虽然安史之乱平定了，但是战争并没有结束。这时的唐王朝，黄河南北历经战火洗劫，人口锐减，经济残破，民不聊生。面临唐王朝内部急剧衰落的局势，边疆地区的战争警报也频繁传来。边疆空虚，吐蕃贵族便借机入侵，攻占城邑，掠夺财物、人口和牲畜。广德元年(763)，吐蕃军队占领了河西、陇右地区之后，仍继续东进。紧急警报不断传到京城，却被大宦官程元振扣压下来，不向代宗呈奏。是年10月，泾州(今甘肃泾川)、邠州(今陕西彬县)又被吐蕃攻陷，奉天(今陕西乾县)告急，代宗这才得知真情。形势危急，代宗即刻下诏以雍王为关内兵马元帅，起用郭子仪为副元帅，紧急征兵抗击吐蕃。郭子仪闲处已久，部下兵将早已离散。仓促之际，他只带20名骑兵赶到成阳。吐蕃骑兵此时已向南进至武功。郭子仪派人火速入京请兵，又被大宦官程元振所阻，不能入朝见代宗。吐蕃前锋兵马于10月7日，渡过渭水便桥，直指京城。代宗闻报后惊慌不知所措，急急带着雍王等人出城向东避乱。代宗第二天奔至华州(今陕西华县)。地方长官见闻吐蕃大军进犯京城。早已逃得影踪不见。跟随代宗的禁军将士，在军需粮草耗尽，受冻挨饿。
慌乱危急的时刻，鱼朝恩带着神策军，从陕州赶到关中。代宗和随行人等在神策军的护卫下，匆忙驰向潼关。
鱼朝恩监领的神策军，原本是边防军，是玄宗天宝年间陇右节度使哥舒翰为抗御吐蕃，在临洮(今甘肃临潭)之西的磨环川所设置，由成如璆担任军使。安禄山起兵叛乱后，神策军将士千余人在卫伯玉率领下，奉命东调。神策军的旧地，不久即被吐蕃所占领。神策军在陕州长期驻扎下来。卫伯玉调任后，一度由大将郭英义兼统。后来郭英义入京任职，神策军便归监军使鱼朝恩统率。
代宗在潼关东下到陕州避乱时，官军散兵大多在商县(今陕西商县)一带。郭子仪派人到商县招集，很快集合到几千人马。郭子仪用声东击西的策略，骚扰进入长安的吐蕃军队。不几天，吐蕃兵便惶然不得安宁，西撤而去。
鱼朝恩带神策军在12月26日，护卫着代宗返回长安。郭子仪率京城百姓和将士迎驾于沪河边。代宗慰劳道：“没有早日任用你，所以才有这场祸乱。”代宗回宫，鱼朝恩以迎奉护驾功劳，被任命为天下观军容宣慰处置使，获得赏赐无数。神策军被升格为皇帝禁军，仍由鱼朝恩典掌。至此，鱼朝恩既总监天下军队，又亲领宫卫禁军。鱼朝恩一个宦官头子掌握如此大的军权，权势无人可比。
代宗帝自安禄山叛乱之后，对节度使不再完全信任。又迫切需要一支直属自己的军队，既能担负宿卫宫廷之任，又能征讨拥兵朝廷央的地方节度使的这样的一支军队，仅靠招募是不行的，必须找一支建置完整战斗力强的军队，调走其原来将领，由忠于皇帝的人来统率，将地方部队变为皇帝的嫡系亲军。值逢这次吐蓍入寇京城，鱼朝恩统领的神策军适得其选。神策军升格后，与原先的禁军有很大不同，它不仅保卫京城，而且真正成为皇帝直属的具有野战能力的部队。后来，京城西北的好畤、麟游、普润、兴平、武功、扶风、天兴等地划为“神策行营”，作为驻防地区。到德宗时，神策军扩充到15万人，超过了任何一个地方节度使的兵力。
