在我国实行以财政拨款为主，其它多种渠道筹措教育经费为辅的体制，国家财政拨款主要用于保证普及九年义务教育和承担普通高等教育的大部分经费。为了保证高等教育有稳定的经费来源，以弥补财政拨款不足，在充分发挥自身人才与科技优势从社会服务中获得经费外，一条重要的改革举措就是收取学生的学费。高等教育属于非义务教育，在国家财政还没有富裕到可以将一个人所有教育费用包揽下来的情况下，按照教育成本的一定比例收取学生学费，在古今中外都是行得通的办法，群众是可以接受的。扩大教育规模，发展高等教育，主要是由政府来提供教育资源，同时也需要受教育者交付一定比例的成本费用，以弥补教育资源的消耗和教育成本的不足，维持学校正常运转和持续发展。扩大高等教育规模，进而实现高等教育的大众化，从政策上必须保证学生能上得起大学，这就要求收取学费的标准与大多数群众的承受能力相适应，并采取对贫困学生提供助学金、勤工俭学岗位、减免学杂费和银行贷款等办法，保证他们完成学业。扩大高等教育规模也有一个“度”的把握问题，不能挤占九年义务教育经费，不能超过国家可能的承受能力，影响整个教育结构平衡和协调发展。２０世纪９０年代以来，特别是近些年，招生规模持续扩大，高等学校中家庭经济困难的学生绝对数增加，减免学杂费的数量和银行贷款力度逐渐加大，社会资助贫困生的活动也得到大力推广，为发展高等教育提供了有力支持。
建立以财政拨款为主，其它多种渠道筹措经费为辅的体制，为我国高等教育发展所需资金提供了有力支持。我国高等教育的经费投入比发达国家差得很远，比有些发展中国家也有差距，然而对于一个具有十三亿人口的发展中国家来说，运用自己的力量来办世界上最大规模的高等教育，而且还在继续向高标准方向发展，这已经是了不起的事情。根据不完全的统计，从２０００年到２００２年，全国新建和改建学生公寓４３００万平方米，新建和改建学生食堂５３０万平方米，都相当于新中国成立以来５０年的总和。普通高等学校生均预算内教育事业费从１９９３年的４０６９８８元增加到２００１年的６８１６２３元。为建设世界一流大学和高水平大学，从１９９５年起，正式启动国家高等学校重点建设项目“２１１”工程，到２００１年已完成建设资金１０８９４亿元。科研经费的投入，从１９９０年的１４亿元增加到２００１年的１７３亿元，增长１１倍多。改革开放以来，我国高等教育事业发生了巨大变化，特别是２０世纪９０年代以来发展更快，教职工的工作和生活条件有了很大改善，就其收入和住房条件而言，已超过社会其它行业，从事高等教育工作已成为社会上令人羡慕的职业。
调整结构，提高质量，构建高水平的中国高等教育
一个国家高等教育的结构和质量状况如何，是国家科学文化事业发展程度和综合国力的重要标志，高等学校是经济、社会发展所需人才、智力与知识的重要源泉。而要办好每一所高等学校，办好整个高等教育，要有一个历史过程，涉及诸多方面的问题，必须有正确的指导思想，必须付出坚持不懈的努力。有了校舍，有了设备，有了能开课的教师，只是具备了办学的基本条件，而远非办好了一所大学。构建高水平的中国高等教育是我国高等教育面向２１世纪追求的目标。
为与我国社会主义现代化相适应，应对国际科学技术文化发展的新形势，高等教育不仅要解决好规模问题，而且要解决好结构和质量问题。高等教育的结构包括层次结构、形式结构和学科、专业结构，是高等教育的基本框架，关系到与现实经济、社会需求是否适应，涉及整体功能与今后发展的基础。高等教育的结构既需要随着经济、社会发展进行必要调整，又需要在一定时期内保持相对稳定，否则，或者会影响高等教育功能的发挥，或者会打乱正常的管理秩序和教学秩序，使高等教育缺乏一个稳定的环境。
改革开放以来，针对应用性专门人才和高层次研究人才缺乏的状况，我们做出了以发展专科教育和研究生教育为主要内容的层次结构调整决策。根据之一是，我国原高等教育结构很不合理。１９４９年，在校大学生１１６５万人中，本科生占８０６％；专科生占１９４％；而研究生只有６２９人。显然，高等教育不仅规模小，而且专科生比重低，研究生更少，是旧中国经济、科技落后，工业极不发达的反映。新中国成立后，我国高等教育全面向前苏联学习。为了反对所谓的“等级制度”，却没有学习前苏联的学位制度，研究生教育和专科教育的发展受到严重制约。到“文化大革命”前夕的１９６５年，专科生招生人数为１５１５６人，占招生总数的９１％；本科生招生人数为１４９０５６人，占招生总数的９０％；研究生招生人数为１４５６人，占招生总数的０９％。这是一个极不合理的层次结构比例。根据之二是，随着我国现代化建设事业的发展，工业化的进程，需要大量的受过专科教育、具有专业实际工作基本技能和能力的专门人才。