但夜以继日的开矿仍然满足不了日本所需，1941年末，日军要求溥仪在“支援圣战”上，起到带头作用，溥仪被迫把自己的古玩、“皇后”和“妃子”的钗子，都交出来了。连“满洲国”伪皇宫中的铜吊灯、铜门环也被拆下，东北百姓家里的铜锅、铜碗、柜子上的铜宝角、柜门上的铜锁，都被日军掠走造兵器了。可仍然不够，后来连小铁块也刮走了。
由于溥仪的出庭，板垣的内心世界好像坍塌了，他的脸上不时带有一些渺茫的表情。当检察官讯问他时，因实在无法推脱，他便对抗性地回答：“不知道。”
他不知不觉变得有些恼羞成怒、气急败坏了，他那张大白脸，因急恼而发红的时候也增多了。
有一次，他又气急败坏了。当倪征指出他还想占领中国更多的土地时，他急赤白脸地就打断了倪征的话，质问道：“您是有什么根据吗？请您说清楚一些。”声音都变调了。结果倪征看着他，只说了一句话：“你不能向我提问。”他当即哑口无言了。
8月27日，溥仪继续出庭。板垣的辩护律师继续与溥仪对质，使出了吃奶的劲儿，想证明溥仪是因热衷追逐皇帝之位而与日本全面勾结的，并非出于板垣的压迫。
但是，还没有轮到溥仪不耐烦，庭长韦伯就不耐烦了。他不想在这个问题上磨洋工了，因此告诉板垣的辩护律师们，种种证词已经明白地表明了溥仪处于压迫之下，“继续对质，无济于事”。
但板垣的律师们还不死心，嚷嚷着对庭长韦伯说，“满洲国”每年都发给溥仪日金300万元，其中有80万元是溥仪的零花钱。“满洲国”还放出500万元的公债，溥仪光是收利息，就能收个15万元……
话还没说完，就被韦伯打断了。他实在受不了这种闲扯了。他再次郑重地说：“这个问题与溥仪是否为傀儡，毫无关系。”
溥仪的出庭，让板垣陷在了“满洲国”的问题中，无法自拔。但是，当法庭翻过“满洲国”这一节，就下一节的战俘问题对他进行讯问时，他像弹簧一样很快就恢复了原态，花言巧语又多了起来。
法庭收集的材料显示，自1945年4月板垣来到新加坡指挥第7方面军开始，直到日本全面投降，其间，板垣把大批俘虏和扣留人员都关进了各个收容所中，但却不闻不问，以致收容所的情况恶劣到了无法形容的地步。没有粮食、药品和医疗设备，仅是由营养不良而引发的疾病，就会在每一天夺去很多人的命。收容所里到处弥漫着死亡的气息。
检察官认为，板垣对这些俘虏和扣留人员的死亡，犯有不可推卸的直接责任，指控板垣违反了战争惯例。
板垣立刻进行了辩解。由于这些收容所分别位于新加坡、爪哇、苏门答腊、马来亚、安达曼、尼科巴群岛、婆罗洲等地，而他自己驻扎在新加坡，所以他说，他只指挥了新加坡收容所的行动，对于分布在其他地区的收容所，他没有直接指挥。
检察官早就料到板垣会如此抵赖，因此，他接上板垣的话说：“即便如此，你也有责任向这些收容所提供粮食、医疗用品、医疗设备。但实际上，你没有这么做。”
板垣说，他本来是想这么做的，但是，由于盟军总是猛烈地攻击日本船舶，使得日军运输物资受到了阻碍，因此，他无法提供给收容所所需物资。即便如此，他还是积极地给收容所东挪西借了一些物资。
按照板垣的说法，他该做的事情全都做了，他已经“仁至义尽”了。可是，检察官却不这样认为。因为盟军在战后视察日军储备库时发现，板垣的军队中还有大量的粮食和药品等物资，完全可以解救收容所里的战俘。
照理，板垣的辩解应该不攻自破了，可是，他竟然又有了新的辩词。他说，由于预料到这场战争会长期持续下去，所以，那些物资不能随便动用，要存储起来，以备后用。
对此，检察官说道，无论在什么情况下，给俘虏和扣留人员提供物资，都是法定的一种责任。即使板垣事先发现补给不能维持很长时间，按照战争法规，他仍然有义务把物资发放给收容所。他可以通告上级，或者与联合国取得联系，来解决这个问题。
板垣不肯罢休，仍在极尽所能不停地辩解，但检察官步步为营，他只得步步后退。在讯问与诡辩中，他对俘虏和扣留人员的虐待，已经昭然若揭。那种非人道的行为，使得法庭认定，他对于死于收容所的几千人，负有不可推卸的直接责任。
死亡倒计时
在对板垣所进行审判的整个过程中，为板垣辩护的证人，大都是他过去的部下。其中，为他个人进行辩护的证人有25个之多，其中包括他夫人的弟弟——关东军大佐大越；为他开脱中国事件的证人有23个之多，其中包括他的“狼狈之交”石原莞尔；为他脱罪的辩护律师也有4个之多，其中包括美国为他免费提供的美国律师。他们在为板垣辩护时，也像“争取正义”一样不遗余力。
为了答谢这些卖力气的辩护律师，也为了让他们更加卖力气，板垣的内弟大越四处筹钱，可惜无人肯慷慨解囊。
