控股公司是托拉斯的一种变相形式，19世纪80年代，是托拉斯大发展的时期，而19世纪90年代末到20世纪初，则是控股公司集中发展的时期，期间出现的控股公司主要有：标准石油公司、国际收割机公司、北方证券公司……这些公司的出现，充分说明了控股公司在掌权和经营上的独占地位。
当标准石油公司的所有财产都转到新泽西的公司后，美国的经济也走向了一个新的繁荣阶段。此时，洛克菲勒再次萌生了退休的想法，从此不再管理业务方面的事了。这几十年的商场竞争，不但耗损了他的精力，也给他的身体带来一定的损害。1890年开始，他的消化系统就出现了毛病。因为经常处于精神紧张的状态，1893年，他又患上了神经性疾病，同时身体开始发胖。1896年后，他就很少去上班了。
新的发明和新的市场，对于年近六十的洛克菲勒来说，已经是很难对付了，所以他的退休可以说是一个明智之举。当时，石油市场已经发展到密西西比河以西的广大地区。而随着汽车的发明和普及，石油业也发展到了最高峰。但是，所有小资本的商家都不可能在市场上和标准石油公司一争高低，标准石油公司十足地称霸于石油业内，真正地垄断了市场。
可是，好景不长，标准石油公司进行重组后竟然变成了这样一个庞然大物，再次激起了那些对垄断持有极大反感的公众以及那些充满斗志的司法界人士的愤怒。
1901年，美国举行总统大选。共和党总统威廉·麦金莱被无政府主义者刺杀身亡，副总统西奥多·罗斯福继任为总统。此时，像洛克菲勒的标准石油公司和摩根的钢铁公司这样的垄断企业，随着其势力越来越庞大，民众的不满情绪也越来越强烈。罗斯福总统是认真执行《谢尔曼反托拉斯法》的第一位总统。他认为，只有利用国家权力干预社会经济生活，才能使资本主义社会摆脱危机，但是托拉斯的阻挠使反托拉斯出现了困难。为此，他下定决心要铲除托拉斯组织。托拉斯的危害是人们有目共睹的，行业垄断和毫无规则的竞争导致了经济的混乱，严重影响了美国经济的发展。罗斯福总统还指出，不能单纯地评价托拉斯是好还是坏，首先要制定一个标准来区别哪些托拉斯是好的，哪些托拉斯是坏的。在对美国民众的演讲中，罗斯福对民众说：“我们反对无序的管理，但并不反对人们去发财致富。”为此，他特别成立了一个由五名律师组成的反托拉斯小组，专门协助审理有关案件。在罗斯福当政期间，共有42起反托拉斯案件，而他就任前的11年中，这类案件只有17起。因此，人们把罗斯福称为“轰炸托拉斯的巨型炸弹”。
罗斯福总统上台以后，准备着手对付托拉斯时，因为摩根的钢铁公司的托拉斯组织已经渗透到了现代工业的大部分基础设施中。因此，摩根所采取的措施不会损害他们的利益。而且，摩根在美国的几次大的金融危机中都力挽狂澜，也赢得一些政府官员的信任。但是，洛克菲勒和他的标准石油公司却未能幸免。罗斯福认为垄断市场、勾结铁路公司对社会会产生极大的危害，不除不足以平定人们的不满情绪，于是，罗斯福多次拿洛克菲勒开刀。1908年1月31日他在写给国会的一封信中说：
国会必须严办像标准石油集团这样胡作非为的企业，阻止他们任意吞并竞争的同行、威胁公共运输业、垄断市场、控制广大消费者、轻视他们的权利。亟应设法阻止其逍遥法外。
1906年至1909年，洛克菲勒和他的标准石油公司遭到了他们创业以来最严重的打击。司法部长穆迪对外宣布，对于控诉标准石油公司的每一个案件，他都会亲自审理。联邦政府一声令下，其法律人员立即采取行动，将洛克菲勒和他的下属传讯来出庭对质，并很快收集了足够的资料，罗列出几大罪状，控告标准石油公司及分布在得克萨斯、明尼苏达、俄亥俄等州的下属公司。控诉的罪状主要有两条：一是指出标准石油公司与铁路公司暗中勾结，降低运费并享受特殊的待遇；二是指出他们除回扣之外还正式地享有其他各种好处。这两大罪状均有足够的证据予以支持。这些不但使标准石油公司乱了手脚，也由此促成了日后的《铁路法案》出台。
在确凿的证据面前，标准石油公司知道无法掩饰，只能立即取消与铁路公司的各种不法约定，提高运费并停止特殊待遇。但与此同时，政府也制订成立了《诺斯法案》，将油管划入一般的运输工具，以便日后管理起来更容易些。
