1928年，周恩来最早提出了思想建党的问题，而后处理了中共顺直省委、江苏省委、红四军中的组织问题，纠正了李立三“左”倾错误，这些都是当时有关中国共产党的存亡和革命发展的关键问题。
其中对李立三的“左”倾错误，共产国际在7月时认为：“是在策略上、组织上、工作上都犯了部分的错误”，中共中央的“政治路线是正确的”，“是在国际路线之下工作的”。周恩来、瞿秋白就是本着这一精神，回国来纠正错误的。可是，正当局面已经扭转，工作走向顺利的时候，共产国际看了李立三8月1日、3日在政治局的讲话记录，十分恼怒，于是把李立三的错误性质升级，说它是“半托洛茨基主义盲动主义的路线”。共产国际在10月发出了给中共中央的指示信，说是“在中国革命最重要的时机，曾经有两个在原则上根本不同的政治路线彼此对立着”，“这就是立三同志的路线，这就是反国际的政治路线”。
这样，六届三中全会就被放到了调和主义的地位，周恩来、瞿秋白遭到了责难，正确变成了错误。在中共中央受到巨大压力的时候，王明这个投机分子、野心家先于中共中央知道了共产国际的精神，写了《两条路线底斗争》的小册子，形成宗派来反对中央，使党内十分紊乱，在白色恐怖环境中处于极危险的境地。毛泽东后来说：当时是共产国际东方部领导人同王明合作，批评中国较正确的两位领导同志，说他们是对立三冒险派的调和主义，硬把这两个人的威信压下去。
情况就是这样，他们要把王明等人扶上台，使中共中央置于共产国际的绝对控制之下。为了改组中国共产党的领导，共产国际主席团委员曼努意斯基提出召开中共六届四中全会，并派米夫来华直接插手中国共产党的内部事务。
周恩来、瞿秋白开始时曾进行申辩，说明三中全会是按共产国际的精神召开的。后来看到情况已发展到中央破产、党内分裂的痛心局面，他们从照顾大局，相忍为党出发，就不再辩解，接受国际决定，表示自己既已错误，应退出政治局，辞去中央职务，希望过去曾反对过立三错误的各方面的人团结一起，来执行国际路线。由于中共中央的工作离不开周恩来，他在党内的威信使他们不便抛开周恩来，他的辞职未获允准。周恩来服从组织决定，继续工作下去。处于万分痛苦中的周恩来，从大局出发，忍辱负重，维护了党的统一和生存。
1931年12月上旬，周恩来离开上海，坐船经广东省的汕头、大埔，转到福建永定继续航行，于下旬到达江西中央革命根据地。
这时，王明已经先周恩来于10月间离开上海去了莫斯科。行前，王明曾经对周恩来说，到中央苏区后，毛泽东只管政府的工作。周恩来离上海前，中共临时中央负责人博古又对周恩来说，到中央苏区后，周恩来是苏区中央局书记，毛泽东管政府，朱德管军事。这都是说，不要毛泽东管军事。周恩来到达中央苏区后，纠正了当时苏区存在的肃反扩大化的错误。在军事方面，1932年1月9日，中共临时中央发出了《中央关于争取革命在一省与数省首先胜利的决议》，提出中央苏区要“占取南昌、抚州、吉安等中心城市”。毛泽东找周恩来谈了在苏区打寨子的必要，而不应打大城市，周恩来听取了毛泽东的意见。
周恩来到中央苏区后没有按照中共临时中央的意图办事，使临时中央感到十分不满。对此，周恩来不得不做出检讨，而在军事行动上仍听取毛泽东的意见。
周恩来和朱德继续领导红一方面军在前方作战。1932年年底，国民党军组织对中央苏区和红一方面军的第四次大规模“围剿”。红军采取集中兵力，击敌中路的方针，经过黄陂、草台冈两战，歼灭蒋介石嫡系部队近3个师，俘敌1万余人，胜利地打破了“围剿”，并且创造了红军战争史上前所未有的以大兵团伏击歼敌的光辉范例。但第五次反“围剿”中“左”倾错误造成的结果，使革命根据地丧失，红军不得不进行长征。
1935年1月，中共中央政治局在遵义召开扩大会议。会议清算了王明“左”倾路线在第五次反“围剿”和突围西征中军事指挥上的错误。会上，周恩来和与会的绝大多数人都同意毛泽东的正确主张，会议明确了红军战略战术上的是非，指出博古、李德在军事指挥上的错误，决定增选毛泽东为中共中央政治局常委，军事上由朱德、周恩来指挥，而恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者。会后，中央常委会，决定毛泽东为周恩来军事指挥工作上的帮助者。
遵义会议实际上确立了毛泽东在红军和中共中央的领导地位。遵义会议后，红军四渡赤水。在渡乌江前，中共中央决定以周恩来、毛泽东、王稼祥成立三人团，指挥军事。接着，红军南渡乌江，又巧渡金沙江，终于摆脱了几十万敌军的围追堵截，取得了战略转移的决定性胜利，并为长征的胜利奠定了基础。从此，周恩来长期担任军委副主席，并和军委主席毛泽东数十年间在军事上进行了亲密合作。
