经过多年的改革和发展，高校在固定资产管理方面取得了长足的进步。然而，固定资产管理是一项复杂的系统工程，涉及面广，各种情况更是纷繁复杂，管理中的不少方面还不能适应新形势发展的要求，加之高校固定资产管理目前正处于实施产权管理阶段，虽然已经采取了多种措施并取得了一定的成绩，但仍不同程度地存在一些问题。
一、观念落后，意识淡薄
高校的教育经费主要来源于国家财政的无偿拨款，由国家统一安排，不直接产生经济效益，在使用上也不核算成本。这导致在高校固定资产管理中存在着重资金、轻资产，重增量管理、轻存量管理，重财务合规性管理、轻资产绩效管理等现象。
（一）缺乏固定资产的管理观念
高校在固定资产管理上缺乏主观能动性，体现在只注重从外部向上级主管部门争取固定资产投入，而对固定资产管理研究不够，很少注重资产的内部集中管理、余缺调剂、优化配置等，造成管理理念、管理方法不适应实际需要，出现重复购置、多头购置、资产闲置等现象，许多固定资产无法发挥应有的效能，造成了不必要的资源浪费。
（二）缺乏固定资产管理的主动性
长期以来，高校靠国家财政拨款过日子，“等、靠、要”的思想十分严重，一向重钱轻物，重用轻管。高校内外部对于国家投入的固定资产的地位、作用及管理的重要性认识不足，资产管理意识不强，在管理上缺乏系统意识、整体意识、模式设计意识，职责权限不明确，依旧沿用以往“把账弄清楚，把物看住了”的管理方式。这种认识上的偏见，没有正确把握固定资产管理工作的位置，更缺乏积极进行理论研究和实践探索的意识，势必造成固定资产管理不善，形成固定资产流失隐患。
（三）缺乏固定资产管理的良好氛围
由于对固定资产及其管理的有关知识学习和宣传深度、广度不够，没有形成浓厚的固定资产管理氛围，使得高校的领导和固定资产的管理者缺乏固定资产整体管理意识，资源观、时间价值观、经济效益观念淡薄，误认为固定资产流失就是丢失或被个人侵吞，对资产闲置浪费造成的损失却不以为然。特别是有的学校的领导和有关职能部门的负责人对固定资产管理尚未给予足够的重视，以至于这些学校的固定资产管理缺乏相应的机构和队伍作为管理力量，更缺少管理制度，使日常管理处于无序状态。
二、产权不清，账实不符
产权不清的基本表现就是固定资产存量不清、账实不符。在2004年国家审计署发布的对18所高校的审计结果表明，高校资产管理方面存在产权不清、收入分配不公、账实不符等问题，固定资产账实差额达7亿元。而形成产权不清、账实不符的主要原因在于内部管理不足、部门协调不当等。
（一）多渠道投入缺乏有效管理
形成高校固定资产的资金来源，按资金渠道划分为国家拨款、科研项目经费、自筹资金等多种渠道，但现实中对不同资金来源所投入形成的资产缺乏相应的对账机制和管理措施，固定资产管理部门和资金核算部门对固定资产的增加、减少的核算起点不同，缺少沟通和协调，尤其是对资产报废、划拨等固定资产处置缺乏科学有效的管理和控制，致使出现资产管理环节脱节、有进无出所导致的流失漏洞。
（二）高校合并导致归属发生变化
为了适应教育体制的改革，高等学校经历着一个关系再组合、利益再分配、权力再调整的变革过程，高校之间的合并、兼并、重组等行为较为普遍，从而导致固定资产的归属发生变化。在高校合并过程中，由合作办学、接受捐赠、无偿划拨、自制或改建等形成的固定资产没有估算价值或者价值不确定、不准确，有相当部分没有验收入账，造成账实不符；基本建设形成的固定资产，由于竣工验收、决算、移交、工程决算审核等各环节均存在一定的时滞性，也导致了未能及时入账，形成账外资产等等。这些情形在高校行政隶属关系改变、资产规模和结构变化的过程中成为难以解决的问题，在高校合并后仍然不能得到合理的解决，固定资产家底不清，流失在所难免。
（三）固定资产的有偿使用缺乏有效管理
高校非经营性资产转为经营性资产也是造成高校资产范围变化、产权不清的主要因素。1990年左右，高校开始兴办产业，大量的非经营性资产转移到经营用途。由于产权不明晰、管理不到位，致使高校这一部分固定资产在转变用途投入时，没有进行登记和办理相关的手续，资产的安全性、完整性得不到保证，更谈不上增值，甚至还使某些单位及个人利用这部分固定资产为自己谋取利益，使高校的固定资产变相流失，国有资产所有者权益蒙受损失，既造成高校固定资产严重不实，又损害了高校利益和国家利益。
