清代的保甲制与里甲制，在组织上虽然有点相似，但并不是同一组织。很多人都误以为这两个组织为相同的一种制度。保甲制在《大清律例》中列在刑律内，而里甲则放在户律中，很明显的是两种不同的组织。而且，保甲制是以10户为一牌，10牌（百户）为一甲，10甲（千户）为一保。而里甲制是以10户为一甲，110户为一里。列出可以看得更清楚。
里甲制
10户=一甲
110户=一里
保甲制
10户=一牌；10牌（100户）=一甲
10甲（1000户）=一保
这明明是两种不同的组织。闻钧天《中国保甲制度》一书并未理清这两种制度的分别，含混地说这两种制度可视为一种制度，也可视为二种不同的制度：
故里甲与保甲之关系，犹一物之有两面。却不可以叩其一端而以此类彼，窥其一面而以小见大；亦不必因习用保甲之名尚存，以为保甲与里甲各另是一物；或因里甲之名称早发，而遂别里甲为外于保甲之制也。
这种误认里甲制为保甲制的原因，可能是这两种制度在功能上，确实有相似的地方。这两种制度都负责编审地方上的户口；但里甲制之编审地方户口是为了收税，而保甲制之编审户口是为了维持治安，两者还是有点不同。可是到了乾隆早期，里甲渐渐不再从事户口的编审工作，户口编审的责任全由保甲担负。甚至嘉庆以后，里甲的主要任务——赋役的征收，也渐渐改由保甲来负责。由于这种原因，很多清代的地方志都把两者混合为一，因此引起近代学者之混淆不清。
除了保甲制度及里甲制之外，清代的乡村亦有“社”的组织。顺治十七年（1660年），曾有人提议在乡村设立“社”的组织，以20~50户设一社，作为劝农的机构。这种组织与元代的社制一样，但是清代实施得并不彻底，只有在极少数的地方实施。除此之外，又有乡约的组织。清人以外族入主中原，为达到思想统制之目的，对于宋代以来的乡约法特别重视。清初诸帝也屡次颁发圣论作为乡约的约规。这种乡约法与宋、明两朝之乡约法相似。
总之，清人以外族入主中国，为了巩固其统治地位，不惜兼采历朝不同的制度，以维持其政权。在乡村组织上，正可以看出清人的苦心。除了继承明朝以来的自然村落的型态之外，又采用明人的里甲制，作为赋役征收的机构。此外，还采取宋人的保甲制，以维持地方治安。又在地方上实施元代的社制，作为劝农的组织。同时，又设立宋以来的乡约法，以宣传教化。这些制度，在组织及功能上不免有重复之嫌。但清人为了确保地方上的安定，不惜在一种制度上又建立另一种制度，以达其统治的目的。但是就在这种叠床架屋的组织之下，后来弊端丛生，每一种制度都不愿负起原有的责任，致使在19世纪以后，这些辛苦建立的制度，都丧失了它原有的目的及功能。