在雨花台，又有2万多人被杀。在中华门，则有10多万人被杀。东京《朝日新闻》的随军记者铃木二郎记录道，中国人被强迫在25米高的城墙上排成一列，日本兵则端着插上刺刀的步枪，齐声大吼，冲着向他们的胸部或腰部刺去。只见飞溅的血雨喷向半空，阴森的气氛使人汗毛直竖，浑身战栗。马路上到处都是四肢断折的尸体，战车毫不留情地从尸体上碾过。
由于过于惨烈，连日本《读卖新闻》的摄影记者也看不下去了，跑去制止暴虐行径，说很多人都只是普通的百姓。但野蛮的屠杀仍在继续，而且，有增无减。
百姓都被无故残杀，遑论战俘。
杀人是率性的，随意的，心血来潮式的，甚至是“娱乐”式的。日军第13师团山田支队的斋藤次郎在日记中写道，他们在俘虏了一名中国士兵后，一个日本军官想试试军刀的锋利程度，便让中国士兵跑到田里，自己又从后面追上，将其天灵盖劈成两半。这一幕，斋藤一生未忘，因为“在近乎满月的月光下追杀的样子，与在内地电影上看到的有同样感觉”。
中国士兵原以为，日军会遵守国际法中规定的对待战俘的方式，但日军在以欺骗的方式纳降了中国士兵后，非但没有遵守国际法，反而大肆杀害。
据日军士兵东史郎（曾参与南京大屠杀，后揭露真相，并向中国人民忏悔谢罪）记载，他在入城后，曾和其他士兵步行了大约10公里路去接收中国战俘。夜色飘落到树杈上时，他们听到一片蛙鸣样乱哄哄的声音。在那片嘈杂的黑暗中，又渐渐看清了有一片香烟头在忽明忽暗地闪烁。
“那是一种十分壮观的景象，7000名战俘缩在一个地方，聚集在夜空中悬挂在枯枝上摇晃的两面白旗之下。”东史郎描述道。
战俘们已经衣衫褴褛，蓝色棉布军装和帽子勉强蔽体，军容杂乱。有人在头上裹着毯子，疲惫地睡在嚣杂中；有人拎着粗布口袋，像是要去工地；有人背着蒲团，随时准备打坐。他们的人数远远超过了日军，可他们还是耐心温顺地依照日军的安排，组成了4个纵队，花了很长时间等着被带到他们不知道的地方去，一点儿也不抵抗。
东史郎说，他当时的心中产生了鄙视。
东史郎原本从小学起，就被灌输了蔑视和仇恨中国的侵略思想——教师通过教科书来宣传侵略中国的战争，当有学生不敢解剖青蛙时，老师便猛弹学生的脑袋，训斥道：“消灭一只没用的青蛙有什么可哭的？你长大了还要杀死一百口、两百口支那猪呢！”这种病态教育，早已沁入东史郎的骨髓，他认为，“一头猪比一个人（中国人）更值钱，因为猪肉能吃”。在这种情况下，当他看到中国官兵如此疲怠散漫时，更加深了轻蔑的心理。
其他日本兵也这样想着，出于这种不敬心理，他们没有给战俘提供食物。战俘们都饿着肚子，走过田垄时，拔了地头的草咽下去。在饿了两三天后，12月16日，他们又被带到了长江边。
这天黄昏，驻扎在长江边上的日本山田支队，突然接到紧急命令：把战俘带到江岸射杀。原因是，战俘一天需要100袋粮食，太过于奢侈浪费。
山田支队有2处执行集体屠杀的场所——南京大屠杀中，共有48处以上集体屠杀地点。整个杀戮过程都是“流水线作业”，先由一部分日军实施枪杀，由一部分人护卫，之后，再由一部分人“检验”干净。
第19联队的伍长近藤荣四郎参与了“检验”处理，他在这天的日记里写道：“残余未死者以刺刀刺杀。十四的月亮挂在山顶上。在皎洁清幽的月光下，临死者痛苦的呻吟声真是无比凄惨。如若不是在战场上，是见不到这种景象的。这番场景终生难忘。”
