孙恩果然满腹狐疑，是不是有伏兵啊，这么从容，不敢逼近。刘裕突然大喊一声，指挥军队往回杀，起义军恐惧异常，掉头撤退，就这样，刘裕安全带着部队返回。安全是安全了，刘裕所部死伤众多，损失惨重，一时无力再与义军对抗。
刘裕沿海击败孙恩收获不浅，不仅声威大增，而且获得浙东诸郡当地士族和庶族贵族赞誉和支持。有人会问，不是说孙恩的主力是浙东的庶族贵族吗？那只是一部分，还有一部分庶族贵族支持朝廷。北府军的军饷因为各地战乱，不是很足，各级将领们借着平息孙恩之乱，大肆劫掠当地财富。军队如果不讲军纪，和强盗没什么区别。只有刘裕的军民关系处理得非常好，严禁军队劫掠。军民鱼水情和仗打得好也有关系，你获胜，地方豪强和平民指望你，捐钱捐物多。
刘裕是有心机的人，他没有嫡亲势力，没有属于自己的士兵，没有土地，没有财富，也养不起士兵。朝廷用你，你是一个将军，不用你，你狗屁不是。所以，刘裕设法和地方势力搞好关系。比如，刘裕和会稽庶族地主山阴令孔靖交情不浅。史载“高祖（刘裕）东讨孙恩，屡至会稽，季恭（孔靖的字）曲意礼接，赡给甚厚。”
包括对海盐令鲍陋，明知他的儿子担不起前锋重任，会连累自己吃败仗，还是做出让步，一切都是为了得到地方豪强的支持。后来桓玄称帝，刘裕准备起兵时，好友何无忌曾劝他在会稽起兵，原因就是刘裕在会稽有群众基础。
后话不提。孙恩摆脱刘裕羁绊后，北上攻破沪渎垒，斩杀守将袁山松，歼灭晋军四千余人，取得自山阴之战以来又一重大胜利。乘此余威，孙恩尽起主力大军，率军十余万，楼船千余艘，从沪渎逆江而上，直逼建康。
朝廷震骇，内外戒严。将领们率兵守卫石头城、秦淮河入江口以及长江南岸和白石等要塞，急令刘牢之自山阴火速回兵堵截孙恩。刘牢之所部远在山阴，大军行动迟缓。刘牢之下令刘裕集合左近精锐部队赶往京都。刘裕挑选一千多精兵，从海盐日夜兼程，一路急行军与孙恩的部队几乎同时赶到丹徒。
刘裕兵少，涉远疲劳，原丹徒守军也没有斗志。孙恩大军登岸，鼓噪而前，占领城西的蒜山。面对十万敌军，刘裕不顾长途跋涉，乘孙恩立足未稳发起突袭。孙恩根本没有料到晋军敢于决战，毫无准备。刘裕大破之，义军投崖赴水者不计其数。孙恩狼狈逃回船上，还是惯用的招数，撇开刘裕不顾，继续率船队向京师进军。
打掉你的都城，摧毁你的大本营，看你还有什么招！孙恩擅长水战，途中接连打败东晋水军，向建康挺进。相王司马道子惶惶不安，拿出他在淝水大战中的绝招，不分日夜待在蒋侯庙祷告神灵保佑。
不要笑话相王，人家这是借东风。
是日，东风乍起，风急浪高。东南风带来大雨，江天万里苍茫。
孙恩很后悔小学时没好好学习自然课，怎么不知道这几天有九级东南风呢。原打算乘东晋兵力分散，各地官军未能及时增援京师时，攻其不备，以海军迅速占领建康。不料因逆水逆风而行，高大楼船舰队前进迟缓，从丹徒至白石短短十几里地花费了好几天的时间。
这时，各地勤王的晋军陆续抵达建康。刘牢之的北府兵驻扎在江中的新洲。出奇制胜的战略目标已难实现，孙恩率船队浮海北上攻陷广陵（今江苏扬州市），消灭官军三千人，然后再向北来到郁洲。
海上有仙山，山在缥缈间。郁洲在今江苏连云港东云台山一带，古时是海中大岛屿。孙恩天师本是五斗米道正宗水仙，这下正好回到神仙老家。
纵是大罗神仙，刘寄奴也不会放过。
