且说丘处机夜间正在蟠溪的一座庙内打坐，赵碧等一伙强盗在月夜看不清楚，以为神庙内又多了一尊神像，正要拿肉去敬他，丘处机这时说道：“贫道不吃无名之食。”众人见这尊神竟能说话，吓得慌忙跪地就拜。丘处机又说道：“贫道云游至此，在此修炼打坐，不要拜了。”
有人问道：“你到底是人还是神？”
丘处机下坐说道：“贫道是人。”
众人这才发现原来他是一个道人，有人说道：“既是人，与我们一同到外面吃点熟的去吧。”
丘处机又说道：“贫道不吃无名之食。”
赵碧问道：“你是何方道人，因何来此。”
丘处机说道：“贫道云游四方，四海为家。”
赵碧说道：“不如我们弟兄为你凑些银子，你就在这山神庙里作个主持，安心静养如何。”
赵碧怕这人知道了他们做的坏事到官府去告发他们，不过想给他一点银子封一封他的嘴，或许这人能跟他们入伙也未可知。
丘处机却说道：“贫道不妄取人财。”
赵壁又道：“我们甘愿帮你凑银子，非你索要，怎能说是妄取？”
丘处机说道：“凡无功而得人财者，是谓无因。无因者无故也，无故而取人钱财，吃人饮食，这不是妄取么？”
赵碧不以为然地说道：“妄取又能如何？依得王法打死人，依得佛法活不成。”
丘处机说道：“人生往来都有帐算。今生妄取别人，来生都会加倍偿还，或为人当牛做马，或遭人打劫暗算。”
众人听他如此说，不禁毛发悚然。但听有一人说道：“要依你说，我们打劫的那些人前生都欠我们的？或我们来生要给他们当牛做马，或也要遭他们打劫暗算？”
丘处机说道：“人生自有因果报应，不是不报，时候未到。”
这时有一人说道：“别听这道人在这儿胡说，把他弄死，日后免生祸端。”
众人都说：“对啊，把他弄死。”说着七手八脚地拥上前来，把丘处机按倒在地。
有人说道：“拿刀来把他捅了。”
赵碧一直站着未动，他突然大声说道：“神庙之内且勿造次。”
一人应道：“对，拖出去宰了他。”
赵碧又喊道：“弟兄们，放开他。”众人听他一喊都放了手。赵碧又说道：“这道人说的不差，咱们各自回去散了吧。”
有人说道：“赵大哥，咱们不干了？”
赵碧说道：“咱们趁此机会，改邪归正，回去各自做点小生意，或置办点田产，干点正经儿行当，岂不强似强盗？！今后咱们还是朋友，相互有个照应，岂不更好？”
众人都道:“大哥说的有理，我们听大哥的。”
赵碧对丘处机说道：“多谢道长点化我们。刚才弟兄们对道长无礼，请道长多多担待。”
丘处机笑道：“各位能就此走上正路，贫道甚感欣慰。”
众人辞别丘处机，将刀抛入乱草之中，各自散去。丘处机仍在庙内打坐。
后来丘处机看到磻溪的香岩风景很好，这儿有竹林之秀，相近有清风台、天真洞，便在此处开掘一洞穴作为居所，名为长春洞。丘处机在此洞内清修，日夜打坐，他烟火俱无，箪（dan）瓢不置，没有一点日用品，饿了便出去讨口饭吃，冬天常常饥寒交迫。他在磻溪清修六年，没添过一件新衣服，他不管春夏秋冬，常披一件破蓑衣，人称“蓑衣先生”。
丘处机为了战胜睡魔，他夜里困了便沿着山坡上上下下地搬运石块，每夜搬运十七八遭，时间久了，石块变成了石锤。但夜里在山上摆弄石块可不是好玩的，丘处机曾三次受重伤，两次险些伤命，有一次三根肋骨骨折。白天他用系草鞋的办法战胜困魔，一双草鞋系了解，解了系。
