土肥原虽然也“发芽”了，而且毒性很大，但他自打结束了在中国的特务工作回到东京后，曾于1943年出任过该职务，有经验，工作起来应该很顺手。
只有一个问题比较麻烦，那就是，土肥原现在正任教育总监一职，其职位要高于东部军司令官，所以，这种下迁，必须征得本人同意才行。
土肥原见大家都来征求他的意见，便做出一副大义凛然的样子说：“如果大家需要我上任，地位之高低，个人之荣辱，不是当前应该考虑的。”
妥了。大家都松了一口气，各自回家去了。
土肥原走马上任了，军中动荡的气氛，随着司令官的到来，渐渐稳定下来了。但是，形势依旧不容乐观，因为现在是畏罪自杀的高峰期。
9月12日，第一总军司令官杉山也自杀了。军中的气氛再次动荡起来，官兵们个个凄惶畏怯。
寻死倒是痛快，补缺却很费劲。内阁成员只得又去扒拉“土豆”，还是没有合适的，扒拉过来扒拉过去，最终又选中了土肥原。理由是，土肥原当前最“资深”，另外，即使选中别人，这个时候谁也不愿上前。
补一个也是补，补两个也是补，土肥原统统应了下来。不过，在这个位置上，他只待了一天。9月13日，盟军总司令麦克阿瑟就发出了逮捕他的命令。
麦克阿瑟正气不顺呢。他想着，一个犯下累累罪行的人，竟然如此一而再再而三地“荣任”高位，引得四海皆惊，让他这张脸往哪搁。
于是，麦克阿瑟指示横滨刑事拘留所，派日本警察将土肥原捉拿回来。
战后，对战犯的逮捕行动，原是由盟军宪兵来执行的，但日本内阁为了显示日本政府依旧存在，表示要由日本人自己的司法机构去逮捕战犯嫌疑人。裕仁天皇起初不同意，说，这些人都是忠诚于他的人，是忠诚于日本的人，他不忍心以自己的名义处置他们。但最终还是由日本警察去逮捕他们了，之后，再转交给美国宪兵。
在这件事上，麦克阿瑟是有疏忽的，他实在不应该把逮捕权交给日本警察，因为这给予了不少战犯从容自杀的机会，使他们逃避了审判。
麦克阿瑟还不恰当地表现了他的“人道”，在下达逮捕令后，他竟然还要给战犯几天自由的时间，让他们处理私人问题，之后，再自己走去监狱。罪大恶极的战犯们，就这样在亲戚朋友的目送下，提着行李走进监狱大门，情景就像火车站或轮船码头上的送别一样。这也罢了，问题是，就在这几天时间中，战犯们把重要证据和文件都毁掉了。
这种情况，还使一些战犯觉得自己罪孽不深。当盟军下令逮捕前外相松冈时，其子竟然堂而皇之地推辞说：“父亲因病卧床甚久，不能见客。”好像是请他去赴宴，而不是去坐牢。
虽然土肥原没有自杀，也没有称病推却，但因为是从日本人那里接到的逮捕令，被日本人恭敬地“逮捕”，不仅让他个人好受了许多，日本政府也感到很有面子。而这对于受日本伤害的国家和人民来说，却是不公的。
当横滨刑事所拘留的警察到来后，土肥原默默地走出了自己的办公室，去与各位大臣道别。在面辞东久迩宫亲王（裕仁天皇的叔叔）时，他声音低沉地问道：“亲王阁下，您有什么叮嘱吗？”
这位亲王一向视土肥原为亲信，他哭哭啼啼地说，他没能挽救土肥原的厄运，心里很悲怆，但事已至此，也只能如此了。
“为了日本的未来，为了裕仁天皇的今天，你要服从逮捕，担负起战争的罪责。”亲王说。
土肥原点了点头。他明白话里的含义，亲王是要他把天皇从战争罪责中洗脱出去。
短暂的告别后，土肥原被送到了巢鸭监狱。
到达监狱后，根据美国宪兵的指示，土肥原走进了为他准备的单人监室。其他战犯有的是3人同室，有的是6人同室，像住集体宿舍，而土肥原的单间就显得阔绰多了，房间长8.5英尺，宽5英尺，高10英尺，还备有书桌和卫生间。但土肥原并不高兴，还有些心神不宁，因为享受重要战犯的待遇就意味着，他犯下了比其他战犯更严重的罪行。
