其实，土肥原的毒辣不仅为中国人所知（中国人称其为“土匪原”），而且，日本人也认为他毫无道德。1940年，当他担任日本陆军士官学校校长一职时，学生们都很排斥他，觉得他外表和蔼可亲，内里却凶残狡诈。
在法庭上，被倪征讯问的人，还有桑岛。桑岛是当年驻天津的总领事。倪征等人从日本外务省查获了一些秘密档案，内容显示，当年，桑岛并不同意拐带皇帝，力劝了土肥原好几次，并向外相告了状，说土肥原如何不听劝。
倪征让桑岛解释一下这项内容。桑岛斟酌了一下，支支吾吾地说：“外相的意见是，当时还不是让溥仪出现在满洲的最佳时机。”弦外之音是，东京大本营也想把皇帝拐出来，只是不希望像土肥原那样嘴尖舌快太心急，可以再稍微等等。
随着倪征讯问的人越来越多，拿出的材料也越来越多，土肥原烦躁起来。那一摞一摞摆在倪征面前的文件，就像一块一块的砖，垛在他心里，垛成了一堵墙，憋得他胸闷气短，很压抑。他最担心有8页纸会被倪征突然从哪摞文件中抽出来，设若如此，他只能等死了。
那8张纸，是粗糙的陆军省信笺，1943年12月27日，为了给军官们进行谋略训练，他将溥仪之事简略写了一遍，其中有这样的句子：“目的是要在天津闹事，准备在华北闹得天翻地覆，并趁着慌乱把溥仪带走……当时天津驻屯军只有一个大队左右，因此我们动员了警察。我们趁警戒溥仪公馆的警察因天津事件出去时，把溥仪带出来送上了‘淡路丸’号日本商船。”
这几张纸上还有更要命的一句话：“外相曾说，如果溥仪想逃跑，可以把他杀掉。”
那8张纸到底在不在这个戴着眼镜的中国检察官手里呢？土肥原寻思着。在从容沉静的外表下，他的心里已是锣鼓喧天、狂嚣扑腾。
不过，他空自紧张了一番，最后发现走了狗屎运，倪征手里并没有那几张纸。
这8张纸其实还在日本人手里。负责保管这份记录的那个日本人被这几张纸折磨得差点儿掉了魂。它好像是他的器官，是他的命，时刻都得贴身携带，他闭上眼睛就梦见有人抢纸来了、抢命来了。为了避免被发现，他疑神疑鬼，心里火烧火燎，最后，自己都受不了自己了，干脆申请还回中国去，去当志愿者，帮助遣返日本侨民。乘船时，他特意把8张纸都放到胸口的位置，并决定，一旦遭遇不测，立刻把纸扔到海里去，或者扯碎了咽到肚子里去。但没人注意他，是他自己心里有鬼。他一直保管到1977年，人也老了，诸事意思也不大了，他才把这几张让他惊魂了30多年的纸公诸于世了。
惊魂的8张纸没有在法庭上出现，这让土肥原暗中松了一口气。然而，没几天，在8月16日，土肥原到了法庭上，心又骤然沉了下来，脸色也登时大变。
不是纸来了，是人来了！被他挟持的皇帝来了！
上午11点25分，溥仪穿着深蓝色的笔挺西装，戴着玳瑁边眼镜，自若而又矜持地步入了法庭。当日有记者评价溥仪，不大像皇帝，倒很像商界成功人士。
溥仪进来时，美国宪兵侍立在两侧，警戒的情形比平常庄重严肃。旁听席上一阵骚动，各国记者争相拍照，你推我挤，互不相让，大有想操家伙打起来的架式。9名苏联记者也抢得欢实，不过，他们更像间谍，总在察言观色。
溥仪此时是苏联的在押犯人，这次前来作证，除了拍照外，苏联禁止任何人跟他说话。
对溥仪进行讯问的人，是首席检察官季楠。记者们捕捉到一个细节：这位美国人每次讯问时，都要意味深长地先看战犯们一眼，然后才发问。土肥原的脸色极不好看。
面对季楠的讯问，溥仪表情严肃、语言爽利地说：“1931年9月18日，日军强占东三省，我寓居天津，身边怪事迭出。一日，有人送来果篮，内藏炸弹……土肥原将我骗离了天津……”
溥仪说话的时候，大概是为了突出土肥原的罪恶之深，他不停地做手势，不停地用脚踏地，还不停地扇着扇子，尽管天气很凉爽。为接近播音器，他将身体尽量向前俯去。
由于溥仪英文很好，所以，当译员把他的话翻译成英语时，他不时地给予提醒、指示。他大概不知道，这位译员是临时替补的，原来的译员认为溥仪是汉奸，所以拒绝为他翻译。但溥仪已经顾不得这些了，他不是为了辩解汉奸而来，而是为了控诉。
溥仪对土肥原的控诉，字字皆血泪，深深地打动了法官和旁听者，但这依然不能安慰其心。
