然而，毛泽东越过三八线再打一仗的决心已下，他指出此役的必要性说：
“你对敌情估计是正确的……美英正在利用三八线在人们中存在的旧印象，进行其政治宣传，并企图迫我停战，故我军此时越过三八线再打一仗然后进行休整，是必要的。打法完全同意你的意见……”
与此同时，邓华在第二次战役期间因翻车负伤，志司决定让他回国治疗，他临行前致信彭德怀，对战争形势的发展提出三个可能：
“一为敌被迫谈判求和，二为被迫撤出朝鲜，三为安上桥头堡一个（大丘、釜山）或两个（汉城、仁川）。如我能歼灭比上一战役更多的美军，则可能出现第一、二个可能，否则为第三个可能。根据今天情况看来，第三个可能性大。……假如打成第三种局面，我意作较长期打算。保留小部（两3个军）配合人民军并撑他们的腰，广泛开展游击战，去纠缠疲惫和消耗敌人……”
22日，彭德怀将邓华的信转给毛泽东。毛泽东随即回电指出：“战争仍然要做长期打算，要估计到今后许多困难情况。要知道不经过严重的斗争，不歼灭伪军全部至少是其大部，不再歼灭美英军至少四五万人，朝鲜问题是不能解决的，速胜的观点是有害的。”同时考虑到为以后作战有利于歼敌，不使敌军过于集中，毛泽东提出不但人民军第2、第5军团现不要深入三八线以南，而且在第三次战役后，志愿军和人民军全部应后撤几十公里进行休整。
毛泽东还建议将越过三八线的战役提前至次年1月，防止休整时间过长，引起资本主义和民主阵线各国对我军意图的无端揣测，如果能于1月上半月打一个胜仗，争取歼灭伪军几个师及美军一部，在政治上则能带来较正面的影响。毛泽东最后还给彭德怀带来一个好消息，斯大林认为志愿军的领导完全正确，也了解朝鲜作战中的困难，主动提议给前线增加汽车2000辆！
毛泽东决定越过三八线再打一仗，是基于对当时战场内外的政治形势的分析作出。两个人都是对的。彭德怀前线统兵，必须从军事家的角度看待问题，毛泽东坐镇北京，必须纵览国际风云，从政治角度看问题。
此时，经过长期的讨论和筹划，中朝联合司令部成立了。
12月初，志愿军乘胜追击时，与敌后人民军主力胜利会师，人民军收拢回来的部队已有3个军团，经过补充后刚刚恢复了战斗力。在胜利的鼓舞下，人民军主力求战情绪很高，中朝军队要正式并肩作战了。两军作战，必须解决指挥的问题。由于指挥不统一，两次战役中都有一些教训。38军因听信人民军部队误报黑人团，才导致延误了断敌后路的时机。人民军的坦克部队向39军误击，结果让被围的美军24师一部借机南逃，让中朝双方都痛惜不已。
第一次战役时彭德怀希望人民军开辟敌后战场。金日成同意，苏联驻朝军事顾问拉佐瓦耶夫不同意，苏联驻朝大使史蒂柯夫又认为可以。这么个小战术问题解决起来都如此困难，更别说高度敏感的指挥权问题了。统一指挥问题牵涉到朝中两党、两国、两军之间的关系，甚至苏联也夹杂其中。毛泽东、周恩来、彭德怀经反复考虑，让周恩来主持起草了毛泽东致斯大林电，提议中苏朝各出一个人组成党的三人小组，三方联合指挥。但斯大林此时对驻朝军事顾问早就极为不满，并且考虑到苏方不宜参与指挥，同时也深为钦佩毛泽东、彭德怀的高超指挥艺术，遂复电赞成中朝两军统一指挥，并提出中国指挥员负主责的意见。
老大哥同意了，中朝自然好办。12月，金日成赴京与毛泽东讨论这个问题时表态：中国志愿军有经验，应由中国同志为正，朝鲜同志为副，朝鲜劳动党******会议已同意。12月4日，二次战役大胜已成定局之时，“联司”成立了。彭德怀任司令兼政委，邓华和人民军猛将金雄任副司令，朴一禹为副政委。金雄奔赴东线组织金雄指挥部，指挥东线人民军2、3、5共3个军团，朴一禹则驻志司负责协调。“联司”下命令给人民军就以“联司”名义，给志愿军下命令仍用志司名义，可以说，这是一个既能确保指挥统一又能兼顾中、朝两军不同特点的、富有东方色彩的统帅机构。第二次战役胜利结束后，彭德怀将新成立的“联司”前移到成川郡西南五公里的君子里。从第三次战役开始，志愿军和朝鲜人民军即在“联司”统一指挥下作战。