仆固怀恩在平叛战争中跟随郭子仪，先后在山西、河北等地破敌立功。唐朝借西域回纥兵收复两京，也赖仆固怀恩与之联络交往。仆固怀恩又将女儿嫁给回纥登里可汗为妻，深结友好。肃宗以仆固怀恩军功显着，任其为朔方节度使，封为大宁王。仆固怀恩为人雄略少言，性情刚决。他的一个儿子曾战败降贼，被他大怒处斩。另一个儿子仆固埸，英勇无敌，军中号称猛将。仆固父子的蕃汉劲卒，作战勇猛，功勋卓然。史朝义败亡后，仆固怀恩受诏送回纥可汗回国，途经太原时，河东节度使辛云京知道仆固的军队纪律不严，担心受到袭击和抢掠，便没有敢慰劳迎送。仆固怀恩心中大为不快，就上奏朝廷，不获下文。辛云京与来到太原的宦官骆奉先结好，上奏肃宗巫告说仆固怀恩有反叛之心。代宗听后只是得过且过，下诏为双方调解和好。仆固怀恩大失所望，想到自己一家战死沙场多达46人，功大不但没受特殊奖赏，反而遭人谗言陷害，皇帝不究情由，也不为他清洗恶名，不由得让仆固怀恩满腔怨愤。不久，吐蕃骑兵侵犯京城，仆固怀恩接到肃宗皇帝诏命，仆固怀恩也不派兵勤王救驾。相互之间的嫌怨猜疑便进一步加深了。
仆固怀恩于广德二年(764)正月，公开反叛朝廷，派其子仆固埸袭击太原，被辛云京击退。仆固埸又带移兵包围榆次，2月，仆固埸在7月被其部下杀死。仆固怀恩带着300人逃到灵州(今宁夏灵武西南)。7月，他勾结回纥、吐蕃军共10万人马，来攻长安。代宗任命郭子仪为关内河东副元帅，带兵抗击。两军相遇于奉天，仆固怀恩的将士一见郭子仪的大旗，不战而散。
仆固怀恩于第二年9月，又勾结吐蕃、回纥、吐谷浑的军队进犯长安，当进军到京城西面的周至时，突发急病而死。他的部将张韶继续进军，包围了泾阳。镇守泾阳的郭子仪，命令部下坚守待援，他自己单枪匹马，劝说厨纥可汗之弟药葛罗的人马退回。吐蕃王听到消息，连夜拔营撤兵。郭子仪又一次解除了京城的危急，平息了仆固怀恩的叛乱。
鱼朝恩在平定仆固怀恩叛乱中，一些部将立有军功。但与平定天下，位居第一的郭子仪是不能相比的。特别是郭子仪赶走吐蕃兵，收复京城，使唐王室得以再度安稳的大功，鱼朝恩心里妒忌又惭愧。他借机在代宗面前诽谤贬低郭子仪等大将，又想以自己统率的军队护卫代宗出幸河中(今山西永济境内)，远避吐蕃兵锋的威胁。皇驾迁幸是件大事，引来朝臣的议论。一天早朝，百官立班许久，阁门迟迟不开。朝臣们正在猜测议论之际，鱼朝恩带着十余名禁军，手持刀剑开门出来，大声宣布：“吐蕃接连进犯京畿，皇帝欲行幸河中，以避不测，敢问诸位意见如何？”公卿大臣面面相觑，不知如何回答。这时，刘给事一个人出列抗声道：“眼下大军云集京城，不齐心协力抵御蛮寇，反而逼迫皇帝抛弃宗庙社稷，蒙尘受辱，你这不是想造反？”鱼朝恩大吃一惊，满面沮丧，悄声退出。过了一会，代宗皇帝才上朝听政，与大臣商议军情。正在议论时，传来郭子仪退敌的捷报。代宗大喜，却把迁幸河中的事搁置不提。
自从鱼朝恩受宠得志后，他总想加害于郭子仪，多次在皇帝面前造谣中伤，代宗却不大理睬。没过多久，郭子仪父亲的坟墓被盗挖。盗墓贼也没有被捉住。对于此事，朝野议论纷纷，都认为是鱼朝恩指使人干的。连代宗深为担忧，怕郭子仪因此事而反叛。郭子仪对此事虽然恨之入骨，不和鱼朝恩公开反目。郭子仪从泾阳回京入见代宗，代宗好言表示安慰。郭子仪流泪答道：“臣长期在外带兵征战，没能很好地制止部下毁坏别人家的坟墓，现在有人挖了臣先父的坟墓，这是上天对臣的谴责。”郭子仪胸怀大局，采取息事宁人的态度，避免了局势出现波动，消除了人们心中的忧虑。