东晋朝廷渡过一难，发现人才，加封屡战屡胜的刘裕为建武将军、下邳太守，率军赴郁洲讨伐。有了单独指挥作战的实权，刘裕的军事才干充分展示出来，数战数捷。孙恩难以在郁洲立足，再次登船沿海南下。刘裕步骑沿海跟踪南下，在沪渎、海盐地区追上孙恩，大败起义军，俘斩几万人。孙恩无力扭转败局，登船自浃口退守舟山群岛，从此一蹶不振。
东晋朝廷忙于应对孙恩起义，而桓玄却打败殷仲堪和杨佺期，独霸荆州，控制荆、江等八州之地，东晋半壁江山为桓玄所有。
梁王安在哉
桓玄兵势强盛，野心膨胀，截断长江通往京都的漕送，厉兵训卒，操练兵马。当他听说孙恩大军逼近建康，马上集结军队，上表朝廷，请求发兵勤王。司马元显如何敢让他进入京城，那不是放董卓入洛阳，引狼入室吗？下诏严禁桓玄出兵，双方剑拔弩张的局面异常紧张，一场大战不可避免地爆发了。
东晋连年战乱，王恭、殷仲堪、桓玄、孙恩先后起兵，战火燃烧着整个江南大地，人民生活苦不堪言。别说老百姓，当官的也不能幸免，自司徒以下的官员，也实行基本生活保障制度，每天只能领七升粮食。
国事如此艰难，把握朝权的司马元显却沉浸在平定王恭和孙恩的胜利喜悦中。他与父亲司马道子同录尚书事，名义上共掌大权，时人称司马道子为东录，司马元显为西录。
司马元显对高门士族的排斥心态，使府中聚集许多庶族人物，阿谀奸佞的小人们将司马元显吹捧为一时英杰、风流名士。司马元显日益骄侈，不顾百姓死活，不停搜刮民财、聚敛钱物，富有程度竟然超过帝室。
朝廷离心离德，百姓怨声载道。大名士桓玄致信司马道子，摆出一副忧国忧民的模样，痛斥时弊，义愤填膺，将锋芒直接指向当政的司马元显。
信中讥讽司马元显冒领大功，孙恩撤军纯是天气帮忙，属自愿退兵。执政大臣冤杀王恭，重用奸邪，这才导致天下窘迫。桓玄厚着脸皮，毫不谦虚地指出自己深孚众望，声名远播，是国家的心腹栋梁。除了我桓玄没有人能够治理天下。
桓玄的信如同讨伐司马元显的檄文，让司马元显大为紧张，恐惧不已。面对桓玄流露出进入朝廷主政的野心，谋士张法顺劝他先声夺人，出兵讨伐桓玄。
司马元显表示同意，派他去联络刘牢之。刘牢之觉得征讨桓玄有些困难。
张法顺从京口回来，急忙对元显说：“我观刘牢之言谈举止，必有二心，不如召入朝廷杀掉，不然，坏我们大事。”司马元显正指望北府军帮忙，怎么肯杀刘牢之，下令大治水军，征兵装舰。
喜欢迁罪于人成不了大事。司马元显不杀刘牢之，结果被刘牢之出卖，身死家灭，临死的时候埋怨道：“张法顺误我啊！”人家张法顺让你杀刘牢之，怎么不听，失败后怨天尤人有什么用处！害得人家跟你一块被杀，是你误了人家，还说人家误了你，这种老板，哪一个员工肯跟呢？
司马元显自任征讨大都督，以镇北将军刘牢之为前锋，谯王司马尚之为后部，进攻荆州。出兵前，张法顺出馊主意，让司马元显下令刘牢之诛杀建康城中的桓氏兄弟，一来宣示与桓家势不两立，二来考察刘牢之的忠心，把刘牢之死死绑在自己的战车上。司马元显再三不听，反而委任桓氏家族的桓谦为荆州刺史，打算用这种方法收买荆州人心。
朝廷出兵的消息传到荆州，桓玄大吃一惊。原以为朝廷经过孙恩之乱，地方饥馑，漕运不继，自己截断长江通道，江东没有粮食，连军队也只能用麸皮和橡树果实做口粮。万不曾想到能来讨伐，慌乱中下令军队集结江陵城固守。
