“民国二十八年一月，予既至昆明，留心访问与文秀有关之遗文轶事。是年夏，白亮诚先生自佛海来，尽以历年所得，举以相贻。次年秋，予以沙竹轩阿衡马子实先生之介，复得尽觏马瑞岐先生之遗藏。马虞卿先生、李芳伯先生、沙宝诚先生、周继廉先生、卢振明先生、王之平先生、忽本初先生、纳子嘉先生、万稼轩先生、沙元先生又各以所有惠赠借抄。总计先后所得，大抵皆为民间传抄之本，未经刊布之作。数量虽尚不为多，然皆为研究杜事者之新资料，对于救济方略、方志之偏弊，及提供研究者比较正确之观念，裨益当不在少。予因从而校字成书，排版问世，其亦同道之士所乐闻欤。”
“校写，始于二十八年冬。时袁守和先生、万稼轩先生给予之鼓励至多。嗣后，陆续校写，并陆续以新获善本易去已写就者，往往一易而再易。复以课务之牵制，历20个月，始得10万言，名之为《咸同滇变传抄史料初集》。三十年五月，寄沪付印，为书局延搁者经年。后，首篇方排，而太平洋战衅已启，书既不能续印，稿亦留沪不得出。三十年六七月间，予又集中精力，校写10万言，为二集，置箱箧中，亦且年半。今集合旧稿，改为本编，距开始校写，已3年余矣。今本所书，有原编两集所无者，亦有今无而原有者。此全为迁就手头现有稿本而然，无深意也。至于改易原名，则以今名更具体，更为多人注意之故。且在内容之范围上，今名毋宁更为宽泛也。”书稿原名《杜文秀研究资料》，经国民党图书杂志审查委员会审查，禁止发行，后改为用今名，才得通过。”
《秦始皇》一书，被列为民族伟人故事集第三册。本书出版后，由于作者对秦始皇的历史功过作了比较公正和全面的评价，很受社会上的注意。
先生在重庆期间，生活十分贫苦，但学志不衰。1985年，先生的老友、著名诗人臧克家曾赠诗一首，诗曰：“苦忆山城三纪前，嗷嗷八口一蓝衫，晚晴白发春风里，常记流年永敢闲。”并有附记：“抗战期间，与白寿彝同志订交于山城重庆，岁月日增，而友情弥笃。当时寿彝执教中央大学，蓝布长衫，仆仆风尘，八口之家，生活困窘。而今，年近八旬，兼职甚多，主编《中国通史》，计一千二百万言，壮志可嘉。以诗赠之。”②短短数语，刻画出先生的学者风尚。
1944年，先生35岁。又回到云南大学文史系讲学，主讲史学名著选读。在此期间，他开始步入了史学史的研究领域。
1946年，先生37岁。所著《中国伊斯兰史纲要》出版。在昆明五华书院演讲《中国历史体裁的演变》。
《中国伊斯兰史纲要》是在《中国回教小史》的基础上加以提高。它不只是一本伊斯兰教史，从书中论述的各主要内容来说，并且是一部中国回族史。全书采取教材的形式，反映先生对历史教育的重视和把历史知识交给更多群众的思想。此书有法文译本。书出版后，销路很好，有几个地方采用为教本。先生出于对读者负责的态度“拟另行汇为《中国伊斯兰史纲要参考资料》一册，以应急需”。并于两年后正式出版。这本书的编法，依先生自序中所说：“是以通论性质的居前，各时代的专论居后，史料辑录居最后，对于所收各文，除一律加以号码，以便检寻外，都尽量保持原来的形状，不加割裂。善于利用本书的人，可由此略知各个问题研究的过程，有时并可借以判断各文结论的是非，及《纲要》正文之当否。对于不能立读各篇全文，而只须临时检出一些资料，供《纲要》临时参考之用者，本书另编有《指引》冠于书前，可依《指引》中所列号码，检寻资料。”先生同时还指出“学问的道路并没有一条坦易的路可走，尤其是在一门学问新兴的时候，更需要艰苦的努力”，他希望，“本书对于读者的作用，是能引起他的研究兴趣而增加他的辛勤，不是只供他教书时的敲门砖而养成他的懒惰的”。此书的编撰，反映了先生史学编撰思想的进一步形成和逐渐的完善。
在五华书院的讲演破史书体裁风俗，另立新意，是先生第一次公开发表的关于史学史方面的意见。讲词见《文讯》月刊1946年新10号。此文系统地论述了各种史书体裁的创立及在发展中互相参照和互补，说明历史体裁不是单纯的体裁，而是互相影响发展起来的。把历史书、历史家和历史编撰方法联系起来看，是先生史书体裁新思想的开端。
从互相交叉的体裁到现在由他总主编的《中国通史》所创立的多种体裁相结合的新体裁，正是他多年思想整理的成果。
1947年，先生38岁。在苏州协助顾颉刚先生主持文通书局编译所编务。时，停刊已久的《文讯》月刊已于1946年1月复刊。
文通书局编译所有一个初步设想的出版计划，包含世界文学名著、文学丛书、医学丛书、少年儿童文库。计划因各种原因未能完全实现，但也出了一些好书。
1948年，先生39岁。在中央大学讲授中国通史。时，中央大学已由重庆迁回南京。同年，除前面提到的《中国伊斯兰史纲要参考资料》之外，还有他校点的《天方典礼择要解》出版。在《月华》发表了《纯真篇义证》。