鱼朝恩有一次约请郭子仪赴宴。宰相元载知道后，派人传话给郭子仪说：鱼朝恩想借机害你。郭子仪的部将知道后，要求内穿铠甲随从前往保护他。郭子仪说：“我是国家大臣，鱼朝恩没有皇帝的诏令，怎么敢加害于我？诸位不必担心。”郭子仪去的时候，只带了几个家僮。鱼朝恩见此情形，问道：“郭将军怎么只带这几个随从？”郭子仪最后说：“你请我赴宴，是出于一片诚意，特地减少随从前来。”鱼朝恩听后，既感动又惭愧，流下眼泪赞叹道：“郭将军真是有德行之人！”
自从鱼朝恩得到皇帝的信任恩宠后，身价地位日益显高。他并不满足于恃权干政，还装出一副斯文模样。他把一批巴结附会的儒士和轻薄文人网罗在自己门下，讲论经籍，炮制文章，自夸是群臣中无人能比、文武兼备之才。他大言不惭的自我吹嘘，居然骗取了皇帝的信任。永泰(755-756)中，代宗诏令鱼朝恩主管国子监事务，兼鸿胪、礼宾、闲飞龙、闲厩使等职，被封郑国公。
唐代国子监是古代教育管理机构的最高学府，所管理的官学有国子学、太学、四门馆、律学、书学、算学等。国子学招收三品以上贵族官员子弟入学，太学招收五品以上官员子弟；四门馆招收一般官员子弟及有才能的平民子弟。学生入学后要学习儒家经典《周易》、《尚书》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《毛诗》、《左传》、《公羊传》、《谷梁传》和《孝经》、《论语》等。律学培养司法人员，书学培养书法人才，算学培养算术人才。以上这些经典和专门学问，都有专职的博士官和助教负责传授教习。然而鱼朝恩的学问知识，充其不过是个半瓶子水。他身为阉臣，本是在宫内供驱使的“家奴”角色，按规定要受一定程度的教育，学习众艺。他要到最高学府来升堂讲经论道，无疑是让人耻而笑之。皇帝这种令斯文扫地的怪诏令，致使朝中文武大臣可笑而不敢言。
鱼朝恩第一次到国子监讲学时，代宗特下诏令，让宰相、百官、禁军将领集合前往，由京兆尹负责安排宴席，让内教坊的宫廷乐队和舞伎前去助兴。另有大臣子弟200余人穿上官服，排列在走廊上充当附读学生。如此宏大威风场面，使鱼朝恩越发感到自己不同凡响。代宗随后又赏赐万贯金钱为本金，放债收息，作为附读学生的膳食费用。代宗的恩宠，为鱼朝恩开了一个恶例。鱼朝恩以后每到国子监，总带着几百名神策军兵士，前呼后拥招摇过市。京兆尹照例要负责张罗酒席饭菜，一次就耗费数十万钱。可鱼朝恩还经常显出不满意的神色，有时扫兴而去。
代宗召集大臣商议朝政事务时，鱼朝恩总要强词夺理来羞辱众人，借以显耀自己的优越地位。宰相元载是个好学博识善于言辩之人，对鱼朝恩的蛮横是退避三舍，保持沉默。只有礼部郎中相里造，殿中侍御史李衍敢于同鱼朝恩争论，从不买他的帐。随着手中权力的增大，鱼朝恩便想更换执政大臣来震慑朝廷。一天，他把群臣召集到尚书省大堂，用不可一世的口气讲道：“作为宰相，应当调和阴阳，抚慰百姓。但是现在不断有水旱之灾，京城周围驻扎着几十万军队，给养的运输很成问题，连皇帝也睡不安稳。宰相是怎样辅佐天子的？还不趁早让位给有才能的人。你们为啥都不作声，等什么！”
大多数官员心怀忧惧，连脸色也变了。几位宰相听了，都低头不语。只有相里造走到鱼朝恩面前说：“阴阳不和，谷价上涨，都是你这位观军容使搞的，与宰相有什么关系？那么多军队屯集着不予遣散，所以老天爷降下灾害以示警告。现在京城并没有什么大事，朝里军队完全可以维持镇守。但却驻军几十万，搞得粮饷给养不够，百官家里也没有足够的粮食，这都是你这位观军容使造成的。宰相只是发布文告，你为什么不想想你自己的责任而归罪于他们？”