这就是说，世界上无所谓物，也没有“理”，只有“妙明真心”的存在。人们见到的客观万物并非客观的和独立的存在，而是“真心”“童心”“我心”之中的存在。其次，他认为宇宙万物只是“真心”中所显现的“一点物”，如说：“心相既总是真心中所现物，真心岂果在色身之内耶？犬诸相总是吾真心中一点物，即浮沤总是大海中一点泡也。”（《焚书·解经文》）“一点物”与心的关系，如同泡和海水的关系一样。海水中的“点泡”的产生没有必然性，时生时灭，宇宙万物也是随心或现或无的。这实际上是说物质是由心所意识的，有心才有物，这就从根本上否定了客观世界的真实存在，进一步颠倒了“心”与“物”之间的关系。再次，他认为山河大地与清静本原相即不离。他在《观音问》一文中提出，清静本原之所以至诚不妄，是因为有山河大地为见证，所以不要以为有山河大地会障碍、影响对清净本原的认识。清静本原的价值就在于山河大地，山河大地的功能可以证明其确为清静本原所生。必须说明，李贽的清静本原不是物质，而是精神性、超感觉的“心”和“真心”。
李贽的“童心”说，本来源于王阳明的“良知”，然不像“良知”说那样带有浓厚的封建正统道德色彩，发展下去，必然成为突破封建正统思想藩篱的进步思想，成为王守仁学派所不能容纳的异教徒。这种天赋的“童心”不仅仅是一种天赋道德观念，而已经含有个人的自觉。李贽要求复“真心”，做“真人”，呼唤“最初一念”的觉醒，乃是躁动于封建礼教重压下的一种个性自觉萌芽，是对传统的大胆怀疑和挑战，这是他的童心说的进步意义。他主张说真心话（童心），揭露了封建礼教的疮疤，因而屡屡遭到地主阶级正统派的围攻。然而，他的“童心”说虽然深刻地暴露了旧礼教的谬误和御用学者的虚伪，却未能提出系统的、正面的、有具体内容的主张，实际上只是他的抽象人性论在道德观方面的运用。
4.“生知”说与真理观
李贽的“生知”说源于禅宗的所谓智者愚者的“佛性本无差别”的佛性说。这种佛性说的先验论又是为通向天国的途径而立论的。李贽借助佛性说，并加以改造，把立论的锋芒对准了“以孔子是非为是非”的陈腐的教条，在中国思想发展史上起到了一定的思想解放的进步作用。
李贽的“生知”说认为，天下之知是与生俱有的，人人皆然。他说“天下无一人不生知，无一物不生知，亦无一刻不生知者，但自不知耳，然又未尝不可使之知”。（《焚书·答周西岩》）他的这一“生知”说显然是唯心主义的，而且“无一物不生知”，诚然是错的。因为，不用说无机物，甚或植物、动物没有什么“知”，就是人的“知”也只有在学习中、实践中才能获得和产生。不过，他的“生知”说是有针对性的，具有某种合理因素。因为他不但认识到了人所具有的生而知之的认识能力，而且还认识到了有关真理的标准问题。所以他又说：“既成人矣，又何佛不成，而更等待他日乎？天下宁有人外之佛，佛外之人乎？”就是说，人人都有生而知之的认识能力，因而人人有佛性，都能成佛，都能为圣人，圣凡、智愚诸色人等都与仁德者一样，不待外求而自足，没有“人外之佛”，也没有“佛外之人”。看来，他的“生知”说与其“童心”说在本质上是一致的，也都寓有人性善的意味。
