“拜上帝会”到处捣毁庙堂，同地主恶霸和官府做斗争，宗教活动逐渐发展成了政治运动。经过多年的传道，加入洪秀全“拜上帝会”的人越来越多。
1850年，道光帝驾崩，20岁的奕即位，是为咸丰帝。清朝秘密立储继承皇位的最后一位皇帝，他被后人认为是一个无远见、无胆识、无才能、无作为的“四无”皇帝。
就在咸丰帝即位的第二年（1851年），在洪秀全领导下，“拜上帝会”在广西桂平县金田村举行了武装起义，他们留起头发，头戴红巾，从金田村出发，转战附近州县，连战连捷，并且一举攻占了永安州城。
在永安州城，洪秀全自称天王，晋封“拜上帝会”中的骨干杨秀清为东王、萧朝贵为西王、冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王。
第二年，以洪秀全为首的众王率领起义军从广西出发，转战湖南、湖北、江西、安徽等地。经过一系列的战争，给予清廷以沉重的打击。这时候，长江千里，西自武汉、东到镇江，都成了太平天国的地盘。
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《天朝田亩制度》《天朝田亩制度》是太平天国前期的纲领性文件。《天朝田亩制度》是一项以土地问题为中心，系统完整的社会改革方案。其主要内容如下：在土地问题上，提出废除封建土地所有制以及按人口平均分配土地的原则和办法；在发展蓝图上，制定了“兵民合一”的社会组织和守土乡官制度。这个体现了历史上诸多农民斗争中所提出的“平均”、“均贫富”、“等贵贱”的思想。但是，它所规定的平均分配土地的构想和“通天下皆一式”的经济生活方案，是一种绝对平均思想，根本不可能实现。
咸丰三年（1835年），起义军攻克南京，改名为天京，定为都城，建立了“太平天国”政权。之后，洪秀全又派遣大军发动了西征与北伐。
西征军在翼王石达开的指挥下，大败湘军水师，江西十三府的七府一州50多个县全部被太平天国军占领。东王杨秀清指挥的北伐军在林凤祥、李开芳的统率下，兵锋直指北京城，吓得咸丰帝甚至准备逃往热河。
1856年，太平天国在军事上和政治上达到了极盛时期。可是，太平天国达到鼎盛期后，却被胜利冲昏了头脑。这一场农民革命难逃一个宿命，那就是以封建君主思想为最高理想。即便他们的革命成功了，也不过是再成立一个新的王朝。当初造反是因为无法生存，那时欲望很简单，便是有吃有喝、有妻有子。造反在取得了一定的成就以后，欲望开始膨胀。他们开始贪图享乐，太平军占领武昌以后，天王洪秀全就吩咐手下，为他找来60名美女，供他享乐。在占领南京建立国都后，洪秀全便开始马不停蹄地修筑王宫，大兴土木。
天王洪秀全临朝的时候，除了杨秀清、韦昌辉、石达开几位外，其他文武官员都排列在大门之后，按礼仪跪拜，山呼“万岁”。实际上，这时候的洪秀全和其他诸王已经不再是结义兄弟的关系了，而是君臣关系。天王发布了一条诏令，规定他的臣下对他的子女，以及其余诸王的子女要用不同的称呼。
东王杨秀清出府，“开路要用龙灯一条，计三十六节，以钲鼓随之，其次则绿边黄心金字街牌二十对”。太平天国的官员出行都要坐轿，天王的轿夫多达64人，东王轿夫为48人，北王轿夫32人，翼王轿夫16人，级别最低的两司马为4名轿夫。
在这种情况下，太平天国领导集团内部出现了分裂，“天京事变”因此发生。
太平天国内讧
太平天国中期，由于洪秀全和杨秀清两位主要领导人之间矛盾激化，发生了一次重大的内讧，这便是著名的天京事变。
