一、办僧学堂的愿望
早在1893年杨仁山在上海结识锡兰人达摩波罗后，就答应他要在中国培养一批年轻的通华、梵、英三种文字的杰出人才，到印度弘传佛教。自那以后，杨仁山就开始不遗余力地提倡僧教育，但几乎无人响应，以他个人的能力一时也难以完成此举。直到十年之后，到他那里学佛的人才渐渐多起来。他在写给友人李国治的信中说：“近年尝有就学于敝寓者，九江桂伯华最为猛利，已相依两载矣。现拟添造房舍，能住二十人，造就佛学导师，为开释氏学堂计也。”要开办僧学堂，首先要造就一批深通佛学的教师。杨仁山为此深谋远虑。无奈的是，不久桂伯华就离开刻经处到日本留学，而前来学佛的弟子们都有自己的事业与前程，他自己也是到了第二次从外国回来已经53岁的年龄才能做到一心事佛。
从经济条件来说，杨仁山53岁以后，所过的是退休生活，不再工作，没有经济来源。家用都是靠田租维持，多年刻经留下了大笔债务，只能分摊给三个儿子。他现在要办僧学堂，如果没有有钱人的赞助，无论如何是办不起来的。
尽管如此，开办僧学堂的愿望和信心在他的心中却永远不会熄灭。在南京由日本人开办的佛教组织般若密多会，多次请他去演讲。他在一次演讲中说：“欲求振兴，惟有开设释氏学堂，始有转机。乃创议数年，无有应者，或时节因缘犹未至耶？请以观诸异日。”
“观诸异日”，杨仁山在等待机缘的成熟。
杨仁山传第十三章祗洹精舍杨仁山要办僧学堂，除了他要完成自己派杰出的佛教人才到印度传教的宏愿以外，他对当时佛教界的状况不满意，也是他决定必须办僧学堂的一个重要原因。他曾多次在多种场合对佛教界提出严厉的批评。他在般若密多会的一次演讲中说：
近世以来，僧徒安于固陋，不学无术，为佛法入支那后第一堕坏之时。
他在《释氏学堂内班课程刍议》中说：
盖自试经之例停，传戒之禁驰，以致释氏之徒，无论贤愚，概得度牒，于经律论毫无所知，居然作方丈开期传戒，与之谈论，庸俗不堪。士大夫从而鄙之。西方佛旨，无处问津矣！
杨仁山对僧徒文化素质低下和佛教界的庸俗不堪现象甚为痛恨。他认为，要改变这种状况，唯有办僧学教育。他在《支那佛教振兴策第一》一文中说：
为今之计，莫若请政务处立一新章，令通国僧道有财产者，以其半开设学堂，分教内、教外两班。外班以普通学为主，兼读佛书半时，讲论教义半时，如西人堂内兼习耶稣教之例。内班以学佛为主，兼习普通学，如印度古时学五明之例。如是，则佛教渐兴，新学日盛，世出世法，相辅而行。
他提出的这一“中国佛教振兴策”，各地的佛教会在张之洞提出将庙产没收开办新学以后倒是真正地响应起来，办起了僧学堂，这让杨仁山非常高兴。扬州天宁寺开办僧学堂的时候，杨仁山听说他的往日朋友陶森甲被派往常州、镇江，任最高地方长官，立即致信陶森甲，请求他将属下常州和镇江的几处大寺庙开办为僧学堂。信很简短，全文如下：
久未晤谈，渴想殊深。顷闻摄篆常、镇，欣喜之至。弟所求者无他，欲得大力主持开办释氏学堂耳。扬州天宁寺已禀准立案，开办僧学堂，定于二月间开校。镇江之金山江天寺、常州之东门外天宁寺，均在治下。亦宜开设僧学堂，以振兴佛教。但各寺住持僧安于守旧，不乐维新，非得大权力以鼓动其机，不能奋发有为也。
正因为杨仁山深明各寺庙的住持长老们因循守旧，才在信中寄希望以陶森甲的权力发生影响。
但是，各地办僧学堂的目的多数却不是杨仁山提出的振兴佛教，而是为了保护寺产，真正的僧学教育却办不起来。各地办僧学堂，只不过是对付张之洞的权宜之计。包括扬州天宁寺所办的僧学堂也是如此。学堂负责人文希和尚倒是真想把学堂办成一个造就僧才的地方。学堂除教授佛学课程外，并授英文、日文。日文由日本的道杨居士担任。文希和尚从道杨居士那里得知日本僧教育进步，便决定东渡日本考察其办学经验。他从扬州渡江至镇江，晚宿于万全楼客栈，准备第二日乘车去上海转往日本。就在这天夜里，两江总督的警政机构将文希和尚逮捕。
逮捕文希和尚的原因，是扬州诸寺庙山长告他东渡日本的目的是勾结在日本的革命党，图谋不轨。政府一闻他要勾结革命党，谈虎色变，连夜将他捉拿。