李贽的“生知”说，从内容上说，既讲的是人人都具有的生而知之的认识能力，也讲的是认识真理的标准。为了打破封建传统权威，他以“生知”说作为武器，把矛头指向孔子的偶像崇拜。他认为孔子也是一个人，他不比天下人高，天下人也不比他低。人人自足，不必“以孔子为学”。如说：“夫天生一人，自有一人之用，不待取给于孔子而后足也。若必待取足于孔子，自千古以前无孔子，终不得为人乎？”（《焚书·答耿中丞》）就是说，做人不能以孔子的言行为标准。孔子教诲人“为仁由己”“君子求诸己”，也没有要人以他为榜样。“必待取足于孔子”，不只违反“天生一人，自有一人之用”的道理，也违背了真理相对性的原则。如说：“夫是非之争，如岁时然，昼夜更迭，不相一也。昨日是而今日非矣，今日非而后日又是矣。虽使孔子复生于今，又不作如何非是也，而可遽以定本行罚赏哉？”（《藏书·藏书世纪列传总目前论》）这是从真理有其相对性上否定以孔子为是非标准。由此，他反对尊孔读经和封建礼教，反对把六经当成人之至论，是有其进步意义的。
由于李贽不懂得是非的相对性与绝对性的辩证关系，否定真理的客观标准，从而陷入唯心主义。但他反对崇拜孔子，沿袭古训，背诵教条的盲目信仰主义和文化专制是有其进步意义的。他的这种“不执一说，便可通行；不定死法，便是活世”的是非观，击中了宋明理学思想的要害，在当时也是难能可贵的。不仅如此，李贽还从抽象的人性论观点出发，以“生知”说为思想武器，进而反对封建的等级观念的先天决定论，鲜明地提出了他自己的天赋平等理论。
5.平等观
李贽的平等观是与其“童心”说、“生知”说密切相联的。他反对以气禀的清浊、偏全决定人们的寿天、贫富、贵贱、智愚、圣凡等等差异的先天决定论，认为人们具有同等的认识能力、道德意识和物质要求，因此在这些方面人人都是平等的。
首先，他从人的认识能力方面论证男女平等，以此来反对封建社会根深蒂固的男尊女卑观点，如说：“余窃谓欲论见之长短者当如此，不可止以妇人之见为见短也。故谓人有男女则可，谓可见男女岂可乎？谓见有长短则可，谓男子之见尽长，女子之见尽短，又岂可乎？”（《焚书·答以女人学道为见短书》）其次，他还从人人都具有“德性”的观点出发，反对道学家认为只有圣人有德，凡人无德的观点，如说：“尧舜与途人一，圣人与凡人一。”（《李氏文集·明灯道古录》）最后，他从人的身体是一个物质体出发，大胆提出了君民平等的观点，他说：“庶人非下，侯王非高”（《李氏丛书·老子解》）；“圣人知天下之人之身，即吾一人之身，我亦人也，是上自天子，下至庶人，通为一身矣。”由此可见，他的平等观是反对封建等级偏见的。他的这种对于被神化为“磨灭不得”的纲常定理敢于批判怀疑的精神，充分表现了李贽挑战权威、反对道学的异端思想的特点和进步的思维方式，极具进步意义，突出表现了晚明时期“异端”思想的时代特征。
6.功利主义的价值观
李贽的价值观是一种崇尚功利的价值观。他支持“无私则无心”的私产要求，提倡功利主义。他在吸收佛教禅宗佛性说和继承王阳明提出的人人都能成为圣人的良知说的同时，摒弃了佛教的僧侣主义、禁欲主义和王守仁的天理至上、“为善去恶”的格物说，把它们改造糅合成具有功利主义和反僧侣主义的价值学说。
