制造酵素的过程中最核心的一点，是选择优质的材料。
制造酵素发酵液最好选择无污染的蔬菜、水果、野菜等。但是，对于生活在城市中的人而言，寻找这种材料本身就不是一件简单的事情。最好是去专业的农场或种植园购买新鲜采摘的有机农作物，如果不具备这样的条件，至少也要挑选超市中标明为有机绿色蔬菜的食材，优质的材料是制作优质酵素的第一步。
主要材料准备好之后，首先就要把它清洗干净，清洗完毕之后要最大限度地清除表面的水分。
如果一开始没有清洗干净，或者是没有彻底清除表面的水分的话，日后必然会出现一系列的问题，发酵液的口感和香气也会出现变化。所以千万不要忽略清洗和烘干的过程！
首先要用清水冲洗两三次，然后在干净的水中浸泡10 分钟，最后再彻底清洗干净。只有浸泡后再清洗，才能把表面的灰尘和泥土以及异物洗干净。如果是连根的蔬菜，要在水中浸泡更长时间，才能把沙子、泥土等异物洗干净。
有时候也会出现食材采集后过了几天才用来制作酵素的情况，比如在超市中购买的食材，通常已经采摘了一段时间，在这种情况下就要提前浸泡30 分钟左右，然后再清洗。这样做也是为了让材料能够重新吸收一些水分。只有材料的水分非常充足，才能很好地进行发酵，发酵液的量也会多一些。
为了清除表面残留的农药，有的人会利用盐或者是食用醋进行清洗。这在日后材料发酵的过程中，会成为发霉的原因，也会成为酵素液钠含量增加的原因。所以，不要使用食用醋、盐或者是清洗剂，只用干净的清水多清洗几次。
把清洗干净的材料放入筐子里，晾干表面的水分。但是绝对不可以采用加热烘干的方法。因为酵素不耐热，一旦受热就很容易被破坏。
当材料表面的水分干了之后，为了能够方便装入容器当中，最好是切成适当的大小。叶子或者茎梗等切成2 ～ 3 厘米长，水果也按照2 ～ 3 厘米的大小切。这样一来，材料和白砂糖接触的面积会更大，更有利于材料进行发酵。