三、体制不顺，职责不清
（一）高校管理的体制性原因导致监管乏力
从外部看，主要是财政、审计、主管部门对高校行使监督权。财政部门着重于预算执行及财务政策方面，固定资产的运营、处置不是其管理重点。审计部门例行公事开展审计监督，由于成本或人力等原因不可能或没必要在事中介入，往往在出现大的经济问题时才进行事后审计。主管部门与高校在管理体制上是利益共同体，行政上的隶属关系和经济目标的一致性很容易形成“内部人控制”现象。从内部看，由于高校内部治理机制不完善，缺乏相互制衡的约束机制，内部监督既无动力也无压力。近年来，高校经济活动的范围已不断深入和发展，在物资采购、基建项目发包等领域相继发生了这样或那样的问题，其根源就在于经济活动较为频繁、内部监督较为薄弱的环节所存在的管理漏洞。
（二）内部管理体制导致缺乏有效管理
高校在固定资产的配置上存在短期行为，缺乏长远的发展规划和建设目标，盲目投入，重复建设，贪大求洋，造成配置的不公平、结构不合理以及大量的固定资产闲置。尤其是财务管理和资产管理互相脱节，形象地说就是“会计管钱不管物，资产管物不管钱”。由这种管理上的不衔接，导致了缺少定期的固定资产清查和决算、盘点，造成单位固定资产在形成、使用和处理的过程中不能得到有效的管理，不能合理配置和有效使用。
（三）资产购置逃避政府采购和招投标管理
国家对单位内部办公或者教学的基本配置没有定额标准的设计，各单位内部由于占有资源不同，创造价值的能力不同，部门利益驱动比较突出，形成固定资产状况和科研状况、固定资产状况和发展状况情况严重不符，影响着固定资产的实际效用。高校利用政府的财政投入自行购买设备，逃避政府采购环节，从而中饱私囊。高校不能按照规定公开招投标，而是通过邀标和议标方式进行，所购建的固定资产更多地存在着价格高昂而且品质低下的问题，诸如建筑项目未能通过正确渠道聘请工程监理，更有甚者存在一些质量问题，这些更多的是源于利益的驱动。
四、管理不善，流失严重
管理不善、流失严重是高校资产管理具体工作中存在的比较普遍的问题。由于固定资产管理体制没有理顺，管理制度不完善和执行监督不力，高校固定资产流失状况令人堪忧。
（一）未能及时登记固定资产
高校二级财务核算单位用自筹资金购置设备或家具，不到管理部门建账建卡，造成固定资产的流失。高校各实验室利用实习经费购置零件、配件、材料，进行自制或组装仪器、设备，没有登记入账，造成有物无账。这些仪器、设备在未使用之前，就脱离了管理的范围，形成固定资产流失。部分拥有固定资产使用权的二级单位私自对外出租、出借学校的房屋、设备、仪器等进行经营活动，所得利益归部门所有，但其耗损维修费用却由学校承担，造成学校资产流失和侵蚀所有者权益。
（二）未能科学规范处置固定资产
高校相关负责人认为政府对本单位的预算投资都成了本单位或本人的，可以随意处置，这导致在决策时主观臆断太强，缺乏必要的集体决策，需报废、报损的固定资产被低价贱卖或无偿赠送、随意丢弃。在利益的驱动下，固定资产有偿转让时不能进行资产评估，更有甚者，固定资产处置的净收入不入账，造成固定资产损失。同时，还存在对于维修后仍可发挥作用的固定资产不修复而是按报废处理，对于未到报废期限的固定资产提前报废，使用单位接受捐赠的资产不经管理部门登记，或管理部门已估价建账而财务部门没有同步建账，以及学校机构变动或管理人员调离时，不及时办理固定资产移交等问题。
（三）未能及时清查固定资产
有些高校从未根据国家相关政策和实际需要，有效地执行资产的定期盘查制度，也没有开展过固定资产的全面清查，致使高校资产家底不清，更无法谈及资产使用的合理和有效，固定资产管理处于无序状态。由于缺乏对资产的总体监管，高校中资产利用率令人堪忧。据调查，不少高校存在着设备大量闲置（高达20%）的情况，设备和设施未能充分利用，许多院校教室的利用率低至47%，而实验室的利用率也只有62%。高校各部门利用自身的优势和条件广开财源，同时又利用取得的部分收入购置资产，这些资产有很大一部分在账外循环，固定资产流失严重。近年出现的“一校多区型”高校，由于校区多，而且有的处于初创期间，忽视了及时对现有固定资产的清理合并，账务上也没有及时处理，造成了账物不符和账账不符，使不少资产游离于账外，形成了流失隐患。
