日本距离中国最近，在大批的中国青年去日本留学的活动中，也有回族青年参加这一活动。1908年，在日本东京，有从中国14个省去的36名回族知识青年。他们人数虽少，学习的科目却很广泛。有学习工科、铁道、商船和军事科的，也有学习政治经济、医学和师范等学科的。有一位来自奉天（今沈阳）的回族女青年，敢于冲破封建礼教和宗教教规的束缚，到国外去求学，被认为是回族女子的开路先锋。还有一位湖南籍的阿洪，来东京留学，人们称赞他是掌教开通的萌芽，是真正明白伊斯兰教义的人。这些都能从不同的侧面反映当时回族觉醒的程度。留学日本的回族学生在东京发起创立了以“提倡普及教育、改良宗教为宗旨”的“留东清真教育会”。留日回族学生基于强烈的爱国救亡和振兴回族的使命感，在东京编辑出版了回族自己最早的刊物《醒回篇》，目的是“唤醒吾回之热度”，以“宗教与教育为之起点，推之社会由是开明，国家由是强盛，天下由是安”。留日回族学生的这一爱国壮举得到了中国驻日公使杨枢的支持和赞助。杨枢，字星垣，广州回族，长期从事译员和洋务活动，1903年5月出任驻日公使，他是清廷向西方、向日本学习经验的组织者和管理者，从回回民族的角度看，杨枢当是回族新觉醒中的佼佼者和先驱者。杨枢在政治上主张君主立宪。在他任驻日公使期间，配合清廷“预备立宪”活动，与日本清政大学协议在该校开设法政速成科，接受中国官费留学生学习宪政知识，为清政府培养宪政人材。他深谙世界潮流，了解民主革命的趋势，曾对当时留日的汪精卫和自己的侄子杨殿镳说：“民主革命，势所使然，问题在迟早而已。吾老矣，行将退休归田，而加入革命之举，虽吾子侄亦不禁”。留日学生中还有更为激进者，参加到革命派的行列中，其中以四川回族青年刘庆恩的事迹最为突出。在当时民主革命派与改良派的激烈辩论中，东京曾是大论战的一个主要阵地。刘庆恩原是工人，为人正直，敢于斗争。1906年冬，在一次四川留日学生关于革命与立宪的争辩中，刘庆恩抄起火钵痛击了为拥护君主立宪而喋喋不休的周某，博得了留日学生的一致好评。这件事也反映了以刘庆恩为代表的回族留日青年主张推翻帝制、拥护共和的决心。刘庆恩回国后，任职汉阳兵工厂，曾发明新式快枪，有人把他与詹天佑并提，属于清末留学生中之佼佼者。
在国内，北京、天津等城市得风气之先，出现了丁竹园、丁宝臣兄弟这样的回族优秀代表人物。他们怀着“真理救国”“教育救国”的热情，积极参加中国早期的新闻事业。为了让妇女、儿童都能读懂报纸和接受新思想的教育，他们把古汉语改变为通俗易懂的白话文，成为我国早期白话文报纸的先驱者之一。
1904年丁宝臣在北京开办了《正宗爱国报》，1907年丁竹园在天津开办了《竹园白话报》。他们通俗而又犀利的白话演说稿，当时在北京、天津一带广泛传播，很有影响。丁氏兄弟的新闻带着鲜明的时代感和历史责任感，表现出强烈的爱国主义和救亡图存的思想。他们已经认识到人民是国家的分子，无论他的职业是什么，也无论他是满人、汉人、回回人、蒙古人、藏人，都是组成国家的分子，每个分子都有爱国、救国的责任。丁竹园曾经非常精辟地说，保卫国家就是保卫了教门，爱护国家就是爱护自身。他进一步指出：无论是信仰何种宗教，既然是中国人，就应当同心努力维持国家大事，没有了国家也就保不住宗教了。这样的觉悟，这样的认识，说明回回人原来自发的爱国思想发生了升华，变成了自觉的认识。他们不再只是考虑回回的事情或者宗教的事情，而是把国家、把救国放在了第一位，自觉地鲜明地提出来，这是19世纪末20世纪初回族中爱国主义思潮兴起的突出标志。
