俄罗斯的最高苏维埃成员大部分是苏共党员，他们对叶利钦的政策已经越来越不满。军人出身的副总统鲁茨科伊本来是叶利钦的亲密战友，也因为反对"休克疗法"和叶利钦大权独揽转而反对总统，并和车臣最高苏维埃主席斯兰·哈斯布拉托夫结成了统一战线，对叶利钦形成了巨大的威胁。
双方在俄罗斯应该建立怎样的政体这个关键问题上发生了尖锐的对立。叶利钦主张建立总统制共和国，哈斯布拉托夫主张建立议会制共和国。在1993年３月举行的全民公决中，53％的选民支持叶利钦，但大多数选民又反对叶利钦提出的提前选举议会。
为改变这一局面，9月21日，俄联邦总统叶利钦率先向对手发起了"总决战"。他宣布解散人代会和最高苏维埃，并决定在当年年底举行新的立法机构--联邦议会的选举。而人代会则针锋相对，不仅通过了弹劾总统的决议，而且还占据了议会办公地--白宫。
莫斯科出现了当代世界史上罕见的议会和政府武装对峙的局面。但是哈斯布拉托夫和鲁茨科伊限于白宫一隅，既不掌握媒体，也得不到军方的支持，虽然得到一部分民众同情。危机中的叶利钦斗志昂扬，他是那种愈挫愈奋的政治家，具有反败为胜的高超手腕。
看到事态没有和平解决的希望，叶利钦决心通过武力迫使议会向其低头。
10月３日叶利钦宣布莫斯科进入紧急状态，并调兵遣将进入莫斯科。10月4日，俄联邦军队开始向议会所在地白宫发起炮轰，从而制造了俄罗斯当代史上著名的"炮打白宫"事件。
４日凌晨，军方以特种兵部队打头，强行攻占议会大楼白宫，大批白宫武装守卫者伤亡，哈斯布拉托夫、鲁茨科伊沦为俘虏。当局公布死亡人数为140多人，但据后来参与进攻的军官宣称，实际死亡人数1500余人。举世震惊的"炮打白宫"事件结束了总统和议会的对抗，也结束了苏联时代遗留的政体。
在处理这一事件的过程中，普京又与索布恰克坚定地站在了一起，继续支持叶利钦的决定，而且成功地控制住了圣彼得堡的秩序。
在经历了上述两场生与死的考验后，普京的忠诚让一贯多疑的索布恰克深受感动，他坚定地感觉到普京是自己人。他公开表示，普京是绝对可以信赖的人。无论是在工作还是在生活中，他都只信任普京一个人。
索布恰克后来回忆说："我和普京曾共同经历了两次政变，一次在1991年，另一次在1993年。我知道他在这些考验面前的表现。"索布恰克认为，普京是一个真正值得信赖的有胆有识的人，他绝不会做出坑蒙拐骗的事。他说："我曾发现在我身边的人中，有一些人仍与克格勃机构保持着秘密的合作关系。但普京却未让我对他的忠诚和正直产生过任何的怀疑。并且在我们共同工作的6年中，普京从不向我伸手要荣誉、地位和奖金。"
普京得到了索布恰克的充分信任，并被其视为心腹，因此很快就被委以重任。1991年6月索布恰克当选圣彼得堡市市长之后，很快就成立了市政府下属的对外联络委员会，并安排普京出任了该委员会的主席。
此后，索布恰克又于1992年将普京提升为副市长，1994年3月将其提升为圣彼得堡市第一副市长并兼任对外联络委员会主席，从而使之成为自己最贴近的"左膀右臂"。
普京的表现也没有让索布恰克失望。无论是在任市政府对外联络委员会主席期间，还是在副市长的工作岗位上，普京都做出了突出的工作成绩。尤其是圣彼得堡的经济工作在他的领导下得到了很大的发展。
在他的直接领导和参与下，圣彼得堡市迅速建立起了外汇市场，并成功地与其他许多国外银行和大企业签署了引进外资，合资、合作建厂的协议书。特别是由于得到了在国外工作期间结识的老朋友的帮助，包括德累斯顿银行在内的许多德国知名大公司、大企业源源不断地进入圣彼得堡，设立办事处或分支机构。
在普京的倡议和支持下，圣彼得堡市开辟了外商投资区，对市政基础设施进行了现代化改造，在列宁格勒大学开设了国际关系系，培养所需人才。
可以说，正是由于得到了普京的帮助，索布恰克才得以在圣彼得堡奠定了推行市场经济的基础。
