与此同时，“军事最高会议”在前方建立，由周恩来、毛泽东、朱德、王稼祥四人组成，以周恩来为主席。
宁都会议，毛泽东遭到后方首脑的批判，刚刚恢复的红一方面军总政委的职务又被撤销
毛泽东复职后，中共苏区中央局正式成员八人。这八人分为前后方，即：
前方——“军事最高会议”（前方指挥作战）周恩来、毛泽东、朱德、王稼祥；
后方——中共苏区中央局（瑞金留守）任弼时、项英、邓发、顾作霖。
四比四，形成了力量分配的对峙局面，前后方领导人之间在重大问题上的看法非但不一致，而且斗争日趋尖锐。
8月8日，恢复一方面军总政委职务和成立前方军事最高会议后，毛泽东的心情较为舒畅。他觉得自己又可以名正言顺地在战场上与红军指战员们纵横驰骋了。8月中下旬，按兴国会议确定的行动方针，他与朱德一起，指挥红军连克宜黄、乐安、南丰，歼敌一万余人，缴枪四千余枝，取得了宜乐战役的胜利。
红一方面军取得宜乐、南丰战役胜利后，进逼南城。这时，南城守敌增至17团之众，且城防工事坚固，攻坚不利。前方军事最高会议决定，暂不攻南城，应到南城、南丰和宜黄之间去做发动群众工作。
可是，后方中央局成员却反对这一方案，主张应绕至宜乐一带，从敌之左侧背给以各个击破。一句话就是要“进攻”。
毛泽东却认为：红一方面军兵力不足5万，即使倾全力攻南城、抚州、南昌，也难以获胜。因此，他于9月3日致电周恩来、朱德和王稼祥，提议：红军主力集结在宁都北部的洛口、吴村、东韶一带，秘密休息几天，以逸待劳，待敌人南进向苏区进攻时，乘机歼灭之。
周恩来、朱德和王稼祥及各军团领导同意了毛泽东的建议。后方中央局成员极力反对，认为这有违临时中央的指示。
于是，前后方中央局成员，围绕着前方红军的行动问题的争执白热化了。
9月26日，前方忍无可忍，决定置瞎指挥的后方首脑于不顾，以红一方面军总司令朱德、总政委毛泽东的名义，发布了《在敌人尚未大举进攻前部队向北工作一时期的训令》。这个《训令》是得到“军事最高会议”及其主席周恩来同意发出的。
《训令》指出，鉴于敌军坚守据点的情况，红一方面军应抓紧时间，在以北地区做好群众工作，争取和赤化北面敌人据点附近的地区和群众，以求造成更有利于与北面敌军决战和消灭敌人主力的条件。
9月29日，后方首脑得知此《训令》，大为震怒，作了明确的否定表态：9月26日训令收到，“我们认为这完全是离开了原则，极危险的布置，中央局决定暂时停止行动，立即在前方开中央局全体会议”。
9月30日，后方首脑又单独给周恩来发了电报：“我们现重新向你提出前次分散赤化南丰河两岸，做一时期扩大苏区工作等意见，是对形势估计不足，不去深刻领会攻取宜黄后分散所造成之严重的错误教训。”强调对一切离开原则完成目前任务的分散赤化的观点，“应给以无情的打击”！10月3日至8日，在江西宁都县境举行中共苏区中央局全体会议（称宁都会议）。出席会议的有来自后方的任弼时、项英、顾作霖、邓发和已在前方的周恩来、毛泽东、朱德、王稼祥。会议由中央局书记周恩来主持。
会议贯彻执行临时中央的“左”倾冒险主义的进攻路线，议论红军应敌的行动方针问题，“开展了中央局从未有过的反倾向的斗争”，对毛泽东进行了错误的批评和指责。
