1921年到1925年，是东南大学校史上第一个鼎盛时期。我校从一个单科性的高等师范学校，改建成多学科的综合性大学，学科之齐备，居当时全国之冠，北大、东大为当时国内仅有的两所国立综合型大学，北大以文史哲著称，东大以科学名世。学界称:“东大为中国自然科学发展的基地。”
然而，在阶级社会中，教育受制于、服务于统治阶级。东大的办学者主张教育独立，学术自由，学校应避免卷入政潮，这在半封建半殖民地的旧中国，特别是在军阀专政和混乱的年代，只能是不切实际的幻想。1925年皖系军阀段棋瑞执政，数度直接干预东大校政，乱免乱命，武装查办，迭下整顿、改组令，甚至不惜停办解散东大，导致风潮经年，余波三载，东大由盛而衰。
同时，在十月革命、五四运动和中国共产党的影响下，20年代的东大，曾经是南京地区革命的摇篮，党团活动的基地，马克思主义的传播中心，培养出大批革命知识分子，几十位青年为革命而献身，形成了追求真理、追求进步的革命传统。这一传统，经国立第四中山大学而至中央大学，代代相传，成为我校校风中最为宝贵的组成部分。