这个时期日军虽已对美英开战，但未放弃对苏联的戒备。根据"关时演"的经验，于1942年10月，将关东军司令部升格为关东军总司令部。为便于指挥作战，又增设两个方面军司令部和装甲军、关东防卫军司令部以及第二航空军司令部，并将驻防大陆"甲"、"乙"两种师团布于伪满各战略要地。在我国大陆战场，由于日本政府对国民党政府采取诱降谋略为主、军事打击为辅的方针，除针对五、六、九三个战区作战的第十一军保持两、三个"甲""乙"种师团，华南保留一个"乙"种师团，华东一个"乙"种师团外，大部分兵力均属"丙""丁"种师团。在华北，日军的作战对象基本上是八路军，重武器装备的"甲"、"乙"两种师团无用武之地，故基本上均属于"丙""丁"两种师团。
现将1942年日本侵略军在我国大陆和伪满军队编制、主官姓名、分布地区列表如下：
一、中国派遣军总司令官畑俊六总参谋长后宫淳
华北方面军司令官冈村宁次参谋长安达二十三副参谋长有末精三第一军司令官岩松义雄（太原）参谋长花谷正第三十六师团师团长（丙）井关仞（晋东南）第三十七师团师团长（丙）长野祐一郎（运城）第六十九师团师团长（丁）井上贞卫（临汾）。
独立混成第三旅团旅团长毛利末广（宁武）独立混成第四旅团旅团长津田武美（阳泉、榆次）第十二军司令官土桥一次（济南）。
参谋长河野悦次郎
第三十二师团师团长（丙）井出铁藏（兖州）第三十五师团师团长（丙）原田雄吉（开封）第五十九师团师团长（丁）柳川悌（泰安）独立混成第五旅团旅团长内田银之助（胶东）独立混成第六旅团旅团长盘井虎次郎（鲁中）独立混成第七旅团旅团长林芳太郎（鲁北）骑兵第四旅团旅团长佐久间为人（豫东）驻蒙疆军司令官七田一郎（张家口）。
参谋长稻村丰二郎
第二十六师团师团长（丙）柴山兼四郎（大同）独立混成第二旅团旅团长真野五郎（张家口）骑兵集团长西原一策（归绥包头）方面军直辖兵团。
第二十七师团师团长（丙）原田熊吉（唐山、昌黎）四十一师团师团长（丙）清水规矩（德州）第一一○师团师团长（丙）饭沼守（冀南）独立混成第一旅团旅团长铃木贞次（邯郸）独立混成第八旅团旅团长吉田峰太郎（石家庄、娘子关）独立混成第九旅团旅团长池之卫贺吉（冀中）独立混成第十五旅团旅团长田中勤（北平）第十一军司令官何南惟畿（驻汉口）。
参谋长木下勇
第三师团师团长（甲）丰岛房太郎（驻信阳）第十三师团师团长（乙）内山英太郎（驻宜昌）第三十四师团师团长（丙）大贺茂（驻南昌）第三十九师团师团长（丙）澄田睐四郎（驻沙市）第六十八师团师团长（乙）小野一霍（驻应城）第四十师团师团长（丙）青木诚一（驻咸宁）。
独立混成第十四旅团旅团长中山淳（驻九江）独立第十八旅团旅团长堤三树男（驻当阳）第十三军司令官泽田茂。
参谋长唐川安夫
第十五师团师团长（丙）酒井直次（驻南京）第二十二师团师团长（丙）大城户三治（驻杭州）第七十师团师团长（丁）内田孝行（驻宁波）第一一六师团师团长（乙）武内俊二郎（驻安庆）独立混成第十一旅团旅团长（驻苏州）独立混成第十二旅团旅团长（驻泰州）独立混成第十三旅团旅团长（驻合肥）独立混成第十七旅团旅团长（驻上海）第二十三军司令官酒井隆。
参谋长
第一○四师团师团长（乙）浜本喜三郎（驻广州）独立混成第二十二旅团旅团长（驻三水）海口支队（驻海南岛）独立混成第十九旅团旅团长（驻汕头）。
二、关东军
关东军总司令官梅津美治郎参谋长饭村穰直辖部队
第二十七师团师团长（丙）（驻锦州）第二十九师团师团长（甲）（驻辽阳）第七独立守备队。
