身为战犯嫌疑人，不痛快点儿归案，还拿三捏四地称病休养，岂不是蹬鼻子上脸了。可是，这个世界上从没有孤独的人，无论何等样人，都有与之相配合的人——麦克阿瑟是不怕被踹了脸的，踹脸等于整容，会让他在日本人心中的形象变得更加光彩，所以，他很快批准，松井可赴乡休养，等候法庭的传唤。
这是松井暂获的幸运。松井觍着脸讨得了3个多月的便宜，1946年3月6日，因中国呼声愈烈，他还是到日本东京的巢鸭监狱里去面壁了。
巢鸭监狱是东京最著名的一个大监狱，可容纳犯人1000多人，经常被监禁在内的一般有400人以上。战后，盟军征用了这个大囚笼，并进行了维修。虽然外面的门口有铁栅栏，但看起来更像是一个垦荒年代的工厂。当松井走进去时，他看到，监狱内部既宽敞明亮，又简洁干净。
在狱中，松井多数时间都在礼佛参经，一副不问世事的样子，心里实际上却在想着如何才能再度离开监狱。
1946年5月3日早晨8点多钟，松井和东条英机等战犯一起，被美军的大型军用客车载到了原日军大本营所在地——他们曾经繁忙出入的办公地点，现在已经是远东国际军事法庭。他们要在这个日本发动侵略战争发号施令的中心，被审判，被讯问。
车停了，松井的心却跳得厉害了。他和其他战犯磨磨蹭蹭谁也不快点儿下车。他们在侵略他国时总是力争“第一”，现在却“谦让”起来了。在寂静里，每个人的心里都很复杂。终于，第一个战犯慢慢地站起来，走到门口，下了车。接着，第二个，第三个……松井手持佛珠，也下了车，微微低头走进了法庭。
在接下来的庭审中，松井听到了对他的指控：他应该对南京大屠杀负主要责任。
起诉书中罗列了关于南京大屠杀的55项罪状，在这长篇累牍的罪状中，与他有关的就达38项。但是，法庭虽然指控他应该对南京大屠杀负责，可是，并不由他一个人负责，还有其他的责任者，他们要共同负责。
为什么还要其他人共同承担责任呢？松井一字一句仔细地研究着。因实在不解，遂把疑惑写到了日记里，说：“实为奇事。”
这4个字透露出，他很清楚自己的深重罪孽。
他稍后也想到了这一点，所以，心里像是惊起了一只小鸟，扑棱一下把他惊呆住了：这是不是意味着，要将他另行审问呢？
他冥思苦想，觉得不是没有可能。但忽地又想，还有另一种可能，那就是，美国既然袒护日本，骨子里只主张把偷袭珍珠港的策划者东条英机等人正法，那么，对他的袒护也是理所当然的了。
如此，松井定了心。狱中坐禅时，小身板溜直。
6月17日，远东国际军事法庭继续开庭。从早晨开始，仍在宣读有关战犯们的过去历史的记录。记录详细、繁多，桌上的文件堆成了一座座小山头。
检察官在宣读到松井的历史记录时，松井戴着眼镜，泰然自若，好像不关他什么事。他坐在被告栏中，时而仰视天花板，时而捋捋下巴，时而转视检察官，好半天才完全安静下来，稳稳地坐着，默默诵着经文，对检察官的宣读，似听非听。
不知道松井是故作镇定，还是当真镇定。其他战犯都是惴惴不安的，他们都在埋头用笔摘录检察官宣读的内容。前海相永野修身一直戴着耳机，一从耳机中听到宣读他的名字，马上把铅笔掏了出来，低下头刷刷刷写起来，好像生怕错过一个字似的，一刻不停，直到检察官宣读另一名战犯，他才抬起头来。而后一位被宣读到的战犯——前海事局局长，虽然没有做笔录，佛爷一样闭目危坐着，但分明是仔细倾听的，因为他不时地皱皱眉，表现出对往事已经茫然难以记忆。
