一、南洋劝业会
1910年6月5日，具有西方商品博览会性质的第一届“南洋劝业会”在南京开幕，主会场设在丁家桥、三牌楼一带，占地约700亩，各省都设有商品陈列馆，万商云集，成交额达千万银元以上。举办这次劝业会的目的是“开风气而劝工商”，“振兴实业，开通民智”。当时各大报纸对此次盛会评价极高，认为是“商人之大实业学校”、“一日观会，胜于十年就学。”
这当然也是佛经流通的一个好时机。
杨仁山率他的刻经处在劝业会上设立了“佛经流通所”，将南京、扬州、常州、苏州、杭州、长沙等地所印佛经，择要聚集，以供莅会者购请。并出示杨仁山亲笔所写的广告，题为《南洋劝业会开设佛经流通所启》。杨在启文中说：
性理之学，莫妙于佛，佛经起自印度，迨东汉时流传华夏，至今一千八百余载。沙门释子，代有伟人。宰官居士，精通其义者，不可胜数。近时印度佛教衰微，三藏教典，求而可得者，独中国与日本耳。兹南洋劝业会开从来未有之奇观，各省仕商云集，特将金陵、维扬、常州、姑苏、杭州等处新刊释典，择其要者，裒集一处，以应远方莅会诸君购阅，是则区区微忱，所蕲于向道之士也。
劝业会从6月一直开到11月份才闭幕。6个月的时间中，来自全国各地的官员和商客无以计数，“佛经流通所”也取得了空前的成功杨仁山传第十四章鞠躬尽瘁死而后已，大量佛经被购买一空。会场设立了论坛性质的演讲处，建立商品陈列馆的各方都要对产品发表演说，提出自己的见解。由于佛经的大量流通，引起了人们对“佛经流通所”以及佛教都产生了浓厚的兴趣，多次邀请杨仁山到会发表宗教演说，杨仁山因腿脚不便，一直到闭会之前，才亲自到会场发表演说。他拄着拐杖，步履蹒跚，由人搀扶进入演说会场。但他在演说时，声音洪亮，富有激情。他演说的时间很短，但却吸引了在场的所有观众和报界的记者。他演说的全文如下：
南洋劝业会，为从来未有之创举，至今六个月会期将满，各家演说均已齐备，惟宗教一门，尚属缺典。顷承同志诸君之意，开会演说，以作会场最后之胜缘。鄙人勉承众志，略为演说，考各国宗教源流，以婆罗门者为最古。自佛教出兴，而婆罗门高尚之士，咸舍本教而学佛。盖自知其道义之不如也。东汉时传至东土，至今千八百余年矣。佛教所以胜于他教者，在昌明真性不灭，随染缘而受六道轮回。世间苦乐境界，皆是过去世中，因起惑而造业，因造业而受报。至受报时，设法救济，已无及矣，所谓定业难转也。不如以佛法导之，令其不造恶因，免受苦果，渐渐增进，以至成佛，则久远大梦，豁然顿醒，自度功罪，度他不休。此乃佛教济世之方，与世间法相辅而行，非虚无寂灭之谈也。更有深妙道理，须久阅内典，潜心体究，方能领会，非一时所能演说，地球各国，皆以宗教维持世道人心，使人人深信善恶果报，毫发不爽，则改恶迁善之心自然从本性发现，人人感化，便成太平之世矣。
文虽不长，却意味深长。佛教的历史和功用在这些直白的语言中让人一目了然。
二、“佛学研究会”
在南洋劝业会期间，杨仁山过去的很多弟子和朋友都来到南京，聚集在金陵刻经处。弟子中有梅光羲、欧阳渐、李证罡等；朋友中有夏曾佑、沈曾植等。他们聚在一起，谈起佛教事业的发展，都认为要成立一个组织来推动佛学研究，从而坚定信仰，正确修行。在一番谈论以后，年轻有为仕途正顺的归国学子梅光羲就着手发起组织成立“佛学研究会”。
梅光羲1907年从日本留学回国，在广州工作，但经常去南京看望杨仁山，听老师讲授经论。他所著《心经浅释》一册，求正于杨仁山。杨仁山看后，给予很高的评价，并作序文一篇。《心经》全文仅二百六十余字，但文约义丰，诵之者众，注疏虽多，皆古奥难通，杨仁山认为梅光羲所作的这册浅释，是初学人的“入门之津梁”。此次梅光羲到南京，是从广州调往湖北充任湖北法政学堂监督兼署提学使而路过南京。因劝业会的盛举，他在南京停留的时间较长，从而谋得“佛学研究会”的成立。
欧阳渐此次到南京来是做好了一切准备，打算长期师从杨仁山学佛。
“佛学研究会”在梅光羲的积极筹划下，在各位同仁的积极支持下，终于成立起来。其地点就设在金陵刻经处，发起人为梅光羲，成员有：欧阳渐、狄楚青、欧阳柱、梅光羲、梅光远、蒯若木、李证罡、孙少侯、余同伯、陈宜甫、陈樨庵、沈曾植、夏曾佑、陈正有、陈三立、邓伯诚、张尔田等人。大家公推杨仁山为研究会的会长，并确定“佛学研究会”为护持金陵刻经处的组织。研究会每月开会一次，每七日讲经一次。
