李德邻之举动，不符合政党政治之程序，因他事先并未经中常会讨论亦不符合宪法，因我国宪法有责任内阁制的规定，行政院应向立法院承担责任，总统之决策，就经行政院协商同意。哲生兄，南京已在中央炮口威胁之下，为安全起见，我已决定将中常会迁至广州办公，你亦可考虑将行政院南迁，请立夫考虑将立法院也南迁至穗。
孙科得到蒋介石这一指示，当即将内阁要员邀集于沪，并议决于2月4日，行政院迁广州办公，身为代总统的李宗仁对此一无所知。一时间，中华民国出现了“一国三公”的局面。
2月5日，毛泽东发表文章讥讽道：这个所谓“政府”究竟还存不存在呢？它是存在于南京吗？南京没有行政机关。它是存在于广州吗？广州有行政首脑。它是存在于上海吗？上海既没有行政机关，也没有行政首脑。它是存在于奉化吗？奉化只是一个宣布“退休”了的伪总统。
同一天，中共发表声明，宣布不承认南京政府。
李宗仁心烦意乱，当即打电话给白崇禧抱怨道：“键生，我这总统怎么当？命令不行，用款不着，调后不应，今府、院分裂，便使和谈无以进行，中共对我也失去了耐心，如何是好？我看解散孙科内阁，重组行政院的好！”白崇禧道：“德公，你的难处我知道。你看了第六期《中国新闻》没有？那上面有篇文章，名曰《评孙科组阁》，文中析说，孙内阁以举党一致自诩，号称巨头内阁，它却偏偏没有桂系中人，明眼人一看便知道，这是蒋氏引退前的有意安排。
他怎会让我们轻易推翻？京沪数十万大军是他的，孙科在广东又有势力，当此大局重危之际，我们当急谋与广东军事领袖至诚合作，轻易决定宁、粤分裂，是万万做不得的事。我觉得德公应采取以柔克刚之策，以虚怀若谷之举，争取舆论，分化蒋、孙势力。只要把广东军事领袖争取过来，则孙内阁不推自倒。”
李宗仁表示赞同，遂派黄绍癝赴广册游说，与余汉谋、张发奎、薛岳等人握手言欢，李宗仁并任命刚从海外归来的粤籍将领李汉魂为总统府参军长，并为与粤军将领联络的热点人物。蒋介石虽对李宗仁面临内外交困的局面幸灾乐祸，但对于李的分化活动，也不敢忽视，他命陈立夫急赴广州。此前，孙科已遵蒋命，任命张发奎为陆军总司令。
陈立夫到广州后，即与孙科密商，邀请立法委员克日南下到穗赴会，凡愿赴穗之立委，每人送船票一张，美金100元，抵穗后每月可领取300港币之特别津贴。李宗仁见情势日紧，遂决定出马，纡尊南降。不过考虑到国家元首的名分，遂美其名曰“南巡”。
关于李此行目的，当时舆论评析道：报纸载南京20日电读称“据李代总统亲其计者，李氏因在京久候孙院长不至，而且外界谣传纷纭，为安定大局计，决定亲自赴穗，移驾就教，以消释各方误会”而外国记者报导其秘密与部院开会及内阁改组酝酿有关；苏联通向社南京23日电：“立法院下届大会正式事程序虽尚在准备中，但其最先可讨论者，即为第一检讨阁政情，要其辞职。第二，请令政府机关返京，”于是得出客答案：李宗仁此行南巡主要目的是对穗方进行南心运动，表面劝行政院返京，实际上乃压迫孙科下台，桂系要主行政院，使蒋实力分离。
2.3可笑的南巡