从爱国主义思想出发，回族先进分子当时已经认识到必须化除畛域，不分民族，不分宗教，同舟共济，团结救国。他们回顾了咸丰同治时期云贵陕甘等地对回民的血腥镇压，正是由于腐朽专制的清朝统治者对广大回民实行的高压政策和宗教歧视所造成的。“其乱全由于不懂宗教之地方官所逼成。官逼民反，势不能不反”。其实，我国当时就有佛教、天主教、基督教、伊斯兰教等不同的宗教，另外还有儒教，各教之间完全可以“各行其是非其非”，“于不同之中而求同”，为什么要显分畛域，互相争斗呢？各宗教之间是互相尊重，各行其是的问题，同为中国人，各宗教应该“各信各教，各享各自由，井水不犯河水，何苦无故地结怨为仇呢？”化除畛域，各信各教，这也是觉醒中的回族先进分子在民族压迫和宗教歧视的政治环境中所采取的一种讲团结求谅解的现实态度。
要振兴民族，就必须改良宗教，这是当时回族先进分子对待民族、宗教问题的一种很有代表性的看法。他们已经认识到：任何宗教都不能总是因循保守，一成不变，伊斯兰教也不例外。这是因为，时代变化了，社会进步了，回族人与外界的接触和交往也愈来愈频繁，回族人要进行各种社会活动，要兴办各种事业，只要“不悖教中重大的规矩就行了”。这些议论当时在回族先进分子中是有代表性的。早在明代晚期的福建泉州，与回族进步思想家李贽同时的回族学者中，在议论伊斯兰教与儒家关系的时候，丁自申就提出了“不泥乎其教亦不背乎其教，变而通之，与时宜焉”的主张，另一回族学者、李贽的亲属林奇材则主张对宗教尽管可以变通，但最低限度是“家禁用豚”和祭祀祖先的时候，“牲治具，必仿教门”，这又是一些改良宗教以适应环境的议论。仅就宗教需要变通需要改良以适应发展了的时代这一层来说，明末封建时代的回族学者与清末回族先进分子的主张有其相似之处。
20世纪初宗教改良的理论在回民中的影响要深远得多，我们说这是新的更高层次的觉醒，这一点是可以理解的。觉醒中的回回知识分子，在理论上已经有了对宗教演变规律的认识。丁竹园认为有一种大同主义的宗教消亡的学说，很有道理，然而现在还太早，还不到时候，人民没有达到这样的程度。回族先进分子当时能够了解西方的科学知识和技术进步，能够了解西方的各种思潮和学说，包括物竞天择、人权天赋的学说以及西方的价值观念，等等。因此，他们接触和了解了唯物主义有关宗教消亡的学说，当是很自然的事情。同时，他们也受到来自伊斯兰世界的正在兴起的伊斯兰改革主义思潮的影响。《醒回篇》里讲得很清楚，留日回族青年已经深深感到世界科学与技术日新月异不断进步，如声学、光学、电学对现代交通工具的发明和运用，令人惊心动魄。依据优胜劣汰的天演公例，不改良就不能前进，就会被淘汰，国家是这样，宗教也是这样。
对宗教改良问题，《醒回篇》中发表了几篇有价值、有代表性的议论。比如，黄镇磐说，穆罕默德是世界第一的宗教改良家。这说明宗教改良不仅合乎时代要求，而且合乎圣行，先知就曾是改良家，这使保守的掌教也无法反对改良。保廷梁在《宗教改良论》一文中提出宗教改良必需具备三个重要条件：一是需要设立宗教改良的调查机关，二是组织清真月报，三是设立宗教学会。这三条都与回回散居各地和发展不平衡有关，必须创造条件，藉以联络感情，沟通信息和启发觉悟。令人感兴趣的是《醒回篇》中有一位江苏镇江李兆芝先生写的《回教振兴策》一文中提出宗教改良必须由学习经典、兴办学校、创立团体和创办报纸开始。李先生不是穆斯林，是一位汉族人，他关心伊斯兰教的振兴事业，提出了很有见解的主张，受到回回知识分子的普遍称赞。