政府的这一举动立即引起了各州的响应，检察官的控诉就像雪片一样飞来，让人招架不住。
1906年，密苏里州检察官哈德利控告印第安纳州的标准石油公司和其他两家公司——瓦特皮尔斯公司以及民主石油公司暗中勾结，组建一个集团，试图对市场进行垄断。最后，标准石油公司败诉了，被处以5000美元的罚款。
1906年12月8日，美国联邦政府再次依照《谢尔曼反托拉斯法》，在密苏里州对标准石油公司提起诉讼，要求解散该公司。
政府所列举的名单中包括了新泽西标准石油公司以及它下属的分公司，还有公司的高层管理人员，洛克菲勒则名列其首。
政府控告标准石油公司将石油业垄断，而且利用不正当的竞争手段，收取铁路回扣、控制油管的运输市场、控制价格等。同时还建议对这个垄断组织进行全面制裁，将其分解为独立的公司。
虽然指控不断地出现，但洛克菲勒和他的下属们并没有特别在意，他们以为这次也不过和上次一样，只是一场法律上的游戏。但是，随着事态的进展，他们终于认识到了问题的严重性。
自从标准石油公司的托拉斯组织成立以来，无数的诉讼就开始困扰它了。虽然罗斯福总统对此进行了一一解决，但是到1907年，还是有7个反对标准石油公司的州政府提起上诉，这7个州是得克萨斯、明尼苏达、密苏里、田纳西、俄亥俄、密西西比和印第安纳。其中，俄亥俄州为标准石油公司罗列了939条罪状，以控告其不可原谅的掠夺与欺诈行为。
1908年，标准石油公司再一次被控告，商业管理局控诉他们的产品报价太高，损害了广大消费者的利益。当时，石油和汽油已成为人们的生活必需品之一，所以公众对这一控告极为关注。
在一连串的控告中，有一个最具有戏剧性，就是印第安纳州的埃尔金斯发起的关于反对标准石油托拉斯的控告，被人们称为“兰迪斯案件”。这次控告的主要内容就是，标准石油公司在没有控制铁路运输的时候收取回扣的问题。
1907年7月6日，约翰·D.洛克菲勒在弟弟威廉·洛克菲勒的陪同下，来到了联邦法院。那里早就聚集了一大群人，当其中有人认出洛克菲勒时，人群中出现了一阵骚动，而洛克菲勒的脸上仍旧保持着一贯的沉默和冷静。
洛克菲勒在法庭上进行了长达15分钟的证词陈述，语言恳切，充满真诚，但又含混不清，将指控撇得一清二楚。
兰迪斯法官在1642个有关特别定价的案件中都能找到标准石油公司的罪行，这让他十分气愤。他对标准石油公司雇来的律师说：“你们比那些制造假币以及偷窃邮件的人更可耻。”
洛克菲勒在整场控辩中表情冷静，在回答法庭问题时非常慎重。
对于法官的提问，洛克菲勒仍旧和以前几次一样，总是说自己记不清了，而且说的话前言不搭后语。这让兰迪斯法官相当被动，虽然他知道这是洛克菲勒在演戏，却一点办法也没有。无奈之下，他只能当庭宣布对洛克菲勒免除刑事诉讼。
兰迪斯法官并没有就此罢手，一个月后，这位法官在宣布对标准石油公司的判决书中，用相当激烈的语言指责其是一个臭名昭着的窃贼。最后宣布对标准石油公司处以2900万美元的高额罚款，相当于如今的4570万美元。
面对这笔惊人的罚款，洛克菲勒平静地接受了，而且说了一句“兰迪斯法官会在我们交罚款之前遭到报应的”。
果然，在宣判完不久，标准石油公司就因不服而上诉，居然有另一个法官认为兰迪斯判决错误，要求重审。事情完全向着相反的方向发展，在第二次开庭时，标准石油公司由有罪变成了无罪，罚款不但不用交，就连打官司的钱都由政府承担。兰迪斯法官的判决就这样被颠覆了。
在关于标准石油公司的司法事件中，最为严重的一个案件就是1906年巡回法庭接到的控告新泽西的标准石油公司的案件。这个案件引起了罗斯福总统的注意。他决心和它一决高下，借这个案件将庞大的标准石油公司打倒，给公众一个公道。他派特别检察官弗兰克·凯洛克大量搜集证据。1908年，法院正式开庭审理这个案件。
洛克菲勒也不得不在1908年11月18日出庭作证。为了出庭时能应对得体，在开庭的前几天他天天都去百老汇26号，曾经的标准石油公司的总部，和他的律师进行沟通。这个时候，洛克菲勒已经辞掉公司总裁的职务，但实际上他仍旧是公司的负责人。