上等兵黑须忠信写道：“登上堆成山的死人身上去突刺时的心情，就是要拿出压倒魔鬼的勇气，用足了力气去突刺。支那兵在呜咽呻吟，既有年长的，也有小孩，一个不留统统杀死，并试着用刀把头砍下来。这真是从来没有的稀罕事……回来时已晚上八时，手腕相当疲劳了。”
山田支队的这些士兵都是新近补充的。虽然唐生智已经撤离，但留在南京的一些中国军民还在顽强抵抗，促使山田支队兵力大减，急速补充了4次。所以，士兵大都是第一次上战场的日本少年或年轻人，对于屠杀，有着比较真实的感受。
每一分钟都在屠杀，每一分钟都在强奸。
在南京一个城门处，有一位化装成男性的女子，被日本兵强行搜身。因为日本兵的爪子要伸进衣服，伸到下身去，所以，被发现了真实性别，当即被轮奸。一个和尚不巧从旁走过，被日本兵“惊喜”地捉住，想要观看他与刚被轮奸过的女子性交。和尚终生禁欲，坚决反抗，日本兵便剥下其僧服，把他的生殖器割下来耍玩，和尚流血不止，最终死去。
怀着邪恶的心理，日本兵还想观看中国男人与雪地上的女尸性交，或者围观男子间的性行为，还逼迫男子做出各种性动作。反抗者皆被打死。
德国一名外交官亲眼所见，一群日本兵想要围观一个儿子奸污自己的母亲，遭到拒绝后，立刻枪杀了这个儿子。
还有一大家子的遭遇，也异常惨烈。他们在渡江时，遭遇日军拦截，当日本兵看到船上有年轻妇人和小女孩时，立刻兽性大发，要求她们的父母和丈夫立在一旁，观看他们的强奸。之后，日本兵命令这家年纪最长的爷爷奸污她们。一家人毅然跳江，淹没在了滚滚波涛中。
12月17日，大屠杀、大强暴的旋涡仍在飞速转动，只是因为这日松井石根要入城参加阅兵式，所以，日军把松井即将经过的道路清理了出来，死尸和垃圾都装车运走，地面和喷溅上鲜血的树木也都用水冲洗过了。
当松井骑着栗色的高大军马出现在平坦的道路上时，血腥气和恶臭味虽然还很浓重——它们从石缝里汩汩地冒出来，从树枝间呼呼地蒸腾着，从每一根草茎里、每一堆积雪中、每一个屋檐下翻滚而出——但至少腐烂的尸体是看不见了。看见的只有上万名日本兵的夹道欢迎。松井俨然胜者，腆肚挺胸，昂扬地穿过了欢呼叫喊的日本兵，向南京南部的大都会饭店开去。那里，正有一个盛大的宴会等待着他。
在隆重的仪式结束后，在胡吃海塞的晚宴结束后，松井把参谋们都召集起来，严肃地下达命令道：没必要驻扎在城里的部队，都转移到城外去。
他觉察到了恶行。
然而，就在他说这句话的时候，还是有无数妇女的哭喊声正在此起彼伏，在江边，山田支队还是杀人杀到手软。
山田支队这日有“清空”1.4万多战俘的任务。这些战俘是日军在青龙山、幕府山一带接收的。日军的人手不足以控制他们，因此，日军诓骗说，出于安全防范的考虑，要反绑他们。中国士兵生性淳厚，表示接受，主动把双手背到后面去。如此方便捆绑，日军还是从早晨绑到下午3点多钟，方才喘口气。
下午4点多，日军把密密麻麻的战俘赶到江边。然后，站在寒气里等着。战俘不知道在等什么，以为是要渡江，可又不见船只，心里自是疑惑，但依然乖顺。1万多人中若有一人反抗、追问，若有一人知道只是在等天黑，或许就会引发骚动，结局就会改变。然而，在3个多小时的等待中，没有一个人站出来。
天完全黑下来，江面变得模糊了，战俘们的身影也模糊了。在无边无际的黑幕下，他们不知不觉被包围在一个半月形的河道中——扫射就这样开始了。
