及至李经方朗读完毕，李鸿章已是冷汗一身，不禁老泪横流。李鸿章早就知道日方所欲甚奢，但如此苛刻却未曾预料到。李鸿章便派人将科士达请来商量。科士达说：“目前唯一的办法是请总理衙门密告英、法、俄三国公使。”
当晚，李鸿章将日方的和约底稿全文分两次电告北京总理衙门，并按科士达的意见相告：“日本所索兵费过奢，中国万不能从，且奉天为满洲腹地，中国万不能让。日本如不将拟索兵费大加删减，并将拟索奉天南边各地一律删去，和局必不能成，两国唯有苦战到底。此事请密告三国公使。”
消息传到朝廷，遭到以光绪为首的主战派的坚决反对，慈禧太后对此也不知所措。李鸿章等了数天，不见朝廷回电，而4月5日的限期届满，只得拟一说帖送交日方，除承认朝鲜为独立自主国家以外，对其余三款都有批驳。接到李鸿章的帖子后，4月7日晚，伊藤博文派人请李经方至梅坊谈话，向其施加压力说：“上次停战是由我力争来的，各将领必欲分道直攻北京再行议和，这点贵大臣知道吗？”李经方说：“知道。”伊藤又说：“现在停战期限将满，断难再延。”李经方没有表态。伊藤说：“老实告诉你，要将奉境全部收回，万难做到，南北两处均要割让，仅一处也是绝对不行的。兵费三万万，即使要减少，能减的不多。此系我国上下文武熟商而定，特据实密告。”
李经方默不作声。最后伊藤厉声恫吓说：“尚希中国使臣能深切考虑现在两国之间的形势，即日本为战胜者，中国为战败者的事实。因中国请和，日本应允，始有今日之议和。若不幸此次谈判破裂，则我一声令下，将有六七十艘运输船搭载增派之大军开赴战地，北京的安危便难说了。中国全权大臣能否安然回北京，恐怕也不能保证。”李经方经此恐吓，连所带的商改条约底稿的备忘录也不敢拿出来了，只得哀求道：“待我回去与父商议后再行答复，万一不能使贵大臣满意，也请勿激怒，以致谈判破裂，使九仞之功亏于一篑。因此诸事皆请海涵。”
1895年4月10日下午4时，中断十多天的中日和谈在春帆楼复会。伊藤博文和李鸿章再次对话。鉴于西方列强已有干涉之势，尤其俄国对和谈条款中割据辽东的内容反应强烈，日本不得不做出一些让步，割地款内减去宽甸县地，赔款减至2亿两。
李鸿章见日方的立场较前有了松动，便在谈判中与日方打起了“太极拳”：先在赔款问题上讨价还价，提出“赔款二万万两为数太大，不能担当”，又在割地问题上讨价还价，提出“营口还请退出；台湾不必提及”。对此，日方态度强硬，无任何松动的表示。伊藤斩钉截铁地对李鸿章说：“今日之事，只望中堂明确答复：允与不允。”
李鸿章见伊藤毫不松动，只得要求至14日下午做出最后答复。于是会议结束，时为下午6时30分。当夜10时，李鸿章发电给总理衙门，告知白天谈判情况。
日方见李鸿章与清廷密电往来不断，知道还不肯立即答应，11日，伊藤便写信给李鸿章说：“所有昨交和约条款，实为最后一着，中国或允或否，务于四天内告明，期限从昨天算起。”当天李鸿章电致总理衙门说：“伊藤昨面谈，语已决绝，今又来此函，似是哀的美敦书（最后通牒）。应如何应付，伏候速示遵办。”
13日伊藤又致李鸿章一函，表示“实已让到极处，无可再让”。当天李收到总理衙门来电：“倘事至无可再商，应由该大臣一面电闻，一面即与订约。该大臣接奉此旨，更可放心争论，不必害怕决裂了。”为进一步明确自己的责任，李鸿章又致电总理衙门说：“倭人已遣运兵船20余艘，由马关出口赴大连湾，恐非即与订约不可，不得不先奏明。”
此电发出后，李鸿章命伍廷芳去见伊藤，探听情况。伊藤对伍廷芳吓唬道：“恐不待停战期满，已先开仗。若再商改约款，故意迟延，即照停战款内和议决裂，此约中止。”伍廷芳回来实告，李鸿章即致电总理衙门：“倭愈逼愈紧，无可再商，应否即照伊藤前所改订条款定约，免误大局。乞速请旨，电饬遵办。”