初期，牢房中的体验让土肥原感到很不踏实。狱中的灯，夜里也明晃晃地亮着，美国宪兵不停地来回走动，看到有人长久地保持一个姿势不动，他们就会敲打铁门，有时还打开门进来查看，以防有人自杀，或暗中捣鬼。早晨6点钟，他们拎着大串的钥匙，一路哗哗作响地走着，按序打开各个监室的门，用生硬的日语喊战犯们起床。
有意思的是，当土肥原的老搭档板垣征四郎被关进来后，美国宪兵每天早晨第一个喊的名字就是他！久而久之，板垣的名字，竟相当于闹铃了。
土肥原渐渐适应了巢鸭监狱的生活。不过，很多时候，他总是磨磨蹭蹭的。以前，日本人把他的磨蹭吹嘘为“沉稳”，而今成了战犯，美国宪兵把他的磨蹭视为“故意使性子”。
每天起床后，土肥原和其他战犯总要在美国宪兵的督促下洗漱、进餐、打扫卫生、做操。土肥原做什么都是敷衍的态度，打扫卫生时，总是马马虎虎的几下；到院子里做操时，也是应景一样动动腿、伸伸臂。他好像总在琢磨着什么阴谋。
其实，狱中的生活非常宽松。还没开审，一些战犯还没把牢底焐热乎，就被美军放出去了，俨如一次参观结束了。没有被释放的战犯，也可以和外界通信、联系、会面，甚至跑出去办事。那个高叫要偷袭珍珠港的前海相，就天天都跑出去，到明治神宫去参拜，几乎到了无法无天的地步。
1946年5月3日，土肥原在过了半年多的若有所思的生活后，和其他战犯一起被送到了远东国际军事法庭接受审判。
土肥原穿着西装，带着一副满不在乎的神态，走进了法庭。他看到内大臣木户像领队一样第一个走上了被告席之后，他也随后坐了过去。
被告席分两排，第一排中央位置坐着东条英机，土肥原紧挨着他坐在右手边，木户坐在东条的左手边，与东条隔着两个人。板垣征四郎和松井石根等，都坐在第二排。
静坐在那里，土肥原四处看了看。
法庭被布置成了四方形，被告席和法官席相对，两旁是记者席和盟国要员旁听席，也各自相对。4席中间，为检察官席。其他旁听者，都坐在二楼。这是第一天正式开审，二楼挤得没有一点儿空隙，旁听者多数为日本人，一些战犯的妻女也杂在其中。她们都经过了美国宪兵的检查，没有发现违禁品，才被放进来。
法官们陆续入席，土肥原猛然注意到，中国法官梅汝璈，坐在审判长以下的第一个位置上！谁都知道这是一个荣誉座位！
土肥原目不转睛地看着，他旁边的东条也很惊讶，两人直直地伸着脖子，好有一比。记者也注意到了，席上传来窃窃私语声。
这时，印度法官也步入就座了，战犯们又一齐望过去。土肥原的眼里似暗含轻蔑，其他战犯则毫不掩饰地投之以讥诮。
但无论是惊异还是轻蔑，诸多感受很快都消失了。由于案情复杂，牵涉过广，参战的国家不少，一些数据庞大而繁多，所以，缓慢的庭审进展犹如老牛拉车，日复一日，土肥原貌似打不起精神来了。
为了便于记者拍照，室内还安装了强烈灯光，很刺激眼睛。有几天，11位法官中有7人带着墨镜，战犯中有一人戴墨镜。其他人多数时间都在打瞌睡，板垣闭着眼睛，好像睡得还挺香。土肥原虽然未睡，但也不时闭目养神。25名战犯中，只有前陆相南次郎一个人在戴着耳机倾听，由于岁数很大，刚听完，就忘掉了一大半。
审判慢腾腾地被拉进了1946年春天。有一天，当68岁的前外相币原被问到出生年月日时，他竟然心不在焉地说：“我生于一九七二年。”法庭内顿时爆发出哄堂大笑，土肥原笑得合不拢嘴，东条的小身板更是笑得上下直哆嗦。可见，已不是一般的无聊倦怠了。
