王宽会见于“四教俱进会”，两人“一见投契”，王宽当即表示支持孙中山推翻帝制、建立共和的伟业。1917年夏，孙中山发起“护法”运动，曾致函王宽，“令举西北实力参加革命”，王即派弟子去广州表示支持。
随着近代社会的深入发展，回族人民也日益觉醒。回族中的先进分子“振兴回族，改良宗教，强盛国家，支持孙中山领导的革命”等思想和行动，就是这一觉醒的集中表现。而他们主张将科学文化知识注入经堂教育，开办回民学校，这是回族注重科学文化传统思想的继承和发展。在近代，回族经济文化的发展与汉族同步，这些应是很重要的原因。
三、十九世纪末二十世纪初回族新的觉醒
19世纪末20世纪初全国回族经济文化在恢复中又有了新的发展。从鸦片战争开始，经过英法联军之役、中法战争、中日战争，直到八国联军之役，专制腐朽的大清国屡遭败绩，割地赔款，屈辱至极，也一次次地惊醒了中国人民。以林则徐、魏源为代表的一批志士，开始向西方寻求救国真理。魏源提出的“师夷长技以制夷”的思想，正是这种尝试的体现。而福建泉州的回族科学家丁拱辰，在青少年时期就注意自学科学知识，喜爱数学，研究天文。1831年，丁拱辰去国外谋生，到过吕宋诸岛（今菲律宾）及伊朗、阿拉伯，开扩了眼界，目睹列强在各处横行霸道，激励了他的爱国救国之情。鸦片战争爆发后，丁拱辰认识到学习外国先进技术以振兴中华的重要，苦心钻研，身体力行，著成《演炮图说》，并自己捐资铸大炮四十台，轻者二千斤，重者五千斤，略仿西洋模式，试之有验。受到道光皇帝的嘉奖和林则徐等的表彰。他是“师夷长技以制夷”思想的实践者，近代中国兵器创造的先驱者。
100年前的戊戌变法，是一次自上而下的变法维新运动，最后由于顽固派权势过大而遭失败，但新政虽未能实行，民气毕竟因此而大开，中华各民族先进分子爱国图存的觉醒是压制不住的。回族镖师王正谊，字子彬，人称“大刀王五”，他结交维新志士，是戊戌变法六君子之一谭嗣同的武术老师，深受变法维新思想的影响，并积极参加维新活动。王五这个传奇式人物，也是一位君主立宪派人物，他的参与变法维新活动，也从一个侧面反映了回族人民的觉醒。
回族社会意识的觉醒最初只是出现在京师和沿海一些大中城市，也只在回族的少数先进分子中有所觉醒，并不等于全民族的普遍的觉醒，然而它的意义是重大的，在回族发展史上具有划时代的意义。
19世纪末20世纪初，西方文化与科学知识被大量介绍到中国，在学习和引进西方文化、科学知识的新潮流中，回族文化也开始注入了新的内容和活力，并由此影响着回族后来的发展。一批回族先进分子受到时代潮流的冲击和新的风气的熏染，扩大了视野，活跃了思想，他们开始吸纳新的知识和新的观念，从新的角度去进行反思和提出问题，从更高的层面去观察世界、认识事物。与当时中国总的形势一致，在北京以及沿海地区回族中也出现了到外国留学的组织团体、兴办报纸刊物以及设立新式学校等新的文化活动，这些都是当时回族新的觉醒的一些重要标志。