东王杨秀清出生于广西桂平县，自小家里很穷，早期和西王萧朝贵一起，跟着南王冯云山加入拜上帝会。
1848年，冯云山被捕，杨秀清趁机假托“天父”下凡，出来稳定大局，得到了部分领导权。这时的萧朝贵则和洪秀全配合，假托“天兄”附体，也取得了部分领导权。自此，杨秀清和萧朝贵两人成为太平天国组织的骨干成员，洪秀全则以“天父之子”的身份，称“天王”。
在领导班子的成员中，可以说杨秀清是个出类拔萃的人物。他虽没什么文化，但却有领导才能，因他英明过人，行事雷厉风行，赏罚分明，最终独揽军权。
太平天国从一建立就以“拜上帝教”作为信仰和假托。杨秀清有“天父”附身的特殊身份；洪秀全则自称是“天父之子”，因此，当杨秀清以“天父”身份讲话时，最高领袖总指挥洪秀全就成了他的儿子，儿子听爹训话得下跪，所以洪秀全常常给杨秀清下跪。
一次，杨秀清假托“天父”下凡，要杖打洪秀全。为此，北王韦昌辉等官员跪地哭求，祈求代洪秀全受罚。可杨秀清不准，洪秀全只能说“小子遵旨小子遵旨”，随即接受杖打。
后来，杨秀清要洪秀全称他万岁。为了稳住他，洪秀全向群臣宣布：今后遵“天父”圣旨，东王称万岁，东王世子也称万岁。并预定在杨秀清生日八月十七日这天，举行东王称万岁典礼。
可杨秀清很清楚自己的处境，自己的天王形同虚设，并无实权。为此，他秘密谋划，想要等待时机干掉对手。
太平天国攻克南京建都后，北王韦昌辉主管军事，一见敌军攻城，便亲自登楼指挥，不论白天昼夜，力战清军。东王杨秀清看韦昌辉能干有功，便处处压制和羞辱他，接二连三地对他发难：
1.剥夺兵权。为了剥夺韦昌辉的兵权，杨秀清先在北王府发号施令调兵遣将，而后又下令将韦昌辉的军权转交给石达开，并将保卫国都天京的指挥部由北王府改设在翼王府。不久后，杨秀清又将韦昌辉派到湖北任督师。可韦昌辉刚出京城又被调回，改派石达开前去。
2.追查失职。太平天国甲寅四年二月，发生了“激辩水营”事件。因韦昌辉失职，杨秀清将韦昌辉打了数百杖，使韦昌辉卧床很多天。
3.杀其兄长。因韦昌辉的哥哥和妻兄争夺房屋发生争执，杨秀清便借机要杀掉韦昌辉的哥哥，并要求韦昌辉亲自处治。韦昌辉在被逼无奈之下，只好将自己的哥哥定罪处死。
为此，韦昌辉对杨秀清恨之入骨。为了保全自己，他准备了两副嘴脸，一副给杨秀清，一副给天王洪秀全。在天王眼前，韦昌辉表现得十分忠诚，尤其是杨秀清假托“天父”附身要杖打洪秀全时，韦昌辉舍身要代替受罚。他的这一做法让洪秀全很感动，博得了洪秀全的信任。后来，天王除掉杨秀清的决定对韦昌辉来说是一个千载难逢的机会。为了除掉杨秀清，他和石达开秘密商议，准备诛杀杨秀清全族。
1857年七月二十六日，韦昌辉和秦日纲等人趁着月黑风高，率兵进京。因韦昌辉和秦日纲二人有天王的诏旨，所以没人起疑，更无人阻拦。进京后，韦、秦二人很快控制了京城，并派重兵将东王府四周的街道包围。
随着韦昌辉一声令下，兵士杀进东王府，很快将东王府变成一片血海。紧接着，韦昌辉便假借天王诏令，滥杀东王亲属。为此，天王洪秀全杖责他们400下，并派东王部下前来监督。
东王的部下5000多人，眼见杖打是真，韦昌辉和秦日纲也极为顺从，便放松了警惕。不料，韦昌辉部突然进行围攻和屠杀，把东王的5000将士全部杀死。紧接着，韦昌辉下令，对天京城内和东王有关人员全部屠杀。这场屠杀前后持续了两个月，从天京城门推出来的两万多具尸骸，顺江而下，把长江水染成了赤红。
天京事变被视为导致太平天国失败的一个重要原因，也是太平天国由盛而衰的转折点。
太平天国的失败