但松井的镇定并没有维持多久。中国法官们在四处寻找证据，以证明他的罪行。法庭公诉人莫罗上校还亲自跑去了南京，进行现场取证。
莫罗提交的物证中，有两件最有分量。
第一件是日本东京大本营发给前线司令官的“机密”命令。命令中说：“士兵们把他们对中国士兵和平民的残酷行为说出来是不对的。”
第二件是苏联红军发现的一封秘密电报。电报是德国驻南京大使馆发给德国外交部的，内容涉及到了日军侵占南京后的暴行。电报详细描述了日军的残暴屠杀、强奸、放火、劫掠，然后又写道：“犯罪的不是这个日本人或那个日本人，而是整个日本皇军。”由于这份电报来自日本的法西斯同盟国，所以，法官们对它格外重视。
莫罗在举证和陈述时，身不由己地被松井所指挥的日军的暴戾和血腥的行为深深激怒了，说话的时候，语调又愤慨又激动。松井呆呆地看着，渐渐地慌张起来了。
感谢你们，为南京作证的人
关于南京大屠杀的举证，比比皆是，法庭在3周内就接收了约750件证词和有关文件。证人也多不胜数，他们来自各个国家，纷纷控诉日军的罪行。
由于证人众多，所控诉的罪行阴森恐怖，旁听者既希望倾听事实真相，又要艰难地忍受着愤恨难当的心情，使得法庭中出现了一种紧迫惶急的气氛。
1946年7月25日，一个非常重要的证人——美国外科医师罗伯特？威尔逊——在法庭上出现了，引起了旁听者的注意，也让松井的脸上遽然浮现出戒备警惕的神色。
威尔逊在中国南京出生，其叔父是南京金陵大学的创始人，其父就职于南京某中学，其母为希腊学者，也是南京某学校的创办者。威尔逊十几岁时，曾师从后获诺贝尔文学奖的赛珍珠学习几何。1935年，35岁的威尔逊在金陵大学医院担任外科医生。1937年12月13日，日军大举侵占了南京，南京所有的外科医生都外逃求生，到了12月17日，威尔逊在日记中写道：“这简直可以作为轰动一时的新闻了：我竟然成为了受战火蹂躏的偌大南京城内唯一的外科医生。”
作为留守在南京的唯一的一位外科医生，威尔逊的日记，成为了大屠杀最重要的见证之一。
他在日记中写道：我在南京看到的最为悲惨的一幕就是，一群15～18岁的小姑娘在大街上，在光天化日之下，被一大帮日本兵轮奸。足足有一个团的日本兵把她们按在肮脏的地上，一个挨一个地强奸。有的小姑娘因大出血而死，有的则在受辱后自杀。这种惨剧让我终生难忘。
医院里的情景，也非常悲惨。威尔逊说，有一位女性的头几乎被砍掉，和脖子只有一点点还连着，就那么摇摇欲坠的。她和其他4名女子被日军抓到后，关到了医疗队里。白天洗衣服，晚上被强暴。每晚，一人都要被8～10名日本兵强暴，姿色最好的一晚要被强暴40次。一天，她已病弱不堪，3名日本兵把她带到偏僻的地方，用刀砍了她，但未砍断脊椎骨，她假装死去，待日本人走后，便拖着身子艰难地来到威尔逊这里。
几乎是一眨眼的工夫，金陵大学医院就变成了一座难民营。威尔逊免费救治中国人，把无家可归的人保护在医院里。遇到有人要出院，都由外国人陪同返家。
当时，负责保护中国人回家的人是詹姆斯？麦卡勒姆，他没日没夜地开着一辆破破烂烂的救护车，在南京城里四处送人。为了保持头脑清醒，驱赶疲惫，他总是在额头上敷着湿冷的毛巾，有时，湿毛巾也不能使他一直睁着眼睛，他就咬着舌头，直到咬出血来。至今，大屠杀的幸存者们还记得他，想起他精疲力竭的样子，就忍不住流下了热泪。