可是，虽然庭审的程序决定了审判进度的缓慢和枯燥，但这些犯下了不可饶恕罪行的人，不被尽快地施以公正的严惩，竟然还有大把时间如此安闲地度日，时不时还搞出点儿小笑话来，这对于那些幸存者和逝去的冤魂来说，难道不是更大的伤害吗？
对此，有记者提出了疑问，并认为操纵庭审的美国居心叵测。
土肥原把皇帝拐走了
1946年6月，法庭集中审理中国事件。
21日上午，法庭展示了画片戏《日本在战斗中》。画片戏，是一种大型连环图画。旁听席上，来自发达国家的旁听者觉得它很落后，来自不发达国家的旁听者觉得它很先进。
日本电影公司的职员出庭作证，说他们在日本陆军的命令下，制作了许多与《日本在战斗中》大同小异的画片戏，一部分是宣传中国贫困、动荡，需要拯救，而拯救中国，就是以“人道为本”的日本的义务；另一部分是宣传日本控制中国东北是完全“正当”和“正确”的，是日本的使命所归。
日本新闻影片制片人也出庭了，他供称，日本政府于1940年批准影片306部，其中110部都以黩武主义为题材，从1935年开始到战争结束，没有一部影片、一张报纸是自由的，都是制式影片、制式宣传，内容不仅涉及中国战场，还包括太平洋战场。拍摄爪哇战俘营的片子时，他们找了相貌较好的俘虏，让他们换上好衣服，化上妆，坐到日军司令部的大厨房里，坐到堆积如山的鱼肉食物前，表现俘虏生活很“幸福”。还把日军医院拍成俘虏的医院，用刺刀逼迫俘虏站在医学器械旁，表现日军的宽待条件，拍摄结束后，又都被剥下衣服，驱返回污秽不洁的茅屋里。
画片戏的放映，使沉闷的法庭中暂时不再有打瞌睡的人了。
但战犯们不关注爪哇，他们只关注中国。在整个东京审判中，只有中国问题能让他们戴上耳机，审理其他问题时，他们基本都充耳不闻。此刻，他们提心吊胆地睁大了双眼，竖起了耳朵，有人还悄悄偷窥庭长韦伯的表情，旋即又仰视天花板。
土肥原也一改漠不关心的态度，蓦地紧张和注意起来。尤其是当画片戏放过之后，中国检察官倪征罗列他在中国所犯下的罪行时，他听得聚精会神，一丝不苟。
倪征陈述的时间为1928年至1936年，这期间，恰是土肥原的特务活动最活跃的时期，他手里掐着一大把的特务和汉奸，不时甩出一批，不是伏炸张作霖，就是暗通汪精卫、刺杀吴佩孚，再就是挟持溥仪、与板垣共创“满洲国”。
有一些特务还被他甩到了内蒙古、大兴安岭的深山老林里去。有一次，他自己也钻到那老林子里，死性不改地笑眯眯鼓动德王自治：既然东北都“独立”了，内蒙古也“独立”吧；既然日本帮助满族人创立了“满洲国”，也会不辞辛劳地帮助蒙古人创立“蒙古国”。他左怂恿，右怂恿，德王半推半就半拿捏，也就应了。他竟然还过家家似的支持“蒙古国”和“满洲国”建立了外交关系，“两国”领导人德王和溥仪还进行了会见。他做梦都想在内蒙古建立特务组织，这下终于也如愿了。
不过，他觉得他最“辉煌”的成就，还是挟持溥仪出走一事，他就是因此而成为“满洲国”第一“开国功臣”的。
溥仪当时正落脚在天津“静园”，为了把这位皇帝先生偷偷地劫持到东北去，土肥原先是扔出了一颗烟幕弹——由特务田中和川岛芳子赶到上海闹事，焚烧公司，捣毁店铺，砸毁电车、公共汽车。这两个特务拿着2万元经费，下手凶狠，搅和得日本出动了军舰、飞机、装甲车和6000名陆战队员，夜袭了中国第19路军。这下，全世界的视线都被吸引到上海去了，再也没人顾得上看溥仪一眼了。