一位名叫远藤高明的日军少尉，白天去参加了欢迎松井的阅兵式，练了一天站姿。晚上5点30分回营，被命令去枪杀战俘。杀了一通跑回来，觉得快散架了，把自己扔到榻上死睡。但在凌晨1点钟又被叫起来，继续去杀“处刑不完全的战俘”。他拖着身子晃晃荡荡又爬起来，一头浸到冰冷的夜色中，在死尸堆上攀爬着乱刺。凌晨3点忽然下起了雪，冻入骨髓，在风雪中仍继续“整理”，直到早晨8点30分方毕。蜷着身子趔趄回了营地，他被哄傻子似的配给了一个苹果。大概相当于夜班费。
对于这次黑夜中的半月形屠杀，日军好像记忆深刻，很多人都在日记中有所记述。有人写道，战俘“就像露水一样消失在扬子江里了”。还有人写道：“大家都认为将其消灭是件新奇的事。”
此前，日军屠杀战俘，都是先砍掉第一排人的脑袋，然后逼迫第二排的人在他们的脑袋被砍掉之前，将第一排人的尸体扔进江里。但他们不满意这种方法，觉得速度太慢，让人倦怠，从早到晚轮着班不停地杀，也只能杀掉2000人。所以，他们选择了半月形扫射这种方式，觉得很“快意”，又很“省事”。
18日，松井正在南京城里享受战果时，山田支队在他眼皮子底下又把士兵们放出去处理尸体了。
江岸上，尸体堆叠如山，日军将其浇上汽油焚烧，一种异样的臭味浓重地弥漫开来。整个师团都在冷风中点火焚尸，到19日下午2点还没烧干净。因怕“浪费珍贵的汽油”，未等骸骨化为灰烬，就撤回来了，一堆堆半焦的骨骼更加令人毛骨悚然。
外国记者们深为震撼，他们对坐镇在南京的松井感到十分的不理解，连连逼问何以至此。松井却做出懵懂的样子，说他不知道发生了什么事，他什么都没看到。
如此大规模的残害，想不知道都是不可能的，所以，记者们依然追问不休。逼急了，松井说道：“我本人对人民遇到的灾难感到遗憾，但是军队必须继续前进，除非中国政府幡然悔悟。”好像如此惨烈的后果，罪不在他的纵使，而在中国人“愚顽不化”。
可是，待记者离开后，他又这样告诉他的一个参谋：“我们无意中给这座城市留下极坏的印象。当我想到这两个国家的未来的时候，我不得不感到非常沮丧。我十分孤独，对这次胜利永远不会再有欣喜情绪。”
可能是受了记者们的无名气，这天晚上，松井把300多名军官都叫了来，把火都撒了出去。他严厉地指责了日军的胡作非为，脸上就像焊了块破铁板。众人都目瞪口呆地看着他，因为被他严厉训斥的人当中，有一位是天皇的叔叔朝香宫。
这不相当于在骂天皇嘛。有一位日本记者好不容易合拢了惊讶的嘴巴，翕动着嘴唇嘀咕着。
但奇怪的是，屠杀和强奸一刻也没有停止。
12月20日，松井离开南京，乘坐驱逐舰回到上海。
在上海，他会见了美国《纽约时报》的记者，记者仍然就南京暴行追问不已。或许是烦倦了，他冷不丁地说：“日本军队很可能是今天世界上最无纪律的一支部队。”
不过，当美国记者问他如何无纪律时，他或许又感觉失了言，后悔了，马上说他不知道，他只是感觉有些事情可能出现了失误。至于何种失误，他绝口不答。
尽管记者的咄咄逼人让松井很扫兴，但毕竟无关他的人生“宏旨”，让他乐呵的事多着呢。在日本本土，举国上下正在为他欢庆。
地震没把房顶掀翻，欢腾却差点把房子倒了个儿。一个具有地域风情的南京面条餐，出现在了东京街头。全国的儿童几乎都去游行了，他们兔子一样蹦跶到夜色里，提着圆溜溜的烛光灯笼，咧嘴笑着，祝贺松井获得的“旷古之大战果”。冷风从豁牙里灌进去，呛得直咳嗽，孩子们的笑脸冻得有些抽巴。
但抽巴点儿又有什么关系呢？重要的是，松井已然成为了日本人心中的“大英雄”。松井扬扬自得起来。
为了大肆掠夺当地资源，松井很快又命人列出一份单子，上面罗列出各种物资的名称，然后，依表抢劫。