威尔逊的白天和黑夜也都失去了。天亮时，他一个接一个地做外科手术，胳膊都累肿了；天黑时，他又被叫出家门，去阻止日本兵的强暴。1940年，他的精神彻底崩溃了，他被迫返回了美国。但高度紧张的神经依然未能放松，每天早晨，他都看不清东西，他的意识、他的目光，依然停留在那段惨痛的岁月里。
威尔逊的证言，让法庭寂静无声。当他停止了说话，旁听者一个个眼神迷蒙，屏着呼吸，愕然发呆。松井不时望望威尔逊，但眼光飘忽，似乎不敢正视。当他意识到旁听者都把惊诧和憎恨的目光投向了自己时，他就转而去看看审判席或者盯着墙壁。
在威尔逊出庭后的第二天，1946年7月26日，南京沦陷时担任红十字会副会长的许传音博士出庭了。
许传音说，日本人极为野蛮，见人即射击，无论是走在街上的人，还是从窗户里窥视的人，都毫无理由地射击。他在清理遗体时，在一条大街上，数到约500具时，已经无法数清，也不忍再数，只好作罢。遗体横在南京东西南北各个地方。日本人为使南京民众知道抵抗日军的后果，起先不准处理遗体，任由垃圾和人肉一起腐烂。有好多天，在水西门下，死尸已经堆到好几尺高，日本军车像爬坡一样从上面费力地碾过去。
关于强暴事件，许传音也进行了详细作证。
他说，女性死难者和受伤者难以计数。他曾看到3卡车的日本兵，闯入一个难民营，把所有的女性都拉到走廊里实施强奸。有一天，他到一个朋友家里去，看到11口人都被杀光了，朋友的女儿，一个11岁，一个14岁，惨遭奸污，死在桌子上，桌上血痕淋漓。
许传音的证言，悲切真实，但松井拒不承认。他的辩护律师狡赖道，中国人自然是偏向中国人的，这样的证词，岂能算数？
这样的狡赖，是许传音没有料到的。不过，即便如此，也还有许多外国证人正等着揭露真相。
7月29日，前金陵大学史学系教授贝蒂斯站到了证人席上。这位外籍人士的出现，让松井慌张得连连眨眼，模样滑稽。
贝蒂斯为前国际安全区委会委员。安全区是一个自发组织，是留在南京的20多个美国人、德国人、荷兰人、苏联人在日军入侵时创建的。他们把金陵大学、金陵女子文理学院、美国大使馆、中国政府建的几栋大楼，都划入了安全区。因为这是以生命相抗，所以，他们的家人朋友，尤其是美国大使馆，都力劝他们撤离，但他们坚定地留了下来。其中，就包括贝蒂斯。也就是这区区20多人，从灭绝人性的日军手里，共救出了大约25万中国人。
贝蒂斯说，日军的屠杀和奸淫几乎每分每秒都在进行——贝蒂斯说着说着，突然有些踌躇了，似乎很难继续下去。因为在陈述中，他的记忆不禁回到了当年。那些过于恐怖凄惨的细节，使他一时彷徨无依。
庭长韦伯见状，鼓励他继续陈述下去，让真相公布于世。除了松井，整个法庭显然都是这个意思。
贝蒂斯于是说，日军奸淫女性，不分昼夜，不分地点，不分老幼。有一个9岁的女孩和她76岁的祖母，同时被强奸了。
此言一出，旁听席上的日本人表情顿时复杂起来，有些人不自在地动了动身子。其他的旁听者则有所骚动，对这种禽兽不如的行径表示了强烈的鄙视和憎恶。
其实，这并不是孤例。日军对女童的摧残已经超乎想象，许多女童在被强奸后，有好几个星期都走不了路；有一些接受了手术治疗，有一些则凄惨地死去；有一些在被强奸后，又被军刀把身体劈成了两半；有些女童的阴道，被刻意切开，供日军猥亵取乐；有些女童则被带到日军营房，剥光衣服绑在椅子上、床上、柱子上，随时供日军发泄兽欲。一个11岁的女童在两天中，连续地被强奸，目击者称：“女孩两腿之间沾满血迹，一些地方红肿撕裂，情景惨不忍睹。”