长史卞范之笑道：“明公英威震远近，司马元显乳臭小儿，刘牢之大失民心，若我大军兵临京畿，敌人土崩之势可翘足而待，怎么能让他们进入我们境内呢！”桓玄猛地醒悟过来，没有示弱的必要啊！立刻向朝廷上表，传檄天下，揭露司马元显的罪状，举兵东下。
司马元显见檄大惧，登上战船不敢出发。两军交战首先要在气势上压倒敌人，断断不能示弱。你害怕，敌人可能比你更害怕。谁能稳住谁就能胜。司马元显的成功在于有年轻人的锐气，他的失败也缘于丧失锐气，未战已败。
桓玄出兵，心中忐忑不安，毕竟名不正言不顺，害怕这次大规模军事行动不成功。真正打起会战来，一战定输赢，连翻本的机会都没有，心里老想着回荆州守城去。水师开过浔阳，朝廷军队一个影子也没看到。桓玄得意扬扬，将士们的精气神都有了。
朝廷使者前来讲和，桓玄下令斩首，兵围历阳，与谯王司马尚之的军队展开激战。此时北府军已进至溧洲（今南京西南长江中），刘裕请命出战，刘牢之没有同意。司马尚之战败被俘，历阳失陷。
刘牢之拒绝刘裕出战，心中有自己的小九九。儿子刘敬宣劝他决战，刘牢之竟然勃然大怒：“我难道不知道这个道理！消灭桓玄易如反掌。但是，扫平桓玄之后，你让我如何对付骠骑大将军司马元显？”刘牢之对儿子发怒，说明心情极其烦躁，他是东晋王朝为数不多由庶族出身的武将成为方面大员的。
晋书评价此人“沉毅多计画”，心有所本。
东晋崇尚门阀、名士，将军必须是儒将，以至于像桓温这样的英雄人物竟以比不上刘琨为恨事。刘琨有什么才干？军事武功一塌糊涂，有负天下所重。
不过他志向远大，诗咏曲赋超过常人而已。刘琨是文化高门，有文化的门阀士族。桓温呢？借用谢弈、王述的话讲，一个“大兵”！出自高门的桓温尚且如此，何况刘牢之。
东晋朝野对刘牢之的排斥让他唯知握紧北府军权，不知其他。在东征孙恩过程中纵兵抢掠，给士庶百姓留下很坏的印象。司马元显任命刘牢之为前锋，委以重任，并不是真心重视他，不过利用而已。刘牢之从京口来到建康求见，竟然吃了闭门羹，司马元显那天刚喝醉酒。
手下的副帅，自己最倚重的一支军队的主将来拜见，怎么能这样对待？大军主帅和将领大战之前竟然没有交流。直到白痴皇帝出来为司马元显饯行，刘牢之才与他匆匆相遇。刘牢之为司马元显父子出卖王恭，但司马元显的表现令他寒心，唯恐灭掉桓玄后被彻底抛弃。
桓玄看透刘牢之的心理，派人来劝降：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，有谁呢？越之文种，秦之白起，汉之韩信，他们的下场如何？您现在无论战胜、战败，终难逃一死，何如翻然改图，可以长保富贵。况且桓玄与您本无宿怨！”
花言巧语最能迷惑人心。不顾刘裕等人的苦劝，刘牢之派儿子到荆州军投降。为安抚刘牢之的心，桓玄设宴款待刘敬宣，陈列名人字画，陪同观看欣赏。荆州佐吏莫不相视而笑，刘敬宣是老实人，竟毫无察觉。
北府军投降，桓玄水师大举东进，攻入石头城，建康最后一道防线告破。
军士登上桓玄的坐舰，报告说石头城守将梁王司马珍之逃走。
大局已定，舟舰之上笳鼓并作，乐声悠扬。桓玄负手站立船头，眼望滚滚大江之上的连帆战船，得意非常，高声朗诵阮籍《咏怀》诗中的佳句：“箫管有遗音，梁王安在哉！”