需要格外提及一句，真实的历史总是令人尴尬的。战后的兰菲尔，在1949年的国际航空协会环球飞行比赛中创造了新纪录，他在东京机场接受日本的祝贺时，接待他的代表竟然是山本的夫人礼子。当时，暗杀山本的机密尚未公布，礼子并不知道就是眼前这个人杀死了她的丈夫，她以一贯的儒雅风度对兰菲尔表示了祝贺，并感谢美国在战后对日本的援助，表达了希望增进两国和平的愿望。虽然礼子不明真相，但兰菲尔却是清楚的，他尴尬得无以复加。这件事在之后的很多年里，都让他无法释怀。1967年，兰菲尔在美国《读者文摘》杂志上发表了一篇文章，标题是《我击落了山本五十六的座机》。他在文中特意提到了他与礼子的那次会面，他终生无法忘记她对他的接待。
山本的座机在早晨7点多钟被击落，但直到中午，拉包尔才接到消息。下午，山本的副官渡边飞到布因，见到了被从海里救上来的参谋长宇垣。宇垣因发烧和重伤，处于恍惚中，他做梦似的断断续续告诉渡边——长官在距卡莫角四五英里的地方，快去！
其实，山本坠机的地点是“莫依拉角”，宇垣错说成了“卡莫角”。所以，渡边在“卡莫角”找了很长时间，也没发现他的长官。他让人写了许多字条，提示幸存者向空中挥动手帕，然后把字条放到橡皮球里，空投下去，但没有任何人挥动手帕。他又命飞行员贴着雨林飞行，还是没发现人迹。他接着派出60名士兵，沿着一条小河向布干维尔岛的密林深处搜索。
这60名士兵乘着小船向小河上游曲折逆行时，天已经很晚了。上游的水很浅，又有枯木横斜，小船很难通行。他们只好徒步前进，陆上也是崎岖不平，且地形复杂，他们走了几公里后，到了深夜，竟然发现，他们把方向搞错了。他们干脆也不往回走了，也无力往回走了，坐在树根上各自睡着了。
就在海军进行搜索的时候，布干维尔岛上的日本陆军也派出了一个10人搜索小组。
这个小组在丛林中空转了两天。正待返回时，一个士兵说他好像闻到了一股汽油味儿。循味走去，他们发现了一架残破不堪的“一”式陆基轰炸机。飞机被摔得七零八落，11具尸体也四处散落着。
有一具尸体还保持着笔挺坐姿，腰上还系着安全带，他头发花白，头微微低着，短发在风中很凌乱。近前一看，此人戴白手套，左手攥着军刀，胸前佩有绶带，从他肩章上嵌着的3颗金质樱花来判断，他是一位大将。
又经过一番查看，搜索队的队长发现，大将左手的白手套有些奇怪，食指和中指部位用线缝起来了——此人的食指和中指是断的！
他忽地想起来，报纸上曾介绍过日本联合舰队司令长官山本五十六在参加日俄战争时，失去了两根手指。他在出发前，上级给他的命令是“搜寻海军要人”，难道这位要人就是山本五十六？
他又去搜寻尸体上衣的口袋，翻到一个笔记本，里面写着明治天皇和昭宪皇太后的诗歌。笔记本的署名是：山本五十六。
在证实了死者身份后，这位队长和队员们挥汗如雨地砍倒树木，劈出了一块空地，又在尸体上盖上了芭蕉叶，在其头顶位置，各放了一瓶清水。
天色已晚，他们决定先回基地去。半路上，恰遇正在林中休憩的海军搜寻队。两拨人一商量，就都在草丛里，合着露水歇下了。第二天，4月20日，他们呼啦啦又一起转回去，七手八脚把尸体抬了出来，交给了山本的副官渡边。
虽然尸体已开始腐烂，但渡边一眼就认出，穿草绿色制服的人就是他的长官。他清楚地记得，出发前，山本原穿着白色海军制服，但众人皆不同意，认为太显眼，容易引起美军注意，再三劝他换上了这套绿色制服，但依然未能逃脱宿命。他看了一眼山本戴着的手表，其指针停在7点45分上。
经军医检验，山本面部有机枪子弹穿透的痕迹，背部亦有子弹射入，但无出口，断定山本应是因主要内脏器官受损而致命。
4月21日，山本的尸体在严密把守、严禁泄露消息的情况下，在一个农场中进行了火化，骨灰被秘密送到拉包尔的一个地下室里，室内点着电灯和两支蜡烛，还放有两个汽水瓶，里面插着野花。室外，是一群全副武装的重兵，他们密切地把守着一个逝去的幽灵和一屋子的空寂。
5月17日，骨灰匣由“武藏”号送回日本。一起被运回去的，还有一个袋子和一些手稿。这两样遗物，此前被山本秘藏在“武藏”号的保险箱中，现在被取了出来。袋子中装的是16张百元钞票，山本生前最喜欢这种挺括有声的漂亮货。
在山本的手稿中，有一段文字好像预言了他的死讯：“数万忠勇将士奋战沙场，已成护国之神。悲哉！吾以何颜去晋见圣上？又何言以告慰牺牲之战友和将士们的父老兄弟？……但随将士英灵而去之日，亦不远矣。”
“武藏”号上路的这一天，山本的好友堀悌吉（前海军将官），作为死者亲友的代表，被海相召进海军省，让他将死讯告知山本的夫人三桥礼子。
5月18日，堀悌吉面见了礼子，此时，距山本死后已经1个月了。礼子是由堀悌吉介绍认识山本，并将山本纳入自己的婚姻中的，不想，现在又是由他来告知，她婚姻中的那个人已经死去了。
