宗教礼仪的改革是闵采尔在著书阶段中，以及在宗教改革计划里的核心部分，所有这一切也都来自闵采尔的一种信念，这就是以全力帮助贫困的、土崩瓦解中的基督教界，“说明白了，就是用唱歌、阅读以及布道的方式，天天向那些上帝的勤勉奴仆们灌输《圣经》。”在闵釆尔写给一个名叫乔治的（显然也是一位布道者）信中也是这样推心置腹的说：“你们必须天天向贫苦的人们宣讲先知和《福音书》著者的原则，使得全体教徒们都能和布道者们一样，经常可以了解其文章内容。”
另外，闵采尔的那些有关礼仪的著作所产生的影响远远超过了他的死所引起的反响。他的部分著作，作为建立德国自己的礼仪的提案而在埃尔富尔特、纽伦堡、在公爵领地不伦瑞克——卡伦堡、在伯爵之辖境利珀和在公爵领地波默恩都起了作用。某些由闵釆尔自己所创作的教堂歌曲，尽管没有以他个人的名字来命名，仍然多次在一些音乐书籍中占有它自己的一席之地。在阿尔施塔德，他所提倡的宗教礼仪的改革一直持续到1533年，直到大检查时期才被根除掉。1523年复活节之后，闵釆尔又去了纽伦堡。
3.献身于事业
从纽伦堡出来，闵釆尔就转向了数月以来农民们的革命起义运动蓬勃发展的西南部。在农民战争的这场最具威力的反封建的群众运动中，早期资产阶级的阶级斗争达到了登峰造极的地步。而宗教改革又为这种斗争作好了一切准备，在这种阶级斗争中，带有对《福音书》改革性的诠释，但这种革命运动具有一般的精神基础，同时在理论上也具备其合法性。除此之外，宗教改革运动还对封建教会的物质基础、政治权力的需求以及精神上的主导作用都提出了疑问，并因此推动了整个反封建主义的运动，最终由对《福音书》的新的理解里引伸出一个要求，也恰恰就是这些要求才引导出社会的深化改革。
德国的农民战争变成了一个广泛的运动，包含了经济、社会、法律以及政治等诸方面的要求。斗争的大部分是由农民在进行着，部分也得到了城市一些阶层的支持，这些阶层的利益与农民的利益密切相关。1524年夏天以来，帝国的西南部不断掀起起义的浪潮，1525年春天以来的起义范围更为扩大，由阿尔卑斯山地区到弗朗肯、埃尔萨斯一直到图林根森林地区。成千的起义者们集中在农舍内并建立起“基督教同盟”，作为在自己的领土上的一种行使权力的萌芽形式，这是起义者们在短暂的时间内所能抓到的一种权力。
当闵釆尔不得不离开缪尔豪森时，他事先是否已经考虑到要去这些地方发展，还是他在纽伦堡的时候才最后作出这样一种决定的呢？对于这些问题，闵采尔并没有作过任何解释与说明。我们仅仅知道的是，巴塞尔是闵釆尔后来活动的征途上可以找到证据的第一个停留的地方。
尽管巴塞尔的宗教改革运动尚未能进行下去，然而却得到了热烈的反响。这个城市大约有10000名人口，是一个颇具重要意义的贸易场所，是一座帝国的直辖城市，在1501年被接纳为瑞士盟约国的成员。由于1459年成立了一所大学，另外还使得它成为人文主义的中心，该城的印刷品也极丰富，这些印刷品不仅有古代作家的极重要的手稿和有关基督教的材料，而且也有1518年以来包括马丁·路德的著作的出版物。
大概还是在12月份的上旬，闵采尔在这个地方会晤了约翰内斯·厄科拉姆巴特，自从1522年的秋天以来，厄科拉姆巴特就一直生活在巴塞尔，很早以前，他曾作为一名人文主义者而与路德特别的投缘，他也深受卡尔施塔德和胡尔德吕希·茨温克林思想的影响，他还是该城宗教改革运动的领导人物。厄科拉姆巴特与汉斯·登克很熟悉，所以也就是他能介绍闵采尔到巴塞尔与厄科拉姆巴特联系。闵采尔与厄科拉姆巴特间的关系是种什么样的关系，达到何种程度，没有较为详细的介绍，也就是厄科拉姆巴特自己后来谈了些情况，说他的纽伦堡的人文主义者朋友威廉巴尔特·皮克哈艾姆怪罪他帮了闵采尔的忙。厄科拉姆巴特的答复为此表明了他的意图，即解开其嫌疑。
