在抓紧掠夺权力的同时，奥博特也对调查阿明的司法调查组的工作做了周密的安排。他先是让这个调查组做了很多没有效率的调查，听取很多没有用的证词，然后，在工作进行到关键时刻的时候，调查组的工作由公开转入地下，理由是很多重要证人的证词涉及国家机密，这样就使得很多知情者被排除在取证的范围之外。而且，每当有人试图透露实情的时候，很快就会收到警告或直接被逮捕。
4月15日，国民议会以绝对票数通过废除1962年宪法、取消各王国的联邦地位、采用新宪法的动议，同时宣布奥博特担任乌干达总统一职。
奥博特与穆特萨的权力斗争开始白热化。国王穆特萨依仗首府坎帕拉和恩德培机场都在自己的控制下，要求中央政府在10天内迁出坎帕拉。穆特萨国王开始向臣民发放武器，他们破坏了通往首都的道路并设置路障，还切断了通往金贾和内罗毕的通讯，警察局也遭到袭击。
5月24日，奥博特下令对穆特萨进行武装进攻。清晨，战斗打响，第一次进攻遭到了120名国王警卫队士兵的顽强抵抗，以失败告终。
此时的阿明内心十分矛盾，他已经失去了在“茅茅运动”中勇往直前、不畏死亡的勇气。他不想在战火纷飞中丧命，但又不想失去这个绝佳的表现机会。经过长时间激烈的思想斗争，他对权力的渴望最终战胜了对死亡的恐惧。阿明率领上千名乌干达士兵向王宫进发，开始第二次进攻。
在阿明的带领下，乌干达正规军一举击溃了国王卫队，阿明乘机占领了门戈山王宫。混战中，穆特萨从后花园翻墙逃走，步行到刚果，经布隆迪、布鲁塞尔抵达英国伦敦，开始了流亡生活。
门戈山之役第二天，《乌干达公报》报道，阿明上校率领军队平定了叛乱，在这场战斗中有数十名乌干达士兵壮烈牺牲。而实际上，死亡人数有几百人，其中很多都是门戈山周围的无辜百姓。事后，阿明不得不用好几天的时间将死者的尸体用卡车运到尼罗河禁区以外的地段扔进河里喂鳄鱼。
阿明从这次政变中受益匪浅，最让他高兴的就是一直踩在自己头顶上的奥波洛托被扔进了监狱，自己终于掌握了乌干达的全部武装力量。
因此，他开始兴致勃勃地扩充和训练军队。这时，阿明并没有想到自己有朝一日能成为国家的主宰，而只是十分感激奥博特和叔叔在刚果问题上对他的保护。他加紧努力工作，试图以此来证明自己的能力，同时报答他们的恩典。
作为奥博特而言，他之所以能在军事政变中取得成功，除了自己的老谋深算外，主要归功于阿明和他的部队。从这个角度说，奥博特又十分感激阿明，因此对他大加褒奖。
然而，奥博特和阿明谁都没有预料到，就在不久的将来，他们之间将上演一场类似门戈山之役的好戏，展开另一场争夺权力的对抗。
五“意外”的政变
1966年4月15日，奥博特宣誓就任乌干达总统。按照新宪法的规定，他几乎拥有了无限的权力。但是谁都知道，没有阿明的军队，奥博特的政权一天都维持不下去。奥博特对此心知肚明，所以他让阿明扩充军队、加紧训练，在他看来，阿明所率领的军队实力越强，对自己巩固政权越有利，此时他根本没有想到会养虎为患。
在奥博特的庇护和支持之下，阿明成了仅次于奥博特的军界要人。
有了总统奥博特的支持，阿明的扩军进行得更加顺利。他从故乡的卡夸族人中招募军人，甚至从南部苏丹招募雇佣军，建立了一支训练有素的军队。此外，他还设立了秘密军营，越级提拔培植个人的附属势力。
随着军事实力的增强，阿明开始肆无忌惮起来。他背着奥博特和以色列军方交往甚密，甚至允许给苏丹反政府武装运送武器的以色列飞机在乌干达加油。以色列也在很多方面支持阿明，以色列驻乌干达军事使团团长巴列夫上校帮助阿明劝降了乌干达警察司令，据说阿明发动政变的时候，有些装甲车都是以色列人驾驶的。
阿明本人嚣张跋扈，他领导的军队风气也好不到哪儿去。军队里的士兵横行霸道，随意掠夺他人财物。有的士兵对本该视如生命的枪毫不在意，有的把枪卖掉换酒喝，有的还把枪出租给平民，定期收取租金。
对枪械管理的松懈导致乌干达枪械泛滥，社会治安越来越差。
奥博特纵容阿明胡作非为一是因为他需要阿明的支持，二是他没有时间管这些事，他正被种族关系和党内纷争困扰着。有史以来，乌干达的种族关系就十分复杂，各部落之间的摩擦争执时有发生，英国人当初将乌干达分为4个王国就是出于种族差别的考虑。奥博特发动政变时推翻的是巴干达族人，而他自己是兰戈族人。在门戈山之役中，阿明对巴干达族人大开杀戒，早就引起了巴干达族人的愤怒。对此，奥博特不以为意，他根本不想和他们和解，干脆命令阿明将军队开进了历代国王的王宫，还让自己的表兄弟率领秘密警察，对试图“造反”的巴干达人肆意屠杀。