普京的政绩也引来反对派的攻击，他们以普京为克格勃工作过为由，企图将他从索布恰克身边赶走。但索布恰克公开批驳了这些要求，他说："首先，普京不是"克格勃的人"，他是我的学生；其次，普京曾从事对外情报工作，是在保卫国家利益。他没有什么可为自己的工作感到羞愧的。"
索布恰克将管理经济的大权交给了年轻的副市长，而普京也忠心耿耿地为索布恰克服务。普京在圣彼得堡市政府可以说大权在握，言出必行，一时成了圣彼得堡市炙手可热的人物。
俄罗斯在叶利钦的"休克疗法"和私有化之后，原来的计划经济体制基本被破除了，但是经济的发展仍未走上一条稳定持续发展的道路。圣彼得堡在这几年里，市场经济有了一定的发展，特别是外资的引进在俄罗斯居前列。
丘拜斯在领导实施私有化时，多次和负责圣彼得堡经济的普京打交道。丘拜斯后来回忆说，普京虽然不是学经济的，但是对复杂的经济问题领悟得很快。
普京分管的范围包括强力机构（警察、安全、司法、海关、边防等部门）和社会团体、旅馆、赌场和外国机构的办事处以及大型投资项目的审批。这些事务比较烦琐，但是接触面广，普京通常都代表索布恰克参加谈判并在向索布恰克请示后作出决定。
索布恰克非常信任普京，凡是普京决定的事项，索布恰克都会批准。
市政府的很多官员都猜不透索布恰克和普京之间的私人关系，两人也就是一起出访国外的时候才有较多的接触。其他时候都是各干各的。当然，除了工作上的接触，他们有时还在一起垂钓。闲暇时普京会带自己的妻子和女儿去索布恰克的别墅做客。普京对索布恰克尊称"您"，而索布恰克通常称呼普京的小名"沃洛佳"。
由于索布恰克经常出差，普京成了市行政机关的关键人物。圣彼得堡工商界乃至于黑社会的人士因此都知道，有事必须找普京。外商更是将结识普京作为进入圣彼得堡的必要条件。因此，人们称普京为"斯摩尔尼宫的"灰衣主教""。
普京在圣彼得堡工作的6年非常重要，甚至可以说影响着普京今后的人生。并且这对普京后来到莫斯科工作，都是很有益的。任何政治首先都是地方的政治，如果没有在一个城市或一个地区担任行政首长的经历，就很难接近一个国家的权力核心。
普京经历了苏联解体、苏共解散、1991年和1993年事件这些惊心动魄的变局，经历并且参与了由苏联的集权政治和计划经济体制向民主政治和市场经济体制的转变，又领导了圣彼得堡的市政府，从而积累了可贵的政治、行政和管理经验，包括和媒体打交道的经验，为其今后领导俄罗斯打下了坚实的基础。
冒险助恩师逃亡
1996年的圣彼得堡市长选举，索布恰克踌躇满志，全力以赴，准备连任。他的对手是他原来的副手弗拉基米尔·雅科夫列夫。索布恰克在圣彼得堡执政6年，树敌甚多，政绩却不明显。圣彼得堡市民需要的是更实在的东西。
普京担任了索布恰克竞选总部的负责人，但是索布恰克造成的局面，普京也无能为力，在5月份的选举中，索布恰克败北。
索布恰克下台后，立即遭到其对手的打击报复，面临受贿罪的起诉，有入狱的危险。普京在这次竞选活动中的表现让所有人为之侧目。他召开新闻发布会，带领市政府官员一起宣誓效忠索布恰克。索布恰克竞选失败后，新任市长雅科夫列夫邀请普京留任，但是普京认为这是对恩师的背叛，所以谢绝了他的提议。这也是对新市长的一种婉转的批评，因为雅科夫列夫也曾经是索布恰克的副手。
在普京离开市政府的当天，不少女人都哭了。在走之前，普京留下了一句后来被俄媒体广为流传的话："宁愿因忠诚被绞死，也比背叛偷生好。"
离开圣彼得堡市政府后，普京曾几个月处于失业状态，而当时家里还有两个孩子正在上学，需要抚养。这段时间，普京的情绪跌落到了人生的最低谷。
而落魄的索布恰克也好不到哪里去，他疾病缠身，政敌又在虎视眈眈地盯着他。为避免政敌的迫害，普京决定相助索布恰克逃到巴黎去接受治疗。
普京首先会见了舍甫琴科教授，向他说明了对前市长构成威胁的所有细节。普京还和索布恰克本人以及索布恰克的妻子柳德米拉·纳鲁索娃谈过话。决定只有一个，应当立即将病人从圣彼得堡转移到国外去。但具体该如何操作呢？舍甫琴科教授没有任何好主意，普京决定动用自己的力量，启用他的联络渠道。在后来描述自己从圣彼得堡顺利逃脱的经历时，索布恰克特别强调自己妻子出乎意料的掩护才能和上帝的帮助。但是他应该知道除了妻子和上帝之外，这次非同寻常的行动还仰仗了自己的一位知己--普京。
