1945年8月，顾毓诱校长离任，教育部任命西南联大理学院院长、著名物理学家吴有训教授为中央大学校长。
吴有训是江西高安县人，1920年毕业于东南大学的前身南京高等师范学校。1921年留学美国，1926年获芝加哥大学博士学位。
1927年8月任中央大学物理系副教授，1928年8月任清华大学物理系教授、系主任、理学院院长。
抗战胜利后，中央大学即准备复员南京。1945年9月，成立复员计划委员会，吴有训为主任委员，江良规、胡家健为副主任委员。
江在重庆主持复员事宜，胡在南京主持复校事宜。中大复员的师生员工及眷属共1万Z千余人，复员工作极为繁重。
中大学生考试于1946后4月15日提前结束。5月，全校师生分八批，分乘水陆空各种交通工具，返回南京，最后一批于7月底到达。图书仪器设备等，直到10月中旬才陆续运回。
吴有训于1945年11月28日赴南京，办理四牌楼校舍的接收工作。因校舍被日本陆军医院占用，伤兵撤离尚待时日，后来几经交涉，始行迁让。丁家桥校产则已被国防部联合后勤司令部接收，作为仓库。经交涉除将原有的校产归还外，还将原有劝业会旧址及房屋一并拨给中央大学。该处面积800余亩，房屋100余幢，甚破旧，但为数不少。沦陷后的南京的“中央大学”办在金陵大学原址，经与金陵大学协商，仪器设备归中大接收，图书杂志等归金陵大学接收。原有的学生在改组为临时大学并进行甄别后，分别派到各大学学习。这些学生直接身受日伪的统治压迫，痛感亡国之恨，有些在当年就参加了中共的地下斗争，有些发愤治学，后来逐步成为有影响的政治活动家和专家学者。
中大在南京原有的校舍，仅能容纳学生1000多人，于是，1946年中大复员后，立即在文昌桥动工兴建了7幢二层楼宿舍，可容3000多人，到10月方竣工。校园内，东南院、中山院、南高院被航空委员会占用，作为回国空军临时用房，尚未收回。故先将附属中学房屋加以修缮，作为复员学生的临时宿舍，然而也只能容纳830余人。因此大部分教室不得不暂时作临时宿舍。
抗战前的中央大学，本不提供教职员眷属宿舍。此次复员，人员激增，原有房舍势难满足需要。于是决定收购四牌楼、兰园、成贤街、九华山、高楼门等处土地83亩，楼房7幢，以应急需。
自1946年12月起、中央大学在南京分为两处，四牌楼为校本部，丁家桥称二部。医学院、农业院及理、工学院的一年级新生和先修班在二部。另外，中大的附中在三牌楼，附小在大石桥。
中央大学于1946年11月在南京复校开课。复校后第一次招生时盛况空前，报名超过万人，录取学生千人，从四牌楼向南直到大行宫的各中小学都设置了考场，全校教师都参加了监考。据1947年1月的统计，全校共有教职员1266人，本科学生4556人，先修班95人，研究生68人，合计4719人。
当时各学院的概况如下:1.文学院院长楼光来。全院共有学生571人，教师101人。设四系一科。
即:中国文学系，外国语文系，历史学系，哲学系和俄文专修科。
研究院设中国文学研究所、外国文学研究所、历史学研究所、哲学研究所。所主任均由系主任兼任。系的教室、研究室、图书室等均设于中山院。
2.理学院院长孙光远。全院共有学生386人，教师158人。设八系。即:数学系、物理系、化学系、地理系、地质学系、生物学系、心理学系、气象学系。
研究院设数学、物理、化学、地理、心理学四个研究所。
理学院地址在科学馆(今“江南院”)、生物馆(今“中大院)’，和南高院。
3.法学院院长何联奎。全院共有学生1114人，教师77人。设五系。即:法律系、政治学系、经济学系、社会学系、边政学系。
研究院设法律和政治经济学两个研究所。
法学院地址在东南院。
4。师范学院院长罗廷光。全院共有学生377人，教师82人。设三系一科。
即:教育学系、体育学系、艺术系和体育专修科。
