但法庭立刻推翻了这个“百搭”理由。有充分的证据表明，松井因肺病而发烧的时间很短，自南京陷落的第二天，即12月14日就已退烧。此等微疾，根本不能影响他指挥军队。12月17日，他还骑着高头大马举行了南京入城仪式，威风凛凛、趾高气扬。此后的3天，他一直在南京城里享受“胜利”的滋味。而从14日到20日，共6天时间内，南京城里的日军正屠杀得昏天黑地，正强奸得忘乎所以，南京处处火光，遍地废墟，满目血痕，共30多万平民无辜惨死，作为指挥官的松井，岂有不知之理！他不仅知道，而且，还在一边貌似严厉地“训诫”，一边谈笑风生地纵容！
1948年2月18日下午，法庭提出总公诉书，认为：不仅松井深知南京暴行，日本当局也是知道的，但他们都假装不知道，漠然视之。
总公诉书中还详细列举了日军对南京平民所采取的惨无人道的种种酷刑。
日军强迫一拨中国人挖坑，然后命其跳到坑中，让又一拨中国人去把他们活埋。有些人只许埋到脖子，之后，骑马践踏，或用坦克碾压；有些人被埋到腰部，再放出德国牧羊犬，将身体上部撕扯成碎片；活埋到最后，兴致大减时，干脆直接扒光中国人的衣服，指令牧羊犬撕咬其生殖器，狗不仅把人肚子撕裂，还把肠子也拽出去，拖到很远的地方。
中国战俘被钉在树上或捆在电线杆上，日本兵一片一片地割他们的肉。有200名中国士兵被赤身裸体地绑在一所学校的门口，日本兵用锥子扎他们的眼睛、咽喉乃至整个身体，人死时，身体成了筛子，千百个小孔中流出的血，把皮肤都染成了红色。日军还把战俘10人一组活活烧死，或把战俘赶到结冰的池塘上，命其凿开冰窟窿，一丝不挂地跳到水中“钓鱼”。
一些受害者还被日军浸泡到酸溶液中烧死，或被用盐腌起来，或被用铁钩子吊起鼻子折磨死，或被绞舌头，或被剜眼、剜出喉结，或被刺刀或铁丝从嘴里穿进去从脑后穿出来，或被穿腮、穿锁骨，或活着被剜出心来，肠子被一节一节地挂在树上，或被抽出了手足筋，或被活剥了人皮、活拔神经，或被刀捅肛门、被刀切开阴茎、被开水煮、被灌煤油，血管里被注射进水，或被电磨粉身、被戳成酱状。由于日本兵认为，吃掉男子的生殖器可以增强生殖能力，所以，他们还把一些受害者的阴茎和睾丸割下来，煮熟吃掉了，有人还将其高价转售。
日本兵还相信，侵犯女性可以使得他们作战更勇敢，用被侵犯处女的阴毛做成的护身符，可以给他们带来好运；越是激烈侵犯女性，越说明此人“优秀勇猛”。
在这种难以理解的想法下，日本兵连就要分娩、正在分娩、刚刚分娩过的女性都不放过。胎儿也被挑出来取乐，或用热油活烧，或活活撕裂，或将胎儿喂狗，或用野猫叉把胎儿串起来；母亲则被火烧下体、剖肚挖肠、割掉乳房。
因奸淫过度而疲惫时，日本兵还想方设法刺穿女性阴道。她们的尸体倒在街道上，腿被分开，阴道中或塞木棒、或塞树枝、或塞杂草、或塞啤酒瓶、或塞香水瓶、或塞高尔夫球杆。1937年12月22日，同济门一位理发师的妻子被强奸后，阴道里被塞进爆竹，日本兵将其点燃后，这位妻子就在鞭炮声中惨死了。
为了逃避日军的侵犯，柴火堆、草垛、猪圈、船舱等处，成了妇女的栖身之所。有些人会在地窖中只吃一点食物藏匿好几个月。日本兵为了发现这些地窖，使劲踩踏地面。有一个尼姑和一个小姑娘在一个堆满尸体的泥沟中，一动不动地躺了好几天，才未被日军发现。有些人则瑟缩在较浅的坟墓中。还有人只露着脑袋藏身在冰冷的长江中，手抓芦苇硬撑几个小时，但也时常被日军发现，扯上来打死，把竹竿插进阴道。
“到处都躺着这样的尸体……尸堆如山，死者的身体都被撕裂，生殖器裸露着。”松井的随军记者河野公辉写道。
