鲍敬言的“无君论”反映了他对现实不满的思想，揭露谴责了魏晋以来的政治黑暗，战争残酷，统治阶级奢侈腐朽，恣情享乐的情况。他反对儒家的“天王烝民而树之君”的君权神授的理论。他认为，到了衰微的时代，智用巧生，道德既衰，尊卑有序，才有了君、臣、官、民之分。鲍敬言的这种主张，在一定程度上反映了被压迫阶级对封建统治的不满，在历史上有其进步意义。但是，葛洪与鲍敬言的观点不同，在《诘鲍篇》中，他对鲍敬言的“无君论”进行了反驳，反映了他维护封建君主制的立场。然而，恰恰是葛洪的这篇反驳无君论的文章，才使我们了解到鲍敬言的“无君论”思想。
医学思想
道家将能得道成仙的人称为神仙，说他们可长生不死，来去无踪。
在汉武帝时，司马迁就在《史记》一书中写道：“考神仙之属，未有验者。”但道教继承了道家的神仙说。汉末的方士假托刘向，写了本《列仙传》，共2卷。记述了71名仙人，各附赞语，体例摹仿刘向的《列女传》。
葛洪在《列仙传》的基础上又撰了一部《神仙传》，10卷。《神仙传》所录共84人。其中容成公、彭祖（传说颛顼帝玄孙陆终氏的第三子，姓籛名铿，尧把他封在彭城（今江苏徐州市），因其道可祖，所以称作彭祖。籛铿在商朝为守藏史，在周朝为柱下史，活了800岁）两条《列仙传》已载，其余82人都是《列仙传》未载的。
其实，所谓“神仙”，在历史上是不存在的，譬如说“彭祖”这个人，实际上不是一个人，他可能是江苏徐州一带一个古代部落或部族的名称，这个部落或是部族子孙相承，延续了800年之久。葛洪在《神仙传》中说，西汉的淮南王刘安跟八公（刘安的门客，有苏非、李尚、左吴、田由、雷被、毛被、伍被、晋昌八人，他们奉刘安之招，和诸儒大山、小山相与论说，著述《淮南子》一书）学神仙术，结果得道升天。实际上，司马迁早在《史记》中就记载：公元前122年，有人向汉武帝报告说刘安谋反，将刘安下狱，刘安在狱中畏罪自杀。北魏时期的著名地理学家郦道元（？—公元527年）在他的《水经注》一书中就依据文献记载，否定刘安得道升天的传说，认为传说是葛洪编造的。郦道元还根据《庄子·养生主》一篇中关于“老子死，秦失吊之，三号而出”的记载，否定了老子得道成仙，长生不死的荒谬说法。
虽然葛洪的《神仙传》一书价值不大，但是他撰写的医书《玉函方》和《肘后备急方》还是很有价值的。
其实，中国古代的医学，最早是和神仙方术联系在一起的。就是非常严肃的史学家司马迁，在他所写的《史记·扁鹊列传》里，就有类似于神仙方术：司马迁说，扁鹊少年时期在故里做过舍长，就是旅店的主人。当时在他的旅舍里有一位长住的旅客长桑君，他俩过从甚密，感情融洽。长期交往以后，长桑君终于对扁鹊说他掌握着一些秘方验方，现在他已年老，想把这些医术和秘方传授给扁鹊，要扁鹊保守秘密，不可外传。扁鹊当即拜长桑君为师，并继承他的医术，终于成为一代名医——先秦时期医家的杰出代表。奇怪的是，长桑君突然消失了，原来这位长桑君是一位神仙。但是，扁鹊对巫术还是深恶痛绝的，认为医术和巫术势不两立，在他的治病信条中包括了“信巫不信医”这条戒律。
在中国古代的医学中，医方著作是医学宝库中很重要的一个方面。