溥仪深悔自己相信了土肥原的话。他第一次见土肥原时，因为听到西方报纸称他为“东方的劳伦斯”，对他还有些戒备，可是，很快就被蒙骗住了。土肥原永远对他露着谦恭顺从、温和尊敬的笑意，永远表现出一副敦厚诚实、体贴周到的好心肠，永远推心置腹地袒露着诚心诚意，显得那样诚恳亲切。他没看出一丝虚假来，相反倒觉得，这是一个通晓人情事理的人，这样的人说的话，没有一句是靠不住的。他一点也没有想到，这正是土肥原最可怕的手段。土肥原一向宣称，阴谋只是一种技术，使用越少越好，炮制诚心才是最大的谋略。正是因为这一点，他这个皇帝才相信了这个特务，才被绊了个大跟头。“我恨他恨得要死。”土肥原死后很多年，他还在这样说。
溥仪作证期间，土肥原如堕炼狱。尽管溥仪出庭8天，实际控诉只有2天，剩下的时间，都花费在翻译上（中文要翻译成英文，还要翻译成日文，各国语言还要沟通、核对），但就是这2天的证词，就够土肥原傻眼的了，够让他原形毕露的了。
土肥原发起的鸦片战争
中国人深受土肥原贤二之害，其苦，其痛，其恨，只有中国人自己才能明白。所以，中国的几位法官和检察官加紧工作，不断提出新指控。
1946年9月3日，法庭出示了一些档案照片，照片由美国财政部提供，照片上的情形，再现了日本人在中国生产、贩运、鼓励种植鸦片的历史片段。
9月4日，又出示了“满洲国”内务部的一份报告，上面有一串惊心的数据：3000万居民中，约有900多万人经常吸鸦片，这900多万吸毒者中，70%都是不满30岁的年轻人！每年花在毒品上的钱就有8000万元，日本人运销毒品，可获利6倍。“满洲国”和日本政府的国库中，每年都有5亿美元的入账，东条内阁把钱拿出来，作为秘密补助金、津贴费分发了。
由于“满洲国”缺少生产麻醉品的原料，日本内阁还特别准许从朝鲜向“满洲国”运送鸦片半成品。光是1939年，就运送了80吨。
中国的土地上骤然多了许多从事贸易的人，有军人，也有民间人士。星罗棋布的烟馆也建起来了，而所有的烟馆，都是土肥原的谍报点。
有许多日本人和朝鲜人开设了妓院，以女子吸引中国人前来吸毒。仅福州一地，有营业执照的正规烟馆就有329家，还有2000多家没有领证的“黑户”。在福州的商业中心，烟馆还挂着广告：“本馆上层正开，鸦片味美价廉，敬请顾客品尝。”有的广告很现代：“最佳波斯鸦片，经由专家制作，漂亮女佣侍奉。”
典当铺中，也经营着毒品这个副业。一些可怜的吸毒者，就在铺子里扒下衣物，以换取毒品。每天，街头巷尾都有因烟瘾发作而死亡的人，另有吸毒者会剥走死者的衣服，再往典当铺换鸦片。
在威逼或引诱中国人吸食毒品时，日本政府却铁面禁止日本人碰鸦片。如果在烟馆里发现了日本人，就会将其赶走，有时甚至毒打一顿，让他长记性，馆主也会受到训斥和惩罚。
日本人在中国建立了收购鸦片的机构，每一亩罂粟，中国人都要向收购代理人出售100两鸦片半成品，如若违反，必将厉罚。很多种植罂粟的中国人因为未能完成任务，在鸦片中掺杂了其他物质充数，发现后都被凄惨地杀死。
驻扎在沈阳的美国总领事发给美国的一份报告显示，1939年，日本人收购的鸦片价值4347万日元。这意味着，“满洲国”的每一个人，无论男女老幼，这一年都要从自己原本就捉襟见肘的生活费中，为鸦片支出3日元。
制造了如此多的毒品，日本并未如实向国际联盟报告。1946年9月25日，一份日本政府的秘密档案被法庭公布：日本从1931年到1939年，一共制造了611万多公斤的毒品，但上报给国联的数字，却是1033公斤，相差6000倍！
根据这些资料，中国检察官又进行了查证，并讯问了证人，最终认定，发动“鸦片战争”的人就是土肥原！
土肥原把最上乘的战争策略，归结为“不战而屈人之兵”，因而他主张要在中国进行不流血的战争，即“鸦片战争”。这个主张是很阴险的，因为战争是发生在烟馆里，是接受“服务”，是“享受”，而不是被关东军的枪炮攻击。死亡的过程很缓慢，又不鲜血淋漓，或死于家中，或死于烟馆，都事关自己的意志力，表面上“和日本无关”。另外，毒品可以瓦解对方的斗志，还可以使自己获得大量收入，支持长期战争。有确凿证据表明，土肥原的方案很快就被日本政府喜出望外地接受了，并被作为征服中国计划的一部分。为了配合这项“国策”，日军在中国每占领一个地区，都会把该地区“鸦片化”。
但是，面对指控，土肥原继续奉行律师劝告他的“沉默是金”的原则，依然不为自己辩护。在两年多的庭审过程中，他的声音一共只响起过一次，也只有几句话，几乎马上就分解在了空气中，消失得无影无踪了。几乎全部的时间里，他都这样缄口不语，嘴上像贴了封条。
