运用西方自然科学知识解释佛理，杨仁山是中国的第一人，也是他佛学思想的一大特色，它反映了佛学研究与近代科学知识相结合的一种趋势，对后来的佛学研究者及一批进步思想家都有极大的影响。
《佛教初学课本》及注释在社会上流通量很大，版渐消磨，到了上世纪30年代，该课本又重新刻版。它在佛学传播中所起的作用不可估量。
三、以佛理阐释儒与道
1896年2月，刻经处开雕杨仁山所著《阴符经发隐》一书。
《阴符经》全文只有384字，但历代以来却有无数注家，其中以姜太公、范蠡、鬼谷子、张良、诸葛亮、李筌六家最为著名。传说该经是广成子授予黄帝的修炼之书，也有人认为是黄帝所作，或玄女所作。唐代李筌自称此书是他受之骊山老母，因此后人多怀疑此书是李筌的伪作。杨仁山统观全经奥义，认为非大圣人而不能作，自洪荒苍茫，文教之兴，始于黄帝，老、列、庄所引用的，尽为黄帝所言。因此，不论此经为何人所传，其微言大义，必出之于黄帝，可以认定该经为黄帝所作。
杨仁山这样的推断难免不有主观臆测之嫌，但从中可见他对《阴符经》的推崇。
《阴符经》究竟是一部什么样的书呢？杨仁山在题解中说：“隐微难见，故名为阴；妙合大道，名之为符；经者，万古常法也。”根据杨的这个理解，我们可以知道，这是一本阐述事物本质规律的书。《阴符经》开篇第一句为：“观天之道，执天之行，尽矣。”这十个字可以说是全书的总纲，它的全文所说的应是人心与天道的关系，如何顺应天道，与自然和谐相处，才是一个人立身修行的根本。但历代的注释家们往往把它当作兵书或丹诀来看待。全书384个字，言约义丰，深奥难懂。后人对之作各种各样的解释，并将它神秘化，这或许是中国上古典籍的一个宿命。如果把《阴符经》当作兵书或丹诀之书，就如同把真金当作铜铁之用，实在太可惜了。
杨仁山在青年时期喜读奇书，搜罗道家、兵家等诸子各种奇书。他在齐云山咏颂的短诗中有“宇宙在乎手，万化生乎身”一句，就出自《阴符经》。后来他专意学佛，便将这些奇书束之高阁了。直到二十多年后，杨仁山从国外回来，检阅藏书，才将《阴符经》等各种奇书拿出来浏览。他重读奇书，才发现年轻时读这些书并没有完全理解书中深义。这次细心体究，才恍然明白：古圣的垂教原来与大乘佛典有异曲同工之妙，虽然文体、语言、表述方式等不一样，但内在的义理相互贯通，互为表里。于是，他决定结合佛法来重新注释中华古代典籍，以期发现隐藏在诸子经典中的佛学深意。
“发隐”一词可能是杨仁山的自我发明。他对此词未作任何明确的解释。但读者通过阅读，就会发现他是在发掘古代经典作品中的佛学意义。写出《阴符经发隐》之后，杨仁山就开始了“以佛释儒”、“以佛释道”的工作，以佛教的知识和道理来解释儒家和道家的经典。晚年，他陆陆续续地写出了“发隐”的系列作品，后来编入杨仁山文集的有：《阴符经发隐》、《冲虚经发隐》（列子）、《南华经发隐》（庄子）、《道德经发隐》（老子）、《论语发隐》、《孟子发隐》等。
在杨仁山之前，也有一些古代的高僧大德用佛法解释儒道经典。如明代的陆西星和憨山法师都曾用佛法佛理注释过《南华经》。但在杨仁山看来，两人的注释都有发挥未尽之意。杨仁山对佛教的各种经典都很熟悉，运用起来驾轻就熟，每一部“发隐”作品，都不局限于一部或两部佛教经典，而是在一个十分宽广的佛教经典和思想背景上来注释，从中可以看出杨仁山对佛教各宗门派的理论体系均有系统的掌握而运用自如。
杨仁山在《学佛浅说》一文中说：
先圣设教，有世间法，有出世法，黄帝、尧、舜、周、孔之道世间法也，而亦隐含出世之法。诸佛菩萨之道，出世法也，而亦该括世间之法。
杨仁山的这段话可以表明他对“世间法”和“出世法”的看法。他以“世出世间不二”的思想观念来理解人类的最高智慧。孔子、老子和释迦牟尼虽属同一时代的人，但国度不同，互不相知，他们是在各自的国家和文化背景上来发展自己的思想学说的。尽管如此，他们的思想都属人类的最高智慧，都有内在的相通，所以佛教传入中国以后，与儒道两家相互融会贯通，成为中华传统文化的重要组织部分。杨仁山所著的“发隐”系列作品，可以被看作是对儒道与佛学融会贯通过程中的又一次新诠释。与中华文化结合，才是佛教在中国复兴的基础和先机。刻经流通和经典阐释及与中国文化深度结合，都是佛教复兴中的有机组成部分，缺一不可。“发隐”系列作品的真正意义或许正在于此。