14日，李鸿章又致电总理衙门：“伊藤说：‘姑候至明日下午4时晤面定议，过期即作罢论。’”此电发出后，李鸿章收到北京来的两份内容相同的复电：“原冀争得一分，有一分之益。如竟无可商改，即遵前旨，与之定约。”至此，李鸿章心上的一块大石头总算落了地。
4月15日下午2时半，中日第五次谈判在春帆楼举行。李鸿章遵奉“争得一分，有一分之益”的谕旨，使出浑身解数讨价还价，几乎达到了唇焦舌敝的地步。但由于日方掌握了中方的密电，大事毫不松动，只在细小问题上作些让步。
经过激烈的讨价还价，1895年4月17日上午10时，中日双方在春帆楼签订了《马关条约》。其主要内容有：一、中国认明朝鲜为独立自主国家；二、中国割让辽东半岛、台湾全岛及所有附属各岛屿给日本；三、中国将库平银2亿两交给日本，作为赔偿军费，该款分八次交清；四、日本臣民得在中国通商口岸任便开厂，各项机器进口只交所定的进口税；五、开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠。
11时40分签订仪式结束，李鸿章深深叹了一口气，自语道：“我解脱了痛苦。”伊藤博文则洋洋得意地说：“大功告成了。”
签约后的第二天，伊藤、陆奥乘“八重山”舰由马关到广岛，谒见明治天皇。天皇大喜，降诏嘉勉。4月20日，天皇批准了条约，并任命内阁书记官伊东已代治为全权办理大臣，俟期赴烟台换约。
中国代表包括李鸿章在内，对这帖苦药是难以服下的，个个精神沮丧，情绪消沉，签约后的第二天就乘轮船回国了。李鸿章回到天津，害怕受骂，向光绪帝请假20天，闭门不出。和约文本则由美国人福世德与参赞伍廷芳赴京送交总理衙门。
4月22日，军机大臣孙毓汶、徐用仪捧着和约文本进宫，逼光绪帝御批。光绪帝犹豫不决，三次提起朱笔，终未落笔。直到5月3日，看到欲战无望后，顿足流涕，才奋笔疾书“钦准”两字。
5月5日，钦差换约大臣伍廷芳、联芳两人由天津乘“公义”轮赴烟台。是夜10时，中日两方在顺德饭店互换条约，《马关条约》正式生效。
《马关条约》签订的当天（4月17日），割台的消息就传到了台湾。台湾人民闻之，“若午夜暴闻轰雷，惊骇无人色，奔走相告，聚哭于市中，夜以继日，哭声达于四野”，悲愤到了极点。次日，有一个叫丘逢甲的人上书抗议割台，质问朝廷：“自闻警以来，台民自筹饷械，不顾身家，无负朝廷，何忍弃之？全台非澎湖可比，何至不能一战？臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。如战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上可以上对祖宗，下对百姓。如倭酋来收台湾，台民唯有开仗！谨率全台绅民痛哭上陈。”
丘逢甲出身台湾望族丘氏（姜尚后裔）。清乾隆年间其曾祖父从广东嘉应州移家台湾，世居彰化县翁仔社。丘逢甲自幼聪颖，且抱有大志，为秀才时，即毅然以天下为己任。后中举人，不久举进士，殿试点工部主事。但他无意仕途，告假还乡，讲学于台中府衡文书院。甲午战争爆发之初，丘逢甲就有先见之明，叹息道：“天下从此多事矣！日人野心勃勃，对台湾垂涎已久，岂能淡然置之？”于是召集乡民加以训练，以备战守，他以大义相鼓励，众人纷纷参加义军。这样，一支编伍在乡、不支饷银的义军，于1895年3月正式成立。义军共十营，丘逢甲自带五营，其兄丘先甲分带三营，进士陈登元统两营，防守台北后路的南坎山、后垅一带。
除了丘逢甲，在京的台湾安平县举人汪春源、嘉义县举人罗秀惠、淡水县举人黄宗鼎等也呈文道：“今闻朝廷割弃台地以与倭人，数千万生灵皆向北恸哭，闾巷妇孺莫不欲食倭人之肉，各怀一不共戴天之仇，谁肯甘心降敌？纵使倭人以兵力相胁，而全台赤子誓不与倭人俱生，势必强勉支持，直到矢亡援绝，数千百万生灵尽归糜烂为止。与其生为降虏，不如死为义民。但求朝廷勿弃以予敌，则台地军民必能舍死忘生，为国效命。”