丘处机在磻溪最难克服的是寂寞与孤独。丘处机在长春洞隐修期间，虽与道友、文人有所往来，但大部分时间都是独居长春洞清修，加上在磻溪时丘处机的功夫进展得很慢，且几经反复。他曾产生过要放弃的念头。题名《幽栖》的《青莲池上客》词说：
一从东别长安道，西往磻溪庙，渐扣南山名迹杳。洪沟冷淡，土龛潇洒，北府何曾到？夜深陌上行人悄，独听岩前子规叫，切切松梢啼到晓。声声相劝，不如归去，争奈功夫少。
诗中“夜深陌上行人悄，独听岩前子规叫，切切松梢啼到晓。”几句，充分体现出丘处机当时孤寂难耐的心情，而“不如归去”一句，则说明了他确实曾有过要放弃的念头，但因“争奈功夫少”，他还是坚持了下来，在磻溪一呆就是六年。
丘处机坚忍不拔的毅力确实惊人，为了一个闲字，他吃了比别人更多的苦，受了比别人更多的罪，但道功却比别人进展得慢。修炼讲究的是顺其自然，最忌讳的是执着。过分地追求闲、苦也是一种执着，困的不能支撑了，与其滚石块、系草鞋，还不如睡上一觉，睡醒了再炼。这种执着使丘处机虽苦修十多年却只炼到了初关仙术，中关仙术未成，而此时比他入道晚的其他师兄弟，却大都已经大功告成。
大定十九年（1179），马丹阳自终南西游，丘处机在磻溪知道后，便赴陇州与马丹阳相会。而后两人同游景富山及景富山上的龙门洞。龙门洞又名灵仙岩，在景福山主峰西北面的半山腰上，下临深渊万丈的大峡谷，谷中河水奔流。这儿洞府众多且又洞中有洞，景色优美，山势险峻。丘处机被龙门的景致所吸引，他曾有《山居》诗述及龙门景致：
龙门峡水净滔滔，南激朱崖雪浪高。
万壑泉源争涌凑，千岩石壁竞呼号。
周流截断红尘境，宛转翻开白玉膏。
胜境无穷言不尽，临风时顾一挥毫。
第二年他自磻溪迁往陇州景福山龙门洞（今宝鸡市东南）隐修。他前往龙门，除了他喜欢这儿的景致以外，还因为龙门比磻溪更为偏远，这儿人烟稀少，远离尘世，更能体现出“闲”，有利于进一步的深修。虽然他在磻溪“待客迎宾不点茶”，但有人来访毕竟会影响他静修。
丘处机在龙门仍象在磻溪一样，坚持清修苦修，他仍是日夜打坐，每日只食一餐。
龙门洞前有一颗千年古树，这棵古树与丘处机朝夕相伴。这年春天，丘处机突然预感到洞前山崖上的这颗古松将遭砍伐，他想保护那棵古松，于是就每日在古松树下静坐。
原来陇州县令刘希公打算在清明节时改葬自己去世多年的父亲，想做口棺材。他派都头带着十几个差人，到附近山林中寻找木材。这伙人中有人知道龙门洞前有千年古树，就带领大家前往。
差人们到了崖下，丘处机起身施礼道：“无量天尊！各位差官远道而来，但愿不是砍伐古树。”
都头把眼一瞪道：“我们就是来伐古树的，你想怎么样！”
丘处机说：“这老松乃是本山灵物，朝夕与贫道相伴，已成道友。贫道奉劝差官大人手下留情，放过它吧。”
都头吼道：“臭老道，滚开！这树又不是你栽的，你凭什么阻止我们砍伐？惹恼了老子，把你这野道也砍了！”
丘处机说道：“贫道不怕死。只要有我在，你们休想砍这颗古树。”
都头怒吼道：“把他捆了，带到县衙去。”
丘处机笑道：“贫道正要去找刘县令。”
众官差听丘处机如此说，不知他与刘县令是何关系，站着不敢动手。
丘处机说道：“走吧，咱们到县衙理论去。”
于是丘处机与众差人一起来到县衙。县令刘希公问众人是否采得木料，众差人一齐跪倒，指着丘处机说：“这老道不让我们砍树！”
刘县令一拍惊堂木，厉声说道：“大胆道士，你敢妨碍本县公务？”