他不说话，有人替他说话。律师们是干什么吃的？他们就是靠说话过活的，说话就是他们生存的工具，操作起来，有的是专业术语，有的是空子可钻，有的是糊弄人的把戏。
土肥原的一个部下说，美国宪兵曾去土肥原家里进行搜查，以为他家的仓库里储藏着中国的玉器珠宝和金银。孰料土肥原家人已经搬离官邸，住到两间租来的小屋子里，不仅日子过得非常清贫，连请律师的钱都筹不出来。但实际上，土肥原延请的律师不仅数量居冠，而且都是法律权威，阵容非一般可比。
再说，就算土肥原没钱延请律师，也不要紧，哪里有事就出现在哪里的美国，已经把免费律师准备得足足的了。美国提供给土肥原的免费律师沃伦，以令人憎恨的敬业精神，玩命地攻击揭露土肥原主张“鸦片战争”的证人，把证人问得气都要喘不上来了。
可是，就算是把证人问得心衰了，脑瘫了，气死了，奈何铁证如山，土肥原还是和鸦片脱不了干系。
法庭认定，鸦片是土肥原“准备侵略并配合侵略中国的武器，违背了日本签署禁止麻醉品的国际公约后所承担的责任”。
花招
鸦片问题的审判告一段落后，眼看罪状越来越多，许多责任都无法推卸，土肥原的辩护律师们决定垂死挣扎，寻找一个缓冲的办法。
土肥原的律师好像比其他战犯的律师更诡计多端，小伎俩、小花招层出不穷，但凡有缝隙可钻，立刻想着如何能把脑袋削尖了。
现在，他们注意到了一个问题，因证人成百上千，多不胜数，各自分散在世界各地，有的还蹲着监狱，有的则是健康受损的战俘，他们很难出庭作证，即便以地老天荒的耐心等到他们一一出庭，那时候，估计也不用审判了，战犯们都老死了。因此，法庭规定，证人需要出示书面证言。即使证人可以亲自出庭，也要出示书面证言，因为这样可以节省时间，还可以减少因语言障碍而引起的困难。而美国证人、英国证人或受过高等教育精通英语者，他们可以不用出示，直接口述就可以了。
对于这个问题，为土肥原辩护的律师们先是强烈反对，要求证人不能随便涂涂鸦就算了事，一定要亲自到庭，否则就是不公正的。并因此与法庭发生了激烈的辩论，不断地向庭长韦伯提出质问。韦伯说：“如果这样的话，我们可能需要将全世界的交通都停下来，而专门来运送一切证人。”
起初，土肥原的律师们不服，还是一味指责法庭剥夺他们盘询证人的机会，但他们很快就发现了这其中的漏洞，并意识到，这是个好事！他们完全可以利用书面证言来拖延审判时间，从而洗脱战犯的罪行，即使不能脱罪，也可以赖了吧唧多活一段时间。死到临头，延长一分钟，就多赚一分钟，律师是最会算账的了。
许多证人的证言都像写长篇小说似的，光是读下来，就需要几个小时。战犯们自己也要写证言，有几个战犯的证言已经长到登峰造极的地步，需要几天的时间才能读完。最著名的要数东条和木户的证言，东条的证言长达285页，读了3天，直读得嘴巴都痉挛了。木户的证言长达201页，还好，读了2天。
土肥原的美国律师们注意到了这个问题，雀跃欢喜，开始在书面证言上大做文章，不断地提交证据，把文件写成了连环套，使得本来就枯燥繁复的庭审，这下更加让人疲惫不堪了。
土肥原和他的律师们一心一意指望着，法官们的注意力和精神头，也会在疲惫中被分散，从而将某些对他来说很致命的事件，不知不觉地放过去。即便有人存在疑问，可是，庭审记录长达几百卷，共有几十万页，谁会在这文字的沧海中，再找出那一粟米粒大小的疑问来呢？
为了使法庭更深地陷入一场旷日持久的审判，土肥原和他的律师们使出了许多阴暗的手段。
土肥原这厢在提供书面证言时，其他战犯也没闲着，为了活命，为了推卸责任，他们一个比一个踊跃，在大约300天的时间里，提交给法庭的书面证言堆成了山，速记记录共2万多页。
最终，共有1600多份书面证言被提交，有524个证人被传唤。土肥原等人的辩护律师们在最后发言时，竟然毫无惭色、慷慨激昂地持续了31天，速记记录长达6000多页。法庭公诉方的发言也不短，持续了14天，速记记录长达3000多页。
这让土肥原心里乐开了花。因为他一个人拖法庭的后腿，毕竟作用太小，大家一起拖后腿，才更有力量，才能更有效地延长时间。
依靠这种方法，土肥原等人一直从1946年成功地拖到了1947年。不过，挨到了1947年4月27日，没等法庭不耐烦，各个战胜国的人民就不耐烦了。他们冲着法庭发起了脾气。