会期虽只有几天，但造成的损失不可估量，毛泽东被撤军职，导致中央革命根据地丧失，红军被迫从根据地转移。宁都从来是不安宁的。1931年底，爆发了“宁都兵暴”，国民党第二十六路军举行起义，参加红军，使红军有了红五军团。宁都后来是江西省委、江西军区所在地。红军三次反“围剿”，每次在宁都都有重要战斗，两次在宁都集结。然而，最使史学家们注目的还是“宁都会议”。因为在这次会议上集中火力批判了毛泽东并撤了他的军职。问题还不仅如此。错加在毛泽东头上的不实之词后来全都被历史推翻，关键是出席会议者没有一个是“坏人”，后来几乎都成为中国红色阵营的栋梁人物。其实，谁无错呢？更何况当时的中共中央是掌握在王明手中，贯彻的是王明“左”倾路线。
宁都城东北百里之外，有个小源村。“宁都会议”在此召开。据小源村普栋材老人回忆：“那年的八月中秋节以后，割‘金包银’（引者注：一种晚稻的名称）的时候，村里来了好多红军和红军领导人。我记得在榜山祠住了朱德和一个留长胡须的人，毛主席住在我房子里。”
会议的气氛是空前紧张激烈的，这可以从现存的档案《苏区中央局宁都会议经过简报》中得到证明：
“会议中批评了泽东同志过去向赣东发展路线与不尊重党的领导机关与组织观念的错误；批评到前方同志对革命胜利估计不足，特别指出毛泽东同志等待观念的错误；批评到总政治部对有政治问题的人，采取了组织上（的）自由主义与组织观念的错误；开展了中央局从未有过的反倾向的斗争。”
“会议中批判了毛泽东同志过去向赣东发展路线”是会议开始时对他的批判。
会议一开始就指出：自今年2月以来，由于揭发了去年11月苏区党大会前后苏区中央局所犯“右倾”等待的错误，中央苏区各方面的工作，一般的表现有相当的进步；尤其是积极贯彻了“进攻路线”，组织红军攻打了中心城市，向外发展了革命战争。又指出：攻打赣州和发起南雄、宜乐战役依据当时情况都是绝对需要的。赣州本来是可以攻克的，惟因对敌必坚守中心城市的估计不足，所以没有坚决布置，解决增援敌人，轻敌麻痹，攻城部队在技术上有缺点，所以久攻不克。东路军入闽，原为“临时任务”，后来改为发起漳州战役，虽然获得了重大的胜利，有很大政治影响，但来往费时两个多月，延缓了北上攻打抚州、南昌的任务实现。南雄战役中，对敌迅速增援估计不足；特别是战斗结束后，犯了分兵错误。乐宜战争（役）后，又重犯了分兵筹款，未能达到圆满胜利，且遭敌在宜黄之袭击。以前三军团过河西也犯对形势估量不足及分散主力的错误。显然，在许多地方是在批评毛泽东。
毛泽东十分清楚，这是冲着自己来的，他直言不讳地亮出了自己的观点。
他认为：红军主力早就应该向赣东方向发展，早就应该北上，打通与赣东北苏区的联系，然后向浙西皖南发展。他说，事实上，过去七个月的军事行动，从总的战略方向上来说，临时中央和苏区中央局的决定是错误的！毛泽东这一针见血的发言，给在场的同志以极大的震动，后方首脑成员是不能容忍的。于是，有些人的发言，对毛泽东的批评激烈起来，指责毛泽东对“夺取中心城市”的方针“消极怠工”，是“上山主义”、“东北路线”，把他提出的“诱敌深入”方针，指责为“守株待兔”、“专去等敌人进攻的右倾主要危害”，并说；毛泽东早应北上、过去七个月都错误了的观点，是动摇并否认过去胜利成绩，掩盖了领导上所犯错误。毛泽东有些激动。他将手中的铅笔往桌上一扔，振振有词地据理反驳，仍然坚持19己的观点。
可是，对毛泽东的据理力争，参加会议的多数同志，并没有去认真地琢磨。在他们看来，“进攻路线”是正确的，体现了“共产国际指示”精神，并且是不可违抗的，决不允许停下来“等待”时机。
毛泽东似乎处于“孤立”的地位，但坚持真理是他的性格。批评他的同志，也持自己的观点不放。这样，会议充满了火药味。