应该说，这是有史以来最大规模的集体强奸事件之一。受害者在2万～8万左右。但数字显然不能道尽这些女性心中的创伤。被强奸后患病的女性不计其数。许多人因此怀了孕，她们中没有一个人站出来，表明这个孩子的血统。有50%日本血统的婴儿，一出生就被闷死、溺死。她们在杀死婴儿的同时，还要忍受着负罪感和耻辱感，还要忍受着痛苦和无奈。在把婴儿抚养成人或杀死的两难中，她们中的大多数，都选择了投江自杀。一位德国外交官在报告中说，从1937年到1938年，无数中国妇女跳到了江中。
大屠杀和大强暴，给中国造成了巨大的苦难。据南京红十字会和南京崇善堂的报告，他们一共掩埋了155338具尸体。加上其他组织收埋的尸体、被私人偷偷掩埋的尸体、被焚化的尸体，总数约有35万具……
检察官在陈述了这些情况后，法庭内所有人屏息静气，连亮着的灯丝发出的微响，连电流通过的声音，连空气中灰尘的碰撞声、摩擦声，仿佛都听得真切。
旁听席中坐着的许多外国人都面露惨不忍闻之状。从历来的传闻、媒体中，他们知道日本人好像很注意礼貌和举止优雅，甚至有些讲究得过分，至少新闻或画报中看来如此，现在，他们听到了这些非人行径，实在无法与以往的印象取得一致。旁听席上还坐着许多日本人，他们忍不住又去看这些人。对方也觉察到了，只是假装不知道，远远地凝望着被告席上的松井。
老无赖也露出不安的神色，而且频频地咬自己的手指头，试图掩饰其窘态。
众人捕捉到了松井的局促，有人猜测，松井的脑中，大概还没有忘记当年的惨况，所以才会紧张地吃手。但更多的人认为，松井的不安举动，与他是否想起当年的惨况无关，这样一个没有人性的人，怎么会为当年的惨况所触动呢？他所担心的只是，这些惨况将使他无法摆脱惩罚。
“回顾悔恨长”
1948年4月，对松井石根近2年的庭审终于迎来了尾声。
中国法官梅汝璈建议，判决书中有关日本侵略中国的部分，由中国法官负责起草。法官们同意了。起草判决书的中途，梅汝璈又建议，应该把南京大屠杀专门设一个章节来说明，理由是：“日军在南京的暴行，比德国在奥斯威辛集中营单纯用毒气屠杀更加惨绝人寰。举凡一个杀人狂所能想象出的残酷方法，日军都使用了。对此种人类文明史上罕见之暴行，我建议，在判决书中应该单设一章予以说明。”
法官们毫无疑义，全都同意。6个多月后，松井迎来了这专门的一章。
1948年11月4日，远东国际军事法庭开始对松井等战犯进行宣判。庭长韦伯朗朗地宣读了判决书。不过，由于判决书长约1800页，很多旁听者都有些不耐烦，纷纷猜测，估计读完需要7~10天。
待心焦地熬过了阅读阶段，到最后一个句号结束时，已是12日下午1点30分，整整用了8天时间。旁听者几乎已经等不及了，都想早一点儿听到这些恶贯满盈的战犯将受到什么样的刑罚。休庭时，他们都在交头接耳，纷纷猜测。
法庭对松井作出了明确结论，南京暴行“若非秘密受命，便是故意为之”。而无论是秘密受命，还是故意为之，都罪孽深重，当判处绞刑。
同时被宣判绞刑的战犯，还有东条英机、板垣征四郎、土肥原贤二等人。
板垣和土肥原，都是松井亲手培养出来的侵华骨干。松井一生中当了20多年的参谋，专门收集、研究有关中国的情报，有“中国通”之称，板垣和土肥原后来也都获得了这个称谓。他们臭味相投了一生，虽未同年同月同日生，但却同年同月同日死了。
这一年，东条64岁，板垣63岁，土肥原65岁，松井年纪最大，已是70岁。可是，尽管他年已老迈，病病歪歪，日捧佛书，好像对生死之事已置之度外，但一听到“绞刑”二字后，顿时脸色苍白，浑身颤抖。他一边颤抖着，一边费力地向法庭鞠了一躬，瘫软的两腿难以支持，险些摔倒。站在他身后的美国宪兵立刻拉住了他，架着他走出了法庭。