1935年12月中共中央在瓦窑堡召开了政治局会议后，周恩来兼任中共中央东北军工作委员会书记。这时起，国共双方已经陆续有一些接触和谈判，周恩来指导了这项工作。后来，国民党同共产党发展到第二次合作，周恩来受中共中央委派，常驻国民党统治区从事这方面的工作和党的领导工作。这样，从1936年到1946年，同国民党代表协商谈判，就成为周恩来的主要工作。国外称他是一个伟大的谈判家。
1946年4月，周恩来在一个茶会上说过：“差不多十年了，我一直为团结商谈而奔走渝、延之间。谈判耗去了我现有生命的五分之一，我已经谈老了！……民主事业的进程是多么艰难啊！”
从他的内心说，在炮火连天的民族革命战争中，他是情愿到前方抗日的。但是，党和革命事业需要他在后方，而且是在国民党地区，去从事艰难的前所未有的谈判工作。他服从组织的调派，在白色恐怖下进行了艰苦卓绝的斗争，在新的战线上取得了辉煌的成绩。
十年谈判生涯，可以从1936年4月9日晚同张学良的会谈说起。
4月9日下午，张学良在王以哲、刘鼎等陪同下从洛川飞抵肤施（延安）。他们来到天主教堂，在暮色苍茫中等候着。马蹄声里，周恩来和李克农到达了。会谈进行了一晚上，周恩来高屋建瓴、深刻透辟的发言和周到恰切、解决实际问题的分析，使张学良感到解决了很多思想认识上的问题。张学良的爱国热忱及在联共抗日问题上的主张和积极态度，也使周恩来感到欣慰。张学良完全同意共产党提出的停止内战、一致抗日的主张，同意组织国防政府和抗日联军，愿意参与酝酿这事。对于蒋介石，张学良认为蒋介石现在是在歧路上，有可能争取其抗战，要他目前反蒋还做不到，但是蒋介石如果投降日本，他会离开蒋介石。周恩来表示，关于联蒋抗日的政策，中共中央已有考虑，愿意把张学良的意见带回去慎重研究。
张学良得到周恩来同志这样明朗、切实的表示，就好像一块石头落了地。几个月来思想上不能解决的问题一下解决了，顿时非常高兴，并说：“你们在外边逼，我们在里边劝，我们对蒋介石来个内外夹攻，一定可以把他扭转过来。”这次会谈，为中国共产党同张学良、杨虎城的合作打下了基础。
同年12月12日，西安事变发生了。事变发生后，张学良立刻致电当时在保安的中共中央，希望听取中国共产党的意见。当晚，毛泽东、周恩来电复张学良，表示“恩来拟来西安与兄协商尔后大计”。
12月15日，周恩来偕罗瑞卿等人启程，17日到达西安，傍晚就同张学良会谈。会谈中，周恩来的态度是：要保证蒋介石的安全，可以声明如果南京挑起内战，则蒋介石的安全无保障。双方商定了同宋子文的谈判条件。6日，他电告中共中央说：南京亲日派的目的在造成内战，不在救蒋；蒋介石的态度开始时强硬，现在也转取调和以求恢复自由。接到周恩来的电报后，中共中央发出致国民党中央电，指出“武力的讨伐，适足以杜塞双方和解的余地”，呼吁停止内战，一致抗日。19日，中共中央召开政治局会议后发表通电，提出和平解决西安事变，团结全国，一致抗日。周恩来同张学良、杨虎城一起，迫使蒋介石接受了“停止内战，一致抗日”的主张；事变中，蒋介石的诺言是：“决不打内战了，我一定要抗日”。促使团结抗日的局面在中国出现。
西安事变的和平解决成了时局转换的枢纽：在新形势下的国内的合作形成了，全国的抗日战争发动了。为了促成抗日民族统一战线，周恩来一到杭州，二上庐山，同蒋介石直接谈判。以国共两党合作为基础的抗日民族统一战线正式成立后，周恩来代表中国共产党在国民党地区做统一战线工作，努力团结各方面主张抗日救国的力量，并先后领导过中共长江局、南方局的工作。他坚持国共合作，反对投降、分裂、倒退，团结民主党派、进步知识分子、爱国人士和国际友好人士，为制止反共逆流，克服对日投降的危险，做了大量的工作。
蒋介石在抗战初期曾有过借日军之手消灭开往前线的八路军的打算，但未能实现。1938年，他主要想从组织上熔化共产党，想把共产党并入国民党成为其中的一个派，但也没有得逞。在1938年以前，总的说蒋介石抗战还是比较积极的，周恩来往往耐心地就国共合作问题解释中共方面的态度，注重于推动蒋走向进步。1939年以后，蒋介石的重心转向了反共。从这时起直到抗战胜利，他的反共倾向总的说是逐渐增加的。从1939年1月国民党五届五中全会开始到1942年以前，他采取了军事上削弱以致消灭共产党的策略。1940年策划把八路军、新四军赶到黄河以北。这期间，周恩来对蒋介石抗战这一点，还是鼓励的，但同时批评蒋介石“熔共”、“剿共”等行为是在破坏抗战。1941年国民党采取军事“剿共”行动，发动皖南事变，周恩来进行了坚决的斗争，他的著名题诗：“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急？”已经成为这一事件的重要历史见证。但是在这一年的反共转入低潮后，周恩来立即努力争取改善国共两党关系，后来就恢复了对话。1942年和1943年，蒋介石看到从军事上采取反共高潮不能达到目的，反而引起国际国内一片反对，因而改用政治解决的策略。他两次提出要对共产党采取政治解决办法，甚至提出想同毛泽东直接会晤。