第一方面军司令官山下奉文（驻敦化）直辖部队第二十八师团师团长（甲）（驻哈尔滨）第二军司令官（驻延吉）第七十一师团师团长（丁）（驻汪清）第九国境守备队（驻珲春）第三军司令官（驻牡丹江）第九师团师团长（甲）（驻掖河）第十二师团师团长（甲）（驮）（驻东宁）第一国境守备队（驻虎头）第四独立守备队。
第二十军司令官上田良月（驻虎林）。
第八师团师团长（甲）（驮）（驻虎头）第二十五师团师团长（甲）（驮）（驻鸡西）第二国境守备队（驻东宁迄林）第三国境守备队同上。
第十国境守备队同上第十一国境守备队同上第五军司令官（驻东安）第十师团师团长（甲）（驮）（驻佳木斯）第十一师团师团长（甲）（驮）（驻东安）第三骑兵旅团长。
第四国境守备队第十二国境守备队第六独立守备队（驻东安）。
第二十四师团师团长（乙）（驮）（驻林口）第二方面军司令官阿南惟几（驻齐齐哈尔）直辖部队第十四师团师团长（甲）（驻齐齐哈尔）阿尔山驻屯队。
第三独立守备队（驻昂昂溪）第四军司令官横山勇（驻孙吴）第一师团师团长（甲）（驮）（驻孙吴）第五十七师团师团长（乙）（驻山神庙）第五国境守备队。
第六国境守备队第七国境守备队第十三国境守备队第八独立守备队（驻北安）第六军司令官（驻海拉尔）。
第二十三师团师团长（机械化师团）（驻海拉尔）第八国境守备队（驻海拉尔）。
装甲军司令官第一战车团第二战车团第三战车团关东防卫军司令官。
第一独立守备队（驻奉天）第二独立守备队（驻长春）。
第五独立守备队（驻哈尔滨）第九独立守备队（驻承德）第二航空军司令官铃木率道。
国民党发动消灭新四军军部的皖南事变。
一皖南事变全过程国民党五届五中全会制定的"军事上反共"政策，在华北接连遭受失败后，遂于1940年夏将矛头指向长江南北的新四军部队。1940年7月，陈毅、粟裕率新四军一部渡江，韩德勤等未能将其赶回江南，反遭歼灭后，蒋介石遂决心消灭停留在皖南的新四军军部，于是，震动中外的皖南事变爆发了。
十年内战时期，王明任第三国际东方部书记，项英任中共中央江西局书记。项英是王明教条主义左倾路线的追随者。抗战爆发后，王明任中共中央长江局书记，项英任中共东南分局书记。他又坚决执行王明控制的武汉长江局的"一切经过统一战线"，"一切通过统一战线"的右倾路线，把新四军部队滞留在顾祝同第三战区后方的徽州岩寺地区，用半年的时间集中整训，准备应付顾祝同的点验、校阅，幻想得到国民党的装备补充，这样就使帮会和旧军人很快在敌后拉起众多的游杂武装，新四军丧失了挺进敌后，获得迅速发展的大好时机。1938年夏，中共中央东南分局和军委分会始派陈毅、粟裕等率一、二两支队向苏南敌后进军，但项英仍将第三支队控制在云岭，企图在日军进犯浙赣时占据黄山、天目山地区。对于江北地区的高敬亭、周骏明四、五两支队，项英亦于1938年4月间作了"政治上以巩固扩大统一战线为主"、"民运工作以合法的、合作方式为主"、"不宜单纯扩大部队"、"不宜提创立皖东抗日根据地口号"等错误指示，高敬亭照搬这些错误指示，长期滞留于舒城之蒋冲，不向皖东进军。1939年春，为了贯彻中共中央独立自主地开展华中敌后抗战的路线，周恩来代表中央到云岭新四军军部，传达中共六届六中全会精神，并征得项英的同意，确定新四军的战略任务是：向南巩固，向东作战，向北发展。但项英仍坚持其向南发展的错误主张，将已深入江南敌后的第一、第三、第五三个主力团调回皖南。经陈毅和第一、第二两个支队领导干部的力争，项英始将第三支队第六团（第三营仍留皖南）调归第一支队领导。此外，项英还把延安和武汉派来的大批干部和从前方各支队调训的军政骨干留在军部，实行所谓精兵主义，以限制革命力量的发展。
