后金天命八年，岫岩千名汉人乘木船八艘、独木船十四艘逆岫岩河而上，猛烈炮击后金五处哨探，后因寡不敌众，全部战死。
后金天命十年，镇江、凤城、岫岩、长岛、双山、平顶山、海州、鞍山、首山、彰义等地都树起了反抗后金的义旗。
偷袭，暗杀，投毒。后金天命八年，催征公粮的后金官吏有被汉人绑架，放到车上带走杀死；有因单独行动，被汉人杀死；有被汉人以交朋友为名，骗到家中杀死。与此同时，屡屡出现汉人在水、酒、猪肉中下毒，毒死后金军民的事件。
整个社会动荡不宁。
置身此境，努尔哈赤第一次感觉到叶公好龙似的恐惧；第一次感觉到，展翅冲天九万里的大鹏，在浩瀚的汪洋大海中仍不过是一条如芥子般微乎其微的--"鲲"。
他暴怒。为已归顺汉民的反抗、已归顺汉官的"弃金投明"，更为他自己在新形势下竟然表现出的茫然、虚弱和不知所措。
后金天命七年三月，努尔哈赤甚至以"光棍盗贼尚无畏惧"，下令嗣后满人不许与汉人交友，不许与汉人接触，不许单独外出，必须携带弓箭，十人接队而行，若结伙不足十人，而九人同行，"见即捉拿"，罚银九钱，"八人者罚银八钱，七人者罚银七钱，一人者罚银五钱"。六月下令"凡诸申汉人开设店肆之人，务将肆主姓名刻于石上或木上立于肆千，若不书名则罪之。无店肆携物售卖之人，概行禁止，以防下药鸩人。尤应晓谕我诸申妇孺，凡购食之人务记肆主姓名"。还要注意水、盐、葱、瓜、茄子、鸡鸭，以免遭汉民投毒暗算。
后金天命八年（明天启三年，1623年）五月，努尔哈赤密斥诸贝勒不明审理汉人案宜重于满人之理，道：
"尔等诸贝勒大臣皆图个人安逸，实当唾尔等之面！尔等断案，竟似牛骡一般！何故将汉人与我诸申等同视之为？倘我诸申犯罪，当问其功论其劳，稍有口实，即可宽宥之。汉人乃生还之人，若不忠心效力，复为盗贼，岂可不灭其族而杖释之？从费阿拉与我等同来之汉人，方可一体审断之。八贝勒召集尔等各该旗之贝勒大臣等，密阅此谕，勿使他人闻之。"后金天命九年正月，努尔哈赤以"圈地"、"计丁受田"后，汉人无法安居，农事荒废，逋逃不绝，怒颁谕令：
凡偷杀牛马者火烧积粮、屯舍者，皆系不事耕作、无粮、游荡各处之光棍。此等无食闲荡之乞丐、光棍，一经发觉，即行捕送。若有妻孥，将其赏与捕送之人；若无妻孥，则赏捕送者银三两。
六日后，努尔哈赤下令屠"无粮之人"。
后金本缺粮，"圈地"、"计丁受田"后，辽民被迫迁徙，粮荒益重。先是，努尔哈赤命逐村逐户清查汉人粮食，全部登记，交八旗看守。规定凡与诸申同居汉人，每口有五升粮，或每口仅有三四升粮但有牲畜者，为"有粮人"；每口有三四升粮以下并无牲畜者，为"无粮人"。至是，努尔哈赤下令将各地查送之"无粮人"全部杀死。
更由于他的爱将刘爱塔（明朝称刘兴祚，朝鲜人，原名刘海，后为刘纟廷家丁，在萨尔浒大战中被俘，官升副将，坐镇辽南）亦二次密谋以复州作明朝内应而叛，而下令于复州屠城。
努尔哈赤此次虽独留刘爱塔未杀，但"恩养"的信念已彻底动摇。
后金天命十年十月，努尔哈赤下令命各地"甄别汉人"。谕曰：
我等豢养汉人，而汉人却置棍棒不止。着总兵官以下、备御以上、各往其屯。甄别屯中汉人。常言道：豹子好辨，人心难测。恐尔等误信奸佞，当专心察办。
凡以谣言煽惑本地乡民者，或原为明官、或已革生员、罢职之官员，此等人皆另行甄别正法。凡为我建城池、官差者设庄屯养之。无妻孥独身及应加豢养者养之，赐以妻、衣、牛、驴、粮等，命建庄屯。而不该豢养之独身人及抗命不从者，亦加正法。