2—3世纪，南阳郡涅阳（今河南南阳）人张仲景（名机）曾经撰写过《张仲景方》十五卷。张仲景的学生王叔和（公元180—公元260年），山阳高平（今山东微山与邹县之间）人，将张仲景的医方进行了整理。同时期的沛国谯（今安徽亳县）人华佗（又名华旉，字元化）也撰写过《华佗方》十卷。安定朝那（今甘肃灵台）人皇甫台（幼名静，字士安，自号玄晏先生，公元215年—公元282年）也撰写过《依诸方撰》。
在西晋“八王之乱”这一场大破坏中，天灾人祸，瘟疫流行，广大劳动人民不是死掉，就是流离失所，在这种社会背景之下，葛洪除了非常热衷于炼丹术之外，也勤奋地钻研医术，他是东晋时期对我国医学贡献最大的古代杰出医学家。
葛洪在医学方面有很多成就。他著有《玉函方》100卷，后来，这本书失传了。从他的自序当中，我们可以了解到，这本书是他在周旋于华夏九州之时，搜集的奇方、异方、遗方、逸方，经过他的精选而编集的。他把这些医方分门别类，根据轻重缓急重新进行了编次，整理为100卷，起名为《玉函方》。葛洪又写了一部叫做《肘后备急方》的医学著作。这本书又名《肘后救卒方》。后代医家对这本书进行了整理，其中有贡献的有：
陶宏景（公元456年—公元536年），字通明，号华阳隐居，谥（帝王、贵族、大臣、士大夫死后，依其生前事迹给予的称号）贞白先生。丹阳秣陵（今江苏南京）人。他也是个道士，把葛洪的《肘后备急方》进行了增补，改名为《肘后百一方》。另外，陶宏景还自撰了《本草经集注》，分为七卷，著录药物730种，首创以玉石、草木、虫、兽、果、菜、米食分类，对本草学的发展有一定的影响。
杨用道，金代（1115年—1234年）人。他把陶宏景的《肘后百一方》再度修订整理，更名为《广肘后备急方》，现在流传下来的版本，就是经过杨用道增订的。虽然《肘后备急方》已修订过两次，但是，从杨用道修订的版本上还能分辨出葛洪本人的医学成就。
葛洪虽然皈依了道教，是一个虔诚的道教徒，在炼制仙丹，追求长生不老方面非常投入，但是，在他炼制仙丹的过程中，由于他周旋于各地，看到了各地由于受到战乱影响，瘟疫流行的情况。特别是在他和民间进行广泛、深入的接触中，他深深感到，在民间，普通老百姓发生了疾病和传染病，常常因为缺医少药，而又没有简单易行的治疗方法，只好坐以待毙。所以，他下决心编撰一部简易应急的医方书籍。葛洪在他的《肘后备急方·序言》中，非常感慨地表示说，由于古代留传下来的一些经典医方，大多数卷帙比较浩大，有的竟多达一千卷，非常混杂繁重，而且很难得到这样的一部巨著；再加上这些著作中所选用的药材大多数都比较珍贵，一般的贫苦病人也买不起，所以，葛洪在自己所著的《玉函方》的基础上，收集了各种单项的验方和一些简便易行的医疗技术，在迫不得已需要用药时，就选用一些乡村僻壤也容易得到，而且价格比较低廉，疗效比较显著的药物。有些一般性的草石类药物，到处都可以找到，根本不需要再到市场上去购买。
葛洪在这种思想指导下，编撰成了三卷《肘后备急方》，经过后世陶弘景、杨用道等人的整理，增广为八卷。“肘后”的意思是指这本书可以随身携带在胳臂肘后面，“备急”的意思是指这本书主要是用于急救病人，仅从这本书的书名就可以看出，葛洪的《肘后备急方》是中国古代医学宝库中最早的“急救手册”。