然而，慈禧太后把持的清廷，不听百姓的呼吁，反而致电台湾巡抚唐景崧说：“割台系万不得已之举，台湾虽重，比之京师则台湾为轻。又台湾孤悬海外，终究不能据守。从4月29日起交割台湾限两月，余限20天，百姓愿内渡者听便，两年中不内渡者，作为日本人改衣冠。”这个电报不胫而走，台民不服，鸣锣罢市。台北绅民拥入抚署，跪抱唐景崧及其老母哭泣求救，哭声震天。有人向唐景崧呈递血书，其中说：“《公法会通》第286条说：‘割地须问民能顺从与否，民顺从，方得视为易主。’我台万民誓不从倭。”关于绅民呈血书之事，丘逢甲曾作诗道：“忽行割地议，志士气为塞。刺血三上书，呼天不直得。”
唐景崧面对此种惨状，已没有什么办法。只得安慰道：“我身为全省之父母官，与百姓同生死乃义不容辞。现拟再向朝廷呼吁，只要有一线希望，我唐某赴汤蹈火在所不惜。”说罢，当场草拟电报，派员送交电报局。其电文如下：“台民汹汹，屡请代奏，未便渎陈。兹据绅民血书呈称：‘万民誓不服倭，割亦死拒亦死；宁先死于乱民之手，不愿死倭人手！’现闻各国阻援换约，皇太后、皇上及众廷臣倘不乘此将割地一条删除，则是安心弃我台民，台民已矣，朝廷失人心，何以治天下？……务求废约，请诸国公议，派兵轮相助，并求皇上以慰众志，而遏乱萌。迫切万分，呼号待命。”
《马关条约》签订后的两个月里，唐景崧致电北京20多次，每次词语都是慷慨激昂，但清政府始终置之不理。至此，台湾绅民知道割台之事无可挽回，便集聚在丘逢甲家里开会，讨论固守对策。
5月20日，清廷死心塌地向日本屈服，再也不想挽回了。一面电令李经方迅速前往交割，一面令唐景崧带领全台官员内渡。这样，台湾绅民完全绝望了。
5月21日，前工部主事丘逢甲、候补道林朝栋、内阁中书教谕陈儒林、驻法参赞陈季同等，在台北筹防局开会，决定建立民主政权，推唐景崧为民主国总统，丘逢甲为副总统兼大将军。会后铸总统金印一颗，其文为“台湾民主国总统之印”。还制长方形蓝地黄虎旗，虎首内向，尾高首低，以示臣服天朝中国。
5月25日，绅民数千人，以鼓吹队为先导，高举蓝地黄虎旗，来到抚署，将总统印授与唐景崧。炮台升虎旗，开炮21响。唐景崧穿朝服出署，望阙九叩首，然后北面受任，大哭而入。即将抚署改为总统府，改年号为“永清”（意即永远隶属清朝），并电告清廷说：“遵奉正朔，遥作屏藩。”当时绅民献印旗的盛况和群众兴高采烈的场面，有诗流传于世：“玉人镌印绶，戎仆制旌旗。拥迎动郊野，宣耀照城阊。覆舟得援弱，黔首喜欲狂。”
台湾总督桦山资纪
台湾人民坚决抗拒割台，日本则作武装占领准备。他们组织了两支侵略部队：一支是台湾总督府直属部队，由桦山资纪（日方任命的台湾总督府总督）率领，计有将校228人、士兵6494人、马1872匹；另一支是近卫师团，陆军中将北白川能久亲王为师团长，计有将校360人、士兵14209人、马3452匹。近卫师团原驻金州，5月15日奉命开拔至营城子，后转旅顺。22日，师团长北白川率部分军队乘14艘运输船从旅顺出发，26日傍晚驶抵冲绳中城湾。桦山资纪的直属部队则于24日由广岛宇品乘船出发，27日上午抵达冲绳，两军在中城湾会师。
日军遭到台湾抗日武装的顽强抵抗。在长达149天的日日夜夜里，台湾的英雄儿女在唐景崧、丘逢甲、刘永福等将领的领导下，与日军展开了殊死的斗争，终因力量悬殊，悲壮落败。日军相继占领了台北、台南、彰化等地，进而占领台湾全境，存在了149天的台湾民主国宣告灭亡。1895年11月18日，桦山资纪正式向参谋本部报告：“台湾全岛平定。”1945年10月台湾才重新回到祖国的怀抱。
甲午战争只是日本大举侵略中国的开端。从此之后，日本对中国的侵略就没有停止过。时隔5年，在1900年八国联军侵华战争中，日本又大打出手。