此时，因为情况巨变，日本军民中暴露出了冈村所认为的“国民性格的缺点”。有些士兵已经一哄而散，还烧毁了资料，连复员军籍也烧掉了，为日后的复员造成了困难；有人偷了汽车，驾驶着往码头开，然后卖掉汽车上船，希望以“自驾游”的方式回国去；还有的人则把粮食和被服偷走了，把飞机的零件也偷走了。一位士兵还接到他母亲从日本写来的信，信中说：“同村的××从中国牵回家3匹马，你也带点儿什么回来……”
尽管有些混乱，但冈村心中宁静。他把心思都放到了国民党身上。想到内战马上开始，他将自己编纂的《剿共指南》拿出来整理，之后翻译成中文，印发给国民党军各级指挥官。
这个“指南”，收集了冈村连续几年的扫荡事件，对扫荡中遇到或可能遇到的各个细节，都进行了细腻的总结。就连如何靠近村落，都有具体的规定。对于抗日军民的某些特点和弱点，也都一一详细地罗列。国民党的指挥官如获至宝，把它当做了反共“秘笈”。
冈村得意不已，投降时的懊丧和衰颓无影无踪了。
有一天，几位美国军官突然来到了冈村的宿舍参观。冈村不明其意图，怀疑美国方面看到战俘竟然住着如此好的房屋，还有汽车使用，心里不满，或许想要亲自给他找宿舍。但并无下文。在国民党当局的保护下，他依旧住得好，吃得好，他一边说自己在中日两国人民吃不饱的情况下仍有上好的面包、牛奶、鸡肉鱼肉而“深感惭愧”，一边照吃不误。
1946年6月，国共两党的战争全面爆发。在何应钦、汤恩伯等人的力荐下——此二人，都曾被冈村打得落花流水，国防部竟然秘密聘请冈村为高级军事顾问。冈村越发神清气爽了。
6月19日，有人给冈村带来了一封遗书。遗书是原台湾军司令官安藤利吉大将写给他的，上面写着：“冈村宁次大兄，余自知死期已近，故而自尽。”并对他多年的关照表示感谢。
安藤死前，被关押在上海提篮桥监狱一间8平方米的牢房里。4月19日晚，他写好遗书后，便吞服了密藏在身上的毒药。夜里11时45分，看管人员在巡查时听到轻微的呻吟声，看到安藤脸色黑黄，马上通知医生，未等医生到来，已经气绝，成为在中国境内自杀身亡的日军最高将领。
安藤驻扎台湾时，强征台湾人入伍，年龄最小者17岁，最大者50岁，多被派往中国大陆或东南亚地区。有一个名叫李光辉的人，被派到印度尼西亚的海岛上，日本战败后，他躲进丛林，野人一样与世隔绝地生活了29年。1974年，他被无意间发现，这才走到阳光下，被送返台湾，但已由一个俊秀的年轻人变成了呆滞的老人。为确保台湾人不“叛变”日本，安藤还规定，一人“叛变”，两户人家株连死罪。冈村接到天皇命令后，令安藤向中国军队投降，但在解散台湾军的宴会上，安藤还是给予了日籍军人和台籍军人不同的待遇：日本军人有洋酒佳肴，台湾军人只有粗酒劣菜。一名台湾人愤怒地说，日本人死到临头，还鄙视台湾人。双方于是发生对击，死伤严重。安藤被拘捕后，因没有勇气面对审判，便选择了自杀。
对于安藤的自杀，冈村表示了哀悼，尽管他们是同窗，但他并没有太多伤感。原因是，此事使他突然间怀疑起自己也是生死难测的，没准日后他也是和安藤一样的结局，所以同情又有何益？
8月份，冈村接到了远东国际军事法庭的传票。法庭已经将他列入首要战犯名单，要求中国政府把他押回东京，和东条英机等人一同受审。这让他有如惊弓之鸟。
驻南京的中外记者每天也在盯着他，要他接受审判的呼声十分强烈。在共产党1945年11月公布的2万名日本战犯中，他是第一号。