为了克服王明、项英的右倾机会主义路线，中共中央于六届六中全会后撤销了王明领导的中共中央长江局，将项英领导的东南分局升格为中共中央东南局，归中共中央直接领导。
1939年秋，中共中央为实现六中全会关于大力发展华中的战略决策，成立中共中央中原局，委派刘少奇主持中原局的工作，负责领导长江以北豫皖苏地区的党政军工作。1939年10月，刘少奇进入华中敌后，经过长期调查研究，为江北新四军确定了向西防御，向东发展的正确战略方针，获得陈毅、张云逸等江北广大将领的拥护。而项英却强调华中特殊，认为新四军向苏北发展必然会破坏统一战线，竟不顾中共中央再三指示，1940年春，竟公然接受顾祝同第三战区将第四、第五支队和挺进纵队南调江南的命令。由于遭到江北新四军全体将士的强烈反对，项英的这一错误主张才未能实现，从而使江北的新四军未在皖南事变中遭受覆没的命运。
顾祝同诱骗江北新四军回江南聚歼的阴谋既然未能得逞，便又于1940年秋季，严督东南电政特派员赵曾珏日夜赶工架设上饶通重庆的长途载波电话线，便于顾祝同与蒋介石直接通电话，密谋歼灭皖南新四军的方案。为了造成打内战的舆论，10月19日，军委会参谋总长何应钦、副总参谋长白崇禧以皓电致朱德、彭德怀、叶挺、项英，将陈毅、黄克诚两军在苏北建立抗日根据地与韩德勤作斗争，说成是"破坏团结，破坏抗战"，命令在一个月内全部开赴黄河以北，同时密令汤恩伯、李品仙、韩德勤等部三十万大军及顾祝同部准备向华中新四军、八路军大举进攻。中共中央为争取中间派的同情，缓和蒋介石的进攻，延长国共合作的时间，以利于全国对日抗战，决定于11月9日以朱德、叶挺的名义复电何应钦、白崇禧，除陈述苏北事件系韩德勤挑起内战，陈、黄两军为了自卫不得不予以反击，驳斥其皓电的反共诬蔑外，对其强令八路军、新四军撤出华中的荒谬要求严词予以拒绝；但为了表示团结抗战，同时也为了拯救被顽军包围的新四军军部，表示将皖南新四军部队撤往江北。但蒋介石和何应钦、顾祝同等人早就拟定了"剿灭黄河以南匪军计划"和"解决江南新四军方案"，对朱、叶复电置若罔闻，一面于12月8日，以何应钦、白崇禧的名义再次电令朱、彭和叶、项，限12月31日前将长江以南的新四军全部开往长江以北，黄河以南的八路军全部开向黄河以北，1941年1月底前，华中的新四军也要全部开到黄河以北。至此，国共两党的一场内战已难以避免。
为了消灭皖南的新四军军部，顾祝同秉承蒋介石、何应钦意旨，早就作了军事部署。顾祝同对驻屯皖南的川军唐式遵第二十三集团军很不放心，1940年夏秋之间即将原集团军的参谋处长加以共产党的罪名枪杀，五十一军军长郭勋祺因有亲共嫌疑，调离部队去重庆陆军大学学习，派黄埔系军官接任原集团军和五十军参谋长，掌握川军的作战指挥中枢。皖南已有川军的第二十三集团军总部，又于同年秋将驻赣东临川的上官云相第三十二集团军总部调驻皖南宁国。上官云相虽出身于孙传芳五省联军，但在蒋军军官中还是具有作战才能的战地指挥官。为了研究消灭新四军军部的作战计划，12月下旬，顾祝同密召上官来到上饶第三战区长官部，商定由上官统一指挥包括唐式遵集团军在内的各部对新四军的围歼作战计划，又于翌日晨去徽川第二十三集团军总部。