在这几个星期里，闵采尔首次间接地站在图林根外围农民的局势之外。他与起义的农民进行接触，通过这种接触，他直接从中汲取知识，极大地丰富了自身的经验。在后来的审讯中，闵采尔承认，他与赫郜的、克莱格卡夫的农民们进行对话，询问他们是否已经准备向缪尔豪森及图林根推进。如果有人招募他们的话，那他们当然想这样做，这就是他们给予的答复。闵采尔与他们一直有着联系，因为他们给闵采尔写的信，在闵采尔被捕之后都保存在缪尔豪森他妻子那里，这些信一直没有被发出去。
回到图林根之后，闵釆尔似乎再也没有到别的什么地方长住过，1525年2月28日，他接受了当玛丽亚教堂牧师的职务。
海因利希·普法伊费尔在农民的帮助下，于1525年12月12日．返回缪尔豪森。在12月16日、17日城内十分尖锐的冲突中，城里的统治权非常顺利地落到了8人团的手中。市参议会被围在参议会大厅内并被迫作出让步，允许普法伊费尔在尼科劳斯教堂里进行布道；在同盟不知道的情况下，不许作出任何决定。必须承诺《福音书》的布道者参予审核法律的工作，凡是任何与《福音书》不一致的地方都将被删除。这一来，阿尔施塔德市市长蔡斯不得不起来说明情况了：“奥姆纳斯先生”。——“这个凡夫俗子”——夺了市参议会的权，他不允许有违背自己意志的“谴责、管理、通信甚至行动”出现。12月底跟着便发生了捣毁偶像和废止教士事件。
这时候的城市，主要受到的是外来的危胁。萨克森的乔治公爵召回了1524年9月逃跑的市长们，并要求他们复位，由于还俗而受到伤害的牧师们请求那些诸侯们给予帮助。1525年1月31日，集合在格罗斯克尔纳尔的官员、骑士以及主教们向乔治提出建议，把缪尔豪森置于自己的管辖之下，否则的话，在我们的管辖下的或是在基督管辖下的臣民们，要想获得幸福的生活是不可能的事。乔治首先请求埃尔内斯蒂纳尔，同时也请求黑森的诸侯菲力蒲宣布解除对缪尔豪森的防卫，但没有取得结果。汉斯·蔡斯在2月22日再次建议封锁住通往缪尔豪森的所有道路，“否则的话，一大群身强力壮的恶棍会捣毁那儿，并将占领整个农村。”在埃尔富尔特的参议会3月3日写给缪尔豪森参议会的一封信中，批评性地提请注意，面对1524年9月在福尔肯洛达修道院内集会的盛况，应该把叛逆的布道者再次抓起来，并且要求不要让叛逆者掌管政权。
2月份，闵采尔回到这个不平静的、受到外来威胁的城市。由于撤消了修道院，随之也结束了德国的宗派之争，为闵采尔创造了获得玛丽亚教堂布道者职位的先决条件。1525年4月1日由“永久议会”为他支付了生活费用。可是，并不是参议会要召唤他回来的，而是市里的圣尼科劳、圣彼得和圣乔治支持他，为了这些，还动用了自由牧师选举的权力。
1525年4月17日以前，闵釆尔就让人们制作一面白色的旗帜，为此，缪尔豪森的参议会支付了费用。朗根萨尔查市长希提赫·冯·贝尔莱伯斯报告说：“阿尔施塔德人做了一面白色的旗帜，上面绣着一行字：永久捍卫上帝的话。这是永久的上帝的同盟的标记，所有站在同盟一边的人都集合在这个标志的下面。”
虹是同盟的标志，是洪水之后上帝用诺亚的肉体建造起来的：“我将虹置于云彩之中，它将是我与地球之间联结的标志……，为此，我必须将它置于云彩之中，这样，可以让我看见它，能想到所有地球上存在的肉体这些活生生的生灵与上帝之间的永久的同盟。上帝向诺亚说：这是同盟的标志，是我建立在我与地球上所有生灵之间的同盟。”（《摩西书》第一章第9、13~17节）。对于闵采尔来说，这个联盟是作为缪尔豪森的“永久的上帝的同盟”的样本，并授予了它以名字。虹旗是上帝的选民们集合的标志，它像征着上帝的保护，这面旗帜被保存在缪尔豪森的玛丽亚教堂内。如果战斗开始的话，闵采尔将举着它冲向前线。
在阿尔施塔德之后，现在的缪尔豪森便成了闵采尔思想影响的中心。在艾森纳赫、朗根萨尔查、弗朗肯豪森、诺尔豪森、桑格尔豪森以及其他许多地方都有闵采尔的追随者。
图林根的起义是4月18、19日爆发的，开始的地点是在上维拉谷的瓦哈附近艾森纳赫的南部。由伦山蜂涌冲出一支队伍，这是赫纳贝尔格伯·爵的管辖区，再有就是来自布亨和图林根南部地区的队伍。4月22日，希提赫·冯·贝尔莱伯斯谈了他自己的想法：“缪尔豪森和其他地方的追随者都会跟他们站千万别让无知的人们受领主的欺骗而向他们妥协。”当然他也清楚，在短时间内，统治者们不可能马上就采取严厉的镇压手段，因此他要求阿尔施塔德人：“现在应该前进，前进，前进！现在正是时候，因为那些敌人完全像条狗那么听话。”城市和农村都应该动员起来，尤其是那些矿工们：“要把乡村和城市鼓动起来，尤其是要把矿工和其他善良的小伙子们鼓动起来，我们不应该再沉睡了！”