为了维护团结抗战的大局，周恩来不放过任何一个有可能改善国共关系的契机，对于蒋介石任何一种类似化干戈为玉帛的和好表示，都采取积极的反应。
在这场复杂、艰巨的斗争中，周恩来重视一切积极的力量，努力团结一切可以团结的人。这时，他已提出“求同存异”的主张。他说：“干革命，人越多越好，为了团结更多的人，思想上可以‘求同存异’。”民主党派、无党派人士、知识分子、民族资本家、国民党地方势力以及国民党内有矛盾的各派力量，都是他争取的对象。
另一方面，周恩来把“与各地方军队联系”列为统一战线的原则之一。对地方实力派和国民党内嫡系如张治中等也做了大量工作，团结他们坚决抗战。这也为后来解放战争时期争取他们起义或合作打下了基础。
在这段时间内，周恩来同许多国家驻华使馆的官员和一些援华组织成员广泛地建立联系，同他们交朋友。他同美国驻华使馆的官员谢伟思、戴维斯、文森特等常有往来，会见过美国总统罗斯福的代表居里、威尔基、拉铁摩尔，同苏联驻华大使潘友新、武官崔可夫经常交换对时局的看法，同国际友好人士斯特朗、史沫特莱、王安娜、艾黎、爱泼斯坦等过从甚多，同美国著名作家海明威、学者费正清和加拿大朋友文幼章等也有交往，并且接待了许多外国记者。通过这许多活动，大大扩大了中国共产党在国际上的影响，为中国共产党同国外接触和走向世界打开了局面，周恩来给他们留下了深刻的、良好的印象。费正清写道：“周恩来的魅力在初次见面时就打动了我”，“他的智慧和敏锐的感觉是罕见的，然而他却致力于集体主义的事业。”谢伟思说：“周是非常熟练的、敏感的、感觉力强的、明智的人”，“认识周的人都承认他是一个很坚强的人，正直的人，诚实的人，有原则性的人”。很多外国人士正是通过周恩来而认识了中国共产党的正确、正直和代表着中国的光明前途。
国共合作共同抗日，取得了打败日本帝国主义的胜利，双方力量的对比也随之发生了变化。而中国共产党力图避免内战，试图经过和平的道路来建设一个新中国。1945年8月25日，中共中央发表对“目前时局”的宣言，认为：“在全中国与全世界，一个新的时期，和平建设的时期，已经来临了！”决定今后“必须坚持和平、民主、团结”。
8月28日，毛泽东、周恩来、王若飞飞抵重庆，同国民党蒋介石进行和平谈判。谈判是艰难曲折的，但总算形成了一个《政府与中共代表会谈纪要》。10月10日下午，中共代表周恩来、王若飞和国民党代表王世杰、张治中、邵力子在重庆曾家岩举行签字仪式。12日，这个《纪要》由国共双方予以公布，这是一个具有历史意义的文献。国民党表面上不得不同意中国共产党提出的和平建国的基本方针，不得不承认要以和平、民主、团结、统一为基础，长期合作，避免内战。然而，签字的墨迹未干，蒋介石却发动了内战。
11月19日，周恩来率中共代表团返回延安，结束了10年谈判生涯。21日，毛泽东、刘少奇、周恩来3人开会。会议肯定了周恩来谈判的成就，认为和平虽不可能实现，但是为了教育人民，谈判是必须的。谈判整个说来是成功的，证明了同国民党蒋介石妥协的不可能，达到了教育人民的目的。党的统一战线是宽广的，敌人是孤立的。这次会议确定了“打”的方针，要孤立蒋介石，进而做到打倒蒋介石。
周恩来回到延安后，作为中共中央军事委员会副主席，1947年又兼任代总参谋长，协助毛泽东擘划和指挥了全国的解放战争，取得了举世震惊的利。毛泽东在1950年2月27日曾经回顾说：“胡宗南部进攻延安以后，在陕北，我和周恩来、任弼时同志在两个窑洞里指挥了全国的解放战争”。
1949年10月1日下午，在中央人民政府委员会举行的第一次会议上，周恩来被任命为新中国的第一任政府首脑——中央人民政府政务院总理。从此开始了他27年国家总理的辛勤劳苦的历程。
青年时代的周恩来，曾经在他的诗篇中写道：
没有耕耘，
哪来收获？
举起那黑铁的锄儿，
开辟那未耕耘的土地；
种子撒在人间；
血儿滴在地上。