回族先进分子特别重视发展教育和兴办企业的问题。他们怀着强烈的时代紧迫感，认识到一个国家，一个民族，有教育才能昌盛，没有教育势必衰亡。而且，那种陈旧的教育也会造成僵死的局面，必须有新兴的现代教育才能生存。回族有识之士主张学习先进国家的教育制度，而且注意到这种学习不能只是简单的模仿和照搬，必须结合中国的实际情况，取长舍短，因时制宜。他们结合回族社会的实际情况，认识到普及国民教育的重要性，并注意到提倡家庭教育、女子教育以及聘请义务教员、组织教育会、设立教育基金等在西方行之有效的办法。丁竹园以热心提倡回族教育和关心伊斯兰教前途的心情，尖锐地提出：“念书最能兴扬教门，不念书最能败坏教门”，“但求教育与实业日见发达，宗教亦就自然的光荣了”。丁竹园对于宗教同回民教育和生计的关系的看法，是进步的、有价值的，它代表了当时回族中关心民族发展和宗教前途的进步知识分子的普遍看法。
20世纪初，一批由回民自己创办的新式学校开始出现，它们是：童琮在江苏镇江创办的穆原学堂；安铭在北京创办的宛平县民立初级小学；马邻翼在湖南宝庆（今邵阳）创办的清真偕进小学校，并制定了“和、敬、朴、诚”的校训。马邻翼同著名阿洪王宽在北京创办的回文师范学堂和京师公立清真第一二等小学堂；马六舟在齐齐哈尔创办的清真小学；张子岐在营口创办的清真学校，等等。这些学校突破了回族中传统的经堂教育的形式，采用中阿兼授，即除了讲授阿拉伯经文及宗教教义外，还要讲授汉语文、算术、常识等课程。在回族文化教育一贯落后，而回族又聚居的甘肃也开始兴办学校，1907年海城（今宁夏海原）县令杨金庚劝导回、汉士绅创办“汉回初等小学堂”，目的是“汉回同学，即畛域可消于无形”，临潭西道堂积极提倡教育，创办清真学校，既讲授《四书》《五经》，又兼讲清初刘智等的伊斯兰教汉文译著，如《五功释义》《天方典礼》《天方性理》等。民国元年，马邻翼到兰州，担任甘肃提学使，在兰州设立回教劝学所，作为教育行政机关。此后，兰州、河州（今甘肃临夏）、西宁、银川等回民聚居地区的回民教育也有了明显的发展。不少门宦、教派的领袖们和像马福祥这样的地方实权人物，也在为兴办回民教育而尽力。到“五四”运动爆发的1919年，全国各地兴办的回民学校已经有六七百所，其中中等学校也将近十所。新式学校的出现，在回族教育史上具有划时代的意义。
回族有识之士在关心回民教育和宗教改良的同时，也很注意回民的生计问题。丁竹园认为回民贫困落后的一个重要原因，就在于一些人对宗教的片面了解，并受到片面了解的束缚，念书的人太少，“回民受穷，皆由于此”。所以他们一直强调必须发展回民的教育和回民的生计。寺院可以去办宗教的事，而不要干预回民的教育，不要影响回民的生计。丁竹园一再向广大回民呼吁，“千万在生计上多多的注意”，设立团体应该认定“专以谋普及教育之发达，与教中人生计之稳固为宗旨，万不可与宗教混而为一”。这一时期的回族经济在继承传统经营之外，也在发生着变化。比如北方的牛、羊皮毛及肠衣、牛油等回族传统产品，已不是在国内市场周转，而是通过洋行，由天津、上海等港口进行出口贸易。沿海、内地一些大中城市的新兴回族企业家开始兴办地毯、制革、制烛、肥皂、纺织、面粉、电灯等新兴企业，以及饭庄、旅店、澡塘等，为繁荣市场、发展民族经济作出了贡献。回族中的开明人士已不仅认识到兴办企业摆脱贫困的问题，而且强调要注意国际间的商战，呼吁助销本国货，抵制洋货，这些都是新时期的新观念。