为发展我国的科学技术和文化，为迎接世界新的科技革命的挑战，需要立足国内培养高层次的拔尖人才，发展我国研究生教育，改变我国研究生教育长期薄弱和落后的状况。为了调整我国高等教育层次结构不合理、不适应社会主义现代化的状况，中共中央《关于教育体制改革的决定》（１９８５年５月２７日）指出：“高等教育的结构，要根据经济建设、社会发展和科技进步的需要进行调整和改革。”“改变专科、本科比例不合理的状况，着重加快高等专科教育的发展。”《中国教育改革和发展纲要》（中共中央、国务院于１９９３年２月１３日正式印发）又进一步明确：“要大力加强和发展地区性的专科教育，特别注重发展面向广大农村、中小企业、乡镇企业和第三产业的专科教育，努力扩大研究生的培养数量。”为加强我国学位与研究生教育，促进科学专门人才的成长，促进各门学科学术水平的提高和整个教育科学事业的发展，１９８０年２月１２日第五届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议通过了《中华人民共和国学位条例》。这就从法律上明确了我国高等教育的层次结构，形成了专科、本科、研究生三个层次的教育相互促进、协调发展、与现代化建设和科技文化发展相适应的局面。根据教育部提供的资料，“九五”期间，高等学校本专科招生１９９５年为１８４万人，其中本科生９２６万人，专科生９１４万人，本专科生基本持平；到２０００年招生３７６万人，其中本科生１４６万人，占３８８％，专科生２３０万人，占６１２％。研究生招生数从１９９５年的５万余人增加到２０００年的１２万人，增长了近１４０％。整个高等教育结构在发展中得到了调整，层次结构与“文化大革命”前的１９６５年发生了根本变化，达到基本合理的状态。
进入２１世纪的第一年２００１年，高等教育各层次规模继续扩大，其中研究生招生１６５２万人，比２０００年增加４５２万人，估计在近一个时期内，将继续扩大研究生的招生规模，以适应形势发展需要。
改革开放以来，在扩大普通高等教育规模仍不能满足社会需求的情况下，进一步调整了高等教育的形式结构，大力发展了各种办学形式。包括：建立了成人高等学校；创办了广播电视大学；建立了社会力量举办的高等专科教育学历文凭考试制度；创办了高等教育自学考试制度；军事院校招收为地方服务的普通高校生等。根据教育部公布的资料，２００１年，成人高校招生数达１９５９３万人，在校生达４５５９８万人；全国高等教育自学考试报考有１３３９４３万人次，取得毕业证书人数达６４１０万人。改变了单一的普通高等教育结构模式，实行多种形式办学，有力地促进了高等教育发展。
高等教育是否适应现代化建设，科类与学科、专业的设置与结构是直接的因素。“文化大革命”之前，针对旧中国带来的工业落后、教育落后的状况，在计划经济体制下，当时确立了“以培养工业建设干部和师资为重点”的高等教育科类结构指导思想，着重发展了工科和师范，对财经、政法类重视不够。由于当时我国生产力水平低，又处于被封闭的状态，学科与专业的设置不仅传统，而且内容上较少反映源于发达国家的新科技革命和世界经济发展的新形势。在以经济建设为中心，实行改革开放，加快社会主义现代化建设的新的情况下，必须对我国高等教育的科类结构和学科专业结构进行调整。中共中央《关于教育体制改革的决定》指出：
“改变高等教育科类比例不合理的状况，加快财经、政法、管理等类薄弱学科和专业的发展，扶持新兴、边缘学科的成长。”《中国教育改革和发展纲要》又进一步明确：“要基本稳定基础学科的规模，适当发展新兴和边缘学科，重点发展应用学科。为了迎接世界新技术革命的挑战，要集中中央和地方等各方面的力量办好１００所左右重点大学和一批重点学科、专业，力争在下世纪初，有一批高等学校和学科、专业，在教育质量、科学研究和管理方面，达到世界较高水平。”根据中央和国务院决定和指示精神，从改革开放后对财经、政法专门人才需求日益扩大的实际出发，我国对高等教育科类结构比例进行了调整，其中财经院校由１９７７年的７所，发展到１９８７年的７４所，增长９５７倍；政法院校由１９７７年的１所，发展到１９８７年的２５所，增长２４倍。在一些比较有条件的高等学校增加了财经或政法类的专业，财经、政法类人才培养和供给大为增加。针对我国高等教育原学科专业设置上口径过窄、专业名称不规范、学生毕业后适应社会能力不强的弊端和学科专业中缺少新兴、边缘学科和交叉学科等结构上的落后性，从１９８９年开始，对高等教育专业目录进行了三次修订与调整，专业种类由原６７１种减少到２４９种。通过专业目录修订工作，进一步拓宽了专业口径，充实了专业内涵，吸收了国外一些有益的经验，增强了培养学生适应社会的能力。通过专业目录修订，增设了一批反映当前国际科技、经济发展和国家现代化建设当今和长远急需的信息科学、生命科学、新材料科学等高新技术类专业。同时扩大高等学校专业设置的自主权，支持一些高等学校设置适应地方经济建设需要的应用型专业，鼓励和支持有条件的高等学校建设和发展新兴学科、边缘学科、交叉学科。通过专业目录的修订和扩大高校专业设置自主权，使高等教育的学科专业结构逐步趋向合理，在满足社会需求、增强培养学生适应社会能力、体现时代精神等方面前进了一大步。