首先，针对当时御用学者只宣传不顾人民死活的封建礼教，把当圣贤看成是第一等事，把人民的生活愿望看成是不合法的“人欲”。李贽反其道而行之，提出了“穿衣吃饭，即是人伦物理，除却穿衣吃饭，无伦物矣。世间种种皆衣与饭耳”（《焚书·答邓石阳》）。这就肯定人的欲望是正当的，而不应克制其欲望，道德修养也离不开生活的满足。显然，这是针对“存天理、灭人欲”的价值观而提出来的。其次，李贽把追求现实功利看成是人们的共同价值取向，他毫不掩饰道德的功利实质，指斥那些口头上讲忧劳天下国家，实际上却满心打算发财致富、买田置产的虚伪的学者们，说他们完全背离了圣人“察迩言”的宗旨。所以他公开宣称“自私”是出于人们的天性。他说：“夫私者，人之心也。人必有私，而后其心乃见，若无私，则无心矣。”（《藏书·德业儒臣后论》）“无私则无心”、自私是“自然之理”；“趋利避害，人人同心”，即便是英雄、圣人也不例外。“财之与势，固英雄之所必资，而圣人之所必用也，何可言无也？吾故曰虽大圣人不能无势利之心，则知势利之心，亦吾人禀赋之自然也。”（《李氏文集·古道录》）因此，李贽认为只讲正义，不讲功利的所谓“正其义不谋其利，明其道不计其功”的学说本身就是矛盾的。他认为不论是在理论上，还是在实践上，义与利都应该是统一的。如果无利，也就不必讲正义，讲正义的目的也还是为了可以得到利，这是一种公开宣传功利主义的观点。李贽尖锐地抨击封建阶级伪善者而提出的“功利主义”的思想，及“无私则无心”的私产合理观点，成为以后反对唯心主义哲学家空谈心性，主张经世致用、讲求实利的进步思想家，如顾炎武、顾元等人思想的先导。进而，李贽认为这种功利主义的价值取向是人们进行各种社会活动的动力和发挥个人才能，实现自我价值的根本基础。他说：“如服田者，私有秋之获，而后治田必力；居家者私积仓之获，而后治家必力；为学者私进取之获，而后举业治也必力。”（《藏书》卷二十四德业如臣后论）在此基础上，李贽十分重视个体价值的实现，他一生都在为这一目标而奋斗。他认为这种价值不依赖于任何权威而存在，要承认人的个体价值，首先就要承认个人的独立人格。
7.朴素辩证法思想
李贽的世界观，从总体上说属于形而上学范畴。但在他的哲学体系中也迸发出不少朴素辩证法思想的亮点。
李贽留心观察事物，善于发现问题，产生了事物内部有矛盾对立的观念。他在《续焚书·与陶石篑》一文中说：“善与恶相对，犹阴与阳对，刚与柔对，男与女对，盖有两则有对。”这讲的是关于对立统一，事物内部的矛盾性。这与他反对“二生于一”“理生气”，主张阴阳二气变化产生宇宙万物的观点是一致的。“有两则有对”的思想，在《焚书·夫妇篇总论》中也有表现，如他讲“天与地对”“乾与坤对”“夫与妇对”等。
此外，他还有事物内部的矛盾对立是可以互相转化的思想，认为曲直、新旧、治乱、坚强与柔弱、多与少这些对立面是可以相互转化的，如在《解老》中说：“若不曲，则不能全矣。引绳而直之，故以绳为直而不知其枉也。苟非枉，安能直哉？海洼也，而常盈，日月旧也而常新。饮酒食肉，少也而以饱以适，若务多不已，则吐秽随而反伤矣，是惑也。”（见焦竑丽《老子翼》卷二）
李贽关于事物内部的矛盾及其转化思想也表现在其社会历史观方面。在他看来，社会历史是在“一文一质、一治一乱”的矛盾中不断前进的。“乱之终而治之始”，“治之极而乱之兆也”（《藏书·藏书世纪感论》）。正是这种治乱的矛盾斗争推动了社会历史的发展。既然社会中治与乱的矛盾及其转化推动历史发展，人们在治理国家、处理政务时就当“不蹈故袭，不践往迹”（《焚书·与耿司寇告别》）。所以他在谈到道德时说：“……日新而无敝，今日新也，明日新也，后日又新也。同时此心之故物，而新新不已，所谓日月虽旧，而千古常新者是矣。日月且然，而况于德性哉？”（《李氏文集·明灯道古录》）“日新而无敝”“新新不已”，无疑是对当时的保守观念的巨大冲击。