这种在大庭广众之下、有计划的、一卡车一卡车的劫掠，使得日军的库房很快告急，大堆罕见的玉器瓷器、金石书画、碑帖墨迹和金银珠宝，塞得满满当当。有一个大厅中，仅钢琴就摆了200多架。
为了弥补日本国土小、资源少的缺憾，煤炭、钢铁等物资也一卡车一卡车地被拉到库房去。连寺庙的大铁钟、大铁鼎，都给卸了。日本人还不满足，又去拆桥上的铁栏、商店的铁门、发电厂的铁锅炉、自来水厂的铁管……举凡带“铁”的，日本兵都一边抹着口水，一边嘁哩喀喳地给拆了。分类肢解后，都堆到码头上。12月下旬，松井命人将其从海路运回了日本。
松井志得意满，唯一让他感到美中不足的是，外国记者们太难缠。《纽约时报》的蒂尔曼？德丁、《芝加哥每日新闻》的阿奇博尔德？斯蒂尔和美联社的耶茨？麦克丹尼尔，简直就是3个“刺头”，每天眼睛瞪得贼亮，若多看他们几眼，感觉自己走路都打滑。当然，心里虚，脚底也就不稳。
松井的不快是有理由的，这3位记者通过他们公正的文字和照片，成为了当时最能影响世界的3个媒体工作者。他们见证了黑暗，揭露了黑暗。德丁后来在杂志上写道，他曾见到一名手无寸铁的中国士兵遭到残害，躺在人行道上，下巴已经没有了。看见他过去，向他伸出了手。他赶紧握住，但他不知道该如何帮助这个士兵：“所以我，简直有点蠢，决定要有所表示。我把一张5美元的纸币放在他手中。显然，这对他毫无用处。但是，当时我不知从哪里冒出一股冲动，一定要为他做点什么。他只剩下最后一口气了。”
在记者们的努力下，世界各国纷纷向日本发出谴责之声。日本政府在与日俱增的压力下，把松井召回日本去了。松井的80多个主要部下，也被撤离了中国战场。
松井虽然习惯了猫在血腥中，但也因为“我的人办了一些很错误、很让人感到遗憾的事情”而感到不当吧，所以，在回国前，他立言说，他将削发为僧，以示忏悔。
实际上，他并没有出家，回到日本后，他只是在他的老家热海，选了个山头，搭了个忏悔祠堂。堂内设有一尊观世音像，佛身由两种泥土混合所塑，一种是取自日本当地的泥土，一种是取自中国南京长江岸边的泥土。
他自己也没有去诵经，而是雇了一个不相干的尼姑，在观音像前哀悼。尼姑压根都不知道她所哀悼的中国亡灵是何许人也，长甚模样，因何而亡。尼姑只是因为松井是她的“老板”，她是他的“员工”，所以，她只是在做她熟悉的念经工作。
松井此举无疑是糊弄鬼神，但也反映出，松井深知南京暴行的恶劣和难赦的罪责，他更深知，这与他未能控制局面、未能正确行使指挥权有关。
松井是中国的罪人，却是日本的“功臣”。他在各国的抗议声中打道回国后，没有受到任何惩罚，1940年裕仁天皇还特别表彰了他在侵华战争中的“功勋”。1944年，他担任“大东亚开发公司”总裁，又对中国进行了经济掠夺。每日迎来送往，肥吃肥喝，惬意自在。直到1945年11月19日，一个不期然的日子他才不情愿地结束了这种生活。
被袒护的战犯
1945年11月，松井石根的名字，被驻扎在日本的盟军总司令部列入了战犯名单。19日，当他从东京湾游泳回来，正悠闲地翻阅着报纸时，忽见几个美国宪兵天兵天将般出现在他面前，手里拿着盟军总司令麦克阿瑟签署的逮捕令，有如招魂幡。
在全副武装的宪兵面前，松井瘦小的身躯，一时不知如何是好。他脚尖踯躅，面色暗黄，看了看那张“招魂幡”，连声自语：“这是一个误会，这是一个误会。”
半晌，他镇静下来，开始盘算着如何才能躲避审判。最后，他对美国宪兵说，他身体状况欠佳，患有肺病，肺病还导致了气喘等并发症，所以，他请求暂不入狱。
这是一个无耻、无理的卑鄙请求。