中央大学为中国通史开五个班的课。先生最初用缪凤林的《中国史要略》为教材，后来改用自己编写的讲稿。
“义证”是《古兰经》的一个篇名。先生对这篇经文各种汉文译解加以评论，主张以经译经，以经解经，不要揣测。
1949年，先生40岁。7月，先生从南京大学到北京出席新中国成立前夕召开的全国教育工作者代表会议筹备会议，并受聘于北京师范大学历史系。
同年9月，先生出席在中南海怀仁堂举行的中国人民政治协商会议。10月1日，中华人民共和国成立，先生登上天安门参加了开国大典。从此，先生的学术生活又揭开了新的一页。
从1949年至1966年17年之间，先生在北京师范大学历史系讲学，开了许多课程，包含有春秋战国史、隋唐史、明清史、中国社会发展史、中国史学史、中国史学名著选读、历史教学法、史学概论、历史唯物主义等。往往是同时开设两三门课程，并采用了多种辅助教学方式，如课堂讨论、学期论文、教育学习、历史晚会等。在努力教学的同时，先生的治学兴趣已逐渐比较集中于回族史、史学史、中国通史和历史教育。此后，先生对于这四个方面的论述都比较多。
1950年，先生41岁。发表了《对于大学历史课程和历史教学的一些实感》。
这是先生所发表的关于历史教育的第一篇文章。在教学任务上，先生认为中国通史应是历史系最重要的课程。在教学内容上，中国通史必须首先承认的事实，即只是汉族史，这是应该严肃检讨、严肃纠正的。先生在文中指出：“在历史系课程里，必须重视国内少数民族史的研究，必须提倡国内少数民族史的讲授。少数民族史的研究和讲授，逐渐地进步了，中国通史的内容也就可以逐渐地充实了。如果我们不在这方面着眼，仅仅在规定历史系课程时，说明中国通史必须包括中国境内兄弟民族的历史，这是不够的，这只指明了一个方向，并不能解决事实上的困难。”中国通史必须包括中国境内兄弟民族的历史，这是先生研究中国历史的思想基础，也是他中国通史理论形成的思想基础，同时是他此后几十年为之奋斗的目标。多卷本《中国通史》导论卷的第一章“统一的多民族的历史”是他这一思想理论的具体实践。在历史教学上，先生主张集体教学，教学相长，以提高教学质量。这在今天看来，仍不失为是具有指导意义的教学法。
同年10月，先生被聘为中国科学院的专门委员。
1951年，先生42岁。所著《回回民族的新生》出版。
此书从历史上说明解放前后回族政治地位之重大变化，详尽地论述了回族史上的一个重大的理论问题，即回回民族是在中国境内形成的民族，而不是外来民族。回回人民应该珍重这个新生的时代，为民族团结、巩固并发展全中华民族统一战线而奋斗。跳出本民族的利益的局限，从全民族利益的角度观察历史，这是先生进行学术研究的一贯思想和作风。
同年7月，先生出席在中南海后花园庆祝中国共产党成立30周年大会，毛主席和先生交谈，说：“见到了您写的文章，写得很好。”
同年，任北京师范大学历史系主任。
同年7月28日，中国史学会成立，先生当选为常务理事。
同年，在《光明日报》创办了《历史教学》半月刊，发表了《论爱国主义思想教育和少数民族的结合》。
同年，发表了《爱国主义与历史教学》、《开展历史教学中的爱国主义思想教育》、《论关于少数民族历史和社会情况的宣传与学习》。
同年，发表了《论历史上祖国国土问题的处理》。
这是先生提出来的新问题，对当时史学界很有影响。先生在文章中指出，用皇朝疆域的观点来处理历史上的国土问题，是错误的办法，用中华人民共和国的国土范围来处理历史上的国土问题，是正确的办法。因为，“今天中国人民需要知道的是，在今天祖国的国土上，过去是出现过怎样的历史，并且是由过去的历史发展到今天的情况。”正确的办法，可能使本国史成为中华各民族的历史，告诉我们这个民族大家庭的由来，从了解现在社会生活的意义上去研究历史。这种思想，在随后的许多文章中都得到了继续的发挥、阐述和加深，形成了他关于统一多民族国家理论的重要支系，逐渐为广大历史工作者认同。
1952年，先生43岁。为适应调整院校后课程改革的需要，先生组织青年教师成立中国史教学小组，集体编写教材，分头到各系讲课，解决了六个系的历史教学的共同任务，也帮助了本系青年教师的成长。
同年，和侯外庐先生等共同筹建了中国科学院历史研究所二所，并兼研究员。