1969年穆特萨国王在英国去世后，乌干达很多群众出于对国王的怀念前往历代国王陵墓吊唁时，就遭到了奥博特派去的军队的驱赶。此后，他又强行宣布全国进入紧急状态。这一系列的种族迫害活动，让奥博特的国内支持率骤降，巴干达族人对他恨之入骨，对种族问题处理失当是老谋深算的奥博特的一个重大政治失误。
此外，执政党内部也因权力分配的多寡产生了矛盾。为了使人民大会党内部拧成一股绳，奥博特提出了一个共同的目标——“向左转”。
1968年，奥博特强行在乌干达人民大会党年会上通过若干“社会主义”问题决议，然后又拟定了《平民宪章》。《平民宪章》空谈个人的充分自由、平等和安全，宣布要同贫穷、愚昧、疾病落后、殖民主义、新殖民主义、帝国主义和种族隔离做斗争，发展经济和教育等。实际上，它的核心却是让臣民们支持政府，扩大政府职能，把乌干达变成一党制国家。宪章一经公布，就引起了巨大的反对浪潮。
1969年底，奥博特总统在宣读《平民宪章》的会议现场遭到了枪击。子弹从他的脸部穿过，伤了舌头，从后颈穿出。人们以为奥博特必死无疑，但他却奇迹般地活了下来。在病榻上的奥博特立即宣布全国进入无限期紧急状态，解散人民党以外的所有政党。痊愈以后，他宣布实行社会主义措施，国家接管60%的银行、保险公司、运输公司和铜矿。这些措施使奥博特的统治更加不得人心。
对阿明而言，他和他的军人朋友们对国家向哪儿走似乎并不关心，他们想的是如何让军人家庭的生活水准有所提高。但是，奥博特却对阿明这些军人的呼声充耳不闻，这样就使得阿明感觉自己和自己的军队受到了忽视。而随着各种问题的不断出现，奥博特对阿明放纵下属、疏于管教士兵从而导致社会不安定因素大大增加而感到非常不满。
两人心中的不快，对对方的不满，终于在1970年的夏天爆发了。
阿明指责总统的改革政策过于温和，不过是对以往政策的修修补补，没有任何意义；而奥博特指责阿明管教军队不利，说他不忠诚，破坏了他的政治努力。两人的相互指责持续了几个钟头，双方各不相让，交谈没有丝毫成果。这次争吵没有给阿明带来什么好处，反而加深了奥博特对他的不信任，两人的隔阂由此产生。
奥博特虽然为自己受到阿明的指责感到无比窝囊，但是无法像对其他反对者那样对待阿明，因为他清楚地知道，阿明是抓不得的。试想，假如他将阿明逮捕入狱，他自己的政权可能也走到尽头了。因此，奥博特告诫自己要保持冷静，开始小心翼翼地对付阿明。他解散了阿明的秘密军营，指定两名准将分别接管陆军和空军，以削弱阿明的权力。此外，他还建立了一支“特殊勤务队”，提拔自己家乡的兰戈族和安科勒族士兵为军官，以充实自己的力量。
1970年10月9日，乌干达举行独立8周年的庆典活动。当时，阿明的行动已经受到了限制，但奥博特为了不让群众了解真实情况，允许阿明出席这次活动。在活动现场，阿明受到了大学生的热烈欢迎。正是这次活动，让奥博特感觉到阿明在国内受欢迎的程度远远超过了自己，甚至感觉到自己的总统宝座已经受到了阿明的威胁。
这一时期，奥博特卷入了一场同英国人的争吵中。当时，英国决定卖给南非两艘护卫舰和三艘潜水艇，结果引起了反对南非种族歧视的非洲国家的不满，其中包括乌干达。为了解决这一问题，英国同意在新加坡和这些国家进行交涉，这样，奥博特必须离开乌干达去新加坡。而国内状况并不乐观，奥博特也担心会发生变故，所以打算利用阿明来稳定局势，为此，他主动和阿明和解。阿明渴望自由，同时他也知道有人想借奥博特之手除掉自己，为了不让人看笑话，阿明接受了奥博特和解的建议。
就在这时，苏丹南部反政府武装头目施泰纳被乌干达逮捕，并引渡到苏丹。在审讯中，施泰纳供认阿明曾经背着奥博特支持南部苏丹的反政府武装。阿明开始害怕这一影响两国关系的事件被暴露，从而引起奥博特对他更大的猜忌。然而祸不单行，乌干达政府查出阿明领导的国防部在1969—1970年间的开支超过了150万英镑，还有一笔119.1万英镑的开支未经批准。如此大的国防开销让所有人都大吃一惊，阿明不得不说出这269.1万英镑的具体去向。阿明感觉到自己快要大难临头了，开始惶惶不可终日。
