西晋王朝已经陷入了八王之乱的混乱局势，王侯之间彼此残杀。晋惠帝这个有名无实的皇帝虽仍在位，西晋虽然还未亡国。但已经是强弩之末，坚持不了多久了。国家分裂已成定局：刘渊崛起于山西建汉，石勒拥兵占据河朔一带，李特建立成汉。
王导认为时局趋于明朗，于是要求司马睿要做好心理准备，随时要在江东建立自己的王朝。司马睿点头应道：“一切委卿，如事成，当与卿共有之！”随即，王导又提出了几点建议，希望他能够努力为之：
首要之事，就是纳天下贤才，广交能人志士。王导语重心长地说：“从古至今，想成为一国之君，都要礼贤下士，虚己顺心。现如今，天下大乱，政权纷立，您若想成就大业，当前之需莫过于人才！”随即，王导向司马睿推荐了名士顾容和贾循，并提出此二人清高、率直，司马睿应当学习刘备三顾茅庐，亲自到他们家中相邀。
司马睿欣然前往，顾容、贾循见他如此礼贤下士，且又被王导说动，于是他们二人来到司马睿处任职。如果说，当初王导兄弟为司马睿牵马开道已经令人们大呼意外，现在顾容、贾循竟然也甘愿为司马睿所用，人们更加惊叹不已。从此，有识之士皆风靡而从，司马睿身边很快就聚集了一批贤良之材，为东晋王朝的建立做好了人才储备。
其次，将流亡百姓召集起来，全力发展生产。此时，晋惠帝已死，司马炽即位，而他的领地也不过剩下长安及附近寥寥数地。他登基后，下诏要求四方勤王，却无人理睬。两年后司马炽禅让，司马邺即位，西晋的局势更加悲惨。适逢刘渊之子刘曜率领十几万兵马攻打长安，长安城被团团围住，犹如一座孤岛，西晋的残余势力困守其中，粮草严重匮乏，甚至大米与黄金同等价格，就连所谓的皇帝司马邺，也只能喝粥勉强维持生存，且不论城内的平民百姓如何，就连王公大臣也多有饿死。
身在江东的司马睿当然不会顾怜司马邺，他现在一心期待西晋早日灭亡，这样他才可以自立为帝，延续司马政权。为了打下坚实的经济基础，王导劝说司马睿，将逃避到江南来的流民召集起来，组织他们开垦荒地。
百姓南迁，自三国时期就已经开始了，到了西晋末期，江南地区生活着大量的无籍民人。如果将他们全都组织起来从事生产，就可以增加国家收入，对于建立东晋王朝无疑是非常具有实用价值的。
王导以当年的萧何为例，对司马睿指出发展生产的重要性。王导还亲自组织人员，清查出了20多万户，人丁35万口，安排他们开垦荒地，发展农业。
再次，正礼仪风气，开办学校。
司马睿初到江南时，王导就曾规劝他重拾礼仪，兴办学校。但那时，司马睿只顾着摆平江南本土势力和镇压流民起义，故而未能实行此提议。现在，王导再次将此事提上议事日程，且郑重其事地上表称：
“大风化之本在于正人伦，人伦之正存乎设庠序。庠序设，五教明，德礼洽通，彝伦攸叙，而有耻且格，父子兄弟夫妇长幼之序顺，而君臣之义固矣。自顷皇纲失统，颂声不兴，于今将二纪矣……先进忘揖让之容，后生惟金鼓是闻，干戈日寻，俎豆不设，先王之道弥远，华伪之俗遂滋，非所以端本靖末之谓也。殿下以命世之资，属阳九之运，礼乐征伐，翼成中兴。诚能经纶稽古，建明学业，以训后生，渐主教义，使文武之道坠而复兴，俎豆之仪幽而更彰。”
王导进一步指出，“今若事遵前典，兴复道教，择朝主子弟并入于学，选明博修礼之士而为之师，化成俗定，莫尚于斯。”司马睿觉此建议甚佳，当即同意照此实行。
在王导的建议下，司马睿颁布实施了一系列措施，让身处乱世的人们感觉到了希望。当初，桓温的父亲桓彝也来到了建康，但是对当地混乱的状态也非常失望，因而郁郁不乐。不久以后，桓彝遇见了王导，在和他一番长谈后，桓彝一扫愁容，欣慰地对朋友说：“原来江南有管仲，无忧矣！”从此，桓彝就留在建康，后来成为东晋的官员。
公元317年，司马睿在建康称晋王。以王导为丞相军谘祭酒。不久，又拜右将军、扬州刺史，监江南诸军；随后迁骠骑将军、加散骑常侍、都督中外诸军事、领中书监、录尚书事。王导认为，王敦为大将军，已经统领六州军事，故此辞去了中外都督一职。太兴元年（318）三月，晋愍帝被杀，南、北士族都纷纷上表劝进。司马睿顺应民意，登基称帝，是为晋元帝，开始了历史上的东晋时代。
东晋政权建立之后，晋元帝对王导格外宠信，他曾经在王导面前，感慨道：“卿，吾之萧何。”王导获此赞誉，深感不安，他谦恭地对晋元帝说道：“臣学识疏浅，岂可与萧何相比。就是本朝的顾荣、纪瞻等人，亦皆为江南俊秀，胜臣一筹，陛下如果能对他们善加优待，一定会为国尽力。”
王导不仅重视举贤纳士，还注重以身作则，躬行节俭。在他对经济、政治的计划中，始终为北伐中原做着积极的准备。他还主张选择朝中子弟入校学习，让他们确立正确的法制观念和君臣等级制度，以保证国家的安定和发展。
晋元帝初登帝位时，尚不习惯自己身份的转变。有一天，他与王导及众臣在朝堂上商议国事，看到王导跪列在一旁，突然想起昔日和王导相对而坐，畅所欲言、自由自在的日子，晋元帝一时兴起，就招呼王导上来和自己一起坐在龙床上。文武百官皆愕然，而王导先是大惊，继而一再推辞，可晋元帝还是坚持，王导只好再次恭谢圣恩，并说：“如果天上的太阳和万物一样落在地上，那么芸芸众生还靠什么来仰照呢？”晋元帝这才若有所思，不再坚持了。
在王导的尽心辅佐和努力下，东晋王朝的统治渐趋稳固。王导不仅深受晋元帝宠信，也受到群臣的敬重，百姓们更是对他交口称赞。当时，国家军政事务，都由王导参与决定。而在军事方面，则是王敦手握兵权，在外督军重镇。这样一来，东晋的军政大权实际上都掌握在王氏兄弟手中。所以，当时朝野内外流传着这样一句话：“王与马，共天下。”