“辛亥革命”前和“辛亥革命”当中，各地回族革命志士积极参加打击和推翻清朝封建统治的斗争，并作出了贡献，这也是回族觉醒的重要内容。这一时期回族革命志士的斗争形式有了突出的变化，已经不是与汉族人相互歧视、仇视，而是相互联合，并肩战斗。以汉族人为主体的民间秘密组织和进步的同盟会组织，回族革命志士们也乐于参加，并在其中发挥了积极作用，这在历史上是不曾有过的。
1904年秋，河南开封东郊回民李元庆领导数万回、汉族农民开展了一次轰轰烈烈的抗粮罢市运动。李元庆是当地民间秘密会社“仁义会”的重要成员，在回、汉族农民中很有威信，他在斗争中提出了“打死老虎同吃肉，打不死老虎同受伤”的口号。辛亥革命时期，回族参加革命的人数更多更普遍，从沿海到边疆，从城镇到农村，在农民、工人、商人当中，在新军和青年学生中，都有回族志士参加斗争。其中，武昌首义当中，知道姓名的回族志士就有数十人，西安参加起义的回民有一千多人。这是从爱国主义立场出发，与汉族一起并肩战斗，不分彼此的，而不是像19世纪中叶那样，仅仅为了民族生存而战。
与过去不同，不少回族革命志士参加了孙中山领导的资产阶级革命政党——同盟会。其中有的人参加了1908年的云南河口起义；有的人参加了1911年3月29日的广州起义，成为著名的黄花岗七十二烈士之一。在武昌、上海、北京、西安等地，有回族同盟会员为推翻封建专制制度、创建民主共和国而奋斗，不少人献出了宝贵生命，他们是回族的精英，是回族中最革命的部分。
19世纪末20世纪初，觉醒中的回族在进行反封建斗争的方式上还有一个大的突破和新的开端。这就是由于受西方民主思想的影响，开始创办报纸，利用文字做工具，去抨击时政，去揭露黑暗独裁统治，这在回族反压迫斗争史上是第一次。丁竹园在这方面的表现最突出，可以说他是回族民族意识觉醒的一位优秀代表。他非常同情城乡人民的苦难，敢于替老百姓说话，敢于抨击封建官府，尖锐地指出：“今日各省百姓的流离困苦，其罪过皆在官绅士大夫身上，偏用这般官绅当权在位，其罪过实在政府”。他甚至激愤地喊出：“全球最不公最不平的事情，莫过于中国的政治！”“天下最惨最苦的境遇，莫过于专制国的国民！”他痛快地、大胆地把当时的政府说成是明火强盗，并公诸报端，他以极高的觉悟和胆识，喊出了时代的最强音。在两千年的中国政治史上，这样明快的语言，怕也是极为罕见的了。“辛亥革命”爆发的前一年，丁竹园写了《遍地祸胎君知否！》一文，深刻地揭露了当时的严重危机。丁竹园无情地谴责清朝封建统治的演说，已超出了观念上的觉醒，而成为一种政治性的斗争，它反映了回族人民拥护民主共和、反对封建专制的坚定意志。“辛亥革命”后，回族的政治地位确实有了提高，汉、满、蒙、回、藏五族共和的思想已经深入人心。民国时候如果出现侮辱回回的文字，回回可以在报纸上进行反驳、争辩和抗议，甚至可以上街游行、请愿，这就是觉醒，就是变化，也就是民主。