提高教育质量是构建高水平中国高等教育的核心，是高等教育改革发展永恒的主题。改革开放以来，高等教育在拨乱反正，清除“左”的影响的基础上，对全面提高教育质量采取了一系列措施，进行了许多改革和探讨。
在办学指导思想上强调全面理解和全面贯彻党的教育方针和“三个面向”。既不能再让历史上曾经出现过的“政治冲击一切”、“以劳动代替教学”的“左”的错误重演，又要防止出现忽视学生德育、忽视思想政治教育、脱离实际、脱离劳动的倾向。高等学校要牢固树立以教学为中心的思想（除少数国家重点大学还必须提以教学、科研为中心外），以巩固高等学校中教学中心地位和保证教育的基本质量。高等教育的改革发展必须与社会主义现代化需求相适应，与科学技术发展相适应，与长远发展相适应，坚持“教育要面向现代化，面向世界，面向未来”的战略指导方针，培养德智体美全面发展的“四有”人才，不断提高我国高等教育的办学水平。
在教育过程中更加重视德育工作。重视德育必须改革德育。改革开放以来，一是坚持以马列主义、毛泽东思想和邓小平理论为指导。二是遵循学生成长规律，改进德育方式，将德育寓于各学科教学之中，寓于学生与社会生活联系之中，克服脱离实际的形式主义和教条主义。三是建设好德育的课程，特别是邓小平理论和“三个代表”重要思想的“进教材、进课堂、进学生头脑”的工作。坚持不懈地对学生进行爱国主义、集体主义和社会主义教育，进行中华民族优秀文化传统和革命传统教育、民主法制教育、理想与伦理道德教育、国情与中外形势教育等。四是运用教学的实践环节和假期，做好学生实践锻炼工作，了解和接触实际，培养学生的坚强意志、艰苦奋斗精神和适应社会能力。五是全员育人，形成教书育人、管理育人、服务育人的氛围和党政工团齐抓共管、社会各方面参与学校德育的局面。
改革教学内容、方法，改革人才培养模式。长期以来，我国高等教育的教学内容比较陈旧，教学方法上注重教师的讲授和学生对知识的记忆和掌握，培养人才的模式比较单一。改革开放以来，围绕转变教育观念，改革教育内容和方法，高教界多次开展了教育思想的讨论。原国家教委于１９９４年启动了《高等教育面向２１世纪教学内容和课程体系改革计划》，设立２２１个大项目，近４个子项目，组织上万名教师参加，投入经费４０００多万元。２０００年，教育部又实施了“新世纪高等教育教学改革工程”，包括教育教学改革与实践、教学条件改善与建设、人才培养战略规划等。自１９８９年以来，通过四次国家级教学成果奖的评审，共评出国家级优秀教材６００种，国家级教学成果奖１７１８项。特别是中共中央、国务院《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》（１９９９年６月１３日）的贯彻执行，进一步提高了“高等教育要重视培养大学生的创新能力、实践能力和创业精神，普遍提高大学生的人文素质和科学素质”的认识，推动了教育教学工作改革的深化。在教学改革中，对学科专业设置与院系设置进行调整，加强了外语教学，普遍开设了计算机课程，并对专业目录进行修订。在高等学校中，创建了一批基础科学人才培养基地和基础课程教育基地，相继创办了软件学院和生物技术人才基地；实行了建设一流大学和高水平大学的“２１１”工程；加强了实验室建设，大力推进教学手段的现代化和信息化。所有这些为培养高层次人才，实现高等教育的现代化发挥了重要作用。
大力加强高等学校教师队伍的建设，是提高教育质量的关键。改革开放以来，特别是近若干年来，在大力改善高等学校教师生活和工作条件的同时，加强了高校教师的业务进修和培训，组建学术梯队培养学术带头人，高校教师的知识结构和学历层次得到较大改善。在高等学校还相继实施了“高层次创造性人才工程”、“长江学者奖励计划”，以及设立“教学成果奖”、“高校青年教师奖”、“科研成果奖”等，促进了教师队伍素质的提高。
为了不断提高办学水平和教育质量，自１９９３年起，对高等学校本科教学工作开展了评估。评估分三个类型进行：
对本科教学历史较短、基础比较薄弱的学校进行合格评估；对本科教学历史较长、基础较好的进行优秀评估；对介于二者之间的进行水平评估。评估工作组织了评估专家队伍，并根据多年探索和经验拟定了评估指标体系和方法，建立了与评估工作相配套的教学基本状态数据库。通过评估，推动了教学基本建设与教学改革，加大了对教学的投入，促进了教育质量的提高。