最难的是聘请教师的问题，章程规定：“教习各尽义务，不送修金；虚礼浮文，一概不用。来本塾者，人人自知分所应为，无主客之分，平等平等，各尽其心而已。”这一规定，决定了前来当教师是出于自愿的“支教”性质，与其他公立、私立学校的规章制度全不相同，故聘请教师最难。经过商议，汉文由跟随杨仁山学佛的弟子李晓暾担任。李晓暾是湖南邵阳人，1903年的进士，曾任清河县令。此人有笑癖，经常无故辄笑，上司怒其轻慢，以此弹劾他。他1906年任职期满，未被再安排，便来到金陵刻经处，跟随杨仁山学佛，直至杨仁山去世。1916年他被民国政府录用，任吴江知县，三年期满，患精神病，起居失常，不久便去世，享年仅41岁。
苏曼殊英文教习由刘师培介绍，聘请了才华绝代的青年诗人苏曼殊担任。苏曼殊是广东香山人，学名元瑛，亦作玄瑛，1884年出生在日本横滨，2岁回国，16岁出家为僧，17岁赴日本早稻田大学留学，是我国近代集作家、诗人、翻译家于一身的青年才子。1918年在上海去世时仅34岁。苏曼殊对杨仁山极为敬重，受到邀请后，于1908年9月到达金陵刻经处。但他在刻经处只待了三个多月，因病于十二月上旬离开刻经处，再度赴日本疗养。
苏曼殊到达刻经处的第四天，杨仁山拿出两封旧信请苏曼殊翻译。这两封信是1893年达摩波罗离开中国后写来的，内容是请求杨仁山协助派遣中国僧人到印度弘扬佛法，因当时无合适人选，杨未能满足对方的要求。这事一直是杨仁山的一个心病。现在杨仁山找出这两封旧信请苏曼殊翻译成中文，可能是想表明祗洹精舍的创办与这两封信有密切的关系，想将它作为重要的文献而保存下来。但杨仁山去世后，这两封信都没有保存下来，这是非常遗憾的事。
在刻经处，苏曼殊与杨仁山相处在一起，杨给苏留下了极其深刻的印象。苏在致朋友的信中写道：“居士（指杨）深究内典，殊堪佩服，瑛于此，亦时闻仁老谈经，欣喜无量。仁老八十余龄，道体坚固，声音洪亮。今日仅保我佛余光，如崦嵫落日者，惟仁老一人而已。”敬佩的心情跃然纸上。
除汉文、英文教习外，杨仁山曾致信浙江的式海法师前来担任佛学教师。他在致式海法师的信中说：
今春同志诸君，闻知印度佛法有振兴之机，彼土人士，欲得中华名德为之提倡，但两地语言文字，难以交通。明道者年纪既长，学语维艰，年少者经义未通，徒往无益。遂议建立祗洹精舍，为造就人材之基。用三门教授，一者佛法，二者汉文，三者英文。俟英语纯熟，方能赴印度学梵文，再以佛法传入彼土。目前，英文、汉文教习，已得三位，惟佛学尚无其人，幸法师肯肩斯任，则三学具足矣。
懂得佛法的人，年纪已大，很难学习外国语言；年轻之辈对佛教的义理又没有弄通，去了也没有用。正是从这一点考虑，杨仁山办祗洹精舍招收的学员都是年少的僧徒，想将他们培养成能够到国外弘法的人才。
后来，式海法师因事阻搁没有来刻经处任教，佛学一课只得由杨仁山自己担任。
经过一年多的筹备，一切均已处置妥当。1908年秋，祗洹精舍向镇江、扬州等地的大寺院召选了僧徒十余名。十月初，祗洹精舍正式开学。杨仁山曾作《祗洹精舍开学记》一文，文中说：
夫如来之教，博大精微，人莫能测，外凡浅智，何足以兴之？
