由此，金陵刻经处便宣告正式成立，因为各位同仁都有自己的工作，所以必须设主僧一人以管理内部事务和外出募资。
妙空法师，扬州江都人，俗名郑学川，字书海，少年能文，名重一时。1866年，42岁的他在南京受足戒，出家为僧，法名妙空。他是金陵刻处的发起人之一，又当了主持僧，在刻经中起着独特的作用。但是，他在金陵刻经处所待的时间不长，不久后，他就回到了家乡扬州，仍以刻经流通为职志，先后创办了如皋、杭州、常熟、砖桥鸡园等地的刻经处，自号为“刻经僧”。妙空法师离开南京后，金陵刻经处的工作便由杨仁山独自承担下来。此间，杨仁山与妙空保持着密切的联系，二人经常书信往来。杨仁山因公事繁忙，不能专事刻经，又因要养家糊口，不能辞去公务。妙空在给他的信中，要求他须设法分身，双管齐下，期望他撑起脊梁，肩此重任。他们相互激励，共同为刻经事业奋发努力，分工合作，相互补充，不相重复，以共同刻成全藏为目标。但妙空法师因辛劳过度，于1880以年仅55岁之年而圆寂。他圆寂之时，刻经处已刻有《大般若经》525卷。在他圆寂后三年，在他的弟子和其他人的共同努力下，终将《大般若经》600卷全部募刻完成。妙空法师为复兴近代中国佛教功不可没。
经过修复的今日经版储藏室杨仁山对妙空法师有深厚的感情。他的长女杨圆明21岁在扬州出家，法名圆音。她的剃度师就是妙空。妙空圆寂后，他所创办的几所刻经处，除扬州砖桥江北刻经处勉力支撑后，其他均渐至零落。杨仁山后来说到刻经事业时，抚今追昔，慷慨深叹：“刻经之事须设居士道场，昔年同志共举刻事，乍成即歇者为多。虽砖桥刻经不少，而人去业败。必朝名丹铅，感发兴致，然后有继，以渐而成。”
砖桥所刻《大般若经》的7038块经版，现完整保存在南京金陵刻经处的库房之中，其他劫后余存的经版22900多块，现也保存在此。
1866年，杨仁山募资刻印《净土四经》的时候，正值30岁。对于一个中国男人来说，“三十而立”，正处年富力强之时。这一年，他以无比坚强的决心确立了自己一生刻经以弘扬佛法的事业，然后，积跬步而致千里，汇溪流而成江海，从而使中国佛教真正走上了复兴之路。杨仁山1866年开始刻经，而金陵刻经处是1868年正式成立的，1949年新中国建立后，金陵刻经处负责人徐平轩居士认为，杨仁山1866年刻印《净土四经》，应该是金陵刻经处成立的标志。此后人们沿用此说。改革开放后，金陵刻经处逢十均举办大型纪念活动，活动所记的刻经处成立时间，以1866年为准。
三、一心学佛
到1872年底，杨仁山在江宁工程局的工作基本结束。他在工程局工作的七八年时间里，任务繁重，晚上回到家还要管理刻经处的事务，校勘刻经，常常至夜深漏尽，异常辛苦。现在工程局的工作结束，他可以安排时间，专事于学佛了。
除了三藏（经、律、论）的刻印流通外，西方极乐世界的绘画和菩萨造像对人们学佛受信也同样重要。这个时候，王叔梅居士选定了一系列的菩萨造像和西方极乐世界等绘画，杨仁山延请画工张益绘成“极乐世界庄严图”、“十一面大悲观音像”等图画，聘请当时著名的雕刻家潘文法刻成大幅版，印刷流通。至光绪年间，共计雕刻了18种，如，《西方极乐世界依正庄严图》。杨仁山后来在重新雕版时作《图跋》说明了其绘制刊印的经过：
昔善导和尚画净土变相三百余壁，岁远年湮，不可复睹。近代彭二林居士绘极乐庄严手卷，系以诗偈，予曾见之，叹赏不止，然篇幅甚长，未便悬供也。有拙道人者，专修净业，雅尚莲宗，见南北丛林所刊《极乐图》，未臻精妙，乃考《净土三经》，参以《造像量度》，选择良工，绘而刊之，时在同治癸酉岁也……
拙道人是王叔梅晚年的号，癸酉岁即同治十二年（1873）。这些佛像雕刻精细，形象庄严华妙，是版画艺术和文物中的珍品。18种雕图中，有一部分底图采用了历代著名画家的绘像。如“慈悲观音像”，是康熙年间金陵画家周璕仿唐代吴道子画而成，采用了“兰叶描”和中国传统的衣褶画法。像中右腕的衣褶，内外层次分明，刻画细腻，手指修长，具有“吴带当风”的动态美感；雕刻精细，缕缕发丝刻画分明，保持了原画的精神和笔锋特色。“灵山法会”是明简诏所绘的一幅群像构图，画面人物多达97人，几无虚隙，而层次分明，章法严整，人物神态各异，栩栩如生。
此时，复任两江总督的曾国藩已经病逝，而官运亨通的李鸿章已升至相当于当朝宰相的直隶总督和北洋大臣。他函邀杨仁山北上天津，参加天津的城市工程建设。杨仁山荐举自己的弟弟杨文润北上工作，而自己则以家庭人口众多、老母需要照料、刻经事务不能离身等原因而婉言谢绝。