由于迟迟不见他露面，一些民间的武术团体，还展开了追查行动。就连黑社会的杀手，也在寻访、追捕他。
冈村又睡不着觉了，《易经》也无法安慰他的心了。
国民党当局为了继续利用冈村的血腥手段，积极反共，决定把他藏到一个隐蔽的地方去。
何应钦亲自出马，四处寻找房屋，但一度未有中意者，都因不安全而作罢。直到1946年底，他看到了南京城鼓楼以西的金银街4号楼。
这是一栋3层楼别墅，独门独院，肃静隐蔽。别墅的主人在战争期间跑到美国避难去了，空余荒楼在此。长期无人居住，院中荒草齐生，破落不堪。金银街以北地段，有一大片坟地，也是杂草丛生，夜里，风吹草动，磷火幽幽，飘忽不定，让人毛骨悚然。因此，金银街空有一个珠光宝气的名字，实则荒凉阴森得很，白天，偶尔有路人行经，根本不做停留，晚上，更是空无一人，正好便于藏匿。
如此天赐之所，恰中何应钦之意。一如房产租售公司的中介人员，在左挑右选后终于碰到了合适的房屋，别提心里多高兴了。何应钦当即命人修缮，之后，像保护一盆珍贵的兰花似的，把万恶的冈村“移驾”其中了。
小楼一梦枕熏风。虽然外面是荒草连天，坟头凄凉，但内室修整一新，雅致雍容，起居其间，颇为舒适。蒋介石每月都把充足的开销奉送到床头，生活用品样样齐备，都是些时髦货。
冈村在小楼里，整天都忙得昏天黑地，多数时间都在撰写文件。在整个侵华战争期间，他也是忙于事务，但不像现在这样忙得脚打后脑勺。眼下，他没了副官，没了参谋，就他一个光杆司令，什么活都得亲自动手，钓鱼下棋，已是旧年风景了。
除了撰文，他仍然在研析种种作战形势。每到入夜，都会有车辆悄无声息地穿越坟地，停在金银街4号，车上无声地下来的人，神秘地钻进野草丛，潜入小楼。上了楼，一边抖搂着身上的草屑和蚊虫，一边和他寒暄。这些深夜来客，都是国民党的军政要员，他们避人耳目地赶来，是为了“讨教”如何攻打共产党的要害。甚至每一次制订新的作战计划，都会有人探访金银街4号，询问他的意见。
有时，冈村也会和来客探讨中日文化。3月15日，当国民党少将黄瀛到来后，冈村和他谈起了禅学。冈村说：“中国文化，以禅学为例，远在唐宋时代，哲学伟人迭出，何以后继无人，原因安在？”黄瀛回答道：“这与橘树结果期尽不再结果的道理相同。”
按照国民党当局所嘱，冈村在小楼里写下了大量文章，包括《毛泽东的兵法及对付办法》、《围点打援是共军的作战特点》、《从敌对立场看中国军队》等。
其中，《从敌对立场看中国军队》一文写得最为慎重，增删了好几次，花费了很长时间，内容涉及高级机密。由于至关重要，所以，他一共只誊写了3份，2份交给国民党当局，一份留底，不久又将其烧掉。何应钦说，看过这份文件的人，只有3个，一个是蒋介石，一个是他自己，还有“另外一人”，因为事关机密，他没有透露此人是谁。
小楼时光虽繁忙，但并不寂寞，时常还要参加各种宴会。赶逢节日或冈村的生日，何应钦、陈诚、汤恩伯等人，都要偷偷地把他接出去，送到自己的公馆赴宴祝喜。
无论如何，总体还是逍遥自在的。冈村也不是特别担心受审问题了。一是，他独居深野，与世隔绝，基本不知窗外事，外界也难知他的行踪。二是，即便寻找他的人还在寻找，追捕他的人还在追捕，国民党自会替他推搪、开解，他的生命完全不必他来操心。