早在当年10月，顾祝同即已侦察出项英率部驻屯皖南，有在黄山、天目山、四明山建立根据地的意向，故根据何应钦、白崇禧的皓电，早就指示其参谋长邹文华和参谋处长岳星明，针对项英的军事行动意图，作了侧重防堵新四军南下的兵力部署，经顾核定，分别下达其大要如下：
（一）新四军北撤路线为：旌德、宁国南侧、广德、郎溪间，金坛、句容间，从镇江以东渡江。
（二）抽调诸暨方面的七十九师开往皖南太平附近，由浙东后方抽调一个暂编师接防。
（三）五十二师和一○八师应缩短正面，集结兵力，加强机动作战力量。
（四）电催四十师兼程西开，预定开往旌德、三溪和太平以东地域，归第三十二集团军指挥。
（五）一四六师开皖南休宁、屯溪间地域控制。当时，第三战区在皖南的兵力甚弱，为加强对新四军的作战力量，除与浙江省主席黄绍竑商调七十九师和十九师、六十二师外，又将三战区战斗力最强的由原税警团改编，配备有卜福式山炮营的方日英第四十师调来作为突击力量，部署在新四军突围必经的要隘地区。
上官云相于12月底到达徽州，当晚8时就在顾祝同派遣的长官部参谋处长陪同下，在岩寺第三十二兵站分监部，召开参战军官会议。上官首先讲话，说："新四军北撤的可能性较小，南窜的可能性较大，会议是奉顾长官的指示召开的，现由岳处长传达顾长官的指示。"接着由岳星明进行传达："顾长官有指示，新四军如果北撤，我们要掩护好；如果南窜，我们务要堵止住。无论如何，皖南必须统一指挥。唐副长官担负的正面已宽，责任已很重，所以这次打算暂由上官副长官负责统一指挥。"接着岳就宣布了顾祝同总部调整的指挥计划。唐式遵、张文清等将领虽然对顾祝同歧视杂牌军不满，但慑于蒋、顾的声威，也未敢表示异议。会议结束后，上官云相另外召集蒋军嫡系将领方日英、刘秉哲、段霖茂等"面授机宜"。各部队长翌晨即分别返回防地。泾县、太平间口袋阵已布置就绪，就等候项英等率部队进入，进行大屠杀。
关于新四军发展方向问题，项英站在右倾机会主义路线一方，一贯抗拒中共中央的正确路线，已如上述。1940年11月9日，中共中央作出皖南新四军移驻江北决定后，项英等仍恋栈江南，不积极作北移准备。陈、粟在黄桥歼灭李守维八十九军后，与顾祝同的关系已经破裂，项英还不断派后勤部门向长官部催要粮弹，幻想得到国民党的军饷和弹药后再开始行动。及至12月下旬，顾祝同围歼新四军的阵势已布置就绪，蒋介石已下达了"一网打尽，生擒叶、项"的命令。项英在此严重形势下，仍不下北移的决心，反向中共中央请示"行动方针"。中共中央于26日对项作了严厉指责："全国没有任何一个地方像你们这样迟疑犹豫、无办法、无决心的……似此毫无定见、毫无方向，将来你们要吃大亏的。"至此，项英才决定于1941年1月4日开始北移。
至于北移的路线，中共中央军委指示，应由繁昌、铜陵地区直接北渡，或经苏南镇江地区渡江，并已令江北、苏北两指挥部征集船只、竹筏接应。顽军不敢深入敌战区，即使有国民党军截击亦可在地下党的帮助下，利用地形熟悉的优势渡过江北，不致受到巨大损失。事实上已有后方人员随两个营渡过了长江，证明中共中央确定的北移路线是正确的。但项英坚持南走旌德、宁国，再迂回天目山麓到苏南的路线。这条路线经过顽军防线的后方，正应了国民党所谓新四军不是去江北抗日，而是建立三山根据地扰乱抗战后方的宣传，这就使新四军在政治上输了理。同时，顾祝同早就在这一带布置重兵，项英率军南下正是自投罗网。