五、制度缺失，方法落后
《事业单位国有资产管理暂行办法》是目前事业单位管理中可见的最高层次的资产管理法规。此前，《高等学校财务管理制度》、《高等学校会计制度》在部分章节也涉及高校固定资产管理问题，但是零零星星，极不系统，原有的固定资产管理制度已经不能满足实际的管理需求。
（一）缺乏有效统一的监督与管理
例如在资产配置环节没有必要的审批控制；在资产使用环节没有明确、有效的调剂办法和监督制度；在资产处置环节没有法定的统一处置程序和处置方式。目前许多高校的固定资产管理数十年如一日采用多个部门分头管理的办法，而没有专门的机构和人员实施管理。如房屋部门管理房屋、家具，设备部门管理设备，图书馆管理图书杂志，财务部门负责固定资产价值核算等，由这些部门分别作为固定资产的归口管理部门，代表学校行使固定资产管理职责。同时，固定资产进入、使用和退出的各个环节没有置于有效的财务监督之下，有的交付使用在先，办理入账手续滞后，有的资产已经报废却未及时销账。另外，捐赠资产的相关原始单据不齐全，未及时办理调账手续，使账实不符的资产大量存在。
（二）固定资产管理制度执行不力
由于高校没有根据新形势和新情况的要求进行规章制度的修订、补充和完善，在实际工作中，出现了制度老化、执行不力的情况。在固定资产管理的各个环节，从资产的购置、验收、领用、使用到维护、处置，不按规章制度办事的现象较为普遍，大到房屋、汽车，小到办公桌椅等，账外资产数量很大，并且有逐年增加的趋势。高校固定资产管理工作常常处于僵化的被动的工作状态，相互扯皮、顾此失彼。例如，一方面公共资产管理松懈，另一方面高校内部各部门院系、教研室甚至个人又利用场地、设备、仪器等高校固定资产积极创收，不少院系脱离监管取得收入；土地作为国家划拨的重要资产，未在学校账面反映；房屋建筑物的固定资产产权性质和使用权属不明确，“谁拥有、谁受益”。
（三）管理手段落后造成资产核算不实
目前大多数高校利用计算机进行固定资产管理主要以统计功能为主，侧重于数据库管理而不是业务流程管理。日常管理中高校对固定资产不清查，实物管理部门与财务部门没有坚持进行经常性的对账，会计账面余额与台账余额一直不能相符。现行高校会计制度只核算实物资产原值，不按照实物资产原值和使用年限计提折旧，实物资产损耗价值得不到反映，上述种种直接造成了固定资产存量不明、家底不清。
六、浪费严重，效率低下
（一）重复购置造成浪费严重
大多数高校的固定资产实行部门管理、无偿使用的管理模式，缺乏统一调剂的积极性和可能性。同时由于高校大多实行二级财务核算体制，各院系都是单独的利益单位，资产一经形成就为单位或部门占有、使用，很难做到资产在全校范围内的资源共享。这样各部门、各院系片面追求“小而全”、“大而全”，盲目攀比，而不考虑自身的实际需要，都从自己使用方便出发，要求增加办公或教学用房，增加投资购置仪器设备，而购置后又得不到充分的利用。有的甚至将固定资产只用作摆设，搞“面子工程”，充当评估检查的“开路先锋”。这些做法导致资产重复购置现象普遍存在，造成了固定资产的严重浪费。
（二）无法共享使用造成效能低下
高校资产管理部门由于受管理水平制约，不能充分掌握全校的固定资产分布状况和使用动态，对长期闲置或利用率不高的设备心中无数，因此对各部门资产进行合理调剂实现资源共享也就无从谈起。世界银行的一项调查显示，我国部分高校教室、实验室的利用率只有60%；在教育部的统计中，全国高校有20%以上的仪器设备处于闲置状态，那些价格高昂的大型科研装备的利用率甚至不超过15%，有关部门在对北京中关村地区部分高校资产利用率的调查中，发现5万元以上的3690种大型仪器年开机率大多不到400小时，不开机的占40%以上。由于设备长期处于闲置状态，许多设备性能日趋老化，从而无法发挥其使用价值，资产的价值在闲置中流失，财政资金、社会资金的投资效益大打折扣。