2月20日，李宗仁纡尊南降，在广州天河机场受到粤方军政显要非比寻常的热烈欢迎。李虽立尊总统，但态度谦恭，对孙科尤甚，左一个“拜望孙院长”，右一个“务请返京主持一切”，使孙科极为尴尬被动。在作完官场应付之后，满面春风的李宗仁在众人簇拥下驱车来到薛岳官邸，与张发奎、余汉谋、薛岳等粤籍军要“叙旧言欢”。
次日，正逢昔有“南天王”之称的陈济棠做寿，李借机前往庆贺，手书“如冈如陵”寿屏了幅。陈济棠自三十年代割据面被蒋搞垮后，只在抗战时出任过一届农林部长，时只存国民党中委一空衔。陈虽羽翼被剪，实权被夺，但在粤仍为一元勋人物，粤将余汉谋、徐景唐、李扬敬、李汉魂等都出其门下。
李宗仁看准了这一点，在急需联络粤系人士，收揽广东势力时，当然不会放过促陈出山的打算。于是贺寿之余，李、陈闭门深谈，对华南防卫、陈氏出山作了一个完满的决定，也即请陈接任李汉魂遗缺，出任海南岛行政长官，陈也慨然应允“勉任艰巨”。其他将领如张发奎等一向与蒋有矛盾，在倾向上与李宗仁极易合拍，余汉谋、薛岳等虽与蒋关系较深，但这里除了蹲在广东，已再无别的出路，既然李宗仁已成了“代总统”，将来时局如何演变，也未可知，维持住与桂系的关系对他们有益而无损，故李宗仁莅穗两天，瓦解孙科在粤势力的工作进行得颇为顺手，拿李幕的话来讲即“大有斩获”。
孙科原以为自己在广东根基深厚，但经李这一“降尊纡贵”后，粤方舆论已显然对己不利。粤籍大员纷纷附和李议，要孙返京。在这“委婉劝陈”包围之下，孙科不得不向李低头，答应要把行政院搬回京城。李宗仁粤行大功告成，带着衣锦还乡的心情，于出巡后第三天就由穗飞桂，在家乡桂林享受一番“万人空巷，欢声雷动”的殊荣。继而又飞长沙，与程潜作一短暂晤面。尔后，结束了他任代总统后的第一次华南几省的巡视，于25日返京。
李宗仁这次为期5天的南巡，自觉收获巨大，故相当得意。本来李就有改组孙内阁之想法，只是时机不成熟。如今孙科有了粤援，倒阁水到渠成。因此在孙科未返京之前，在李宗仁默许下，立、监两院就开始了对孙科的群起责难，孙抗命将行政院迁穗固是质询重点。待孙科灰溜溜从穗来京后，又受立、监两院鸣鼓而攻，指责为“和平之障碍”、“民国以来最恶劣无能之内阁”在一顶顶接踵而至的帽子下，孙科被扣得毫无招架之力，自知已无法保持其行政院长地位，乃于3月8日向李宗仁提出辞呈，孙内阁就此倒台。
孙科内阁垮台，行政院迁回南京，表面看来似乎是李对蒋的一次胜利，其实并不尽然。当初蒋介石怂恿内阁南迁，目的主要在于给李制造些麻烦，警告李宗仁在和、战问题上不致脱离其掌心走得太远。孙内阁迁穗后，舆论对孙不利，对蒋幕后指使也有责难，蒋怕激起掣肘之目的已达到，见好就收，乃转换一副面孔，示意阎锡山出面“协调府院矛盾”，并暗示：继任行政院长人选让李自行决定。蒋这一推一拽，只为达到一个目的，让李乖乖听其指挥。李宗仁明知如此，但一时也无法摆脱蒋的控制，只有慢慢在削夺、分化蒋系势力上下功夫，于是在物色行政院长继任人选上，李着实费了一番脑筋，与白崇禧几经磋商，最后选中了何应钦。
李、白之选中何应钦，乃是想利用何来“潜移东南，默化中枢。”因何在黄埔系中渊源甚深，不少蒋少干将乃何之学生。然何虽素称蒋的人，但他们两人间，经常有某种冲突和意见。另外，何在关键时刻并不完全与蒋一致。且何在黄埔系中与陈诚矛盾极深，而与桂系李、白比较接近，历史上还有过合作奋斗的经历，李、白邀何主持行政院，既可借何为中间力量，黄埔系军人亦有所控制。