洪秀全定都天京，建立太平天国后，权力分配矛盾越来越尖锐。政治上，他们各自通过家族、亲戚和部属等关系，结党营私，力图巩固和扩大自己的势力范围；生活上，他们贪图享乐，骄纵奢侈，不思进取。
天京事变后，翼王石达开回到天京，要求洪秀全立即制止韦昌辉等人的残暴行为。当时的石达开一心为国，所以没想到会遭到洪秀全的拒绝。可是当他和韦昌辉见面后，才发现自己的处境十分危险。为此，石达开连夜出逃。
然而，石达开在太平天国军民中所树立起来的威望是洪秀全没料到的。洪秀全下令悬赏捉拿石达开后，军民不但不配合捉拿，反而拿着悬赏的圣旨当草纸，并纷纷支持石达开举靖难之旗。当时，清军来攻，石达开放缓了讨伐韦昌辉。击退清军后，石达开便向天京发出通牒，再次要求洪秀全杀韦昌辉，并声称如若不然，将亲率靖难之师攻打天京，以清君侧。
十月初五，洪秀全亲自率兵讨伐韦昌辉。韦昌辉根本无还手之力，到了最后，追随他的人员不足200人。为了平息众怒，天王洪秀全不得不将其部下全部杀死，活捉韦昌辉。
韦昌辉被活捉后，被洪秀全五马分尸，并割下他的首级送到石达开军中，以迎接石达开回京。后来，洪秀全又下令将韦昌辉的尸体剁成肉块，每块两寸见方，悬挂在天京城内示众，并在一旁标明：“北奸肉，只准看，不准取。”
虽然太平天国叛乱得到平息，但却造成了巨大损失。清廷趁机派曾国藩率领湘军发动猛烈的反扑。曾国藩出击后，很快攻占了长江中下游的很多地方，重建江南和江北两处大营，并围困天京。洪秀全为了挽救颓势，不得不提拔陈玉成和李秀成等青年将领主持军务。
1858年8月，陈玉成和李秀成召集各路将领，在安徽召开会议，决定协同作战。随后，太平军一举攻破浦口，再次击溃江北大营。同年11月，全歼安徽三河镇的湘军精锐6000余人，使清军被迫撤离安庆。
1860年5月，陈玉成和李秀成又攻下清军的江南大营，开辟了苏南根据地，为太平天国提供了充足的物质保障。同年7月，李秀成率军进攻上海。此时，盘踞在上海的外国侵略者不再保持中立，而是组成洋枪队协同清军抵抗太平军。在中外势力的联合绞杀下，李秀成只得率部离开上海。次年9月，曾国藩率领湘军攻打安庆，将守城的1.6万太平军全部消灭，使太平天国失掉了西面屏障。1862年5月，陈玉成败走寿州，被俘后就义。湘军趁机东下，直逼天京。
到了1864年，天京城内粮草短缺。同年6月1日，洪秀全病故。7月19日，清军炸毁城墙后，冲入城内，在城内和太平军展开巷战。在无数的大小巷战中，大部分太平军被消灭。至此，这场前后历经14年的农民战争渐渐走到了尽头，太平天国也随之覆灭。
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湘军和淮军为了镇压太平天国的起义运动，清政府下令准许地方组织团练。曾国藩便趁机组织了湘军，并全身心投入到镇压太平天国的活动当中。湘军分为陆军和水师，其中的将领大多都是曾国藩的亲戚、朋友、学生和同乡。也就是说，湘军大抵相当于曾氏的私人武装。同时，曾国藩的门生李鸿章也在安徽组织了淮军。湘军和淮军与外国的反动势力勾结联合绞杀了太平天国运动。此后，曾国藩裁撤了湘军，而李鸿章则继续扩大淮军，并派袁世凯训练了新式陆军。以后的北洋军阀就是从淮军中派生而出。
卷土重来
