中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、菲律宾、加拿大、新西兰和印度10国各派出l名法官，澳大利亚的韦伯为首席法官，美国的约瑟夫·B·凯南为首席检察官。宪章规定，被告有权选择辩护人，但法庭可随时不承认其选择的辩护人。
被告中没有日本国家元首、三军最高统帅裕仁天皇。关于国家元首应对发动侵略负刑事责任问题，第一次世界大战后对德皇威廉二世的处理已有先例。《欧洲国际军事法庭宪章》也明确表示：“被告之官职及地位，无论系国家元首或政府各部门负责官吏，均不得为免除责任获减轻刑罚之理由。”
但是，美国为了在日本能有效地进行管理，避免美国人在日本岛内受到攻击，于是在《远东国际军事法庭宪章》中回避了国家元首的责任问题。宪章中只说：“被告无论何时期内之官职及地位”，均不能免除罪责，有意删除了“国家元首”字样。这为后来日本右翼分子拒绝承认侵略埋下了伏笔。
在1945年12月6日，远东国际军事法庭美国小组一行16人离美赴东京之前，凯南对美国报界表示，他认为裕仁天皇显然应该受到审判。登上飞机后，凯南收到杜鲁门总统的一封信，信中指示凯南不得对裕仁和任何皇室成员起诉。总统采纳了驻日盟军最高统帅麦克阿瑟的意见而作此决定。麦克阿瑟认为，从美国的利益和占领日本的政治需要出发，不得以战争罪起诉天皇。
东京法庭首席法官韦伯曾向报界发表个人意见：“天皇在开战问题上起了巨大作用，但他却被免于起诉……毫无疑问，免除对天皇的审判是基于同盟国所有成员国的利益而作出的决定。”法国出席远东国际法庭审判的代表亨利·贝尔纳说：“不可否认，（战争）宣言的一个主要祸首逃避了一切诉讼，不管怎么说，出席的被告只能被视为同谋犯。”
由于美国人只为自身考虑，判决的结果是：皇室成员，日本侵华部队的司令官朝香宫未被列入被告名单；为中国人民所深恶痛绝的侵华战犯冈村宁次也逍遥法外；在中国进行了种种骇人听闻的残酷试验的日本“731细菌部队”司令官石井也不在被告之列。
1946年4月29日，对东条英机等28名被告正式起诉。1946年5月3日，东京国际远东军事法庭正式开庭。
法庭设在原日本陆军省会议厅，庭长室设在东条英机原来的办公室里。由于中国法官梅汝敖据理力争，法官座次除首席法官外，按日本投降书受降国签字顺序美、中、英、苏、加、法……等排定。审理采用英美法律，分立证和辩论两个阶段。
开庭第一天和第二天，首席检察官宣读了长达42页的起诉书，历数了28名被告在战争中的罪行，列举55项罪状，指控他们犯有破坏和平罪、战争罪、违反人道罪。
5月6日，全体出庭被告均声辩自己“无罪”。东条英机说：“对一切诉因，我声明无罪。”被告方面援引“罪刑由法定”，“无法则无罪”，“禁止事后立法”等法律原则，企图逃避制裁。法庭认为，被告罪行很早以前就被国际法认为是犯罪。被告辩护方面还强调，战争是国家行为，是国家间的现象，主体是国家。国际法只审理主权国家的行为。
法庭认为，国家违反条约，发动侵略战争，责任总是在个人身上。
审理过程中，在涉及中国问题时，中国方面出证的有秦德纯、王冷斋和溥仪等人。秦德纯和王冷斋主要就日军挑起卢沟桥事变，发动对北大营攻袭，日军大肆掳掠的罪行作了揭露。溥仪由前苏联派人从他所在押的前苏联伯利监狱伴送东京出庭作证，讲述了他如何被土肥原从天津劫持到东北，坂垣如何指示人毒死其亲妇，逼他讨娶日妇为后等情况。
1948年4月16日，法庭宣布休庭，以进行讨论，作出最后判决。在讨论过程中，法官们在对东条英机等战犯是否应该判处绞刑的问题上发生了较大分歧。庭长韦伯主张流放，美国法官主张只将发动太平洋战争和虐待美军战俘的战犯判处死刑。中国法官要求严惩土肥原贤二和松井石根。
从这样一个分歧中可以看出，虽然来自各国的法官都是同盟国的成员，但是，他们所代表的国家利益不同，对待战犯的判决结果也不同，就美国人来说，只有那些迫害过美国人的日本战犯才应该处以死刑，而他们虽然作为11个同盟国的法官代表，却没有看到其他国家的人民的呼声和要求。到最后法庭以6票对5票的微弱多数作出死刑判决。
1948年11月4日，法庭开始宣读1231页的判决书，至12日宣读完毕，对25名出庭被告判决如下：
判处绞刑7人：土肥原贤二、广田弘毅、坂垣征四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章、东条英机。
判处无期徒刑16人：荒木贞大、畑俊六、星野直林、木户幸一、平沼骐一郎、小叽国昭、南茨郎、冈敬纯、大岛浩、佐藤贤二、岛田繁太郎、铃木贞一、松本欣五郎、贺乌兴宣、白乌敏夫、梅津美治郎。
判处有期徒刑20年1人：东乡茂德。
判处有期徒刑7年1人：重光葵。