对他的这种表现，旁听者鲜有同情，多为鄙视、厌恨，觉得他堕入地狱后，连地狱中的厉鬼也都会唾弃他，因为其罪行不仅重大，而且异常变态疯狂。
不过，在日本国内，还是有一些法西斯极端主义余孽在兴风作浪，他们反对松井等7名战犯被判以绞刑。11月20日，他们还举行了一个公开集会，要求驻日盟军总司令麦克阿瑟减轻对松井等人的刑罚。
不过，正当主持人在台上口沫横飞时，人群中突然有许多人冲出来，大声反对减刑。还有一个跛足的日本人，他衣衫褴褛，深一脚浅一脚地走过来，挥动着残断之臂，费力地登上台去演说，要求松井等战犯对那些家破人亡、生计断绝的人负责。他说话的时候，声音颤抖、粗砺，使得一些围观者眼圈发红。主持人无法掌控局面，苦劝这些人离开会场，说：日本全体人民都应该负战争责任。
集会没有打动麦克阿瑟，绞刑已经确定，只待执行。
松井见减刑无望，最后一次会见了家人，向家人道别。他此时还没有写下遗嘱，在与夫人交谈时，他说，希望能早一天与她在天堂相会。
“余即将归去，君请速来。”他对夫人说。
他的夫人愁云满面，眉头紧皱，不知是因为这句含有殉葬意思的话，还是因为松井死期将近。
下个月就要执刑了，1948年11月25日，美国突然建议，盟国代表不得参加观刑。中国方面闻之，深为不满，对记者说，此7名战犯中，至少有4人是以侵略中国而定谳的主罪者，所以，应该有中国代表参加观刑。其他国家的代表也纷纷抗议，都要求派代表参加。他们对记者说，若因场地有限，至少应许一人参加。
这一天是感恩节，就在各国代表为了参加观刑而进行种种努力时，美军这边正在给松井等人配发火鸡等食品，大有与战犯“同乐”之意。
由于各国代表强烈地要求参加观刑，法庭最终作出一个折中的决定，由美国派代表一名、中国派代表一名、英国派代表一名、苏联派代表一名，参加观刑，新闻记者一个都不许入场。这个决定，尚且说得过去，各国代表都接受了，中国方面由商震将军出任观刑代表。
狱外正在按序准备时，狱内已经浓重地笼罩上了死亡的冷寂气息。除了东京大学文学系教授花山信胜一人外——他肩负着教诲的任务，松井不再被允许见其他人。
在与花山博士见面时，松井对花山说，南京事件发生后，他的确对官兵们进行了训诫。
他说：“朝香宫亲王也在场。我说，当士兵们犯下累累兽行的时候，一切的一切都会立刻丧失殆尽。可是，你会相信吗？就在我说过这些话之后，士兵们居然对我报以嘲笑。”
但是，此时说这些又有何益？尽管朝香宫曾下令“杀掉全部战俘”，但松井在法庭上一直没有指证朝香宫，反倒装模作样、信誓旦旦地表示，他愿意为其去死。
当然，即便松井指证了朝香宫，也于事无补。一是，他自身的责任仍旧重大，朝香宫果真受罚，也不能抵消他的罪过；二是，美国已经豁免了裕仁天皇的战争责任，而朝香宫作为皇族，也享有豁免权。
此刻，就在松井一步步走向死亡时，皇宫里的这叔侄俩，小日子正过得闲适。不知道松井可曾预料到，这种闲适的生活，在他死后更是有过之而无不及——退了休的朝香宫，每个星期都要与天皇观看一次最新的新闻片，喝着小茶，唠着小嗑，惬意得很。饶出来的性命和时间，全被留着享受生活。所以，他还时常与天皇一起列席皇族亲王的参政会，或者与天皇去打高尔夫球。朝香宫的高尔夫球打得很好，而且，对高尔夫球场的开发也兴趣浓厚，还成为了日本温泉之乡箱根的一个高尔夫球场的设计师。至于他是否有空想起那个“愿意为他去死”的松井，无人知道。