讨论第四次反“围剿”的行动方针问题时，批评了毛泽东的所谓“不尊重党的领导机关与组织观念的错误”。
会上任弼时念了一份临时中央在9月30日发来的急电。这份电报，任弼时在当天就转发到前方了。周恩来、毛泽东早已阅过。今天再拿出来宣读，无非是说明它的重要。
电文如下：
“蒋由汉回庐山召集赣将领开会，即将倾全力向我中区（引者注：中央苏区）及赣东北进攻之势。我方须立即紧急动员警戒，并以最积极迅速之行动，择敌人弱点击破一面，勿待其合围反失机动。望即定军事动员计划，电告中央。”
毛泽东听完后，在发言中坚持了9月26日发出的关于《在敌人尚未大举进攻前部队向北工作一时期的训令》，并就其中的有关内容作了重点说明。坐在毛泽东身旁的王稼祥，为他那精辟的见解所折服；坐在毛泽东前边的朱德，也点头表示赞同。可是，后方来的几位同志，在瑞金时就反对方面军总部的这个《训令》，现在毛泽东仍然坚持《训令》，无视临时中央的指示，于是，就激烈地批评毛泽东。
“泽东同志，你这是等待敌人来进攻的主张！”“泽东同志，你的主张，实际上是公开反对中央关于行动方针的指示电！”
对于他们的激烈批评，飞来的一顶顶“帽子”，毛泽东只是淡淡地说了一句：“不要扣帽子嘛！孰是孰非，还是看将来的事实吧！”
周恩来细心地听着大家发言。平心而论，他既赞同毛泽东关于选择宜乐、南丰间为反“围剿”战场的主张，也赞成后方同志的一些意见。他说：
对于中央的指示信和关于行动方针的指示电，大家还是一致接受的。泽东只是担心立即出击收效不大，也算不上公开反对中央指示电嘛。不过，前方同志确有以准备为中心的观念，泽东表现最多，有等待倾向。周恩来的发言，使会议气氛稍缓和下来。会上作出决定：坚持执行中央指示电，选择东北方向的建宁、黎川、泰宁一线，向敌人主动出击。
列席会议的刘伯承履行总参谋长职责，详细地记下了会议的决定。会议紧接着讨论了组织问题。毛泽东预计到会出现什么样的结果。
果然，会上有人首先提议：“泽东同志不尊重党的领导机关，喜欢自以为是，不能留在前方！”也有人说：“泽东同志组织观念不强，经常不服从中央指示，留在前方是不适宜的！”
还有人说：“泽东同志至今不承认有‘右倾’等待的错误，对进攻路线消极怠工。如他主持战争，在政治与行动方针上容易发生错误。”总之，后方首脑要撤毛泽东的红一方面军总政委的职，把毛泽东从前方调到后方，让他专做政府工作去！在这次会上一直很少发言、原是中共中央代表团成员的王稼祥，再也忍不住了，他明确支持毛泽东。他说：
众所周知，我也是四中全会后由中央派来苏区的，我对中央指示一直是服从和执行的。但是我从几次反“围剿”的胜利中，以及从攻打赣州的教训中，逐步认识到毛泽东同志的思想主张，是符合红军和苏区实际情况的，他提出的战略思想和战术原则，已经被实践证明是行之有效的，他的指挥决策也一再被证明是正确的。红军和苏区能有今日，是与毛泽东同志的正确领导分不开的。……
王稼祥最后激动地说：“大敌当前，不可换将；指挥重任，非他莫属！”朱德也不同意毛泽东离开红军领导岗位。
周恩来与毛泽东结识是在1923年底，但没有深交。这次来到中央苏区，特别是随红一方面军一起在前线，跟毛泽东朝夕相处，他开始了解毛泽东。特别是毛泽东一整套独特的战略思想，令他佩服不已。正因为这样，在恢复红一方面军建制时，是他再三坚持，终于说服了任弼时，恢复了毛泽东一方面军总政委的职务。毛泽东总政委的职务刚刚恢复，任弼时、项英等又要把他撤掉，周恩来陷入了进退维谷的地步。《简报》中有这样一段记载：