5月19日，堀悌吉觉得，这个消息也应该告诉与山本过从甚密的艺妓河合千代子。于是，他又去找千代子。当他刚吐出“山本战死了”这5个字，千代子就昏过去了。
5月21日，山本遇难的消息正式向国民公布。日本政府追授他大勋位、功一级、正三位、元帅称号，并于15天后举行国葬。海军方面觉得有些“微薄”，请求加赐“男爵”称号，未被批准。
5月23日中午，山本的儿子义正，终于从山本的副官渡边手里接过了父亲的骨灰。之后，义正和堀悌吉等人离开“武藏”号，乘火车前往东京。由于死讯已经公开，列车所经之处，有很多人都挤在铁道边上。
当火车终于停靠在东京4站台第4道线路上时，车站上已经挤满了人，裕仁天皇还派来了代表，首相东条英机和一大帮军界要人排成了整齐的队列，笔直地站着恭候。前首相近卫文麿也在其中。
对于近卫这个人，山本生前一向不以为然，曾经有一位记者请他谈一下对近卫的看法，他毫不掩饰地说：“你也是个聪明人，这还用问我吗？只要看看他在花柳界的那个放荡劲儿，不就全都清楚了吗？”如今，这个“放荡”的人，也来迎候他的魂灵了。
山本的次女被安排站在家属的行列中，她先是极力克制着，但一看到那个小小的骨灰匣，想到里面盛的就是她的父亲，立刻失声痛哭起来。
但她的父亲是属于国家的，她没有被允许触摸那个小小的匣子。骨灰匣被放到了贵宾室，国家要人们越过了她，按照规定的顺序，进行了参拜。之后，骨灰匣又被送上专车，在海军车队的护送下，按照指定路线，先是经过皇宫，然后经过海军省，最后被送到水交社。
国葬仪式定于1943年6月5日举行。山本的骨灰将分为两份，一份放在多磨墓地，一份放在山本的老家长岗。河合千代子也想要一份，被断然拒绝。但她得到了山本的遗发、坐垫、枕头、钱包，从前她为山本缝制的刺绣品，也都归还了她。
自从山本的骨灰被供奉在水交社后，千代子的住所里突然多了访客。一天，堀悌吉来了，他把千代子挂在墙上的一个挂钟拿了下来。这个挂钟是裕仁天皇赏赐给山本的，山本把它送给了千代子。现在，堀悌吉则对千代子说：“这个得归我。”
6月1日，堀悌吉又来了。这次，他拿走了山本写给千代子的全部信函。他说，海军省想要这些信函，这些珍贵“资料”，要放在海军省的保险柜里保管。不知道是不是感觉有些过分，一段时间后，信函又还给了千代子。
又有几天，一位据说是奉了首相东条英机的指示的军官，不厌其烦地来见千代子，拐弯抹角地说了一大箩筐的话。千代子感觉，他们是在暗示她，让她自杀。她凄惶不安，难以入睡，一到晚上，便服用大量的镇静药，否则就死盯着可以上吊的门框胡思乱想。药物使她的记忆不甚清楚了。
与千代子相比，鹤岛正子似乎不那么“逆来顺受”地接受政府的摆布。
正子是一家酒馆的老板，从前也是艺妓。她是山本最早的情人，她的“资深”程度远远高于千代子，她甚至在山本与礼子结婚前，就与山本往来密切了。许多年来，山本给她写了大量信函，但是，当堀悌吉代表海军省也来索要信函时，她却没有同意，当然也没有拒绝，只是没说话。之后，她把信函都收到皮箱里，另外上锁，藏匿起来。1945年，因日本磨磨蹭蹭地不愿投降，美军飞机前往东京实施轰炸，引起通天大火，这些信函均化为灰烬。海军省再也不用操心了。
山本生前与许多女子有过暧昧关系，为了防止落下口实，堀悌吉把山本遗留的16张钞票，分赠给一些女子，告诉她们：“可以把它看成是纪念，也可以看成是堵嘴钱。”
无论是河合千代子，还是鹤岛正子，或是其他千娇百媚的女子，她们在山本生前，都陪伴他度过了许多时日。而山本的夫人礼子和4个孩子，这些骨肉至亲，却从来没有这个“荣幸”，他们从没有机会长时间陪在他身旁，只在山本死后，他们才终于能够“尽兴”地陪伴着他，也被他陪伴。
作为一名军人，山本是不称职的，因为他进行的是一场不道德的侵略战争；而作为一名丈夫、一名父亲，他竟然也是如此的不称职。在他的那些风花雪月的词句后面，是一个不禁推敲的灵魂。
国葬日到了。
早晨8点50分，骨灰匣由“武藏”号上的士兵一路捧奉着，送上了灵车。在海军军乐队演奏的肖邦的乐曲中，灵车向日比谷公园驶去。沿途有很多人站在那里围观，千代子也躲在里面，记者们发现了她，奋不顾身地扑过去拍照。这个小小的骚动，使得静穆的送葬场面多了一丝别样的意味。
山本之死，留给日本的心理打击，是巨大的。同时，其死，还掀起了日本文学界的一个高潮，各种悼念诗文排山倒海地涌现出来，成就了一大批文学青年。
山本还为他的丧身之地——布干维尔岛，留下了一份“文化遗产”。他乘坐的1号机，今天依然静卧在雨林深处，每年都有来自世界各地的游客喧笑着前来观赏飞机残骸，与青苔遍布的螺旋桨合影留念。看来，他倒是为当地的旅游开发作出了“贡献”。