1948年12月22日下午，松井接到了法庭向他下达的绞刑执行书。之后，他请求与教诲师花山单独见面，把自己写的一首诗作为“遗言”，交给了花山。诗中写道：“七十有年事，回顾悔恨长；在青山到处，行乐涅槃乡。”
他悔恨什么呢？是悔恨没能实现“日本哥哥”赶走“中国弟弟”的“理想”，还是悔恨没能站出来还原给世人一个真实的南京大屠杀，还是悔恨没能在惨剧发生时进行有效的制止？难以考证。
唯一可以确定的就是，在战争中和东京审判中，此人的虚情假意、寡廉鲜耻，简直是登峰造极的。
12月23日午夜，绞刑开始。
由于巢鸭监狱中只设4座绞刑台，一次只能绞决4人，所以，7名战犯分两批行刑，第一批4人，第二批3人。松井是第一批。与他同时行刑的还有东条英机、土肥原贤二和当年为他做参谋副长的武藤章。
在静悄悄的深夜，4个人由巢鸭监狱的值日军官领入了刑场，身后跟随着一位牧师和一位僧侣，左右则是负责监视警戒的美国宪兵。队伍的最后，还有2名盟军军官压队。
鱼贯进入绞场后，由执行军官验明正身。然后，又鱼贯步上13级台阶，走上绞台。台阶不宽，2个士兵并排走过去，就没有空间了，绞刑架也不宽，但是足够用了。看起来很简单，但很结实。
松井等人转过身来，面对监刑军官。这时，东条的声音霍然响起，一屋子的寂静被猝然击破了。东条说，可由松井带头，带领大家高呼“天皇及大日本万岁”。松井闻言，立刻站直了，歇斯底里地领着其他3名战犯高呼了3遍。
临死，他仍然是嚣张的、邪恶的，他的那些“使日本和中国共存共荣”的鬼话，不攻自破。
零点时分，行刑开始了。
零点零1分，松井的头部被套上了黑布罩，然后，套入绳索。他再没吭声。当执刑官发出一声号令后，4具绞机一齐吊起。松井挣扎了2分钟多，于零点13分毙命。
他比其他3人多活了几分钟，其他人，东条毙命于零点10分30秒，土肥原毙命于零点7分30秒，武藤毙命于零点11分30秒。
接着，就是第二批的3名战犯被处决。
7位战犯的行刑时间，一共是33分钟，费时很短。刑毕，松井等人的尸体被卡车载到横滨，一路上，由美国宪兵驾驶吉普车押送。到达横滨后，尸体被按照美国的仪式停置。
23日早晨7点45分，尸体又被送到横滨市立火葬场。火葬于8点10分开始，9点30分即告完成。骨灰分盛于7个黑色小盒内，分别由7辆吉普车携出火葬场。
这一天，麦克阿瑟的盟军总司令部发表了文告，称：“远东国际军事法庭判处死刑之战犯七名，业已于一九四八年十二月廿三日晨零点至零点卅五分间全部绞决。”行文极为冷静、简短、干脆。但美国纽约的广播却争相播报了这一处决，一整天都是与处决有关的节目，闻者无不快慰。
然而，松井虽然死了，他纵使的暴行所带来的后果，并未了结。南京幸存者还要承受终身的痛苦：身体上的伤痕，使他们陷入了困顿的生活；精神上的伤痕，使他们无法摆脱梦魇阴霾。
在大屠杀中，有一位男子被日本人架火烧炙，几乎被活活烤死。有一年，当他听到“中国已经原谅了日本、遗忘了日军的罪恶”这句不负责任的谣言时，当即失声痛哭。
还有一个妇女，当年亲眼目睹了丈夫被日本人凶残辱杀。很多年后，当她已经步入老年，一日偶然在广播中听到消息，说日本首相不日将访问中国，她顿时昏倒在地。
南京的幸存者们无法忘记过去的惨痛，这种巨创，是任什么都不能弥补的。松井自诩信奉佛教，秉承佛家慈悲之心、宽厚之怀，当他被处以绞刑前，为他做临终祈祷的日本僧人半山说，松井临终之际“心地澄澈”。然而，在南京人面前，在中国人面前，松井如何堪配“澄澈”二字呢？