杨仁山特作《佛学研究会小引》一文，阐述研究会的宗旨是：志在恢复“释尊遗教”的本来面目。当时中国的佛教在同光中兴的经济快速发展中，各地梵宇寺庙所建很多，似乎颇有点气象，但一些所谓高僧、住持佛理不通以迷信糊弄信众，实与佛教的健康发展不利。针对这个弊端和病症，研究会在杨仁山的倡导下，提出：“由信而解，由解而行，由行而证”的宗旨，决意通过研究佛学，真正明白佛教的本意，达到坚定信仰、正确修行的目的。这与办“祗洹精舍”的宗旨一脉相承。不同之处是祗洹精舍的学生多为僧徒，而研究会的成员全是在家居士。
“佛学研究会”存在的时间不长。该会建立一年以后，杨仁山逝世，研究会也便无形中解散。虽然它存世时间不长，却是近代中国第一个带有学术性质的佛教研究组织。它在联络、团结有志于佛学研究的同仁上发挥了极大的作用，造成了一定的声势。尤其是它的办会宗旨，提倡信解行证、明白佛教本意的求实之风，深深影响了未来佛学研究的发展方向。民国时期，以欧阳渐、李证罡、梅光羲为代表的一批佛学研究人士在佛学研究上所取得的辉煌成绩，无不源自当初成立“佛学研究会”时所确立的宗旨。杨仁山本人在佛学研究上的造诣虽不及弟子欧阳渐等人，但他的眼光、胸怀、学风却深深地影响了一代人。
或许是身体一天比一天差的原因，或许已经预计到自己将不久于人世，杨仁山内心最担忧的可能就是刻经处的未来。自祗洹精舍停办以后，刻经处的未来如何？是否也将遭到人亡业败的厄运？当年与他一同发愿刻尽全藏的妙空法师正是因为去世早，他办扬州砖桥刻经处很快就衰落了，这不能不说是令人痛心的事。自己会不会重蹈这样的覆辙？如果没有一批对佛学研究真正有兴趣的人来护持它，刻经处确实办不下去。早年设立刻经处的时候，杨仁山就极有先见之明地提出过要设立居士道场。有一批在家居士的支持，刻经处的事业才能兴旺起来。可能正是出于这样的考虑，才有“佛学研究会”的成立，虽然发起人是梅光羲，但梅肯定是秉承杨仁山的旨意而办，真正的幕后策划者还是杨仁山。
三、《大藏辑要》
当年，杨仁山与妙空法师及一批志同道合的人士设立金陵刻经处，发愿募刻全藏，以书本式流通世间。但四十余年过去了，这个任务并没有全部完成，原因是没有巨额资金相助，随募随刻，集腋成裘。而日本的藏经书院只用了短短二十几年的时间，就完成了两套藏经的编印刊行工作，这不能不让杨仁山感慨很深。但日本新编的《卍续藏经》，多至一万余卷，过于驳杂，不利于学佛人选择。在“佛学研究会”成立后，杨仁山就着手编订《大藏辑要》目录，重新加以选择，详订书目，使之归于纯正。此时，他已经重病在身，眼昏手颤，精力不济，自知有生之年再也难以完成这项工作了。因此他特作《报告同人书》一文，告诉佛学研究会的同人们：
鄙人四十年来，屏绝世事，专力于刻经流通，窃以弘法利生为愿。一俟病体稍瘥，当并日以进，用将大概，敬审我同会诸君。
1编辑《大藏、续藏辑要》。经典浩繁，读者苦难选择，今仿四库提要之例，分类编定，经便初学。
2类别日本《续藏》刻本为《大藏辑要》。日本现刻之《续藏》，搜求甚富，但其中须加区别，以归纯一。今拟分三类：一必刊行者，一可刊行者，一不刊行者。甄定去留，使读者不至迷于所向。先刻成《大藏辑要》约三千卷，以便学者随时购阅，余俟陆续刻成全藏。
以上二书，体例略定，尚未着手编订，期以数年，当可蒇事。
于此文可知，杨仁山当时罹病在身，写下此文是表示他的一个重要打算和愿望，以引起同人们的高度重视。
等到身体稍有好转后，他就开始了《大藏辑要》的编订工作。他汇集了我国历朝历代及日本、高丽全藏，及从海外访求而回的古代大德著作，共收录460部各类经书，计3320卷。其中有：
华严32部、249卷；
方等66部、405卷；
净土57部、128卷；
法相25部、441卷；
般若23部、179卷；
法华16部、180卷；
涅盘13部、110卷；
密部56部、229卷；
小乘经16部、150卷；
大乘律15部、58卷；
小乘律7部、7卷；
大乘论23部、141卷；
小乘论4部、71卷；
西土撰集16部、70卷；
禅宗30部、257卷；
台宗14部、65卷；
传记11部、185卷；
纂集9部、278卷；
宏护13部、90卷；
