第3舰队的快速战列舰在两路主要敌人舰队之间向北行驶了300海里，又回头向南行驶了300海里，却没有遇上任何一路敌方舰队。至此，莱特湾海战结束。
在连续4天的海战中（10月23日至26日），美国舰队共击沉日本战列舰3艘（包括6.9万吨的“武藏”号），航空母舰4艘（包括小泽的旗舰“瑞鹤”号），轻、重巡洋舰10艘，驱逐舰9艘。日本作战舰艇总共损失30.6万吨位。至此，就像小泽治三郎海军中将所说的，在太平洋上，美日之间的海战是真的结束了。
美国损失轻型航空母舰1艘，护航航空母舰2艘，驱逐舰3艘，总吨位3.7万吨。
这是美国海军的一大胜利。但由于美国海军在这次大海战中没有一个总司令统一指挥，各个舰队的任务不太明确，又未能及时交换情报，协同作战，因而失去了一些有利的战机，否则日本舰队确有全军覆没之可能。
日本海军虽在莱特湾海战中遭到惨败，但美军并未完全掌握菲律宾海域的制海权和制空权（因为强大的第3舰队已经撤走了）。在海战之后的6周中，日军有9个船队开到莱特岛西岸的乌目港，把增援部队和物资送上莱特岛。到11月中旬，已有4个师团（都不满员）到达岛上，使日本守军达到5.5万人。
美军克鲁格将军指挥的第6集团军12月初投入战斗，总兵力约为日军的一倍。
美军登陆之后，经过苦战，于10月底拿下岛上重镇达噶米。与此同时，美军骑兵第1师和第24师向北挺进，攻打北岸重要港口卡里噶拉，11月2日拿下该城。
克鲁格担心日军会从海上增兵，遂令美军巩固滩头阵地，而没有率先抢占该市西南的山地。日军抢先一步，几天之内就把卡里噶拉西南的蜿蜒山脊、陡峭山坡和怪石嶙峋的缝隙都修筑成真正的防御工事，由新近从中国上海调来的精锐部队第1师团防守。美军久攻不下，形成胶着状态。
11月9日，日本第14方面军司令官山下奉文大将向南方军司令长官寺内寿一陈述意见：“莱特作战现在已到中止时机，即使继续作战也没有成功的希望，反而只会给今后的吕宋作战造成困难。”寺内于10日召开南方军和第14方面军的联合幕僚会议，研究了关于莱特战役的全面指挥问题。结果，寺内表明了继续作战的决心。
山下奉文不得不重新部署，摆出一副决战的架势。他一方面答应给第25军增派援兵（两个师团、一个旅团），一方面准备发动攻势，夺回以普劳恩为中心的机场群，以削弱美国空军的战斗力。
12月初，第16师团和第26师团的部队奉命向普劳恩推进。6日拂晓，第16师团一个大队攻占普劳恩北机场。当日傍晚，一批伞兵部队降落在普劳恩机场和附近的另一机场，并与第16师团的部队取得了联系。第26师团以先遣大队为基干，于6日夜冲入普劳恩南机场，但未成功。7日夜再次冲击，获得成功。日军地、空协同作战，夺回了普劳恩南北两个机场，使美机在南部的活动显著减弱。
12月7日凌晨，美军第77师在乌目以南3英里的迪波西托村附近登陆，11日拿下乌目。这样美军就占领了日第35军的根据地，封闭了日军赖以增援和补充物资的最重要门户。无奈之下，日军第14方面军决定停止整个莱特作战，命令第35军自战自活。残存的日军尚有1万余人，集中在西海岸的康圭坡山上。因弹尽粮绝，无以维生，每天约有100人死于饥饿。他们纷纷逃命，偷偷地乘船逃往宿务岛，第35军军长铃木宗作也逃往宿务岛，但那时美军已在宿务登陆，他所乘之船便向棉兰老驶去。船行至内格罗斯岛时，遭到美国飞机扫射，铃木被打死，其参谋长和副官逃生。最后约有5000人生还日本。
