对于光绪皇帝的这些举动和变法维新者的一系列活动，守旧大臣们纷纷向慈禧反映，希望她尽快出面阻止。善于搞阴谋诡计；而又阴险毒辣的慈禧，表面上不动声色，等光绪皇帝推行新政到了最热烈的时候，她突然打出自己的“三张牌”：迫使光绪皇帝下令免去他的老师维新派瓮同的职务，并逐回原籍；下令凡授任新职的二品以上大臣，都必须到她面前谢恩，从而控制了用人权：任命她的亲信荣禄为直隶总督，并且加文渊阁大学士，统率董福祥、聂士成、袁世凯的北洋三军，从而掌握了军事权。她又设下一个更狠毒的圈套：让光绪皇帝陪着她到天津去阅兵，她企图利用阅兵机会，由荣禄举行兵变，迫使光绪皇帝退位，另立一个新皇帝。
光绪帝得知慈禧的政变阴谋，密令维新派设法营救。维新派人把希望寄托在统辖新军的直隶按察使袁世凯，维新派对他抱有幻想，建议光绪帝加以笼络。光绪帝召见了他，破格升他为兵部侍郎，专司练兵事务。谭嗣同还特地到他寓所，说出了维派计划：在慈禧和光绪帝阅兵时，实行兵谏，诛杀荣禄，软禁慈禧，拥戴光绪帝。很快袁世凯便赶到天津向荣禄告了密。荣禄慌忙进京，密报了慈禧。慈禧闻后连夜率人从颐和园回到紫禁城，直拉闯入光绪皇帝寝宫，破口大骂光绪。然后，把亲信大臣召集来，把家法放到光绪皇帝面前，慈禧下令把光绪皇帝囚禁在瀛台(中南海里的一个小岛)，交盗以光绪皇帝的名义发布上谕，说他身体不好，再三恳请慈禧太后“训政”。慈禧又把持了朝延大权，开始了她一生中的第三次“垂空听政”。
慈禧命令搜捕和屠杀参与变法维新的人。除杀害了谭嗣同、杨锐等变法维新的骨干外，其他凡是参与变法维新或有此倾向的人，或罢官或放逐或下狱，镇压了变法维新运动后，慈禧与帝国主义列强的矛盾日益激化。慈禧要对参与变法维新的骨干分子听尽杀绝，但一些重要的维新人物却在帝国主义国家的掩护下逃走了；康有为在英国人的掩护下逃到了香港，梁启超也在日本人的掩护下逃往日本。这对于唯我独尊、为所欲为的慈禧来说，实在是不能容忍。
慈禧囚禁了光绪皇帝，可对外界却宣布光绪后勤部病得很重。各国公使不相信，要求派法国医生进宫控病，慈禧坚决不允许，在各国公使的极力强求下，才答应把法国医生召进宫来，去给光绪皇帝看病。没想到，这位医生看完病以后对人们说：“皇帝血脉正常，根本没有什么病。”对此，慈禧很是恼火。
慈禧对光绪皇帝反对自己支持变法一直耿耿于怀，她要废掉光绪皇帝，另立一个听话的皇帝。不久，她选中了端郡王载漪的儿子溥俏，立为大阿哥(即皇储)，准备继承皇位。她这种做法竟遭到了中外许多人的反对。慈禧派人去说服各国驻京公使，让他们前来祝贺。但各国公使都不为捧这个场，使慈禧非常下不来台。
这时，中国大地上闹起了反帝灭洋的义和团运动。就连天津、北京也处处设“拳场”。反映了人民群众对帝国主义的极端愤恨。帝国主义列强要求慈禧对义和团予以镇压，并以保护使馆为名直接出兵。从渤海湾登陆，向津京进犯。在这时候，有一个谣言传入慈禧的耳朵，那就是洋人发出最后通牒，要求她把政权交给光绪皇帝。慈禧大怒，决定向美、英、法等八个国家宣战。慈禧光绪二十六年(1900)六月召开御前会议，正式向八国联军宣战。
知宣战几天后，慈禧竟派荣禄前往各国使馆慰问，表示愿意马上停战议和。荣禄亲自领兵来到北御河桥，在一块木牌上写着“钦差大臣荣禄，奉慈禧太后的命令，前来尽力保护使馆”。在战争进行最激烈的时候，慈禧派奕勖去慰问各国公使，送去瓜果、蔬菜、米面，放到使馆聚集的东交民巷街口，任由洋人自行拿用。在这种情况下，尽管义和团英勇战斗，不怕牺牲，也难以扭转局势，八国联军很快逼近了北京城。