旁通10部、11卷；
导俗4部、16卷；
在这个辑录中，在杨仁山去世之前，金陵刻经处和扬州、镇江、苏州、杭州等刻经处总共已完成2000余卷，尚有1300余卷未付刻印，需要刻资约24000多元。杨仁山去世后的民国三年，金陵刻经处董事会开会研究，将计划所需的刻资分为48愿，每愿500元。或一人独认数愿，或数人合认一愿，或担任劝募，合数十百人而成一愿。每愿每年交100元，分5年交足，能一次交足更好。此项决定做出后，各位董事分头响应，共集资24900元。捐款随到随刻。至民国十一年，此款告罄，这项工作便也停止。停止时，他们共计完成了《大藏辑要》总量的五分之四。
民国初期，杨仁山的同乡后辈徐文尉与陈正有在北京、天津成立刻经处，有计划地与金陵刻经处分刻《大藏辑要》中的内容。
四、最后的安排
1911年，农历辛亥年，这一年杨仁山75岁，他即将走完人生的全过程。夏天的时候，南京遭受大水灾。他和一家人出去看水，受了暑气，回家再次病倒，而且日凶一日，身边的弟子欧阳渐、蒯若木等人，奔走于南京、上海等地，请来最好的医生为他治疗，但病情仍未好转。到了九月份，杨仁山自知此病难起，便开始着手托办后事。他要陈宜甫写信给当时正在上海的陈樨庵，并同时征求欧阳渐的意见：今后金陵刻经处就托付给你们三人，由你们三人共同担当职任，看看他们意下如何？陈宜甫及时写信给陈樨庵。陈樨庵接到信后立即回到南京。三人一合计，完全同意接受老师的重托。三人同去见老师。杨仁山见三个弟子都答应了下来，心中甚感欣慰。自己刻经多年，艰辛备尝，而《大藏辑要》所列的书目还没有完全刻成，这是他心中最放不下的一件事。现在得到三人的首肯，他脸上才露出了微笑。他与他们三人作了长谈，勉励他们团结一致，齐心协力，共同完成刊刻全藏的大愿。最后他说：“归汝等三人接办，余可专心念佛，不杂他事了。”
杨氏全家照此时，杨仁山的三个儿子都在外地工作。大儿子杨自新1910年任湖北马鞍山煤矿总办，现在人在江西萍乡煤矿办事。老二杨自超原任大冶矿务局协办（副总），这时已调到汉阳总厂，主管工程。老五杨福严随二哥在汉阳任职。在南京的大儿媳（即杨自新的妻子）打电报叫他们全部回南京。接到电报的当天，老二杨自超一家从汉口连夜乘船，二日后回到南京家中。杨福严一家迟两日到家，唯老大杨自新因事务缠身未能及时赶到。杨步伟回到家中见到爷爷。爷爷照常跟她说笑，头脑很清楚，只是不能吃东西。估计是肝胃方面的重病，随时都有离去的可能。
当时，有好几个弟子都在刻经处，守护在杨仁山身边。梅光羲、蒯若木、欧阳渐、陈樨庵、陈宜甫、余同伯、邱希明等都在。杨自超与杨福严回来后，杨仁山的弟子们在一起商议，决定在别处买一块地，盖好房子给杨氏子孙们居住，现在的房产归刻经处。老师西逝后不运回老家，就葬在本院内，以便日后弟子们来祭扫拜墓。他们以此意见征询杨自超和杨福严兄弟。
前面已经说过，杨仁山1901年就与儿子们分家，并订立了分家笔据，要求他们陆续搬出，现有房产作为十方公产。因此，杨自超对前来征询意见的弟子们回答得很干脆，他说：“父亲已将房产捐给刻经处，子孙绝对不要任何地或任何另外的房子，若是那样岂不是让别人认为是调换房子吗？以后，我们大家都搬出去另住，只留少数单身人守墓。”得到这样的回答后，弟子们只能按照杨仁山与儿子们所订的分家笔据来办。
时间正在往一个重要的节点上走。皇朝末期的中国将要发生惊天动地的大事件。一场将要改变数千年之变局的革命即将要爆发。革命人士的大本营已从日本暗暗地转移到国内。杨步伟的同学和好友、在日本学医的林贯虹也回来了。当杨步伟把这个消息告诉祖父后，杨仁山甚感诧异，问好好的留学生这个时候为什么回来了？可是过了几天，杨仁山自己的孙子杨桂芬（杨自新次子）也从日本回来了，杨仁山才知道他们都是为革命的事回国的，不久就要动手了。林贯虹是林则徐的后代，她在日本参加了同盟会，而且给杨步伟也报了名。杨步伟也算是同盟会的会员了。林贯虹来杨家看望杨步伟的祖父。杨仁山很高兴地将她们两人的手拉在一起，告诉林贯虹，杨步伟也打算去学医，将来你们俩在一道做事，要同心协力，好好办事，女子不必不如男，只要用心做事，是能做出一番事业的。因林贯虹的几个哥哥平常都喜欢一点佛学，杨仁山特意让人到经房里拿了好几本经书送给她。