阎当1693年颁发的训令并没有如他所断定的那样使福建的所有传教士和天主徒步入正轨和正统，却在执行中遭遇耶稣会士和天主徒的双重抵抗，耶稣会士以质疑阎当的权力为由不予听从，天主徒则因害怕礼部的制裁而反抗阎当。被果阿大主教任命为福建副主教的耶稣会士穆若瑟因为这些纷争而被迫在1693年自行引退并离开福建。大约这之后一段时间里，耶稣会士在福建暂停活动，这给在礼仪之争中站在耶稣会士一方的福建士人天主徒带来了更多困扰。
严谟等六名教徒1695年秋天联名给穆若瑟的书信《草稿》，正体现了深深卷入礼仪之争的天主徒在耶稣会士敌对方强势政策下的进退之境。此信是为遭受阎当迫害之事请求耶稣会士的帮助。当时严谟所在的漳州，教堂由多明我会士本塔略（Magino Ventallol）掌管，本塔略一定要严谟承认他在1670-1680年代写的《李师条问》是错误的，否则不得参加教会生活，也不为之行告解。严谟之侄严默觉病重，切欲行临终告解，以求一生信仰能够结果。然而本塔略要求严默觉针对以前与严谟合作的有关中国礼仪的著作，自驳其错，以补赎罪过，否则不为他告解。严默觉不得已而从之。严谟在信中讲述了这一情况，请穆若瑟针对这类问题赶快想法解决。否则他自己日后也处于严默觉这种情形时，同样会受到本塔略或其他人的要挟而进退维谷。这封信表明了由耶稣会士培养起来的福建天主徒与传信部的代表之间的紧张态势，也表明了这批天主徒在耶稣会士离开之后精神生活无人照料的窘境。所以严谟等人最希望的是穆若瑟尽快回到福建。与此同时，严谟在礼仪问题上坚持原来的观点，在信中表明侄子的观点不代表他的观点，还随信附上《辨祭》数条，继续补充他以前所写的《辨祭》一文，以备进一步争论之用，也为防止有人用严默觉的自驳之语来诘难他。严谟在日常处境如此窘迫的情况下依然坚持对中国礼仪的立场，也从一个侧面表明上文所分析的，中国士人之维护礼仪和耶稣会士之维护礼仪在根本意图上有明显差异。
在严谟等人这封信之后，有证据表明福建天主徒与阎当派的纷争日益激烈，重回福建的耶稣会士也继续对抗阎当。福建教徒曾向南京主教、耶稣会士罗历山（Alessandro Ciceri）抗议阎当的行为，这应当是在1696年秋天以后。阎当在1696年被教廷授予科农（Conon）主教之衔，因此1700年3月14日由北京主教伊大仁（Bernardino Della Chiesa）在浙江嘉兴的耶稣会士教堂为其主持主教就职礼。当阎当返回福州后，发现刚来福建工作不久的耶稣会士骆保禄（Giampaolo Gozani）和杨若翰（Jo？o de Sáa）不禁止福州教徒参加祭祖礼仪，于是阎当在4月1日停止这两位耶稣会士的传教工作。这一禁令导致福州教徒在4月18日公开反抗阎当，据说是在阎当做弥撒时袭击了他，至少他们不再去他的教堂参加礼拜。到5月22日，阎当在教徒的压力下被迫为他管辖权之下的耶稣会士恢复职权。除了这件事之外，1699-1701年间，福州教徒始终要求阎当在他的教堂悬挂“敬天”牌匾，并大约在1700年6月就阎当的行为向福建行政长官告状。至于在穆若瑟离开之后就强烈反对阎当训令的漳州教徒，到1700年时已经有好几年不参加圣礼了。
以上是中国教徒卷入礼仪之争后在中国的活动状况之一斑，同样需要考虑的是士人天主徒为礼仪辩护的文本送达罗马之后的影响。他们写这些作品是为了帮助耶稣会士得到罗马神学家的赞同，那么结果怎样呢？关于士人的辩护词对罗马神学家是否有影响这个问题，虽然未见有明确证据，但从礼仪之争进入18世纪的发展态势就可以判断，17世纪末期以来中国士人支持耶稣会士礼仪立场的作品在罗马没有取得任何积极效果。究竟是神学家们根本就没怎么看，还是看不懂，或是懂了也不接受，这就不得而知了。但这却可以反映出，在教会讲求正统与纯洁的神学家面前，耶稣会士尊重本土文化、力图发掘一个概念在本文化中真实含义的文化态度与阐释精神碰了壁。这就不难理解，当耶稣会士把1700年11月得到的康熙皇帝对礼仪含义的批示寄达教廷时，教会上级却对耶稣会士的行为愈发感到震惊和恼怒。当然，这份文件遭强烈排斥的另一个重要原因正如前文所说，教廷从中还感觉到了世俗政权的力量对教权的挑战。因此康熙的这份批示将礼仪之争中贯穿始终、错综复杂的权利纷争层面正式剖开，并引出了以中国皇帝与教廷代表直接对抗为标志的礼仪之争的高潮与落幕。
中国礼仪之争中其实有着明显的权力斗争因素贯穿始终，前文分析礼仪之争基本争议点的时候，已经揭示出，耶稣会士与其反对派争执的表面上是宗教真理，实际上更是在争取权力阶层对他们各自传教方法的支持，而这充分体现出各个传教团体自始至终存在的利益纠纷。除此之外，礼仪无论是在中国还是在欧洲，都因具有社会规范的效力而包含权力信息，这可以说是礼仪之争发展到中国皇帝与教廷使节直接对阵时就成为两个社会最高权力当局彼此交锋的根本原因。