当年传教士李提摩太决定要翻译《大乘起信论》，是因为他发现了《大乘起信论》中与基督教经典有相通互融之处，这使他看到东西方的信徒完全可以相互了解，减少冲突，和谐相处。为此他想借助佛教来弘传基督教。这种援佛入耶的做法让杨仁山不能接受，心中颇为不快，拒绝继续与李提摩太合作。现在，他用儒家和道家的经典来阐明佛教，说明在他的心目中佛法的地位是至高无上的，是其他任何教都无法超越的。
“发隐”系列作品在杨仁山的著作中占有较大的分量。在这些作品中，有很大一部分可能都不能为后人所赞同，但在当时，却是一种开创性的工作，按照中国古代“六经注我、我注六经”的治学方法，“发隐”系列作品也是中国经典诠释的重要著作，尤其在比较学上有更大的意义，为东西方经典比较研究提供了一个极好的样本。
四、《谢客启》
到1906年，杨仁山已经70岁了。他搬进延龄巷新居也已经有10年的时间了。这10年，是他佛学事业最辉煌的10年。他从日本寻回的古代大德佚书，通过认真校勘，一批批刊印流通。这批经书使当代学者真正接上了隋唐时期佛学的血脉，晚年杨仁山破除了近代对佛教的迷信和歧义，正法的光芒在这些古哲智慧辉映之下，普照人间。佛教的复兴渐有规模。他渐渐看到自己一生奋斗所带来的累累果实，而且声誉日隆，前来学佛的弟子一批接着一批。这些弟子在刻经处所住的时间，长短不一，来去自由。杨仁山对弟子们没有任何外在形式的要求，只要内心礼佛，不需要刻板的宗教仪规。而他自己一生中的主要著述也基本在这10年内完成。搬进延龄巷的10年时间，使他的佛学事业进入了崭新的阶段。
但是，他现在确实已经老了，“人生七十古来稀”，在当时生活条件下70多岁的人是不多见的。当时中国人的平均寿命还不到40岁。虽然看上去，他身体壮实，声音洪亮，但他自己明显感到体力衰弱，对许多事情都已经无能为力了。而现在恰恰是金陵刻经处门庭若市车马喧的时期，到南京来的官员和文化人中，有很多人都要到刻经处来拜访他，向他请教佛学。旧日的相识、朋友、弟子、还有寺庙的僧友等也不断地前来探望，每日寄到刻经处的信件都有厚厚的一大摞，还要受邀参加一些佛教界的活动和演讲等等，所有这些，都要耗费他大量的时间和精力，对于年老体弱、腿脚不便的他来说，已经无力招架。留给他的时间已经不多，他还有许多事情没有完成。《瑜伽师地论》这部艰涩难懂的重要著作，他正在校勘之中，不知何时才能完成。这部著作对中国佛学至关重要，是续千年之绝学。而早存于心要办僧学堂的愿望因为经费原因一直未能实现。对他来说，要做的事情实在太多了。他再也不能在繁琐的事务之中和送来迎往的交际中耗费宝贵的光阴。这年的春天，他写下了一帖《谢客启》，公布于外，希望外间人士能够理解他。
《谢客启》全文如下：
鄙人性喜山林，不贪荣利。自二十七先君子弃世，家贫母老，无以为生，从事于宦途者三十年。内而吴、楚，外而英法，公务之暇，游心释典。幸得一隙之明，遂以家事委诸儿辈。今年已七旬，精力衰颓，敬告新旧知交，权作谢客之计。及此桑榆晚景，藉以校订深经，刊之印之，嘉惠后学，庶不负四十年来一片婆心耳。所有远方来函，概不作答，伏乞鉴原。
杨仁山虽然下定了决心，要以自己的桑榆晚景，校订深经，嘉惠后学，但是即使是最伟大的人物，也容易被生活的水流所裹挟，被日常生活的惯性所推动，更何况以他少任侠、喜击刺骑射之术的性格，恐怕也难以成为一个皓首穷经的人。他并没有过上宁静独处的生活，新的机缘在等待着他，他多年想开办僧学堂的愿望在陈三立和月霞法师等人的极力赞助下即将实现。他又一次不得不全力以赴地奔走各方，制定办学简章、编定课程、聘请教师、招收学员等大量工作之中，事无巨细都要一件件地去落实。老骥伏枥，志在千里，他忙碌的生活又要开始了。