扬州诸寺庙山长为何要诬告文希？原因是内部斗争，是顽固守旧的势力要操纵僧学堂。因为办僧学堂的经费要由各寺院负担，各寺庙山长本来无意办学。他们同意出资办僧学堂，只是保护寺产的一种手段，并非真正想办学培养人才。他们对文希的做法早有猜忌，对他赴日本考察更具戒心。在他们看来，日本佛教徒娶妻吃肉，形同世俗，早已变质，与中国的佛教制度背道而驰，无任何考察的必要。要学习日本的佛教，无异于给中国佛教带来灭顶之灾。所以他们听说文希已动身前往日本，立即向清廷告发，并不惜以“勾结革命党”来栽赃文希。
文希和尚被两江总督判为终身监禁，转至江西石城监狱关押。在关押期间，文希上书喊冤。杨仁山得知此事真相后，特致信已经身居安徽布政史的郑孝胥，请求郑孝胥设法营救文希。郑孝胥在回信中说：“文希狱，闻之已迟，不及施救，官场护短，此时颇难为力。”
文希和尚被逮捕后，扬州天宁寺僧学堂停办。从这一事件中可以看出当时中国僧界新旧思想斗争十分激烈。后来杨仁山给远在四川积极推动僧学教育的惟静法师写信时说：
江南学务，莫先于扬州天宁寺，而阻之者甚多，甚至同室操戈，斗争坚固，甚可叹也。
在悲叹之后，杨仁山更加感到要改变僧界愚昧落后、顽固守旧的状况，必须要培养僧界人才，重申三藏教义。对于中国佛教界的状况来说，倡办僧学，形势迫人。
恰在此时，陈三立主办南浔铁路，有意赞助杨仁山办僧学堂，再加上一直尊重杨仁山、把杨仁山看成是大菩萨现身，见到杨都要行跪拜礼的月霞法师也积极支持，愿意化缘募捐。于是，杨仁山开始筹办以招收青年僧徒为主的僧学堂——祗洹精舍。
二、祗洹精舍
1907年，杨仁山开始着手创办僧学堂。他在致李国治的信中说：
南方有人发愿重新印度佛教，选才教授，敝处独肩其任。台驾南来，共襄盛举是所愿也。僧徒课程计三门，一者佛学，二者汉文，三者英文。三门精通方能赴印度布教，人数以十名为度。非五万金不办，筹款全仗他人分任……
比杨仁山小七八岁的李国治在湖北工作，是杨仁山多年的老朋友，曾多次施资金陵刻经处刻印经书，对佛教事业有浓厚的兴趣。6年前，李曾写信告诉杨仁山，自己的6年履职期满，即告退至南京，想与杨仁山共谋佛教事业。但6年后，李国治不知何因没有到南京。杨仁山给他写这封信，是希望他能到南京共谋僧学堂一事。
从这封信中可以看出杨仁山办僧学堂的目的，仍还是为了造就能够到印度去传教的人才。这样的人，要佛学、汉文、英文三门都精通。达到精通的程度，祗洹精舍（吕澂1983年题写）非一年两年可完成。单就佛学一门，杨仁山在《释氏学堂内班课程刍议》中就给它定下了标准：3年学浅近释典，再3年学稍深的经律论，又3年学深奥释典。如此经过9年后，还必须被认为是聪慧之士才能够开堂说法，升座讲经，登坛传戒。以杨仁山的设想，造就一个佛学人才需要9年之期，所以提出非5万金不办。5万金可不是一个小数目，但要完成9年之期的教育，5万金也是远远不够的。
1907年年初，杨仁山拟订了《普通僧学堂章程》，并将所办的僧学堂取名为“祗洹精舍”。
祗洹精舍原是古印度舍卫城释迦牟尼讲经说法的地方，是一幢精美绝伦的古代建筑。杨仁山收藏了一幅2500年前的舍卫城祗洹精舍的绘图，拿出来给陈三立看。陈三立对这幅绘图深为赞赏，立刻做诗赞美曰：
圣处力安到，
意行迷始终，
一过居士语，
悲涕发余衷。
露地牛忘拽，
渚天鹫映空，
三千年法窟，
相喻画图中。
在陈三立看来，2500年前的祗洹精舍，至今仍称得上是世界上第一流的建筑。
农历四月，任安徽布政使的郑孝胥来南京出差。安徽属两江总督制下，因此安徽布政使经常去南京。郑孝胥到南京后，到刻经处拜访杨仁山。老朋友相见，谈了很久，在座陪同的有余同伯、陈樨庵等人。此次二人相谈的主要内容就是创办僧学堂的事。第二天，郑孝胥带着杨仁山交给他的《普通僧学堂章程》，去见两江总督端方，呈请总督饬提学使立案。
接下来是安排学堂的课程和聘请教师。
在《释氏学堂内班课程刍议》一文中，杨仁山对学堂的课程作了详细规划。分“普通学”与“专门学”两大类。普通学3年，每日课程6堂，每堂课1小时。上、下午第一堂课均为佛学，其余分讲文理、地理、历史、算术、梵文、英文、日文。专门学，自第4年始学，或2年始学，或3年、5年始学，不拘期限，学习各宗典籍，或专学一门，或兼学数门，均随学人志愿选修。必须一门通达，方可另选一门，不得意切改换，以致一无所成。他详细开列了每年所学的经书书单。