11月6日，索布恰克通知舍甫琴科教授，说他打算离开这家医院到巴黎的美国医院里去接受治疗。柳德米拉·纳鲁索娃于10月7日早上5点就来到了医院。6点时，她叫醒了丈夫。一切都已经准备就绪。早晨8时，舍甫琴科教授来到病房，把索布恰克的病历和所有诊断治疗资料一并交给了纳鲁索娃，纳鲁索娃在交通和治疗责任书上签了字。9点，索布恰克被抬上担架，上了停在院子里的急救车。在医生的陪伴下，索布恰克和纳鲁索娃乘车直奔普尔科沃机场。在那里，一架芬兰的医用飞机已等候多时。这架飞机是一位匿名捐助者花了3万美元，从一家芬兰私人医药公司租来的，飞机上有转移危重病人的特种设备。索布恰克被直接抬进了飞机，而他的妻子纳鲁索娃则负责向海关和边防警察出示所有文件、随身物品和携带的现金（8000美元）。所有旅行必需的手续都已经妥善办理完毕。在机场，无论是海关还是边防检查人员都知道索布恰克要离开，但谁也没有想到这是怎样的一次"秘密特殊行动"。总体而言，他们并没有违反法律规定，随后的调查证明了这一点。索布恰克和纳鲁索娃所乘的飞机顺利抵达了巴黎，索布恰克处于芬兰医生监护下。11月7日下午换由巴黎美国医院的医生负责对其进行治疗。
11月6日、7日恰逢俄罗斯的节日。索布恰克原来入住的医院对该行动一无所知，电话录音中还留有纳鲁索娃的声音。而此时，不允许索布恰克离开圣彼得堡市的命令还有效。但由于是公众假日，"迫害"前市长的那些人放松了警惕。后来，普京本人透露："我去了圣彼得堡，见了索布恰克，在医院看望了他。11月7日，我的芬兰朋友派来了医疗飞机。您知道，11月7日这天全国都在过节。索布恰克离开圣彼得堡这件事直到11月10日才被大家发觉。"这引起了轩然大波。在那一天，柳德米拉·纳鲁索娃在巴黎饭店大厅里举行了新闻发布会，很多俄罗斯和西方报刊、电台和电视台的记者蜂拥而至。一些人将索布恰克逃离俄罗斯比做1967年斯大林的女儿斯维特兰娜·阿利鲁耶娃逃离勃列日涅夫统治下的苏联……
在巴黎的美国医院，医生为索布恰克做了体检，并详细检查了冠状动脉和其他诊断情况，证明了圣彼得堡军事医学院的结论是正确的。由于患者病情严重，根本不可能进行心脏和血管手术，只有最疯狂的外科医生才会拿索布恰克的生命和自己的声望去冒险，作出立即手术的决定，美国医院里还没有这样的医生。索布恰克现在需要的只是充分休息和好好地保守治疗。
在巴黎的这段时间里，索布恰克身体状况日渐恢复，但他不仅想返回俄罗斯，而且还希望重新站在政治舞台上。他在巴黎出版了一本名为《一打尖刀射向后背》的书，主要讲的是1996-1998年的一系列事件。索布恰克还曾几次接受俄罗斯电视台的采访。不过，俄罗斯媒体对他的评价仍然是负面的："索布恰克在巴黎市中心购买了一栋房子"，"索布恰克在巴黎购置了一套豪华寓所"等等。而事实上，索布恰克在巴黎的生活非常简朴，开始是住在一家价格不贵的饭店，后来搬进了从一位圣彼得堡商人手里租来的一套公寓中。
远在异国他乡的索布恰克真正体会到了众叛亲离的滋味，曾经亲密无间的同人都跟他断了交往，只有普京还和他保持着联系。普京本人的地位后来逐渐上升，在可能的情况下，一直为索布恰克提供力所能及的帮助。对此索布恰克是心怀感激的，他说："我在被迫出走法国后，曾给我认为是朋友的许多人打过电话，但他们都不再理睬我。而普京却总是能接听我的电话，并给我以力所能及的帮助……"
一步步走向权力的巅峰
在之后的几个月里，迫于生计的普京不得不准备外出找点事做。最初从莫斯科传来消息，要请他去那里工作，但是不知为什么对方又改变了主意。
但没过多久，在另一位圣彼得堡出身的领导人、第一副总理鲍尔萨科夫的关照下，普京被任命为总统总务局副局长，负责法律处和俄罗斯境外财产。