3月9日，李宗仁亲赴上海，敦请何应钦接受提名。何应钦，敬谢不敏，急得李连声道：“敬之老弟，还记得在十六军时你我在南京合作奋斗的历史吧！敬之老弟，那时蒋先生辞职啊，可是你我合作奋斗，终于取得了龙潭大捷！现在，历史正在重演，蒋先生又辞职了，南京再度重危，当你以前的朋友孤立无助时，你能无动于衷吗？”何应钦态度有所缓和，说：“最好听听蒋先生的想法。”李宗仁忙道：“好好，请吴秘书长这就打电话去。”当下，吴忠信拨通了溪口的电话，蒋答道：“让德邻弟自己安排一切，我是个退休的人，还能说什么呢？”何应软得此回答，不寒而栗，道：“你，你还是让我远离政界的好。”
德公，我求求你，求求李宗仁不允，又对吴忠信说：“礼卿兄，辛苦你去趟溪口，请求蒋先生为敬之老弟说几句话。”吴忠信地是从上海飞赴宁波，转车至溪口谒蒋，向蒋作了汇报，蒋深知何应钦其人，相信何的出任不仅不全让桂系夺了他的部队，相反更有利于他对李、白的控制。于是在何受李、白邀，却战战兢兢不敢拜命时，蒋反而作出劝何组阁的表示，于是何立即提出要以蒋之亲信黄少谷当行政院秘书长，实际欲以表示自己愿接受蒋的监督。即便如此，在立院临时会议正式通过由何出任行政院长的当日，何回到家中即有其贵州老乡谷正纲“恭候”多时。
此君为拥蒋之死硬分子，蒋“引退”时曾痛心嚎啕，又对张治中拍案高骂，现来何这里声言要与何“好好谈一谈。”在蒋如此关照之下，何应钦对蒋奉命惟谨，动辄向蒋请示，不敢越雷池半步。李宗仁交办的事，何内阁却无一实现。如李宗仁向行政院提出免去参谋总长顾祝同职务，由白崇禧继任，并提出要蒋把运到台湾去的大量黄金拿出部分支配时，何则首先向蒋请示。溪口的复电为：“参谋总长顾祝同不能动，白崇禧千万不可用，台湾金子李宗仁不能管。”何接电当然不敢违命。为此，白崇禧愤而怨何“为人懦弱，没有魄力。”何反唇相讥说：“你们不怕同蒋介石闹翻，我却不能这样办。”何如此怕蒋，怎能指望他在将、李之间起什么积极作用。李、白原欲以重组新阁分化蒋势的如意算盘再次落空。
3月20日，李宗仁把何应钦为首的内阁名单提出交立法院审批，立法院以209票对30票通过。
3月24日，何应钦率内阁成员宣誓就职。当天，召开行政院临时院会，通过了和谈代表团成员名单，李宗仁在稍稍安定了后院之后，便急匆匆地打出一张也是惟一一张能对蒋有威胁力的牌，与共产党谈判。
3.北平和谈中的南京政府
在国民党、李宗仁、共产党、中间势力之间有一个神秘的穿梭人物，他就是桂系的立法委员黄启汉，他最近披露了许多北平和谈的密事：1948年底，李济深让黄给李宗仁、白崇禧转一封信，让他们与美蒋分手，与共产党合作。开始，李、白未置可否。后来，李、白觉得此机可用，便派黄启汉左右联系，并一度接受包括“惩办战争罪犯”在内的中共八项和谈条件，其目的有二：一是拖延时间，延缓中共渡江；二是利用惩办罪犯一条逼蒋出国，以便桂系一统天下。这就是李宗仁和谈有腹稿，这是一条缓兵之计。
3.1李济深给白崇禧一封密信