以杨仁山的能力和干事踏实的作风，如果一直跟随李鸿章，他的官宦仕途必然显赫无疑，官居要职也指日可待。他的同乡及同事周馥在江宁工程局只干了很短的一段时间，便应李鸿章之聘，进入李鸿章的内阁机关，从一般文案秘书工作干起，最后也官至两江总督。但杨仁山的内心世界有自己的天地，他的佛学研究和刻经流通的志向不可改变。这也就决定了他只能放弃辉煌的仕宦前途，而默默走在奉献于佛学的道路上。周馥年老以后，以体弱多病主动请辞，跟杨仁山学佛娱老。杨仁山在给他的信中说：“阁下仕而后隐，弟不仕而隐。阁下以隐为隐，弟以不隐为隐，殊途同归。”这话说的是实情，但也意味深长，两相对照，却是两种不同的人生。1866年，杨仁山全家从安庆迁至南京，所租用的房子就是周馥在常府街的寓所，且长期租用，直至在花牌楼重租新房以后。新中国建立后，周馥的孙子周叔迦任中国佛教协会的副会长，周氏兄弟三人商议，将周氏这一祖宅捐献给了金陵刻经处。
四、求经书于江浙
1874年，即同治十三年的春天，杨仁山外出作了一次长途旅行。他到了浙江的宁波，去阿育王寺礼瞻舍利；到了普陀山朝拜梵音洞，游览了东南这一佛教圣地。
对于信仰佛教的人来说，礼瞻舍利是一项最崇高的仪式，也是佛家弟子最大的心愿。阿育王是印度佛教创始时期的一位国王，崇尚佛教，大力支持佛教事业。史载，阿育王以神力碎七宝为末，和以香泥，在一夜之间，造成84万座宝塔，每一宝塔中置佛舍利一颗，并请耶舍尊者发神通力，发84万道光明，敕令鬼神，于阎浮堤，选六殊胜境、八吉祥地，安放宝塔一座，令众生供养植福。据说，中国有19处地方符合“六殊胜境、八吉祥地”的条件，宁波的阿育王寺就是其中之一。僧人和居士及广大信众到了宁波必然要到阿育王寺礼瞻佛舍利。
普陀山是中国的四大佛教圣地之一，供奉的是大慈大悲的观世音菩萨。
中国四大佛教圣地所供养的菩萨各不相同，各有其缘由。安徽九华山供奉大愿地藏王菩萨，四川峨眉山供奉大行普贤菩萨，浙江普陀山供奉大悲观世音菩萨，山西五台山供奉大智文殊菩萨。对于佛教徒来说，首先要发大誓愿，要有一个崇高的理想（大愿）；然后身体力行，脚踏实地地真干（大行）；在修行的过程中，要具有大慈大悲的胸怀，不为自己谋一利，但愿众生得离苦（大悲）；只有这样才能修成正果，达到般若智慧的境界（大智），从而实现愿望，解脱涅盘。
佛教在中国的发展中形成了自己内在的精神和结构布局，但在现实生活中，却被愿望过于强烈的世俗大众弄得混乱不堪，几至迷信的地步，偏离了佛教“转染为净、转识为智”的原意。
杨仁山此次出游，真正的目的是为了搜寻佛学经典和古代高僧大德探讨佛学义理的著作，佛教在中国传播和发展的过程中，出现了大批上等智根的龙象之才，他们的著作才是中国佛学传承的真正的源头活水。杨仁山每到一处都要去拜访有学问的高僧，遍寻佛经和古书，但是，令他非常遗憾的是，他遍求佛经古书而不得，更令他失望的是，当时的僧人之中，真正有学问又懂得佛理者少之又少，不少是装神弄鬼、故弄玄虚、忽悠凡众的不学无术之辈。
杨仁山听说苏州洞庭西山的古刹中曾存有多种古经和经版，便来到苏州，找到了西山古刹。但刹中的住持告诉他，古经书和经版早已毁于兵火。他失望而归，身上所带的旅费已经花光，回家的盘缠也成了问题。
其实，西山古刹中确实存有经版，而且数量还不少，但是，一般寺庙中都将收藏的旧经版视为稀世珍宝，秘不示人。杨仁山实际上是遭受了一次拒绝。新中国建立后的1956年，苏州的道航法师向上海佛教协会反映西山祗树庵有一批旧经版，亟须抢救。金陵刻经处则派专人前往运回保管，此批旧经版共计1681块，皆为康熙四十三年（1704）至五十七年（1718）所刻。
回到南京后，生计的重担又一次压到了杨仁山的身上，老母在堂，五子二女均已出世，他的一家，连家中的仆佣及长期住在一起的亲戚，一家共有20多口，每日的开销不是一个小数目。为养家，他只得接受朝廷新的委差。1873年夏天，杨仁山奉命在南京下关修建炮台，工期4个月，共要完成3座炮台和11所炮房的建筑工程，并对开花炮营和新建的3座炮台各修筑一圈营垒。到年底工程完工以后，他向上宪汇报，并经上司验收合格。
年底工程完工后，第二年就是光绪元年了，杨仁山继续为解决家庭的负担而奔波。在江宁工程局多年的工作经历培养了他在工程建设方面的才干。经他所建的工程质优费省，使他在建筑行业颇有名气。这一年，他又得到一件工程建设的差委：经理汉口盐局工程。这项工程历时一年。此项工程完成以后的1876年，他便应当初在南京一道学佛、一道发起成立金陵刻经处、而后又回到家乡湖南任职的曹镜初的邀请，前往湖南，与老朋友会面去了。