在出庭前两天，他和自己的律师还侃侃而谈。他不但向律师叙述了当初创建标准石油公司的沧桑史，还把人人厌恶的回扣事件、托拉斯与财富进行重新定义。总之，他显得谈锋颇健、记忆力很好。
但是两天后，当检察官凯洛克亲自上场和洛克菲勒对质时，洛克菲勒的记忆力突然大减，变得沉默寡言，仿佛换了一个人。对此，当时的报纸文章进行了精彩的描述：
当标准石油公司的律师问话时，洛克菲勒的记忆就像刚出厂的铜板一样清晰明亮。在出庭的前两天，他回顾40年来的努力时，没有一个细节不是记得清清楚楚。可是到了第3天，当凯洛克检察官与他对质时，他深刻的记忆力霎时短得像一根鞋带，清晰的脑力已退化得模糊不堪。可怜啊，仅仅一夜之间聪明又清晰的记忆就突然消失了。
但是，洛克菲勒的沉默寡言并不能阻挡法庭对标准石油公司的判决。
1909年11月20日，法庭做出判决：勒令新泽西标准石油公司必须在30日内完全解散。标准石油公司不服判决，向最高法院上诉。1911年5月15日，华盛顿联邦最高法院做出了历史性的判决，审判长怀特宣布了一份长达两万字的判决书。最后，他宣判：“7个人和1个法人机构曾密谋反对广大的公民同胞，为本合众国的安全起见，兹判令这一危险阴谋务必于11月15日前终止。”至此，这场美国商业史上持续时间最长的案件落下了帷幕。全美国都在欢呼这一决定。它成为商业世界的一个法律判例和里程碑式的事例。一向严肃的洛克菲勒听到这个判决，给自己昔日并肩工作的伙伴送了一份幽默的“讣告”：
最亲爱的朋友们，我们必须服从最高法院。我们这个曾经光辉的、幸福的家庭看来不得不拆散了。
至此，在美国持续20年之久的垄断与反垄断、企业与政府间的斗争结束了，反托拉斯运动取得了胜利。
标准石油公司无力回天，最后只能宣告瓦解。按照股份持有者所持有标准石油公司股份的份额，他们收回他们原来持有的股票。最后，标准石油公司被分成了38个独立的公司，并各自成立董事会。其中33家附属公司的股份按比例交还给新泽西标准公司的各大股东。这些公司看起来是独立的，互相之间也存在着竞争，但实际上他们的所有权仍旧掌握在标准石油公司的那几位领导手中，38家公司总数达98.33万股的股权中，仍有24.55万份牢牢掌握在洛克菲勒的手中。此外，威廉和亚吉波多等几个巨头也控制了50％以上的总股权。标准公司的总裁仍以其残余势力控制着各大公司。
后来的事实证明，虽然洛克菲勒在这次较量中失败了，但是对他而言，他的个人财富却是一次飞涨。因为最高法院所判决的对象是公司而不是公司的股东。所以，对于这些股东而言，他们的财富不但没减少，反而增加了。洛克菲勒所持有的原公司大约1/4的股份，换算成了34家独立子公司的1/4的股份，这是以前所没有的。
随着1911年12月1日这些公司在纽约股票交易所的上市，在短短的一个月时间里，这些获得独立地位的石油公司的股票狂涨了好几倍。新泽西标准石油公司的股票从每股260美元增加到每股580美元，上涨了近一倍；印度分公司从3500美元升高到9500美元；纽约标准石油公司的股票也上涨一倍以上。有人估计，洛克菲勒的财产，由1901年的2亿元上升到1913年的9亿元以上，成为标准石油公司在本案中最大的赢家。
为什么标准石油公司的股票在这个时候会猛涨呢？究其原因，一是新的工业革命已经发展到大量使用汽油的时代。在19世纪末，汽车只不过是一个让人感到好奇的新发明，但到了20世纪初，汽车工业飞速发展起来，美国迅速富强起来的人争相购买汽车，导致作为汽车动力的石油的价格迅猛上升。随着对汽油的大量需求，油价猛涨，石油公司的股票价格也就自然上去了。二是洛克菲勒以前一直都把标准石油公司的股票价值定得很低，使它的实际价值远远超过了票面价值，这次一放手，必然导致股票价格的上涨。
有人说，对于那些精明的人，连上帝也会帮助他。洛克菲勒在退休后赚的钱，大大超过了他原来苦心经商时所赚的。洛克菲勒是一个非常幸运的人。据说当时在华尔街上，许多人的祈祷词已经变成：
噢，仁慈的上帝，再赐予我们一次解散的机会吧！