上面说过，“玄学”从字面意义理解，就是研究深奥理论的学问，不过其在魏晋时期是有特殊含义的。玄学在魏晋时期又称为清言、微言、名理、老庄等，其作为一种哲学思想是由正始时期的何晏和王弼首先阐发的，因此人们又称它为“正始之音”。所谓魏晋玄学，不同于世俗观念中的玄学、玄虚等抽象观念，当然其又与这些世俗的玄虚概念有着某种内在的联系，它所弘扬的乃是道家之玄理，而道家的玄理本身就是一种玄虚的抽象观念。总的来说，魏晋玄学是魏晋士人在思想领域里发动的一场哲学革命，它既是关于宇宙本体的思考，也是关于现实社会人生的思考，它所要反对的是两汉重感性经验的具体思维哲学，而建立一种自然的、直觉的抽象思维哲学，它所要超越的是纷繁复杂而又琐屑的社会现实，而达到一种心与道冥，体认自然的精神境界，然而它的出现，它的兴起，它的抽象思维的起始，又是为了正视社会现实，挽救社会现实。
（一）“三玄”——《老子》《庄子》《周易》
魏初正始年间兴起了一场改制运动，倡自何晏、夏侯玄。作为一种新的社会思潮的魏晋玄学，它吸收了道家精神形态，以《老子》《庄子》《周易》为主要思想材料，来探索其所要研究的重要命题，这三本书当时被称为“三玄”，魏晋玄学清谈的主要内容和很多哲学问题都源自这三部经典。
《周易》原为儒家的经典，是一本关于占卜的书，但其在探讨各种卦象时，谈到了许多有关宇宙万事万物变化的问题，无形中与道家思想进行了交流，具有很强的哲学性。两汉时期，其又逐渐和黄老思想合流发展，逐步衍化为一本探讨宇宙哲学与天人感应学说的哲学著作，因此在魏晋士人企图重建新的“天人关系”的背景下，《周易》受到了广泛重视。当时的很多思想家都为《周易》做了注，但最有代表性的是王弼的《周易注》《周易略例》。王弼的《周易注》是随文注解的，《周易略例》则是通论性的著作，主要是讨论“一”和“多”的问题，王弼认为天地之间，虽然万物众多，杂而无章，运行变化非常复杂，但是它们的运行与变化是有着内在的规律性的，并非完全无迹可寻，一切事物的发展运动在王弼看来，都有一个本体的制约，那就是“统之有宗，会之有元”的“一”。而《周易注》中主要是讨论“常、变、动、静”的理论。我们从王弼的这两部著作中可以大致了解王弼的思想取向。
《老子》是一部纯粹的道家哲学著作，它所探讨的主要是有关个人主观上心境修行的问题，强调个人在主观修行中所观赏的世界是什么，而不大重视客观宇宙的根本是什么，但在对个人主观欣赏的探讨中，又不断地讨论着宇宙空间中的各种存在。《老子》是道家最根本的经典，以借鉴道家思想理论为基础的魏晋玄学家对它极为重视。当时对《老子》的注释与研究形成了一股热潮，代表性的仍为王弼的两部著作：《老子注》及《老子指略》。王弼在这两部著作中，主要探讨了“有”与“无”的关系问题，并提出了“以无为本，以有为末”的本体论哲学。
《庄子》在一开始并未被魏晋玄学家所重视，直至西晋末，玄学家们才开始越来越关注它，东晋时期《庄子》则凌驾于《周易》及《老子》之上，一跃而成为玄学领域中最重要的理论思想著作。《庄子》的盛行，丰富了玄学理论所讨论的内容，而且玄学的讨论方式也随之改变，为玄学而谈“玄”的现象成为西晋士人南渡以后阐发玄学思想的主要方式。至于《庄子》一书的注释，当时以向秀的《庄子注》及郭象的《庄子注》为主，后人一般都将郭象和向秀的思想放在一起讨论。
（二）“玄学”的概念
“玄学”这一词语所蕴含的特殊概念应出自《老子》，王弼的《老子注》曾提出“玄者，物之极也”“玄者，冥也。默然无有也”这样的“玄”的概念。究其根本，此一词语乃是探索宇宙万物根源、本体等层次时所使用的观念术语。其所要讨论的问题，就是从《周易》《老子》《庄子》这三部经典而生发，其中以老庄思想为骨架，研究《易》经中所探讨的有关宇宙人生的哲理，即“本末有无”的问题，进行玄虚性的论辩，使两汉时所讨论的经学目的论逐渐转向宇宙本体论。后来它就逐渐衍变成一种以讲究修辞与技巧的谈说论辩方式而进行的一种学术社交活动。从理论上看，玄学理论表现为儒道兼宗，玄学的发展并非要取代儒家，而是要调和儒道，使儒道兼容，从儒道互绌到儒道双修；从内容上看，玄学关注的是有关本末有无的宇宙本体论问题，它试图寻求一个万物之本来对抗两汉的“天人”关系学说；从方法上看，玄学所使用的是辩名析理的研究方法，注重的是抽象的思辨，而不是实际的研究；从功用上看，玄学的兴起在很大程度上是试图以“自然”之真去净化“名教”之伪，试图以新的理论学说来维护社会现实的有序与正常发展。究其根本，魏晋玄学之所以在那个时代兴起、发展并迅速扩大，就是因为它的现实意义是挽救社会现实，维护士人利益，它其实是一种社会政治理想。
从理论内容上看，“玄学”是一个多层面的概念。它所要探讨的哲学问题核心是有无本末的本体论问题，以及思维方法上的言意之辨问题，所要解决的中心问题是现实社会中的名教与自然的矛盾。
对于当时流行的相关论题，即上面所述的“有无本末”“言意之辨”“名教自然”等玄学理论的中心问题，魏晋人士又称之为名理之学，玄学理论的形成最终要解决的就是名实关系的问题，不过其以“自然”为实，以礼义为名，来详加分析事物的观念。玄学理论体系形成之后，其所要解决的又不仅仅是这些核心问题，还要解决其他一些相关命题，如“养生”“有情无情”“声无哀乐”以及一般处世哲学等问题。此外玄学理论形成之后，带动了一种社会风气，是为“玄风”，人们在思考问题时，逐渐开始以“玄学”作为其理论归宿，即使这些问题本身并不是玄学理论之下的命题，人们也开始用玄学理论去解决。
总之，对后世文学有着重大及长久影响的魏晋玄学，“就是以《老子》《庄子》《周易》为其主要思想材料，以重新认识名教与自然的关系为宗旨，以有无本末的本体论，以及言意之辨、以简驭繁的思维方法及玄学人生人格论为核心”（卢盛江《魏晋玄学与中国文学》）的一种学术思想理论形态。它既是魏晋士人在思想领域里发动的一场有关宇宙本体的哲学革命，也是关于现实社会人生的基本思考，它是由当时的政治形势、社会格局以及思想潮流共同作用的结果。其提出众多玄学问题，并且用玄学理论去认识并解决人生的其他种种问题，这样一种学术思想，在当时深深地影响了士人的文化心态以及社会风气。
此外，玄学理论在后期的发展过程中，又吸收了释家的一些佛学理论，从而实现了儒释道三家的紧密交流结合，对于我国后来的学术思想的兼容并包有着重大的影响。