研究院设教育学研究所。
师范学院址在南高院、体育馆和梅庵。
5.农学院院长罗清生。全院共有学生495人，教师91人。设六系一科。
即:农艺学系，农业经济系，森林学系，园艺学系，农业化学系，畜牧兽医系。农学院址在丁家桥二部。
6.工学院院长杨家瑜、刘敦祯。学生1230人，教师1442人。设七系。即土木工程系、电机工程系、机械工程系、建筑工程系、航空工程系、化学工程系、水利工程系。
研究院设土木工程研究所、机械工程研究所和电机研究所。
工学院址在新教室(今前工院)，实验室、工场等在北平房和一幢二层楼内。
7.医学院院长戚寿南。学生383人，教师110人。
有解剖学科、生物化学科、生理学科、药理学科、病理学科、细菌学科、寄生虫学科、公共卫生科、法医学科、内科、外科、小儿科、神经精神病科、耳鼻喉科、眼科、妇产科、皮肤病科、牙本科、牙医专修科、放射科及物理治疗科、检验科、护士专修科。
研究院设生理学、公共卫生、生物化学三个研究所。
院址在丁家桥二部，其附属牙科医院在四牌楼。
中央大学的系、科设置，历来以比较完备而著称。到抗战胜利复校南京之后，已是七院36系(不包括专修科)，据1947年3月10日《申报》公布的全国国立大学院、系设置统计资料，中央大学名列第一。同时，中央大学研究院共设23个研究所，其专业研究员多为教师兼任，专职助理研究员4人，研究助理11人，研究生68人。这可说是教学与科研相结合的一种组织结构。
对于中央大学来说，1946年是“复员年”，直到年末才开学上课。1947年爆发了五.}O运动，延续到1948年的周年纪念。校长昊有训教授于此时提出了“在安定中求进步，在进步中求安定”
的治校方针，勉力支撑。无庸讳言，在当年那样的时局下，学校的教学和科研不可能不受到相当的影响。但是，中央大学毕竟是一所学科众多、师资雄厚、校风诚朴、学风严谨、历史悠久的高等学府，教学和学术活动，仍能坚持进行。
从中央大学1948年颁布的大学科目表来看，值得注意的是国文和外国文都是文、理、法、师、农、工、医各学院的共同必修课，两课各为6个学分。理学院和医学院还规定了必修第二外语。其他各院也有规定第二外语为选修课的。外语是掌握现代各门专业知识的重要工具。大学生修习国文，以提高和加深其中华民族文化的基础和修养，这些都是值得现代办学者研究借鉴的。
此外，工学院规定“经济学”为工科各系必修课，还特别注明“法学绪论”，“工业法规”及有关专门法规是工学院学生特别重要的选修课，鼓励学生选修。文学院各系学生则必须在数学、物理、化学、生物、地质、心理学等课程中任选一种，并在政治、经济、社会、法学中任选一种为必修课。这就能更充分地发挥综合大学学科众多的优势，使学生获得宽厚的基础知识，有利于成才。
在那个动荡的年代，中央大学仍积极开展学术研究01947年3月，中央大学物理系主任赵忠尧和教授毕德显，受中央大学和中央研究院的委托，在美国购得供原子能研究的仪器设备，在中大东北方向的太平门附近九华山下建了实验室，是为我国原子科学研究之始。中大还努力进行国际学术活动，吴有训校长于1947年11月出席联合国文教组织委员会，并在美国学术考察;1947年3月农学院汤逸人教授受联合国粮农组织邀请，前往该组织工作一年;1948年6月代校长戚寿南代表我国医药卫生界，出席世界卫生组织成立大会，会后到美国参加心脏病年会;1948年10月工学院院长陈章教授到巴黎出席联合国教科文组织广播会议;电机工程系钱凤章教授到墨西哥出席国际电讯会议等等。
涓涓细流，汇成大海。从那时到如今，50余年过去了，我校的国际学术交流已成为普遍性的活动，不仅是少数教授能够参加，而且多数教师，尤其是中青年教师，还有为数相当的毕业生，都有机会在国内外学术舞台上驰骋，施展才华。