在莱特战役中，美军阵亡3500人，负伤1.2万人。随后美军着手进攻吕宋岛。早在12月初，哈尔西就在麦克阿瑟面前保证说，美军将在年底前登上吕宋岛，并为此立下了军令状。战前，哈尔西出动了大量的飞机，对吕宋岛上的机场进行轰炸，将日军几乎全部的空中力量摧毁在地面上。就在哈尔西进展顺利之时，一股强台风突然出现在菲律宾海湾，毫无防备的哈尔西舰队有3艘没有海水压舱的驱逐舰倾覆沉没，7艘战舰受重创，约180多架飞机被台风抛入海中，千余名官兵葬身海底。这场台风给哈尔西带来了致命的一击，并使他丢掉了进攻吕宋岛的机会。
山下奉文得知后大大高兴了一场。但是，美军并没有因此而丧失进攻吕宋岛的能力。只是将进攻部队改成了克鲁格将军指挥的第6集团的第1军和第14军。这支部队共有约28万人，各种舰艇在1000艘以上。
1944年12月15日，一支美国舰队护送美国两栖部队，开始在民都洛登陆，为攻占吕宋岛做准备。岛上日军只有两个营。他们分散在各地，根本无力抵抗美国登陆部队。美国工兵部队的一位老战士说，登陆作战就像演习一样。
但对美国海军舰艇来说，任务就不那么轻松了。日军神风特攻机活跃异常，一架俯冲轰炸机击中了旗舰“纳什维尔”号，当场炸死130多人，伤者190人，包括登陆部队指挥官威廉·邓克尔准将。此后，日特攻机的自杀性攻击一直没有停止过。
美军在民都洛登陆之后，美国和澳大利亚的工程部队便日以继夜地修建机场。有一个战斗机机场5天就完成了，另一个是13天完成的，比计划提前一星期。这一切也都是为了进攻吕宋做准备。打回吕宋岛，是麦克阿瑟的夙愿。他选择了仁牙因湾作为登陆地点。这里海滩宜于登陆，又有优良港口设施，交通便利，可以通过铁路和公路网南下中央平原，直捣马尼拉。麦克阿瑟集结了10个师、5个团和许多支援部队，其规模远远大于在北非、意大利或法国南部登陆的美军。
日本第14方面军司令官山下奉文虽然早就反对在莱特决战，但他不敢顶撞大本营和寺内寿一，无可奈何地消耗掉了好几个师团和大量飞机，给日后吕宋岛的防御带来了困难。他清醒地看到美军的优势，认为唯一现实的打法就是进行持久战，尽量牵制美军，时间越长越好。山下把吕宋岛上的部队分为3个集团：尚武集团是三者之中最强大和最重要的，由他自己直接指挥，部署在仁牙因湾以东和吕宋中北部，包括富饶的卡加延河谷，那里是日军的粮仓；建武集团部署在中央平原和克拉克空军基地以西的山区，其任务是不让美军利用机场和威胁向马尼拉进击的美军的右翼；振武集团集中在马尼拉东部的山区，控制首都的主要水源。
1945年1月9日，在海军少将奥尔登多夫的特混舰队护送下，美国第6集团军开始在仁牙因湾登陆。由于日军没打算防守仁牙因海滩，登陆进行得相当顺利。几天之内，第6集团军就有17.5万人上了岸，牢固地建立起20英里长的滩头阵地。
与陆军的情况相反，奥尔登多夫的海军舰艇损失很大。自1月2日从莱特湾起航时起，就遭到特攻机的不断袭击。到1月中旬，先后共有24艘大小舰艇被击沉，69艘被击伤。
幸运的是，在吕宋岛上，日军只有200架可用的飞机，经过两周自杀性的攻击和战斗，损失殆尽。此后，向麦克阿瑟部队挑战的日机越来越少。
美军大部队登陆之后，便向内地突进，在吕宋岛牢牢站稳脚跟。
1月18日，第14军挥戈南下，准备攻打克拉克空军基地和首都马尼拉。第1军负责掩护其左翼和后方。23日，第14军到达负责保卫克拉克空军基地的建武集团的前沿阵地。建武集团沿着崎岖的山峦修好防御工事，居高临下，顽强抵抗美军的进攻，寸步不让。美军整整花了一周时间才击溃了建武集团，残敌退入山中。
