清政府为了加强地方统制，在广大的乡村设立了两种制度：一种是保甲制，是为了维持地方治安而设立的；另一种是里甲制，目的是为了地方赋役的征收。保甲制根据宋代的保甲制度而来，以10户为一牌，设一牌头（有时亦称牌长）；10牌设一甲，有甲长或甲头；10甲设一保，亦有保长或保头。保甲制设立的目的有二：一是负责乡村户口的登记，这不仅是保甲内的每一个人都有责任向牌头、甲头或保头检举邻居非法的行为，否则将遭受处罚。所以，很明显的可以看出保甲制是清朝君主为了控制县以下的广大农村，而设立的一种制度。
清代的保甲制，在理论上是由十户组成牌，百户组成甲，千户组成保。但是为了保持地方上自然村落的完整性，保甲制的户数并未严格的遵守，有时一个村落不到足够的户数也组成牌或甲。所以清代的保甲制与明代的里甲制一样，尊重地方自然村落的完整性；并没有把这个村落的人户移到别的地方，以充实保甲户口的情形。
保甲制度的运行，完全是由地方上的人民自己来经手。虽然保甲制度是由地方官管辖，但地方的官员并不干涉。政府不干涉，有其好处，因为由地方上人民的帮助，政府不必扩充人力就可以把它的统治功能伸延到最下层、最偏远的地方。在这种制度下，人民互相监视，成为一全国性的间谍网，任何想破坏治安或推翻政权的行为，都可以事先察觉而加以防止。
清代的里甲制在顺治五年（1648年），也就是保甲制实施后四年设立。清代的里甲制沿承明代的制度而来，其组织与明代一样，仍旧是以110户为一里，选10户为里长户；剩下100户分为十甲，每甲10户，设一甲首或甲长。清代里甲制的功能与明代一样，最初也是为了编审黄册而设立，但是清代的里甲制并未像明代那样发展成具有征收赋役、维持治安及宣导教化等不同功能的制度；清代的里甲制始终只负责一种功能，那就是负责地方赋役的征收。
清代的里甲制是想把国家最重要，也最复杂的收税工作，交给地方上的人民自己负责，由地方人民自己经手收税，朝廷则站在辅导的地位。这种做法有两种益处：第一，里甲制的里长及甲首都是义务性质，政府可以节省人力及物力的开支。第二，里长及甲首皆来自地方，熟悉地方上的事务，可以彻底达成收税的目的。这种用意很好，在清初也发挥了部分的功效。但中期以后，百病丛生，纰漏咸出。由于地方官吏的腐败、胥吏的中饱及绅士的贪婪，使得清代中期以后，里甲制发生严重弊端，真正获得利益的是地方官、胥吏及绅士，税收的负担反而加到无辜的农民身上。里甲制助长了特权阶层的贪污不法，完全丧失了原来的功能。