自八贝勒庄屯之汉人以及所有入诸申家之人，皆执之加以甄别。诸申中若有隐匿不举者，罪之。凡明时并非千总而由我委为千总者，一向居住沈阳及携父母全家来投者，则免之。家虽住沈阳但未携父母、妻室，仅以外妾假冒居住之名者，不准居住。九月以来因海州、耀州消息惊惶避入沈阳者，亦不准居住，照例甄别。
此谕虽有某类人可加豢养的内容，但实际是对汉人特别是对汉人知识分子开始大屠杀的信号和命令。努尔哈赤心头之恨犹自未解，特令杀汉人时要出示如下的布告：
我取辽东之后，未杀尔等，未动田宅财物，皆加豢养。如此豢养，竟成不是。
古河之民，杀我所遣之人而叛。马前寨民，杀我使者而叛。镇江民执我委任之佟游击送明而叛。长山岛(今辽宁省大连市东)民，擒我所遣之人送广宁。双山(今阜新县阜新镇西南)民，潜通敌兵，杀我之人。岫岩(今岫岩县东十里)之民叛逃，为费书生首告。复州之民反叛，带领明船前来。平顶山隘口之民，杀我四十人叛乱。
不思我豢养之恩，仍向明朝，故杀此有罪地方之人。无罪地方之人居住日久，难免为乱，故迁至北方，给以田宅粮食。
虽加豢养，窝藏奸细、接受札付及叛逃者仍络绎不绝。本年船城之人、耀州之人，欲携全家投明。彰义站(今沈阳市西南)民，为配合明兵袭击诸申置备棍棒。鞍山(今鞍山市西南)、海州、金川、首山(今辽阳市南)等处堡民，皆曾窝藏奸细，勾引明兵。此种种恶行，皆系在外书生、官员亲戚及前大臣之教唆。至于沈阳城内官员及筑城、充役之人，无非受尔等株连而被杀。总之，尔等既不思豢养之恩，心仍向明，故杀尔等外乡之为首者，即为此也。
若听任豢养之人自处，则受诸申侵害。故皆编为汗与诸贝勒庄屯，一庄给男丁十三人、牛七头，田百晌，二十晌为官田，八十晌供尔等食用。庄编男丁十三人，牛七头。庄头兄弟计入男丁数内将庄头带至沈阳，陪住于牛录额真家，二庄头之家居住一处。有事，则令二庄头轮番值班前往催办，诸申勿管。庄头之名，庄内十二男丁之名及牛、驴毛色，皆缮写清单，交该屯章京，由前往大臣造册带来。
八旗大臣遂分路前往，至各屯堡大事杀戮，书生几被杀绝。
努尔哈赤之子皇太极即位后深以为憾，查出屠余书生，按明制考试，录取三百秀才，各配男丁二人，免除赋役。此是后话。
努尔哈赤老了，进入了暮年。
他常常摒退亲随，独自全身披挂，在无垠的旷野勒马伫立，一连几个时辰一动不动，微仰花白胡须的下颌，微眯昏花的老眼，手搭凉棚，向北面--他从那里来，或者向南面--他将那里去的天边，久久地，久久地瞭望。
他看到了什么？浩瀚的长空，了然无痕。
鸟儿已经飞过。鸟儿即将飞过。
他没有看到鲲鹏。
他看到的是乌鸦。那张开翅膀飞向太阳，黑亮羽毛同太阳一起发出金黑墨绿光芒的乌鸦。
努尔哈赤似在处理后事。
后金天命六年正月，努尔哈赤召集代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒及德格类、济尔哈朗、阿济格、岳托（代善长子）等子侄长孙，对天焚香发誓，道：
"今祷上下神祇，吾子孙中纵有不善者，天可灭之，勿令刑伤，以开杀戮之端。如有残忍之人不待天诛，遽兴操戈之念，天地岂不知之，若此者亦当夺其算。昆弟中若有作乱者，明知之而不加害，俱怀理义之心，以化导其愚顽，似此者天地佑之。俾子孙百世延长，所祷者此也。自此之后，伏愿神祇不咎既往，惟鉴将来。"
祷词表达了努尔哈赤渴望求得天地祖宗的宽恕，毋将同室操戈、骨肉相残的祸患加于子孙的复杂心理。
后金天命七年三月，努尔哈赤召集八旗旗主代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极、德格类、济尔哈朗、阿济格、岳托等人，宣布了今后八和硕贝勒共治国政的办法。清史专家刘小萌将其归纳如下：