丘处机说道：“且听贫道解释。大人安排差官砍树，可否令其专砍龙门古树？”
刘县令问道：“难道他们去了景福山？”
丘处机就把经过讲了一遍。刘县令听了又把惊堂木一拍，对差人们喝到：“本县只是叫你们到附近山中寻找木料，谁知你等竟胆敢到灵山宝地去伐古树，还不给我退下！”
刘县令向丘处机陪礼。丘处机说道：“祖师老聃教我‘常善救物’，师父重阳教我‘与物无私’，所以不能见而不救。”
刘县令说：“久闻人言：我县有一道长，道德高深，学问渊博。原来就是先生！今听先生言谈，便知是真有道者。”
刘县令把丘处机请到自己家中做客。并说：“听说道长能文能武，诗文尤佳，请为刘某留墨。”
刘县令带丘处机来到后堂，请丘处机为此堂题名，丘处机说：“就叫‘清梦轩’如何？”刘县令连声说：“好，好！”
丘处机索笔题诗道：
清梦轩中清士居，士居清境养真如。
真如养就清无梦，无梦清欢乐有余。
此诗用了五个“清”字，意在提示刘县令要做个清官。刘县令见天色已晚，便请丘处机在家中过夜。
丘处机在刘县令家打坐过夜，坐到清晨，忽见一高大苍颜老翁向他施礼说：“承蒙关照，今日我将转生人世。三十年后以十八子为姓，做你弟子。”
丘处机问：“先生是谁？”
那老翁说：“我乃十八公是也。”
言毕不见了踪影。丘处机心想：“十八公”三字，乃是一个“松”字。想罢暗叫“不好！”
丘处机忙起身辞别刘县令急回龙门洞，他刚到山口，就被眼前的景象给惊呆了：只见对面山崖上的那棵最显眼的挺拔高大的老松树不见了，而且还隐约听见斧斫之声。
丘处机奔到崖上，见一村夫正在那里截伐早已砍倒的古松。丘处机问他伐古树何用，村夫答道：“作房梁”。
丘处机闻言叹道：“看来一切都自有天数。我能阻止此树不被公差砍伐，却没有料到它会丧在樵夫之手。”
景福山下有个富户，姓王名存富，家中豪富，人都称他为金斗王，宅院山环水抱，门外有一道溪河。丘处机预感到王存富一家即将大难临头。
王存福虽有若大家私却居心刻薄，惯使大秤小斗轻出重入，一味欺贫凌弱占田夺地。他家那些奴仆狐假虎威、狗仗人势，占骗乡人****妇人无所不为，仗着主人势大造下弥天罪过犹然不知。他家门外有一大石长丈余，高数尺，头大尾小像狮子一般，故此呼为石狮子。相去不远有个山坡，坡上修了一座观音庙，为王存富先祖所建，当年曾招有住持、施有地土。王存富当事之时即将地土收回并把住持逐去，只是未曾拆毁庙宇打坏神像，也算他还有一点善心。不过这庙宇虽然留下了，却成了一个冷庙。
丘处机见此情景便想点化王存富，如果王存福能改邪归正，他便拯救他们全家。他住进了那个破庙，每日听见梆响便去化斋，化了几天，并无一人理睬于他。只有一个丫头名叫春花，见他来了几回皆空手而来空手而去心中不忍，便暗地里藏了几个馍出来，将其放入丘处机袖内说：“老师傅快去吧，此处不是善地。”
又过了两日，丘处机来化斋正遇王存富站在门口。丘处机本是来点化他的，今见他站在门前，便上前说道：“贪名为利不回头，一旦无常万事休。纵有金银带不去，空遗两眼泪长流。”
王存富听罢勃然大怒：“你这野道休得在此胡言乱语，我生平是不信佛法之人。快给我走开，免得挨打！”
丘处机说道：“贫道特来贵府化斋，随员外施济一施济。”
王存富见门外有个拾马粪的笼子内装有马粪，旁边有把拾粪的铲子。他过去向笼内铲了一铲马粪，走到丘处机面前说道：“你求我施济，我便将此物施济于你如何？”