葛洪的《肘后备急方》流传到现在已经是1600多年了。他的《玉函方》早已失传，而这本《肘后备急方》却流传多年，而经久不衰，究其原因，根本的是因为在葛洪这本书中体现出来的着眼于群众的医学思想。葛洪在这本书中，不仅用的是易得而且廉价的药材，还力求使用简便易行的治疗技术。
譬如，我国古代早就产生了针灸技术，但是，针术的专业性比较强，一般患者很难自己掌握，但是灸术（用艾叶等制成艾炷或艾卷，按穴位烧灼）比较简单，一般人都很容易掌握，所以，他不提倡用针疗法，只提倡用灸疗法。
再如，人体的穴位非常复杂，名称也很难记，所以他对于施灸的穴位，一般不用穴位的专用名称，而是用“两乳间”，“脐下四寸”这样通俗地语言来代替，明确地提出施灸的大致位置。葛洪这种做法，使一般患者看了这本书之后，就可以自己掌握治疗疾病的方法，从而也就达到了葛洪撰写这本医书的根本目的。
医学成就
张仲景曾根据当时南阳一带伤寒流行，病死者很多的情况，为了替病人看病，钻研《黄帝内经》、《难经》等古书，广泛收集方剂，写《伤寒杂病论》一书。后来由西晋王叔和分为《伤寒论》和《金匮要略》二本。《伤寒论》论述当时的属于“伤寒”的若干病症。
古代中医所谓的“伤寒”和现代医学的“肠伤寒”是完全不同的概念。
古代中医的“伤寒”，是指从发热起始的急性病（包括某些急性传染病）的总病名。因此，张仲景的《伤寒论》总结了当时在发热性传染病方面的成就，为人们所推崇和遵循。
虽然张仲景的诊疗系统，一向以严谨著称，但葛洪从自己的医学思想出发，认为张仲景和他所遵循的《黄帝内经》那一套诊疗系统并不适用于广大的穷乡僻壤，他也发现张仲景的伤寒学体系已经不能完善地驾驭全部发热性传染病的诊治了。葛洪指出古代治疗伤寒的黄麻汤、桂枝汤、柴胡汤、葛根汤、青龙汤、白虎汤等20多张方子，都是些大的药方，非常复杂难备，因而他另行设计了一些简便易行的有效医方，以应贫穷山村的需要。
热性传染病，自古以来都归入伤寒，认为致病的原因都是伤于寒邪，并且有“冬天伤于寒气，春天必有温病”的说法。医学界也从来没有人跳出这个怪圈。但是葛洪敢于跳出这个怪圈。葛洪提出的理论是“疠气”加上“鬼毒相注”，他把这种病就叫做“温病”。当然，由于葛洪的《肘后备急方》是一本简易的方剂书，不是医理学专著，所以他对“疠气”并没有深入进行论述，但是，他从伤寒的怪圈里跳了出来。这个学说到明代时，发展成“疠气”说和“杂气”说，开始建立了温病学派的新学说。从这里可以看出，葛洪的“疠气”开了温病学的先河，成为温病学说的萌芽。另外，“相注”这两个字的意思，就是指这些“疠气”导致的病症，可以互相传染，实际上就是提出了传染病的概念。
葛洪在这种不满足于“伤寒”论的新的思想指导下，在我国传染病学方面取得了辉煌的成就。
葛洪记载的许多急性、慢性传染病，在我国医学文献中是首次记录，其中有的记载还是世界医学史的最早记录。这些传染病主要有：
第一，国内最早的天花记录：葛洪在《肘后备急方》中提到的一种传染病，正是天花的全过程。葛洪说，那一年有一种流行性传染病，发病的时候，包括头部和面部在内全身都长疮，遍及全身以后，全身发红就像火一样，随后疮里就会灌脓变白，如果不好好地进行治疗，大多数病人就会死去；就是没有病死的人，病好了以后，也会留下黑色的疮疤。