1948年12月22日，他找到佳系立法委员黄启汉，对他说，李济深曾写过信托人带给李宗仁和白崇禧劝他们认清形势，同蒋介石决裂，向人民靠拢，但均未得复音，也不知道他们收到信否。李问黄启汉可不可以带他的一封信到武汉去见白崇禧，争取他起义。黄启汉听了很高兴，立即答应愿意去试一试。李济深当即拿出一小块白绫条子，上面写好了他给白崇禧的亲笔信，嘱咐黄启汉妥为收藏带去。此时，白是国民党华中军政长官，在武汉一带指挥着批一兵团陈明仁、第三兵团张淦、第十兵团徐启明、第十一兵团鲁道源及第十四兵团宋希濂等部队共约40多万人。李济深写给白崇禧的亲笔信原文如下：
健生吾兄勋鉴：
革命进展至此，似不应有所徘伽观望之余地，放下屠刀，立地成佛，至所望于故人耳。革命原是一家，革命者不怕革命者，望站在国民党革命委员会立场，依反帝、反封建反官僚资本主义、反独裁、反戡乱主张，赞成开新政治协商会议，组织联合政府，立即行动，号召全国化干戈为玉帛，其功不在先哲蔡松坡之下也。详情托黄启汉面陈。
专此即颂筹祺。
弟李济深上
2月22日
此外，李济深还和黄启汉讲了许多道理，要黄启汉转告白崇禧。黄启汉和李告别后，一面收拾行装和办理一些业务结束手续，一面去函给白崇禧，告知有要事将去武汉见他。
1949年1月中旬，黄启汉得白崇禧复信表示欢迎他去。与此同时，黄绍癝忽然到了香港，他向黄启汉和黎蒙（桂系在香港办的《珠江日报》社长）打听李济深的行踪，而这时李已从香港坐船去华北了。黄很失望，但他并没有告诉黄启汉他来香港找李济深的目的。黄启汉也没有告诉他关于李写信要黄带给白崇禧的事情。
黄启汉于1月15日到广州，19日到汉口。这时候，中国人民解放军已在淮海战役、平津战役中取得了震惊中外的决定性的胜利，国民党政权摇摇欲坠。白崇禧见到黄启汉带来李济深的信，喜出望外。他吩咐黄启汉，对任何人都不要透露这封信的事情，黄启汉唯唯诺诺。实际上，在车过衡阳的时候，黄启汉碰见李任仁从桂林来，转车去武汉，他说是应白崇禧的电召去商量要事的，黄启汉估计一定是白叫他去商讨时局问题，同时黄启汉相信李任仁是赞成李济深之主张的，所以黄启汉悄悄地把李济深写给白崇禧的密信让他看了。
黄启汉对白崇禧说，根据任公（即李济深）和黄启汉在香港谈话时的分析，蒋介石败局已定。中华民族已到一个新的历史转折关头。何去何从，对于这个问题，不能不进行认真、严肃、慎重的考虑。白频频点头表示对此无异议。黄启汉继续告诉白，任公说他自己并不懂得什么是共产主义、社会主义，但他相信共产党、毛泽东是真正为国家民族、为人民谋利益的，一切稍稍具有一点正义感、民族感的人，都应该赞同和掩护他们；何况蒋介石统治中国二十多年，已经把国家弄得一团糟，凡是有志之士无不痛心疾首，如今蒋介石即将彻底垮台，谁还再跟他走，那是再愚蠢不过了。
也许有人以为过去曾经反过共产党，现在怎么能够合得来？任公说，过去是过去了，历史是向前发展的，我们也要向前看，莫要向后看。任公说到他自己，不是也反对过共产党吗？但此一时彼一时也。过去不认识，今天认识了，只要现在我们所作所为，有利于人民，有利于建立一个独立自主的富强的新中国，就会化敌为友。