慈禧扮成民妇模样，光绪二十六年(1900)，携带光绪皇帝和大阿哥，在部分大臣和太监的蔟拥下，狼狈西逃。临行前，珍妃出面请求皇上不必西去，应该留下来处理和各国讲和的事情。慈禧平日最不喜欢珍妃，此时见她又反对自己，竟命令太监将珍妃推入井中淹死。
慈禧这个不可一世的女人在西逃过程中，吃尽了苦头。她便又威风起来。逃到西安后，慈禧把巡抚衙门作为行宫，又过起了纸醉金迷的生活。单是每顿饭选菜谱就有100多种，鸡鸭鱼肉、燕窝海参、应有尽有，每天都要用200多两银子。
慈禧早在西逃路上就派李鸿章充当全权大臣，与八国联军谈判求和。并用光帝名义发布上谕，赖掉她“宣战”的责任，并把她利用过的义和协和与主战派大臣作为替罪羊，斩杀了主“抚”的刚毅、徐桐等人，以此讨好洋人：一再催促李鸿章、奕勖等与侵略者讲和。
八国联军明知宣战责任在慈禧，不再追究。清朝军队与八国联军勾结起来，扼杀了义和团运动。外国侵略者光绪二十六年(1900)底，提出“议和在纲”12条，慈禧连忙下令：“所有12条大纲，应即照允。”于第二年九月签订了《辛丑条约》。条约规定：中困赔偿各国军费白银4.5亿两，分39年还清，连本带息共计9.28亿两，以海关税、盐税等作抵押：允许各国在京，津和山海关驻兵；清政府保证禁止国内人懈反对帝国主义的活动。惊人的世额赔款加速了人民的贫困和社会经济的凋敝。苛捐杂税又一批一批地压在了人民头上。而“使馆区”的设立，炮台的平毁以脚北京至山海关一带驻扎外国军队，则严重破坏了中国主权。清政府还义务地替侵略者镇压中国人民的反抗。清政府已完全变成了帝国主义豢养的一条走狗，为保住自己的地位，在光绪二十七年(1901)八月，西安城张灯结彩，锣鼓喧天，慈禧一行3000多辆马车，满载着金银、古董，浩浩荡荡起驾回京。一路上竟以黄沙铺路，大肆搜刮，大肆挥霍，穷奢极欲。
半路上，她突然接到李鸿章病死的消息，十分悲痛。李鸿章死前又向她推荐了袁世凯为直隶总督兼北洋大臣。光绪二十七年(1901)十一月，慈禧一行回到北京，结束了西逃生活。
慈禧西逃回到北京后，仍将光绪皇帝囚禁在瀛台，大权独揽。参照“西法”，整顿一切政事。更加顺从帝国主义的驱使和控制，使清朝政府进一步买办化。帝国主义加紧了对中国的经济掠夺，中国的民族危机进一步加重。反帝反封建的革命斗争也进入了一个新高潮，孙中山先生领导的资本阶级民主革命开始兴起。为抵制日益民展的革命运动，挽救自己的统治地位，慈禧光绪三十二年(1906)，开始玩弄“预备立宪”的骗局，实行了一些不伦不类、欺世盗名的改良政策。但是，一场大的革命运动势不可挡。
在她生命将近终结之时，没忘记利用权力及时行乐。光绪二十九年(1903)，慈禧心血来潮，提出乘火车去谒祭东西祖陵，当时没有从北京城通往东西陵的铁路，为了满足慈禧的要求，只得立即抢修，结果单是铁路铺修到东陵，就花了153万多两白银。她过73岁生日时，仅袁世凯就送她两套玄狐裘袍褂，一枝旗妆大梁头横簪，两枝伽楠香木中镶宝石珠风，还有一枝一人高的大珊瑚。盛宣怀则送了一批宋、元、明三朝1000两黄金，打造了9柄金光闪闪的大如意。