其一，继父为国主者，毋以强势之人为之，恐以其人为国主，恃力妄为，获罪于天。且一人之识见何能及众人之议？以尔等八子为八王，八王共议庶可无失。八王视不拒尔等之言者继尔等之父为国主。若不纳尔等之言，不遵善道，八王可将所任之汗易换，另择不拒尔等言语之贤者任之。
其二，尔等八王共理国政时，若一人有得于心而言，另外七人当会其意而发明之。若己不能会意又不能发明他人之所得，惟缄默无语，当以在下子弟代之为王。
其三，遇事他往，议告众人而行，毋行未议之事。若聚尔等八王所任国主之所，一二人毋聚，当众人毕集合议治理国事。
其四，八王合议，设诸申(女真)大臣八，尼堪（汉人）大臣八，蒙古大臣八。其下设诸申理事官八，尼堪理事官八，蒙古理事官八。诸理事官审理后告于诸大臣，诸大臣议定后呈上八王，所定之罪由八王定夺。八王当退奸恶进忠直。八王前，设诸申巴克什八，尼堪巴克什八，蒙古巴克什八。
其五，国主于每月初五、二十日两次升殿，初一晨起往堂子叩首，向渥撤库（家内神）叩拜，尔后国主亲向诸叔诸兄叩首毕，始升汗座。汗本人与受己叩首诸叔、诸兄一处同座，受众人叩拜。
其六，汗父所定八份所得外，若贪得一物、贪隐一次，当停其一次应得之份；若隐二次，停其两次应得之份；若隐三次，当将其应得之份永革。但得一物，八家均分公用，毋得分外私取。
如前述，努尔哈赤最先设议政会议，以和硕贝勒（即各旗旗主）为核心的众贝勒大臣执政。建立后金后，命代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒"共理机务"；后又命四人"按月分直"，轮流执掌国政，逐渐形成八和硕贝勒（八旗旗主）分权共治的局面。努尔哈赤不能料想日后八和硕贝勒能否和衷共济，八和硕贝勒也不约而同向汗父努尔哈赤发出询问："天予之政何以底定，天赐之福何以永承？"
努尔哈赤确定八和硕贝勒共举国主、共议国政的做法，试图阻止诸子势同水火的储位之争，回答"天赐之福何以永承"的问题。
后金天命九年四月，努尔哈赤命族弟多毕等人前往故乡赫图阿拉老城迁陵，将他祖父母、父母、妃，还有弟弟舒尔哈齐的灵柩迎到东京改葬。在杀牛祭奠、焚告天地祖宗的同时，在内心深处向他的弟弟舒尔哈齐表示了歉意和负疚。
后金十年，努尔哈赤又对诸贝勒道："我宗室中有拜者户、胡星刚两位兄长，昔日惟知增忧于我，与我为敌。又有乌拉部岳母（海西女真乌拉贝勒满泰妻、努尔哈赤妻阿巴亥之母）、叶赫部岳母（海西女真叶赫贝勒杨佳努妻，努尔哈赤妻孟古之母），皆挑唆其夫、子与我为仇，有何益于我哉？虽如此，受敬之礼不可废。"
努尔哈赤将两位族兄、岳母、孟古之姨以及叶赫贝勒布占泰、金台石之妻一同请入宫中共贺正旦。努尔哈赤率领诸妃面向坐于上座的二族兄、四老妪行家人礼。入席后，六十七岁高龄的努尔哈赤又跪着斟满酒杯，令人送到二兄与四妪面前。
人之将死，其言也善；鸟之将亡，其鸣也哀。
努尔哈赤预感到了什么呢？
不，他不能就此结束自己的一生。
日落
后金天命十一年正月，努尔哈赤再披征袍，亲率诸贝勒大臣，统兵五六万，号称二十万，往攻明孤城宁远。
在宁远，努尔哈赤遇上了平生第一个对手--袁崇焕，以及明军购自西洋、列于城上的十一门"红夷大炮"。
时宁远守军不满两万。袁崇焕前临强敌，后无援兵，临危不惧，召集将士，刺血为书，激以忠义，众将士无不感奋，誓死守城。他调兵遣将，画地分守，使之相互应援；又坚壁清野，将城外房屋付之一炬，百姓尽迁入城，而后编派民夫，供应饮食，严查奸细。宁远军民上下同仇敌忾、众志成城。
二十三日，努尔哈赤大军抵达宁远城下，先放被掳汉人入城，劝降道：