8.李贽思想的学术地位和影响
思想史上的异端都具有反潮流的意义。同时换个角度来说，它还具有另外一个含义，即开启先河，是一种新思潮涌动和奔涌的预示。从学术思潮嬗变的历史进程来看，有价值的异端思想大都具有某种时代航标的作用和意义，它是一个新的思想主题、新的学术时代到来的标志。李贽思想的影响也是巨大而又深远的，犹如漫漫黑夜中的闪电雷鸣，划破天际，响彻太空，在中国封建社会晚期的思想界引起强烈的震撼，给中国思想文化的发展带来了深远的影响，产生了划时代的意义，从而为中国向近代历史的迈进做了舆论上的准备。
从整个宋明理学演变的逻辑进程来看，李贽的思想是一个路标，它标志着一个旧的理学时代的结束，预示着一个新的理学时代的到来。理学的思想体系是按照“理”本体论到“心”本体论的逻辑进程而发展着的，而到了李贽那里，他所提出的一整套思想理论，特别是他的心学思想则从各个方面赋予传统以全新的内容与含义，其中所表现出来的启蒙精神，则奠定了他在明清早期启蒙思潮中的鼻祖地位。李贽在思想上，既非阳明心学的“嫡派子孙”，亦非纯粹的唯物主义的气本体论，从理学演变的历史过程来看，他的思想正身跨心学与气学两端，标志着心本体论的理学主题的终结和气本体论的理学时代的到来。著名学者蔡尚思曾经特别指出：“陆求可似把宋学、王阳明、李卓吾分为三个阶段，而说到了李贽“世道于此一变”，倒合事实，这就是李贽在理学史上的崇高地位”。这是很精辟的见解，对于我们准确地把握李贽在理学发展史上的学术地位最具有启发意义。
从整个宋、元、明、清学术思潮的嬗变来看，李贽的思想标志着理学正在向着一种新的学术思潮转化，而这种新思潮就是后来独立兴起的实学思潮。宋明理学和明清实学是既互为联系又互为区别的两大学术思潮，这两大学术思潮都是明清时期中国思想界发展的主流思想。而李贽的思想则正是实学思潮开始独立发展的明显标志。实学思潮的主要内容有三个方面的含义：一是社会批判意识和启蒙精神；二是崇实黜虚、经世致用的思想；三是重视科学的精神。这三方面的思想到李贽时期才开始明确起来。李贽在这三个方面表现出一种明显的超越前人而开启后代的学术转换意义。实学意义上的社会批判，除了对社会黑暗现象进行揭露之外，还必须或多或少、自觉或不自觉地含有对封建意识形态和思想体系的批判。这种批判正是李贽鲜明地提出来的。他的批判锋芒已经超越前人的一般政治劝谏，而直接指向三纲五常的封建道德。李贽的这种超越前代并高于同时代其他激进思想家的社会批判意识，正是明清实学思潮中的社会批判意识开始独立发展的一个鲜明标志。同时他的思想并没有仅仅停留在认识的层面上，而是已经包含有若干有关君臣平等、功利思想、妇女问题、商人地位和科举问题等一系列以改造社会现实为目的的启蒙思想。在明代有影响的思想家之中，第一个把学术精力由治经而转向其他更为广博的学术领域的人正是李贽。在李贽之前，还没有哪一个思想家能够在如此众多的学术领域内具有这样大的收获和影响。李贽对于外国的科学技术也是抱着一种较为健全、开放的心态，他对于利玛窦的态度出乎常人的意料，因为他是以理解、沟通的目光来审视那个陌生的世界的。在李贽死去之后，作为明清之际实学思潮日益高涨的一个重要标志，就是中国对于自然科学研究的活跃和科学精神的兴起，而李贽对于外来文化的态度则正是具有某种时代指向的标志。