杨仁山虽然知道自己与同仁们都是凡夫浅智，不足以兴如来博大精深之教，但是佛是可以学习的，儒家提倡学习圣贤，人人皆可成尧舜，佛家也是同样的道理。现在祗洹精舍开设英文、汉文、佛学，其作用就是：“以英文而贯通华梵，华梵既通，则古今一致，凡圣交参，皆不离乎现前一念介尔之心。”于是乎，在光绪戊申孟冬之月，祗洹精舍振铃开学，满堂大众，欢喜踊跃。
前面说汉、英文教习已得三位，除李晓暾和苏曼殊外，还有一位教汉文的陈姓教员，这位陈姓教员可能就是陈三立。他当时公务繁忙，可能只是偶尔来讲一两堂课。
杨仁山还请来了精通天台宗的谛闲法师来担任祗洹精舍的学监，并讲授天台宗义。谛闲法师是浙江黄岩人，20岁出家，28岁即成为传持天台教观的第43世掌门人，对天台宗造诣颇深。他受聘到祗洹精舍当学监年已五十。第二年祗洹精舍因缺少经费停办，谛闲法师被两江总督聘为南京“僧立师范学堂”的校长兼任总监督。
三、太虚及其他学生
1908年秋，祗洹精舍第一期学生中，有释仁山、惠敏、开悟、智光、观同、邱希明等。此中的仁山，与杨仁山同名，江苏金坛人，1904年参加江南乡试落第，于镇江观音阁出家为僧。十余名学生中，除邱希明是在家居士外，均为出家僧徒。
1909年春，第二学期开学，又增加了学生太虚、栖云、了悟、善亮等人。
这些学生之中，后来最著名的莫过于太虚法师。他是浙江桐乡人，俗名吕淦森，出生于1889年，16岁出家为僧，依宁波天童寺寄禅法师受具足戒。1908年冬，20岁的太虚随寄禅法师参加江苏省僧教育会到南京，了解到杨仁山创办祗洹精舍有向世界弘扬佛教的理想。他受此感召，第二年春到南京入祗洹精舍就学。很多关于太虚的书中都说太虚依苏曼殊学习英文，其实太虚进入祗洹精舍时，苏曼殊已于年前离开刻经处，到日本疗养。接替苏曼殊而成为太虚英文教师的是邓秉钧。后来苏曼殊去世时，太虚作挽诗一首，诗云：
昔年精舍建祗园，
我亦宜南学弄丸。
十载未能谋半面，
一书曾忆剖双肝。
天荒集里同留句，
世乱声中忽盖棺。
不信奇人竞庸死，
欲歌薤露意先寒。
诗中“十载未能谋半面，一书曾忆剖双肝”一句说明他们从未见过面。从祗洹精舍建立到苏曼殊去世，正好10年时间，这10年中，他们未曾谋面，只有书信联系。
学堂里，课程安排较紧。苏曼殊在给朋友的信中曾说过：“衲任学林二课，每晨八时直至十二，疲甚……仁山老居士创设学林，实末世胜事，不敢不应赴耳。”连老师都感到疲倦至极，学生也好不到哪里去。不过在节假日里，学生们却常常一同结伴出游，使业余生活丰富多彩，这些在太虚就读期间所作的诗里就有反映，如他写的诗作《偕惠敏、善亮游鸡鸣寺》、《扫叶楼题壁》、《秋江晚眺》等，从诗名即可看出是游兴所至而作。从这些诗作里也可看出他们深厚的文学功底。
太虚在祗洹精舍只学习了半年。到秋季，祗洹精舍因经费紧张和生源缺乏等原因就停办了。在这一年的上半年，杨仁山代余同伯回复章太炎的信中就说道：“此时，祗洹精舍勉强支持，暑假以后，下期学费，未卜从何处飞来，惟冀龙天护佑，檀信施资，方免枯竭之虞耳。”而到了秋季，果然未得施资，不得不停办。这时候经费的支持者陈三立由于人事不合已离开了铁路公司。这可能是祗洹精舍停办的重要原因。祗洹精舍停办以后，太虚与仁山、观同、智光四人转入新办的南京“僧立师范学堂”继续学习。