她请美国女画家卡尔进宫为她画像，还经常财博、玩狗……她的脾气喜怒无常。有一次，一个太监陪她下棋，说了句“奴才杀老祖宗这匹马。”她立刻大怒道：“我杀你一家子！”叫人把这个太监拉出去，活活打死。
慈禧直到生命的最后一刻，也没有放弃权力。光绪皇帝死后，她立即醇亲王载丰的儿子溥仪为皇帝，定年号方“宣统”。当时溥仪年仅3岁，自然什么事也不懂，因此慈禧又一次发布懿旨：“小皇帝年纪还小，应当专心学习；所有军国政事，都按我的：训令施行。”第二天，74岁的叶赫那拉氏慈禧光绪三十四年(1908)十月三十三日，便死在了中海仪鸾殿。
慈禧的死，与傀儡皇帝光绪之死只一天之隔，两人之死便成为历史上一大公案。一个时期以来，认为慈禧毒死了光绪皇帝的说法颇为流行，演义小说也多敷衍此说。不过是猜测。据记载，光绪早在死前五六天就卧床不起，进入弥留状态。慈禧没再采取措施。慈禧的病是慢性的，只是腹泻和胃燥，并无必死之兆，她不会担心会死在光绪皇帝之前。从当时御医的诊断用药记录上可看得清楚。
慈禧死后，清政府对她实行厚葬。慈禧的棺材，木料取自云南深山老林，运费耗银数10万两。棺材用100匹高丽布缠裹衬垫，油漆达49次之多，抬棺的扛夫分十几班，每班128人。出殡那天，送葬队伍十几里，所过之处、凡有碍的建筑物，无论大小，一律拆除。从北京城到东陵，走了7天。从慈禧死时，到埋入地宫，折腾了近一年时间，耗白银达120多万两。
丰富珍贵，是世界是任何帝王都难以比拟的。叶赫那拉氏(慈禧)由微号加谥号统称“孝钦慈禧端佑康颐照豫庄城寿恭钦献崇熙配天光圣皇后。”
1928年，国民革命军第十二军(孙殿英部)借搞军事演习和清剿土匪之名，把队伍拉进东陵，炸开慈禧的地宫，毁坏了慈禧的尸体，盗走了珍宝。坟墓被破坏。
阿鲁特氏——穆载重宗淳皇后
阿鲁特氏，生于咸丰四年(1854)，是户部尚崇绮之女。清朝的历代皇帝为了笼络汉族知识分子，凡状元、榜眼、探花这3个光宗耀祖的头衔，一向为汉人所得。这是顺治皇帝传下来的惯例，各朝皇帝心领神会，满朝文武也都心照不宣。
同治四年(1865)的殿试，打破了这个惯例，这就是旗人崇绮破天荒地夺了一甲一名的状元。阿鲁特-崇绮，原为蒙古正蓝旗人，少年时家道中落。关起门来读圣贤书。同治四年四月二十一日，小皇帝载淳在保和殿亲试会及第的一榜新贡生265人，崇绮也在其中。殿试考官共有8人/崇绮很快就完成了试卷。当时考试，试卷都是密封的。殿试结束，读卷大臣看到满意的文章，就在上面画一个圈。8个人都认为好的卷子上就有八个圈。录取分数线以得圈多少为序排定名次。第四天皇帝在养心殿“亲览”。同治皇帝那时才10岁，免不了是两宫皇太后做主，好在每本卷子上都画着圈，两宫拭于太后忽然发现，第一本竟是旗人崇绮，感到事情不好办，于是让以协办大学士瑞常为首的读卷大臣和军机大臣们把卷拿下去商量。这些人商议的结果是：“只论文字，何分旗汉”。两宫皇太后也就钤印钦定了。崇绮金榜题名，踌躇满志。崇绮家又真的中兴起来。
阿鲁特氏作为状元的女儿，自幼就受到了良好的家庭教育。这位名门闺秀饱读诗书，知书达礼，温柔贤惠。未来的皇后，在成千上万个青少年“秀女”中筛选。其中有“秀女”们一轮又一轮的激烈竞争。经过多次慎重、认真的选择，到同治十一年(1872)初，合格的“秀女”只剩10个，其中有阿鲁特氏。两宫皇太后事先已决定，这年二月初二选出皇后。朝野内外议论纷纷，大部分认为户部侍郎崇绮的长女气度高华，德才俱胜，皇后非她莫属。