闵釆尔的号召书是这样写的：“前进吧！前进！打铁要趁热，让你们的宝剑染上鲜血，毫不留情！将暴君统治者们从塔顶上扔到地面上，只要他们活一天，你们就不能从人类的恐惧中解放出来。人们可以与上帝对话，因为它会帮助你们。前进，前进！因为你们总有这一天，上帝走在你们的前面，紧跟着它，跟着它前进！”
对于闵采尔来说，全面出击的时间已经来到了，不仅因为在德国的其他地方，农民们已经拿起了武器，而且现在正是铲除人们的恐惧、与“统治者”决战的时刻，闵采尔现在完全成了一个“革命的先知者”。
闵釆尔的号召不仅仅停留在嘴头上，这是因为有许多阿尔施塔德人都来到了缪尔豪森。4月27日，普法伊费尔在集市上号召缪尔豪森的市民阶层参加到起义的行列。并宣称，如果谁不这样做的话，“就将像对付贵族那样去对付他”。当缪尔豪森人由朗根萨尔查返回并在半路上与来自艾克斯菲尔德的农民汇合一起时，这个行动便被瓦解掉了。显然，要想在逐步壮大起来的起义队伍内部搞分裂是比较困难的。但是尽可能地将起义队伍移出城市，这也许是市参议会感兴趣的地方。
1525年4月28日，起义者竖起了旗帜，将大炮对准戈尔玛尔方向，并扎下了营帐，在那儿他们建立起军事组织。在缪尔豪森市参议会和8人团的支持下，政府的仆役约伯斯特与福尔克马尔·霍姆利希被选作领导人。由闵采尔、普法伊费尔和主要领导人组成了起义军委员会，受城市参议会的委托，8人团中的汉斯·施密特和克劳斯·福尔施蒂赫以及战争时的市长莱因哈尔德·拉姆哈尔特也参加了该委员会。
5月15日早晨，菲力蒲的部下将城市团团围住，然后将自己的队伍与从黑尔德隆根方向来的乔治伯爵的队伍会合一起。起义军的车垒阵阻拦了这支力量强大的部队的行动，但是并没有因此而阻止敌军力量的集中。菲力蒲将自己的进攻力量投放在摧毁车垒阵的位置上，并且由此而能切断起义军的退路。就这样，诸侯们获得了起决定意义的战略优势。
在起义者们集合起来对诸侯的企图作出判断时，闵采尔就抓住了这样一个机会向他们布道，他们应该在车垒阵中确定一个位置，可是，在这个时候真要找出一个恰当的位置还的确比较困难。当诸侯的队伍迅猛冲入他们的军营时，起义者们甚至还没有来得及再次进人防卫的场所。
黑森的菲力蒲下令烧毁其防护区，由于军营中杂乱无章，使得进攻的部队可以长驱直入其车垒阵里。面对这种突然事件，再想组织起反攻是不可能了，起义者们现在只能守卫住几个地盘，一部分人只好躲在附近城市的城墙后边进行防卫，但大多数人都无法找到躲藏的地方，雇佣军们将他们射杀在通往卡尔克谷的不毛之地上，因此，这次战役获得了叫做“血槽”的名字。另一边，在城市里已经开始了屠杀，这些都是所谓的胜利者们干的，有大约6000名起义者遭到杀害，他们中的大多数人都是来自弗朗肯豪森，仅仅有600人被抓了起来，也许这个数远不够真实，能够侥幸跑出来的人的数字不清楚，相信肯定不会太多。而诸侯们那边才损失了6名仆役。
闵采尔却成功地躲进了城洞口附近的一座房子里，但仍然让一名黑森贵族的仆人、骑士奥托·冯·艾彭发现了他并从他手中的信上认出了他，这些信是装在闵采尔随身带着的一个口袋里的。这个仆人将闵釆尔交给了诸侯，作为回报，他将从其主人手中取得100古尔盾“作为在弗朗肯豪森捉拿到闵采尔的赏金”。
获得胜利的诸侯有乔治公爵。1525年5月·23日，曼斯菲尔德的恩斯特伯爵请求乔治公爵，对闵釆尔这个俘虏，他应当有特殊的权力处置，请让他把闵釆尔带到自己的住地去算算旧帐。在缪尔豪森的起义者被杀戮后的5月27日，托马斯，闵采尔和海因利希·普法伊费尔也在位于缪尔豪森与戈尔玛之间的住地被刽子手砍下了脑袋，被砍下的首级悬挂在竿上示众，以便警告所有的人不要再妄想起义暴动。