1948年3月，远东国际军事法庭无法再等待下去了，眼看东条英机、板垣征四郎、土肥原贤二等人的审判都进入了尾声，法庭都快解散了，对冈村宁次的传票已经发下去快一年半的时间了，还是不见人影，便紧急派人奔赴南京，通知国民党当局要将冈村押走，到东京受审。
国民党当局表现出很为难的态度，称，冈村还在处理遣返工作，虽然大部分日本军民都回国了，但还有一些技术人员，也要分批遣返。
国民党原本想把日军中的军事技术人员留在中国，以便对付共产党，但美国从中干预，坚持要求全部回国，所以，国民党当局未能得逞（还是有一些技术人员通过秘密渠道留在了中国，一些日本官兵还加入了阎锡山等人的部队）。现在，当局便以此为借口来拖延将冈村送审的时间。
远东国际军事法庭的代表们听了，面露不快。每次都以这句话搪塞，就没新鲜一点儿的！代表们义正词严地要求，无论什么原因，他们一定要把冈村带走，最迟不能超过4月份。
国民党当局又忙称，冈村是病人，他患了肺病，正被监视居住，病好后一定会把他送回国。
由于冈村确有此病，所以，在出具了病历证明后，远东国际军事法庭的代表们只好空手而归了。
为了不让远东国际军事法庭再来“骚扰”，2个月后，国民党当局以“冈村宁次并未参加日本侵华的中央系统组织，其行为仅与在中国战场上发生的事实有关，因此不须送往东京处理”为由，宣布将在中国审判冈村，以此作为回旋。
审判将在上海举行，冈村也因此结束了荒草小楼的生活，告别了神秘的金银街4号。
戏剧性的审判
1948年3月29日晚上8点多，又是在夜色中，冈村宁次乘坐国民党高级军官陈诚派来的专车，离开了他已经熟悉的小楼。8点30分，专车抵达下关火车站。冈村即刻被安排进入了卧铺车厢。11点，火车驶离了南京。
冈村心里默默念叨着：“青年时代曾经久住的南京，指挥过百万大军的南京，签订过降书的南京，患过肺病的南京，一生难忘的南京，再见。”
第二天早晨7点30分，火车到达上海北站。冈村原以为就要从这里去往上海江湾高镜庙战犯监狱，但却被带到了黄渡路的一个院落里。
这里非常清静，和金银街4号的小楼一样隐蔽，偶有零星的几个中国人走过去，无人在意。日本人基本没有，不必担心会被认出来。陈诚命人设置了多处流动的密哨，便衣人员出入院落各处，严密戒备、保护。冈村被嘱咐，在此安心疗养，以候审判。
外界还以为冈村已经被关进了监狱，或是监外就医，完全没有料到他正在东篱下享清福。
4月29日夜里，冈村还被送到医院去看病。途经上海吴淞路，看到吴淞路两侧原来都是日本人的店铺，而今都变成了中国商店，冈村突然滚下泪来。
冈村的泪水，无疑应当是让中国人感到愤怒的泪水。可是，国民党的陪同人员竟然好言相慰。
在医院照了X光片后，医生说，左肺有病灶。在诊室里处理了一番，冈村又被送回到黄渡路小院，并被嘱咐安心将养。
6月2日，冈村上街去理发，这是他7年来第一次在街头漫步，他产生了一种很奇异的市井生活的感觉。加之国民党陪同人员在一旁精心照顾，他感觉很轻松。
在黄渡路小院安享了3个多月的闲雅生活后，冈村接到了国民党国防部军事法庭的传票，要他12日接受审判，地点是上海商会礼堂。他慌张颓丧起来，一日未曾安稳。第二天上午，何应钦派副官来安慰他，说审判只是为了应付舆论，封大众的口，毋庸挂虑。冈村听后，一颗悬着的心才落了地。