对前方战争领导，留在后方中央局同志对于过去前方领导不能统一，认为战争领导必须求得专一独断，迅速决定问题，提出由周恩来同志负责战争领导总责，泽东同志回后方负中央政府工作责任。
在这种情况下，周恩来发言指出后方有同志对毛泽东的批评过分，认为“泽东积年的经验多偏于作战，他的兴趣亦在主持战争”，“如在前方则可吸引他供献不少意见，对战争有帮助”。
坚持主张毛泽东留在前方，并提出供选择的两种方案：
“一种是由我负主要战争全责，泽东仍留前方助理；另一种是泽东负战争全责，我负监督行动方针的执行。”这就是说，不论哪种方案，周恩来都意图把毛泽东留在前方，要毛泽东指挥第四次反“围剿”。实际上，否认了后方首脑要毛泽东回后方的意见。周恩来的后一种方案，即继续留在前方指挥战争，后方首脑是坚决不能同意的。经过一番论战，最后的结论《简报》是这样表述的：
“在大多数同志认为毛同志承认与了解错误不够，如他主持战争，在政治与行动方针上容易发生错误。最后是通过了恩来同志第一种意见，但最后批准毛同志暂时请病假，必要时到前方。”既然会议最后“通过了恩来同志第一种意见”，怎么又“批准毛同志暂时请病假，必要时到前方”？这是因为，毛泽东面对会议作出的决定说：我近来身体不好。既然留在前方，苏区中央局不信任我，那我还是请假到后方治病去吧！就这样，宁都会议剥夺了毛泽东的军事指挥权。
散会那天，正好是10月8日，又是“九九”重阳节。与1929年的重阳节一样，他不得不又一次离开了他创建、发展壮大的红军。
宁都会议结束的第二天，毛泽东就吩咐警卫员吴吉清打点行装，准备回瑞金。
行前，毛泽东来到王稼祥的住处告别。王稼祥握着毛泽东的手，说：“是非曲直有明了之日。泽东同志，回到后方要多保重身体！”周恩来赶到毛泽东的住处，看望和安慰毛泽东。毛泽东对周恩来表示：“军事工作我还愿意做，前方军事急需，何时电召便何时来。”随后，毛泽东回后方。
无独有偶。正当宁都会议讨论毛泽东的去留时，临时中央政治局常委也在上海开会，讨论苏区中央局的问题。会上，博古批评道：“分散工作的观点，我是坚决反对的，在这里泽东又表现他一贯的观念，同时伍豪不能将自己正确路线与自己的权威与之作坚决斗争，而表示没有办法，又暴露一次调和以至投降的弱点。泽东的观点是保守、退却。”同时还强调：“我认为应该作坚决的斗争，但不一定指出泽东的名字，而与他的倾向在党内作积极的斗争，这因为要估计到泽东在苏区红军中的威信。”洛甫提出：毛泽东可调回后方做苏维埃工作。会议决定，立即去电苏区中央局。苏区中央局根据临时中央的指示，调毛泽东回后方工作。
10月12日，中革军委正式发布调令，公开了毛泽东离开红一方面军总政委工作岗位的消息：
工农红军第一方面军兼总政治委员毛泽东同志，为了苏维埃工作的需要，暂回中央政府主持一切工作，所遗总政治委员一职，由周恩来同志代理。
经过“粉饰”的通令，看上去，毛泽东属“正常工作调动”，是为了巩固与发展苏维埃政权。
10月14日，红一方面军发布的战役计划上，最后的署名是：“总司令朱德，总政委毛泽东，代总政委周恩来。”
周恩来在计划上注了一句：“如有便，请送毛主席一阅。”
10月26日，中共临时中央来电，正式撤销毛泽东的红一方面军总政委职务，任命周恩来兼任这一职务。
周恩来与毛泽东的友谊深厚。周恩来深知毛泽东是难得的“帅才”。周恩来真心希望毛泽东做自己的助手。