第二，流行性钩端螺旋体病，也叫做出血热。葛洪在书中指出，那一年又有一种浑身发黄的病。起病时只觉得四肢沉重，精神不振，没有多久，黄色就会由双眼遍及到全身，并且有全身出血的现象，也可以致人于死地。
第三，黄疸性传染性肝炎：周身发黄，胸部胀满，四肢觉得肿胀，有时出汗也是黄色的。
第四，恙虫病：这种急性传染病的传染源是一种当今医学叫做“立克次体”的微生物。葛洪在《肘后备急方》中提到一种沙虱病，与恙虫病的发热、皮疹、焦痂和得病的经过相同。葛洪说，这种病初起时皮肤上红赤色，大小和豆黍米粒一样，用手一摸就像扎了刺一样疼痛。几天以后，全身就会疼痛发烧，关节也很疼痛，活动很不方便，以后皮肤的病变就会结痂，厉害的也可以致人于死地。在国外，这种病由日本的桥本伯寿于1810年最早报道，他把这种病称作“都都瓦”，他的报道比葛洪的描述晚了将近1500年的时间。
第五，结核病：虽然葛洪以前的医生早就提及过结核病，但葛洪的描述比他们的描述具体、明确和详尽得多。他认为，有一种尸注鬼注病，得病者很多症状，可以多达36种，或者是99种，但大多数病人都发热畏寒，精神恍惚，说不出具体的病痛在哪里，却又处处感到难受。这种病可以拖的时间很长，终年累月，最后会因为疲困消瘦而死，死后又可以把病传染给别人，甚至传染给全家。从葛洪对这种病的慢性感染的描述来看，应该是较为典型的结核病。
由于古代没有医学显微镜，无法发现微生物，只能依靠肉眼观察疾病的病原体。医学上的昆虫是非常小的，很难发现。葛洪是一位非常认真的“有心人”，因而他能够发现如下两种小昆虫：
一是，恙螨——这种传播疾病的医学昆虫只有针尖那么大小。葛洪在《肘后备急方》中把它叫做沙虱，他说，用针可以把这种沙虱挑起，它的形状与疥虫相似，只有把它放在指甲盖上对着日光观察，才能把它看清。葛洪提到的疥虫是一种皮肤寄生虫，大小只有0．25×0．3毫米，葛洪把沙虱和疥虫相比，说明葛洪对于疥虫比对于沙虱更加熟悉，知道它的形态。在国外，公认疥虫的发现者是阿拉伯医生阿文佐亚（1113年—1162年），葛洪的发现要比他早800年，恙螨是近代才发现的，无法与葛洪相比。
二是，血吸虫病——这是一种寄生在人体肝门脉血管系统中的寄生虫病。葛洪在《肘后备急方》记载的中溪毒、射工、蜮等病，下痢及发热、皮疹的病症，与现代描述的血吸虫病急性期相似。葛洪在书中描述人在溪水中或溪边受感染，起初是恶寒发热，皮肤上出现小疱，并可以引起疱痢，感觉发热头痛，四肢痪懒，并有大便下痢的症状，这种病在江南、江东各县非常流行。
葛洪在《肘后备急方》中，还对疟疾、狂犬病、痢疾、马鼻疽等传染病和寄生虫病做了记载。
葛洪在《肘后备急方》中简练地记载了当地各种各类不同的疾病和不同的病症。特别是葛洪对不同类型的脚气病的描述。葛洪认为这种病首先是在岭南、江东等地流行和发现的。这种病开始时感觉不大，病情发展也比较慢，只感到双脚有些发麻，微微有些胀痛，随后就会出现两只小腿都会浮肿，或者是双腿乏力，腹部胀满。也可以侵犯腹部，发病后很快死亡。现代医学所说的维生素乙缺乏症造成的干性和湿性两种脚气病，基本上就是这种症状。
干性脚气病是一种心脏性的脚气病，心脏被侵犯后可以突然发病死亡。湿性脚气病的主要表现就是腿肿发麻。