7月12日上午9时20分，冈村被送到军事法庭。10时30分，检察官针对他的作战经历及部下的违法乱纪行为对他进行了讯问，一直问到11点半左右。这些提问，让冈村很轻松，因为大体上都没有涉及他个人的犯罪事项。
休庭前，庭长石美瑜突然提出要求，要把冈村移送到上海江湾高镜庙战犯监狱监禁起来。但国防部派给冈村的刘翻译坚决不同意，强硬地说，现在的寓所，是国防部特别指定的，得不到命令，不能擅自离去。
石美瑜不准，暗想，好不容易才把冈村从暗处提溜出来，不能再让他溜了，执意要将他关押到监狱去。刘翻译寸步不让，但理屈词穷，最后不得不由国防部出面，说冈村年老病弱，需要延医请药，才申请保释了出来。
在你一言我一语的争执过程中，冈村被晾在一边，没他什么事一样，他自己都觉得很怪异。
8月9日，石美瑜旧话重提，要求要将冈村扣押到监狱去，如果身体羸弱，可以在监狱就医。国防部无话可说了，只好送冈村入狱，围前围后，好声好色，把牢房安排得摇篮般舒适。而此时，战争已经结束3年了。
8月14日9点钟，冈村被再次提审，但潦草开庭，约30分钟就结束了。冈村走了趟过场，就出来了。上百名记者正等在法庭外，一见到冈村的身影，马上蜂拥而来，主要就问一个问题：这几年，你在哪里？在干什么？
冈村难以回答，既然不能把南京金银街4号搬出来，所以他就只一味嗯啊，支支吾吾。记者们追问甚急，警察便把冈村送到休息室去。有20多个记者不死心，跟进去想问出真相，但冈村依旧不作答。
10点30分，记者群仍不退去，国防部派宪兵和警察赶过来，簇拥着冈村，乘坐警车离开了。记者们越发觉得蹊跷，有几人不顾一切爬上车去，一遍一遍地追问冈村，一直问到监狱门口，也没得到答案，只得回去了。
冈村回到监狱后，依然享受美馔和问候。典狱长亲率部下前来“慰问”，给他吃“定心丸”，说蒋介石本来无意使先生受审，但考虑到国内外的影响，不得不如此，但绝不会处以极刑，只是走走形式。并点拨他，在受审时，要对中国民众所受的灾难，以“表示痛心为宜”。冈村点头称是，说自己深切理解中国方面的苦衷。
与东条英机、土肥原贤二等战犯那种忙乱相比，冈村简直就是“太上皇”了。他不仅不必申辩，不必准备材料，反而有很多人急着替他申辩，急着替他准备材料。
8月23日上午9点30分，对冈村的公审开始了。
冈村穿着笔挺的西装，戴着明亮的金丝眼镜，衣着光鲜地走进了礼堂。礼堂内黑压压坐满了人，大概有1000多人从各地赶来旁听，其中，有许多是外国人，他们紧盯着他，神情莫测。在礼堂外面的广场上，也是人山人海。法庭临时架设了一个高音广播喇叭，以便在广场上也能听到公审的情况。
开庭后，检察官王家媚宣读起诉书。
起诉书中罗列的罪行都很轻，完全可以忽略不计。可见，法庭根本没有掌握冈村的具体犯罪材料。
国民党当局选派了石美瑜和王家媚等年轻人来审判冈村，这些年轻人，对于当局与冈村的关系、上层军政要员与冈村的关系，没有什么了解。他们在调查取证时，也被刻意地、变相地阻拦推脱，国防部、外交部及其他部门提供给他们的材料，均浮皮潦草，不甚重要。所以，尽管他们一心希望伸张民族正义，却心有力而力不足。
其实，冈村的严重罪行不胜枚举。
1932年，冈村任关东军副参谋长，当时，东北的义勇军有20多万，在冈村“格杀勿论”的命令下，只半年时间，大部分义勇军就被封锁到了深山中。接着，他逼迫中国方面签订了《塘沽停战协议》。有学者认为，如果没有这个协议，中日全面战争也许不会爆发。