审判过程中，被告松冈洋佑前外相和永野修身海军大将病死，日本侵略理论家大川明因发狂而中止受审，实际出庭被告25人。
1948年11月12日，远东国际军事法庭闭庭。根据远东国际军事法庭宪章规定，驻日盟军最高统帅麦克阿瑟于1948年11月22日批准了法庭的全部判决。
然而，麦克阿瑟并未按法庭宪章条例立即执行判决，而是将土肥原、广田、木户、佐藤、岛田、东乡等人的上诉书递给了美国最高法院，从而推迟执行了对所有被告的判决。
12月6日，美国最高法院决定接受上诉，定于1948年12月16日着手分析案情。
消息传出，世界舆论大哗。东京法庭的中国法官梅汝敖指出：“如果代表11国的国际法庭所作的决定要由某一国的法庭来重新审理，不管他是多么高级的法院，都当然会使人担心，任何国际决定和行为都要同样受到一个国家的重审和改变。”
东京法庭的荷兰法官罗休声称，美国最高法院的决定是“令人震惊的错误”。一位检察官批评麦克阿瑟说：“他己超越自己的权限，不会区分远东军司令和盟军司令两种职责的差别。”
在世界舆论的压力下，美国司法部副部长致函美国最高法院，指出它无权干涉东京法庭的判决。美国最高法院于12月16日决定延缓对“上诉书”的审理，最后于12月20日以6票对1票作出拒绝受理的决定。
远东国际军事法庭宣判40天后，1948年12月23日，东京时间0时30分时，东条英机等7名战犯在东京巢鸭监狱中被绞死。其余被判处的战犯入狱服刑。对这些罪大恶极的日本首要战犯作出的严正判决，受到了世界舆论的欢迎。
由于世界局势的变化，两大集团的冷战已经形成，特别是朝鲜战争的爆发，美国在亚洲急于寻找反共同盟，因此在对待日本战犯的态度上有了明显的变化。
1950年11月，重光葵获释，后在日本政府内供职。这期间，其他日本在押战犯也纷纷“宣誓出狱”。这与处理纳粹战犯的结果形成了鲜明的对比。对于那此在逃的纳粹分子，过了几十年后仍然追究责任，给予当年的判处。
东京审判结束了，留给人们许多思索。但是就在当时，人们似乎没有注意到，在远东的另外一个城市——哈巴罗夫斯克，苏联政府正在对12名日本731部队的医生和军官进行审判。
对于这次审判，老百姓起初并不热心。然而，在第一天上午的审判刚结束，人们就开始竞相转告，等到下午审判结束后，整个城市都在议论此事了。
人们为什么这么关心此事呢？原来，人们是对审判所揭露的事实感到震惊：
一批日本一流医学院的毕业生，为了制造生物化学武器，在受害者身上注入伤寒、霍乱、梅毒等多种病菌，并使之扩散到附近的中国村落。他们甚至把动物的血液注入人体；把活人头朝下挂起来，看看这些人要多长时间才死；把人的胃从连接食管之处切下来，然后接到肠子上；把人的左右胳膊砍掉，调换位置，接到身体的另一侧；一个出生刚刚3天的婴儿，全身刺满了针，被放入冰水中；一位妇女不经任何麻醉就被活活切开腹腔，为的是看看她生殖器官的构造！
大约有1万人，就这样丧生于日本遍布亚洲的26个实验室中，而在生化战的实地试验中，估计有25万人丧生，这其中也包括了苏联人。
日本的731部队是在昭和天皇的亲授御旨之下，专为生物战争而于20世纪30年代建立的。天皇的弟弟还亲临731总部视察，并观看了中国犯人在一场以活人作试验的毒气战中“行军”的电影。
人们在议论日本人野蛮和残酷的时候，也许没有人关心那些干尽坏事的日本人在法庭上受到怎样的判处呢？
战后，当苏联准备审判731的战犯时，麦克阿瑟已秘密赦免了美军抓到的日本战俘中的731战犯，以换取他们的合作，条件是帮美国取得731生物武器的“科研成果”。当有证据显示美国的飞行员在被俘后也成了这种活人标本时，麦克阿瑟立即扣押了有关证据。
自然，苏联对这些战犯也给予轻判：大多数战犯只被判20~25年的徒刑，一个只被判了2年，另一个被判了3年。几年后，除一个罪犯在监狱中自杀外，其余的人于1956年被悄悄放回日本。他们中的大多数人都进入了日本的上层社会——比如日本血库的创建人，就是731的军医！
分析家指出，与美国人一样，前苏联对战犯之所以轻判的最大。可能是前苏联也以轻刑换取了生物武器的情报。对这些战犯的审判记录有18卷从来未被前苏联和俄罗斯政府公开过。
几年前《纽约时报》曾报道，731部队的战犯们如今不仅在日本出人头地，而且公开定期聚会，共同回忆当年解剖活人时的“美好时光”。其中有一位甚至公开对记者说：“我们抓到的那些根本不是人，而是‘试验材料’，我们干的是我们应该干的工作。”
由于美国及前苏联的政府的包庇及纵容，致使对世界人民犯下滔天罪行的前日本强盗逍遥法外，实在令人痛心。这一切都是落造成的！
前事不忘，后事之师。只有国家强大起来，才能抵御外侮，才能避免那无穷的灾难，才能永不受欺负！