上海的街头乌烟瘴气，天津的“静园”悄然无声。土肥原“晋见”了溥仪，说，希望溥仪回到他的祖先发祥地东北，领导新国家。溥仪问他新国家是什么样的？土肥原说，是由宣统皇帝完全做主的独立国家。但溥仪更关心的是，他将如何做主，他想知道新国家是不是帝制，如果不是，他就不会去。土肥原当即哄骗道，当然是帝制。
为使溥仪及早离开天津，土肥原买通一帮流氓，每人发40元酬劳，命他们冒充张学良的部队袭击警察所、政府机关和公安局，日军则在一旁配合着开炮。同时，还制造许多恐吓信发给溥仪。他还安排许多“关心”溥仪的人不时给他打电话，说附近有张学良派来的恐怖分子，衣服里都藏刀掖枪，千万不要外出。一日，还有一个咖啡厅侍者前来向溥仪“忏悔”，说有人出钱要他刺杀皇帝大人。几天后，土肥原还暗中安排人给溥仪送去一个水果篮，待打开，里面竟有两颗炸弹。日军派人检验炸弹，说是出自张学良的兵工厂。在土肥原制造的阴谋下，张学良成了恐怖组织头子，把溥仪吓得魂不守舍，夜里直往床角躲。
土肥原的诡计得逞了。为了离开这个“是非之地”，一天深夜，在土肥原的安排下，溥仪下楼走到一辆等候在树下的汽车旁。几个静候者躬身迎过来，但没有打开车门，而是打开后备箱。溥仪没有任何犹豫，一下就钻了进去，滚成一团。尽管他是瘦弱的，可后备箱毕竟空间不大，他蜷缩其中，痛苦、局促、憋闷自不必说。
汽车神不知鬼不觉地驶出院落，不久后，来到一个码头。码头边上停靠着一艘日本商船。溥仪从后备箱里出来后，几个日本兵走过来，半护卫、半挟持，把他夹在中间搀上了日本商船。溥仪并不知道，这时，他与危险只有一步之遥，在离他几米远的地方，已被安放了一大桶汽油，如果他的行踪被中国军队发现的话，汽油就会被引爆，他将魂归于此。
十几天后，在土肥原的授意下，婉容皇后也被秘密带出“静园”，不过，她没有被塞在后备箱里，而是被装在棺材里，扮成了死人，由川岛芳子一路押送到东北（川岛芳子战后被判死刑，其财产，除了酌留家属的必需生活费外，全都被没收）。
溥仪问题引起了法庭的极大注意，当事人土肥原虽然明显紧张起来，但仍装腔作势地挺直了身体坐着。
1946年8月9日，中国事件仍然在审理中。一大早，工作人员就在法庭内悬挂了9幅巨大的中国地图，标明日本侵略中国的各个阶段，以及历年作战的情形。红色的标记表示被侵占的领土。土肥原仔细地注视着，上面赫然而见与他息息相关的“满洲国”、“蒙古国”。不知是不是心中有些战战兢兢，他的表情突然隐晦不定了，他一言不发。
土肥原听从了律师的劝告，认为“出庭申诉反而不利”，所以，他决定保持沉默，以免言多必失。
由于土肥原不为自己辩护，中国检察官倪征便向板垣进行讯问：“九一八事变后，你几次派土肥原去天津，是否与挟持溥仪有关？”
“无关。”板垣回答。他说土肥原是作为精通情报的人员去的天津，没有特殊任务。
倪征又向日本特务爱泽诚进行讯问。爱泽诚的说辞与板垣大同小异，说土肥原掌管的特务机关只负责收集情报，别无其他活动。但由于他总是没完没了地为土肥原表“忠厚”，倪征便拿出了土肥原特务机关的一份材料，反驳了“忠厚”之说。
这份材料是土肥原特务机关发给东京大本营邀功的，上面有一句话是：“华南人士一闻土肥原、板垣之名，有谈虎色变之慨，儿童莫敢出声。”可见土肥原残害中国人之深。
然而，土肥原的美国律师沃伦却突然站出来，否定了这份材料，他说：“‘谈虎色变’，这是在谈老虎，与本案无关。”
有讥诮的笑声响了起来，土肥原也不自觉地去看沃伦。倪征只好停下来为沃伦解释这个成语。