1月底，麦克阿瑟乘吉普车视察第37师（第10军所辖）和新近到达吕宋的第1骑兵师。他对第1骑兵师师长穆吉少将说：“向马尼拉进军，绕过日本人，撵走日本人，向马尼拉进军。”穆吉当即组织两个摩托化“飞行纵队”，迅速南下马尼拉。1月 31日，美军第11空降师又在纳苏格布港（在马尼拉西南约45英里）登陆（其中一个团是伞兵空降的），任务也是攻打马尼拉。这样，美军就有3个师（第37、第1骑兵师和第11空降师）展开了攻打马尼拉的竞赛，看谁先到菲律宾首都。
上述3个师各显神通，一路上克服各种障碍和日军的抵抗，且战且进，奔赴马尼拉。2月3日傍晚，第1骑兵师的一个“飞行纵队”首先到达马尼拉北郊，赢得了这场竞赛。该师其余部队也接踵而至。不久，第37师和第11空降师相继到达，把马尼拉团团围住。
马尼拉是东南亚最大的城市之一，当时有人口80万。高大的公共建筑物都是加固的钢筋混凝土结构，以防地震。老式的西班牙石头建筑更为坚固。这些都是日军理想的防御据点。按照山下奉文的计划，马尼拉原来不准备设防。但第31海军特别根据地部队司令官岩渊三次少将认为城市可以守住。他以海军陆战队两个大队为基干，把沉没舰船的船员和不能后送的兵员也编入作战部队，驻在马尼拉的陆军部队（约4000人）也拨归他指挥。这样拼拼凑凑，总兵力约近2万人。他们大多既未受过严格训练，更无作战经验。但他们凭借牢固的建筑物作掩护，打得非常顽强。
美军3个师一天天紧缩包围圈，一个一个街区、一幢一幢建筑物地慢慢争夺。美军采用巷战惯用的打法：从屋顶上打个洞，然后用手榴弹、火焰喷射器或炸药炸开屋顶，逐层打下去。麦克阿瑟禁止飞机空袭，以免伤害和平居民。但因双方都广泛使用大炮，约10万菲律宾平民死于战火；而双方战斗人员总共才死了1.6万多人。
3月3日，日军停止抵抗，美军完全收复了马尼拉。
在吕宋中部，美第1军占领圣胡西，打开了尚武集团山区据点的大门。第3支美军（即第11军），于2月底收复了巴丹半岛。接着美军空降部队和两栖作战部队联合行动，一举夺回科雷吉多要塞。
3月2日，麦克阿瑟在一艘停泊于要塞附近的军舰上，将一面美国国旗从弹痕累累的舰桅上冉冉升起，显示他和美国武装部队又回到菲律宾来了。麦克阿瑟又命令第10军的部队向东部挺进，占领伊波大坝和安加特水源地，以确保首都的水源，日军振武集团被撵进吕宋东部山区。
盘踞在克拉克空军基地西部地区的建武集团，在1945年4月以后被迫龟缩到山中，就地自给。但因粮食不足，常以山芋野草充饥，死于饥馑疾病者数以万计。当年1月尚拥有3万兵力，到停战投降时，仅剩下1500人左右。
山下奉文直接指挥的尚武集团实力最强，以吕宋中北部山区为藏身之所，以碧瑶（菲律宾的夏都，避暑胜地）、班班和邦都三镇形成鼎立之势，据险死守。在美军强攻下，日军主动撤出碧瑶。在此后4个月的战斗中，日军粮食匮乏，弹药奇缺，只能用当地矿山用的炸药制成手榴弹，嚼着山芋和野草坚持战斗。美军不断紧缩包围圈，但因山路崎岖，坦克和重炮难以发挥作用，直到停战仍未能彻底消灭这股残敌。
还在马尼拉巷战正酣时，麦克阿瑟就命令美第8集团军司令艾奇伯格解放菲律宾中南部诸岛，并从第6集团军抽调兵力加强第8集团军。
艾奇伯格在1945年3~4月的44天中进行了14次主要的两栖登陆，24次小规模的登陆，解放了巴拉望、三宝颜、班乃岛、棉兰老岛、宿务和其他诸岛，占领了这些岛上的主要城市、机场和交通干道，并帮助菲律宾地方政府恢复了权力。这些岛上的日军通常都是退缩到山中，忍受着饥饿和疾病的煎熬，有时还要遭受菲律宾游击队的袭击。到1945年9月初，被困的日军纷纷向本岛的美军缴械投降。
9月3日，在吕宋中北部山中苟延残喘的日本第14方面军司令官山下奉文大将和参谋长武滕章中将，在碧瑶向美军签署了投降书。菲律宾的日本侵略者遭到彻底失败。