"吾以二十万兵攻此城，破之必矣！尔众官若降，即封以高爵。"
袁崇焕凛然作答：
"义当死守，岂有降理！"
话声未落，素习西洋大炮的家人罗立，先向金军大营燃放一炮。只听震天一声巨响，黑烟红焰之中，数十名八旗兵毙命。
努尔哈赤命移营西向，明日攻城。
二十四日晨，大战在即。袁崇焕泰然自若，与幕僚数人相与闲谈。敌报至，袁崇焕登上敌楼，又与下属论古谈今。既而八旗步骑战车云梯蜂拥仰攻，万矢齐射城堞，箭如雨注。城上明军西洋大炮发威，每炮所中，八旗兵人仰马翻，死伤累累。
努尔哈赤遂命转攻城南，于城门角两台间火力薄弱处凿城。八旗兵在楯车和弓箭手掩护下，顶着炮火，奋力用斧凿城，将城墙凿开数处，因天寒地冻，城墙得以不倒。八旗兵藏匿深处挖掘，城上炮火、弓箭、飞石都不能及。袁崇焕见状危急，厉声道："偷息以生，复何乐也！"
言毕，身先士卒，亲自挑土担石堵塞缺口。明兵士气大振，有一明将用褥单卷火药制成"万人敌"，一个火星即能燃爆，守兵纷纷仿效，投掷城下。八旗兵见被褥遍地，急趋争抢，城上即以火箭、硝黄等掷射，大火腾空而起，八旗兵扑之愈炽，火星所及，无不焦烂。守军又自城堞间推出木柜，半在堞内，半在城外，柜中伏甲士，向下掷射矢石，大炮轰鸣，火光中八旗人马腾空，纷纷乱堕。战至二更，努尔哈赤不得不停止攻城，大挫而退。
翌日，努尔哈赤挥师再战。八旗兵心惧利炮，无敢近城者，伤亡比前日更大。城下死尸被抢出，运至西门外各砖窑，拆民房焚化，股股黄烟，裹着烧焦死尸的恶臭，壅空蔽野。
又是二日一夜的浴血鏖战。整整三天，战事毫无转机，宁远孤城仍傲然屹立在战火中。努尔哈赤在愤懑已极中紧张思索：八旗兵习于野战，不擅攻坚，又是以劳赴逸，是自己犯了骄兵必败、以短击长的兵家大忌，现军心畏敌，已无力再战……他长身而立，四面观察，欲找到一个可能突破的缺口。忽然，他见海中觉华岛（今辽宁省兴城县东南菊花岛）方向有烟火，且冰坚可渡，即刻命令蒙古勇士武讷格率八旗蒙古、八旗满洲八百兵往攻。
觉华岛正是关外明军军需粮草屯集地。守军环岛凿冰十五里为壕，卫以车榍。不料风雪严寒，冰开复合。八旗兵至，守军寡不敌众，"四营尽溃"，"船二千余只及粮草千余堆"俱被焚，千余兵被杀，岛上商民亦遭屠戮，几无生者。
努尔哈赤总算找回了些许面子，二十七日，撤围回师。
时努尔哈赤已六十八岁。败归途中，袁崇焕遣一使追至，献上礼物谢曰："老将横行天下久矣，今日见败于小子，岂其数耶？"
努尔哈赤左右怒目按箭突出，努尔哈赤沉声喝退左右，具礼物及名马回谢，请约再战之期。
这是努尔哈赤四十三年戎马生涯中的第一次失利。
回到沈阳后，他对诸贝勒大臣郁郁道："朕自二十五岁征伐以来，战无不胜，攻无不克，独宁远一城不能下耶！"
宁远之败，使努尔哈赤图南受阻，成为他终身的遗恨。
失望、痛苦、懊丧、迷茫。
他第一次对自己的意志、力量，对自己图南的目标产生了怀疑。而这种怀疑，又使他加倍地失望、痛苦、懊丧、迷茫。
他转而为自己身后担忧：我子中果有如我之尽心为国者乎？我臣果皆勤于政事者乎？
他想起一句老话：一人善射而十拙随而分肉。
他不由发出撕心裂肺的浩叹："贤人治理之国而汝坐享之，英雄阵获之物而汝坐分之。"
年近七十的努尔哈赤难以承受宁远之败的打击和耻辱，难以承受无穷无尽的失望、痛苦、懊丧和迷茫的折磨。他忧愤成疾--本已身负重伤，又突发痈疽，于七月三十日往清河温泉疗养。不料病势急转直下，八月初七日乘舟返回，同时急召大福晋阿巴亥往迎，二人会于浑河。八月十一日日落之时，努尔哈赤在离沈阳四十里的瑷鸡堡病逝。
浑河的水静静流淌着。
一轮如血的落日，衬着点点南飞的鸦群。