咸丰六年（1856年）9月25日，英军假借到中国船上搜捕海盗，率舰3艘、划艇10余只和陆战队2000人闯入虎门，炮轰广州城。次年，英国增派远征军2900余人抵达香港。同时，法国也派远征军1000人出兵中国，并和英军组成联军。联军兵分三路，进攻广州，一路势如破竹，广东巡抚柏贵和广州将军穆克德举白旗投降，两广总督叶名琛被俘。叶名琛被俘上船时，百依百顺，企图通过自己的个人努力来说服英国，以保持两国的友好关系。
后来，叶名琛被押到印度，为了保持民族气节，他拒绝乘坐外国马车游玩，拒绝食用外国食物，最后绝食而死。
咸丰八年（1858年）三月初七，英法联军舰队20余艘和官兵2600人抵达天津大沽口外，并要求立即和清政府全权代表谈判，但谈判未能达成协议。四月初八，联军水陆并进，双管齐下，直逼天津。到了五月中旬，英、法、美和俄公使逼迫清政府签订了《天津条约》。
咸丰九年（1859年）5月17日，英法联军率舰船22艘和官兵2100人，再次抵大沽口。这时的大沽口防务已得到加强，炮台增至6座，并在海口设置了铁链和木桩等障碍物，清军的战斗力得到了提高。
同年5月25日，联军出动炮艇13艘，冲进海口，拆除铁链和木桩。守军火炮齐发，击伤当时的英侵华海军司令贺布。随后，联军陆战队1000余人在南岸登陆。僧格林沁急调火枪队迎击，在北岸炮台火炮支援下，大败敌军，共击沉和击损敌炮艇6艘，毙伤敌军484人。同年6月，英法联军出兵1.7万余人和舰船百余艘，再次兵临大沽口。6月5日，联军击败清军，攻占新河和塘沽。七月初五，联军进攻大沽北岸炮台，僧格林沁率队经天津退至通州。
七月初八，联军正式进军天津，对清廷提出过分的停战条件。咸丰帝觉得联军提出的条件过于苛刻，便决心一战。当时，僧格林沁率清军3万余人（其中马队1万人）固守在张家湾和八里桥一带。联军为威逼清政府满足自己提出的要求，决定进攻北京，与清军在张家湾和八里桥展开激战。八月初四，联军发起强攻，三天后，大败清军，占领八里桥。
火烧圆明园
第二次鸦片战争期间，英法联军先后攻陷了广州和天津等重要沿海城市。1860年，英法联军攻入北京，清廷守军全线崩溃，咸丰帝慌忙逃往承德避暑山庄，留下恭亲王奕处理政务。同年8月29日，英法联军对北京外城的圆明园等处进行大肆抢掠。
圆明园遗址
圆明园坐落在今北京西郊的海淀区，为清朝皇家园林的代表。圆明园建于康熙年间，后在雍正年间加以扩建。圆明园建筑连绵10公里，全园面积合计5000多亩，由圆明园、万春园和长春园组成，其中以圆明园最大，故统称圆明园（也称圆明三园）。此外，还有许多属园分布在圆明园的东、西和南三面，其中当属香山的静宜园、玉泉山的静明园和清漪园（后来的颐和园就是在此基础上建造起来的）等最为出名。园内有精美建筑200余座，宫殿、别墅、花园、宝塔、丛林、山、湖、桥和洞交相辉映，尤为壮观。在圆明园的整个设计中，它把中西建筑风格融为一体，被誉为“万园之园”。法国著名大文豪雨果曾评价道：“在这个世界的某个角落，存在着一个世界奇迹，这个奇迹就是圆明园。艺术有两个来源，一是理想，理想产生欧洲艺术；一是幻想，幻想产生东方艺术。圆明园在幻想艺术中的地位，就如同巴特农神庙在理想艺术中的地位。”
圆明园内珍藏着许多罕见的历史典籍和珍贵文物，里面收藏了历代书画、宋元瓷器、宫殿器皿等，简直就是人类文化的宝库。
英法联军进入圆明园后，大肆烧抢。护园清臣文丰无法阻止强盗的肆意抢掠，悲愤交加，毅然跳湖自杀。当时，很多金质的东西被损毁，一些价值连城的手抄本则被当做废纸烧掉。一些笨重搬不走的则想方设法敲碎、捣毁。抢走的大量宝物，有的现场拍卖，拍卖得来的钱按级别发给军官和士兵，有的则被运回本国，有的则作为礼品献给英国女王和法国皇帝。