关于皇后的人选，两宫太后一直在私下酝酿着，决定在崇绮的女儿与凤秀的女儿之间选出一人。慈禧心中有鬼。原来她生在道光十五年，是乙未年，肖羊：而阿鲁特氏生于咸丰四年，是甲寅年，肖虎。如果属虎的人入选正位中宫，慈禧太后就变成了“羊落虎口”，这冲克非同小可。迷信意识浓厚的慈禧太后虽嘴上不便说出，但实际自然是要极力避免这种结局的出现。于是她极力推举凤秀的女儿，凤秀14岁的女儿富察氏美丽端庄，是皇后最合适的人选；而宗绮的长妇阿鲁特氏已19岁，比同治皇帝还大两岁，又不是满族人，因此不宜立为皇后。慈安太后的意思刚好与慈禧太后相反，她认为阿鲁特氏虽然比相貌不如富察氏，但“娶妻娶德，娶妾娶色”，立皇后以德行为最要紧，阿鲁特氏完全符合条件。虽说比皇帝大两岁，可懂的事就多，更能够照顾好皇帝，帮助皇帝读书。另外，选后虽讲命官八字，但只要跟皇帝相合就行。慈禧太后担心的“羊落虎口”，慈安太后本就没想到。此事议而未决，只有等选立皇后大典由皇帝定了。
到了二月二这一天，选立皇后大典的地点定在御花园的、钦安殿。内务府的官员早就把大殿布置得喜气洋洋、富丽堂皇了。两宫皇太后、皇帝在宝座上就坐，御案上放着一柄镶玉如意和几对红缎彩荷包。内务府大臣将入选的10名秀女带进殿来。行过大礼后，她们分成两排，依照父兄官职的大小分先后站立着。第一次算是复选，两宫皇太后商量，先从10人中选出4个。这4人将是一后、一妃、两嫔。结果第一轮挑出了副都统赛尚阿的小女儿阿鲁特氏、知府崇龄的女儿赫舍里氏、刑部员外郎凤秀的女儿富察氏和当时身为翰林院日讲志注宫侍官讲的崇绮的女儿阿鲁特氏。在第二轮开始前，关于皇后人选，两宫太后征求皇帝意见，他嗫嚅半晌，终于决定立阿鲁特氏为皇后。对此慈禧太后虽然很不满意，但毕竟已无法挽回。当时慈禧还受慈安制约，皇帝载淳又是自己的亲生儿子，由此埋下了很深的隐患。
按照清延祖传的方式，载淳亲自把镶着羊脂玉的如意递给阿鲁特氏。阿鲁特氏先蹲下身去请安，然后一手扶地，双膝跪下，她不慌不忙，娴熟地做完了这个礼节——接过玉如意，垂首谢恩。慈安太后把红缎绣花荷包赐与富察氏。
来到养心殿，即拟旨诏告天下皇后已选立。慈禧太后又定富察氏为慧妃，赛尚阿女儿阿鲁特氏及赫舍里氏均为嫔位。皇后身份尊贵，理应出在上三旗。为解决这样的难道，清代定下一种制度，可以将后族分改隶，原来是下五旗的，升到上三旗。崇绮家原是蒙古正蓝旗，照京城八旗驻防的区域来说，应该抬到上三旗的镶黄旗。崇绮一家沾女儿的光被抬为满州镶黄旗。崇绮本人蒙恩被封为三等承恩公，从五晶官连升三级，一下子成了二品高官。
八月十八日是“大征”之日。“大征”就是六礼中的“纳征”，即到皇后家下聘礼。慈禧太后亲定礼部尚书灵桂、侍郎徐桐为“大征礼”的正副使。聘礼由内务府负责准备，按康熙年间的规矩，是200两黄金，1万两白银；若干金银茶筒、银杯；1000匹贡级；另外是20匹配备了鞍辔的骏马。而那1万两银子，是户部银库的炉房中特铸的，20两一个的大宝，凸出龙凤花纹，精致别致。20匹骏马也要一色纯白，个头大小一样，配上蔟新的皮鞍，雪变的“铜活”，黄弦缰衬着马脖子下面一朵极大的红缨，色彩极其鲜明。为这20匹马驷院就报销了七八万两银子，还不算专门花了几个月的工夫调教的费用。