1971年1月11日，在动身去新加坡的前两天，奥博特将阿明叫到自己的办公室。奥博特要求阿明对军费的去向做一份详细的书面报告，等他回国后再处理此事。据说，这天两人之间又发生了争执，这场争论使两人刚刚缓和的关系再次出现了裂痕。
奥博特到达新加坡后，越想越不对劲，十分后悔将国家交给了阿明。于是，他连夜打电话到乌干达金贾兵营，命令一个心腹副官逮捕阿明及其亲信。奥博特绝对没有想到，这通电话所引发的后果有多严重。
当奥博特的电话打进军营电话总机时，正巧接线员不在，一个效忠于阿明的卡夸族士官穆萨偶然从这里路过接听了电话，将其转到了对方所找的大卫·奥伊莱·奥乔克中校那里，并偷听了他们的对话。当听到总统下令逮捕阿明的时候，穆萨立即派同伴控制了军械库，以防有人来取武器。
那天，阿明出去打猎，直到晚上7点钟才到家。穆萨开着坦克等在阿明回家的路上，并将奥博特与奥乔克通话的内容告诉了他。
对接下来的事情，人们说法不一。有人说阿明是被穆萨囚禁了8个小时，再不答应发动政变就会被杀掉；也有人说阿明是被奥博特逼上梁山的。
不发动政变，不是被穆萨等士兵杀死，就是被奥博特杀死，横竖是死，不如发动政变，不但有活的希望，还有推翻奥博特、自己执掌政权的希望。
无论如何，阿明对发动政变是一点心理和实际准备都没有的，所以说这场政变实在是一场“意外”，一场由电话引起的意外变故。
1971年1月24日深夜，万籁俱寂，乌干达首都坎帕拉的市民早已进入梦乡。突然间，街上传来了轻武器、迫击炮和坦克的声音。等人们从睡梦中惊醒，根本不知道发生了什么的时候，政变士兵已经包围和占领了议会大厦、广播电台、邮局、车站、银行等重要目标。到了早晨，人们从广播中得知发生了政变，阿明宣布乌干达武装部队的军人已经把政权交给了他，让他掌握这个国家，然而他只是暂时管理乌干达，将来会把权力交还给文官政府。得知这一消息，受到枪声惊吓的人们总算松了一口气。
几天之后，阿明一改政变当天的温和口吻，恢复了军人应有的冷峻，在电视台上发表了讲话。他痛斥奥博特的社会主义构想和他所实施的经济政策，以及他的暴虐行为，并再次重申自己只是暂时管理政府，等局势稳定下来后，将进行全国选举，每个人都有机会成为国家的领导人。
阿明的这番话得到了很多人的支持，其中包括那些“王权主义者”、某些亲西方人物和小商人等。一些认为可以靠自己的名誉和经济实力跻身政界的人也感到很高兴，他们看不上奥博特，期盼民主政治的来临。
但是，阿明口中的选举不过是稳定政局的幌子，就在他讲话几天后，他便登上了总统宝座，这令很多人大失所望。
一场没有预谋的政变顺利成功了，“意外”给阿明带来了至高无上的权力、享受不尽的荣华富贵，但乌干达人民则从此迎来了一个食人恶魔，这个恶魔给他们带来的是一个可怕的人间地狱。
六文盲总统，政治高手
阿明带着群众的热烈欢呼执掌了乌干达政权。尽管在他坐上总统宝座之后，有些人感到非常失望，但失望归失望，毕竟除去了奥博特这个专制蛮横的统治者对谁都有好处。而且，阿明的宣言颇有些煽动性，感动了一1971年，阿明初上台时，曾下令释放了55名政治犯，此举大受民众欢迎，因此当时有不少人支持阿明。
大批乌干达民众，人们都觉得阿明说不定会是一个成功的领导者。
要做一个成功的政治家，最重要的就是卓越的领导才能。从某一方面讲，阿明确实是一个颇为迷惑人的领导者。他思维敏锐，头脑灵活，说话时声音温和，看起来是那么通情达理，并富有讨人喜欢的幽默感；他还善于花言巧语，但并不是光说不干的主，行动起来也是干脆果断，像一阵疾风；更为重要的是，他还是一个能抓住别人感情的人，他往往通过自己细致的观察就能知道对方在想什么，从而做出令人吃惊的事情；而且，他意志坚定，只要做出决定，就勇敢地实行，决不回头。
虽然阿明只是一个连小学都没有念完的半文盲，但他还是成功地将自己塑造成了一个活跃的政治家。在国际政治舞台上，他迅速成为非洲大陆上一颗耀眼的政治明星，连美国和欧洲都注意起了他。
1972年，阿明在布隆迪国家体育场发表演说，慷慨激昂地宣布任何进攻布隆迪、刚果、赞比亚、坦桑尼亚或其他非洲国家的行为都会被视为是对乌干达的挑衅。不管这番话是否出自阿明内心，是否属于即兴吹牛的范畴，但他确实讨到了绝大多数非洲人的欢心。