太虚后来成为中国近代佛教的改革家。他提出要实行“教理革命”、“教制革命”、“教产革命”的佛教“三大革命”，撰写了一系列文章鼓吹“佛教复兴运动”和改革旧的僧团制度。1927年他倡办“武昌佛学院”，得到武汉一批巨富商人的鼎力支持。其中与杨仁山同乡的太平籍商人王森甫（其兄王琴甫曾为民初汉口商会总会长）支持最力。1928年，他在庐山大林寺筹办世界佛教联合会。翌年夏，佛教世联会正式成立，选太虚为会长。嗣后，中国佛教代表团由太虚带队出席在日本东京召开的“东亚佛教大会”，并前往新加坡弘法。1927年，太虚出国考察游学，遍历英、法、荷、比、美诸国，宣讲佛法，并应法国学者的建议，在巴黎筹设世界佛学苑，开中国僧人跨越欧美弘传佛教的先河，也实现了杨仁山当年未能实现的向欧美弘传佛教的愿望。
正是这一系列的作为，太虚成了一代大法师，成为民国时期僧界的领袖。
四、办祗洹精舍的影响和意义
祗洹精舍虽然只办了两个学期就停办了，但对当时佛教界的意义却非一般可比。当时各省的僧教育会都开始创办僧学堂，一方面培养僧众人才，一方面办普通小学辅助国民教育。但大多数徒具虚名，真正的佛学教育有名无实。太虚法师后来在《我的佛教改进运动略史》一文中对这种状况描述得很清楚。文中指出：“失却佛教立场的亦不少，甚或俗化成饮酒吃肉……”在这种状况下，祗洹精舍显出它的不一般来，太虚法师继续说：“南京杨仁山居士就金陵刻经处创办祗洹精舍，该舍与锡兰达摩波罗居士取得密切联系，同抱有复兴印度佛教的意志，欲使佛教传到各国去。我因参加江苏僧教育会的关系，听到有这种作世界佛教运动的组织，于是次年也到南京去加入。”正是出于向世界发展的远大理想，太虚才来到祗洹精舍就学。
杨仁山在写给李国治的信中将自己办学的初衷说得很清楚：
鄙人所期于后学者，将来可作人天师表，开阐如来正教，不入歧途，不落权小，则末法衰颓之象，或可振乎！
可以充分看出，杨仁山培养佛学人才具有世界性的眼光，也才能够培养出像太虚这样的学生。当代著名法师印顺曾说过：“为佛教人才而兴学，且具有世界眼光者，以杨氏为第一人。”
杨仁山以在家居士的身份，私人集资创办僧学堂，教育僧徒，这在历史上也是绝无仅有的。祗洹精舍所起的作用，以及与后来中国佛教的关系，太虚法师在《优婆夷教育与佛化家庭》一文中作了精彩的评价：“祗洹精舍虽然办了不久即停顿，其影响后来的佛教事业实大。民元发起中华佛教会的欧阳渐、梅撷英、李证刚等居士，僧中如仁山、智光等法师，都是精舍中的人，故二三十年来能引导许多居士信佛，其原动力实有赖于杨居士。太虚自出精舍，即至广东弘法，民初与仁山法师等办佛教协会及中华佛教总会，皆为适应中国现代时势的需要，而建立四众弘化适机的机关。这就是杨居士创办祗洹精舍与后来佛教的关系……”
推动中国佛教改革的太虚法师的思想形成，深受杨仁山的影响，他认为“杨仁山居士为中国佛学重昌关系最巨之一人”，认为祗洹精舍是“高等僧教育之嚆矢”。太虚法师圆寂以后，濮伯欣作挽云：“圣教衰已一千年，赖尔大声疾呼，谁识渊源出深柳！”