集资无果，大越和板垣商量着有无其他的办法，终于绞尽脑汁地想出了一个。一天上午，大越跑到街市上去，转了一大圈，买回来5本日本纸制成的《挥毫帖》。板垣拿到帖子，在上面写下了几首汉体诗，然后又发动其他甲级战犯，请大家都用毛笔写下自己的诗体感想。
帖子写好后，又交给了大越。大越把战犯们的诗歌都逐首欣赏了一遍。板垣因为从4岁开始就由祖父教读汉学，培养了较高的汉学素养，并练就了一手流利的中国书法，所以，大越指着他所写的一首关于他生平的诗歌，吹捧道：“汉诗功底非浅。”
板垣脸上的阴霾一扫而光，得意地笑起来，随即又故作谦虚地说：“不过是几行诗而已。”转过头，他把东条英机猛夸了一顿：“东条君也有高尚的气度，在审判时的陈述也很出色。”
大越捧着帖子走了。他取出3个帖子，把它们分别赠给了为板垣辩护的3位律师。由于帖子上留下的是罪大恶极的甲级战犯的笔墨，意义特殊，所以，律师们都收下了。
不过，即便是讨得了律师的欢心，板垣所犯下的恶行，仍然不能被抹煞。在大量的事实面前，律师们已经回天乏术了。
1948年11月8日，法庭宣称，板垣征四郎是第一个公开鼓吹以武力占领中国东北的日本军人，是侵略政策的制定者，是中国“九一八”事件之主犯，是“满洲国”和汪精卫政府这两个傀儡政权的策划者。板垣被起诉犯有“破坏和平罪”、“杀人罪”、“分裂中国”等10项战争罪行。
12日，板垣在法庭上听到了属于他的一句话：“远东国际军事法庭判处你绞刑。”
对于板垣的结局，曾为板垣辩护的两位部下嘀咕了好一阵子，他们觉得，可能是他们在作证时，把板垣说得太好了，好得太离谱了，所以才没人相信。他们讨论了半天，决定去见一下板垣的夫人喜久子，向她表示一下慰问。
见到了喜久子，两位部下用伤感的语调，说他们对于板垣之事感到由衷的抱歉。但喜久子好像并无太多感触，淡淡地说：“因为中国问题，板垣一开始就料到了这种结局。多谢二位费心。”此外，并无其他动情的表示。
喜久子的父亲在日本以严格的军事教育家著称，日俄战争时战死于沈阳，被日本誉为“军神”。不知道是不是因为这种家庭出身，使她养就了冷冰冰的坚硬性格。两位部下面面相觑，讪讪地起身告辞了。
板垣此刻却并不像他的夫人那样冷静。在被判处绞刑之前，他的狱中生活很“充实”，或许精神上很空虚，但至少时间上被安排得满满当当。他每天都要写日记，写关于中国事变的要点和杂记。当然，内容都是美日贱中，一个劲儿地维护日本的利益，一个劲儿地践踏中国的利益。此外，他还给后代写下了《致子女书》。
由于这个双手沾满血腥的人一向以修道者自居，所以，他还仔细阅读了许多佛学典籍，如《日莲上人遗文》，此外，还有20多册《法华经》，抽空他还要誊写《观音经》，日日忙得不可开交。
在阅读《法华经》时，板垣对巴里语（印度古语）写的释迦牟尼最后的举动，进行了反复的揣摩，觉得疑窦丛生，非常想请教巴里语大师。于是，他告知了他的内弟大越。这位像跑堂一样的大越赶忙出去打听，寻宝似的，总算在京都大学挖出了一位巴里语学者。在向他说明了情况后，这位学者同意与板垣通信，研讨巴里语的问题，当然，前提是得到了盟军总司令部的允许。此后，板垣好像更加沉醉于《法华经》了。
有一天，他正在看书，大越来访，劝告他，要多想想自己的事情。他好像猛然被唤醒了一般，怔怔地，过了好一会才说道：“这样，就能以很痛快的心情去死。”
尽管板垣对结局充满恐惧，可那时候毕竟还有许多事情可做，现在，在被判处绞刑后，情况就不一样了。当天晚上，他就被禁止随意地读书或者与学者通信了。日记也不能写了，因为他被美国宪兵单独关押起来了。
他被与其他战犯隔离了，除了教诲师花山信胜一人可以接触他，其他人一概不许接触。
昨日还在战犯们中间，今日就被隔绝起来了，板垣很难保持冷静，心中畏怯到了极点。
据花山的著作显示，板垣在被单独关押后的第6天，与花山会面了。
按照美军的要求，板垣和花山之间隔着大约3米远的距离。但死到临头，已经没有什么可挑剔的了。一见面，板垣就问花山，不举行葬礼可以吗？花山回答可以。
花山又问了一下单人牢房的情况，板垣说：“没有义齿，也没有眼镜，实在不方便。尽管如此，因为饮食方面都是美式食品，还没有影响吃饭……而且，从昨天开始又允许两个人为伴散步了。”
第二次会面是在4天后，即11月22日星期一，会见时间从下午1点30分到2点40分。
花山问板垣：“写点儿什么没有？”
板垣说：“在信上写过有关生死观。”
花山启发似的说：“那请您给我讲讲它的大概意思怎么样？”
板垣说：“我写了一些关于生命永存的问题。我想，即使我死去也能相传子孙后代，尽管我的躯体死了，但也会和大自然融合在一起，我深信生命是永恒的。回想起我的一生实为惭愧不止，我一生埋头于满洲与中国问题上，然而，中国的现状……”