同年，出版了《回民起义》。此书是由中国史学会主编的《中国近代史资料丛刊》的第四种，先生是丛刊的总编委员之一。其他总编委员有徐特立、范文澜、翦伯赞、陈垣、郑振铎、向达、胡绳、吕振羽、华岗、邵循正。全书共4册，云南和西北各2册。云南部分是对《咸同滇变见闻录》的充实。西北部分是重新搜辑的。此书得到了国际史学界研究回教历史学者的重视。作为国庆献礼，此书赠送给毛主席，并珍藏在国史馆。1953年曾再版。
1953年，先生44岁。当选为中国回民文化促进会副主任。
1954年，先生45岁。发表了《说秦汉到明末官手工业和封建制度的关系》（与王毓铨合著）。此文以详实的史料论述了官手工业性质问题，指出从秦汉到明末的官手工业是这一千八九百年间的皇家统治集团为了自己的消费和政治统治的需要，继承着老早就已有了的手工业传统而组织的。在官手工业成品中，虽然也有为了售卖而生产的，但跟一般的商品有性质上的不同，而售卖的目的是为了供给统治机构和统治武装，不是为了扩大再生产。售卖的本身有时也带有强迫性。手工业的性质是封建的，还是资本主义的，要看他的资料的来源的性质、动力的性质、分配的性质以及产品售卖的性质。
同年，与刘大年等同志发起创办了《历史研究》杂志。
1955年，先生46岁。发表了《明代的矿业的发展》。
此文同《说秦汉到明末官手工业和封建制度的关系》文一样，是先生研究封建社会生产关系属性的重要文章。文中指出明代矿业中的资本主义萌芽是微弱的，它不能发展成资本主义的生产关系。明中叶以后，矿业商品生产中的生产社会化，虽足以说明资本主义萌芽的存在，但因生产力水平发展的不足及封建制度的束缚，就不具有发展成为资本主义生产方式的历史条件。
1956年，先生47岁。出席全国科学规划会议。
同年，赴印度尼西亚等国进行友好访问和学术交流。
1958年，先生49岁。中国伊斯兰教协会成立，先生被选为协会副主任。
同年，由他主编并参加撰写的《回回民族的历史和现状》出版。宁夏回族自治区同年成立，《回回民族的历史和现状》作为建立自治区的参考资料。
同年，招收回族史进修教师。
1959年，先生50岁。发表了《历史教学上的古与今》、《刘知几进步的史学思想》、《论青年教师进修的通与专问题》。
1960年，先生51岁。发表了《关于回族史的几个问题》。
此文谈了回族史上的四个问题和回族史工作问题。在谈到回族来源时，先生再次重申了回族来源有多种不同的国外族源，但形成民族是在中国境内，并进一步充实了他在《回回民族的新生》等文章中的有关论证。他的这种说法比较符合历史实际。
同年，先生还发表了《马端临的史学思想》。
1961年，先生52岁。高教部文科教材会议决定把编写高等学校中国史学史教本的任务交给北京师范大学和上海华东师大，由先生和吴泽先生承担。先生开始考虑编写中国史学史的计划，并开始编印专门刊物《中国史学史参考资料》。
《中国史学史参考资料》原为内部刊物，后改为《史学史研究》公开发行。
同年，先生发表了《关于历史学习的三个问题》、《司马迁寓论断于序事》、《历史学科基本训练有关的几个问题》、《谈史学遗产》。
《关于历史学习的三个问题》和《历史学科基本训练有关的几个问题》，是先生多年从事历史教学工作的经验总结。前者辩证地论述和处理了历史学习中史与论、文与史、精与博的相互关系，明确地指出研究历史必须从事实出发，不应从概念出发，必须从丰富的史实中揭示历史现象的内在规律，必须以马列主义、毛泽东思想为理论指导。后者强调加强基本训练，培养学生思考问题和解决问题的能力，掌握正确的治学精神和方法。
《司马迁寓论断于序事》一文，是先生关于历史文学的重要的指导思想的文章，即在历史叙述过程中把论点表达出来。这种历史的表述形式是值得我们认真地总结和继承的。这篇文章对于当时学术界以空谈代替历史的风气表示了不同意见。在“文革”中，它成为对先生批判的重点。
《谈史学遗产》，是先生对研究史学史的意义和范围的系统论述，它首先提出了研究史学遗产在于理解史学跟现实斗争的关系，探索史学发展的规律，并从史学已有成果中吸取思想资料。先生在文章中说：“我们要研究史学遗产，既不同于那些要把遗产一脚踢开的割断历史的简单想法，也跟那些颂古非今的死抱着遗产不放的国粹主义者毫无共同的地方。我们主张取其精华、弃其糟粕，改造我们的遗产，使它为社会主义史学服务。我们要继承优良传统。同时更要敢于打破传统，创造出宏大深湛的新的史学规模。”文章提到中国史学思想上和历史编撰学上的精华和糟粕，提出了史学遗产研究中的七个方面，包括史学基本观点（历史观的研究及其在史学地位中的研究和对史学工作的社会作用的研究）、史料学遗产的研究、历史编撰学遗产的研究和历史文学遗产的研究，以及关于历史问题的前人已有成果的研究、史学家传记和史著本身的研究、历史启蒙书遗产的研究。