老人也无法逃脱恶行。一位60岁的老太太被强奸后，日本兵还命令她“用她的嘴舔净他的阴茎”；有一位62岁的老太太拒绝日本兵，说自己太老了，无法性交，日本兵便用木棒扎其下身；另一位老太太，牙都要掉光了，也拒绝了日本兵，当即被开枪打死；在兴屯门一间草房里，日本兵轮奸了一位70岁左右的阿婆，致使阿婆下身胀破而死；另有许多80多岁的婆婆，在强奸还没有结束的时候，就奄奄死去了。
据贝蒂斯回忆，在这些惨绝人寰的事件发生时，南京还被焚烧，大火在好几周内熊熊燃烧，几乎所有的房屋，都在喷吐着火苗。街上除了强奸者和被强奸者，杀人者和被杀者，就只有一些野狗在游荡。这些野狗因为成天吞食死尸，变得臃肿肥胖，十分异样，增添了恐惧的气息。
在贝蒂斯教授陈述之后，同是前安全区委员的约翰？G？马吉牧师也出庭指证了日军暴行。
马吉当年还是国际红十字会南京委员会主席，他向法庭出示了自己的日记。在1938年1月28日的日记里，他这样写道：“我所叙述的是一个恐怖的故事，我不知道该从哪里说起，也不知道到哪里结束，我从未听说过，也从未见过如此野蛮的兽行。强奸！强奸！我们估计每晚至少有1000起，白天也有很多起……人们都发疯了，只要我们外国人一出现，他们就跪下叩头，恳求帮助……”
马吉说，为了把日军的暴行公布到全世界，他们印刷、打印了许多资料，寄给各自的亲友、各自国家的政府机构或报刊。资料多为匿名发表，因为担心日军发现后，会把他们逐出南京或杀害，而他们一旦被逐，便再也无法救助中国人。
这些资料通过各种方式，被秘密带出南京后，分别在美国的《时代》、《读者文摘》等刊物上发表了。但是，《读者文摘》的订户却误以为，这是《读者文摘》瞎编乱造、为哄骗读者的钱“硬塞给公众的无聊玩意儿”，因为里面的暴行过于骇人听闻，非人类所为。
值得庆幸的是，除了文字记录，还有影片记录。马吉用他的摄影机拍下了金陵大学医院收容的几位受害者，其中一个是被日本兵烧焦变形的男人，还有一个是搪瓷炊具店的店员，日本兵用刀狠削其头部，住院6天后，他裸露的脑子的颤动还是清晰可见。
为了把这些毛骨悚然的镜头带到国外去，马吉把6卷16毫米的胶片偷偷交给了乔治？菲奇。菲奇是南京基督教青年会的干事，1938年1月9日，他被允许离开南京后，搭乘日本军用列车前往上海，把6卷胶片缝在外衣的内衬中。他和一群日本兵挤在三等车厢里，心里倍感紧张，如果胶片被搜出来，他只有死路一条。但幸运的是，日本兵见他是美国人，没有搜查他。菲奇于是携带胶片在上海一家柯达店里制成了4套拷贝，其中1套，他给了前安全区负责人约翰？拉贝，另外3套，被辗转运到了美国公开播放。
现在，马吉又把胶片带到了法庭上。当影片播放时，法庭陷入了黑暗和恐怖中，空气中充满了惊诧、压抑、凄惨和悲愤的气息。这种场面，在整个东京审判中，是绝无仅有的。
7月30日这天，为松井辩护的律师们，没有一个人对证人进行任何反问。面对这些惨绝人寰的血腥事件，他们虽然身为辩护律师，但心中仍然感觉到愤怒。另外，他们也认为事实无法辩驳，所以，表现得很沉默。
前安全区委员会的成员们，一个个飞赴东京宣读了他们的日记，揭露了松井指挥的日军的罪行。但有一个重要人物却迟迟没有出现，中国方面一边准备着庭审材料，一边苦苦地寻找着他。
没有出现的人，是前安全区的传奇首领约翰？拉贝，也是“南京的活菩萨”。