清代皇帝个个都很勤政，康熙创建了南书房，雍正发明了军机处，乾隆本来想超越前辈，自己建造了一个总理处，实施下来却发现，远不如皇阿玛的军机处高明，于是索性大力扶植军机处，军机处从此成为皇帝行使权力的最有效工具，一直沿续到清末。
雍正七年（1729），西北有战事，因为内阁在太和门外，离街市近，人员多，雍正担心在传递军机信息的过程中泄露了军事机密，况且议政王大臣都是世袭的贵族，没有实战经验，不熟悉军国大事，没必要非跑那么远劳烦诸大臣，于是便在隆宗门内设置军机房，选派大臣中亲信的人到里面办公，皇帝有什么紧急军务，可立刻处理，故名“办理军机处”，简称“军机处”。军机处的创办，是雍正加强王权的又一重要举措。
清朝初年，清廷商议国家大事，保留了之前满洲贵族议事的旧制。有什么军国大事，大家在议政王大臣会议上商量着解决。如康熙初年，因皇帝年幼，由鳌拜、索尼等四大臣辅政，其余的满洲贵族、蒙古贵族，皆为议政大臣，参与议政王大臣会议的人较多，皇权很弱。康熙亲政之后，议政王大臣会议还控制着朝廷的权力，皇帝若与王公贵族发生意见争执，就不能下达自己的命令。为了把国家大权严密地控制在自己手中，康熙便命人在乾清宫西南自己读书的地方，设置了南书房，名义上是康熙与翰林院词臣们研讨学问、吟诗作画的场所，但慢慢地，康熙便直接在里面办公，那些被他选进南书房的官员，则称“南书房行走”，在陪康熙赋诗撰文、写字作画的同时，还兼具替他起草重要的上谕或传达谕旨的作用，皇帝不必再将重大政务交付议政王大臣会议讨论，重要的谕旨也不再交付内阁草拟。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，议政王大臣无法进入，这里便渐渐成为由皇帝严密控制的一个核心权力机构，议政王大臣会议和内阁的权力削弱了。
南书房的存在，是康熙削弱议政王大臣会议权力，将外朝内阁的某些职能移归内廷的重要步骤，实质在于加强皇权。雍正创建军机处后，南书房的地位也下降了，军机处进一步将皇权集中到皇帝手中。
军机处最初的大臣承担拟发谕旨的责任。地点在乾清门外西侧、隆宗门之内，离皇帝的养心殿很近。只是最初谁也没把这个军机处当作什么正式机构，因为它只有几间简陋的木板房，内部设置也很简单。
军机处的官职设置也不多，只有军机大臣、军机章京两种。
军机大臣由皇帝从内阁大学士、尚书、侍郎等三品以上官员中特旨挑选，或者从满洲皇室亲王选任，名额也没有定数，全靠雍正个人喜好。最初的军机大臣，只有三个，怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡，都是雍正的亲信，后来又逐渐增加到十一个。这些人之间，彼此没有隶属关系，只是各自办理皇帝交办的事务，每个人只对皇帝一个人负责。
军机章京是军机大臣的下属，人员从内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙署中的中下级官员选任，名额也没有定数。他们负责公文收发，以及满、汉、蒙古多种文字的翻译，协助军机大臣处理皇帝交由的国家大事。
至于哪些人能被选中进入军机处，全靠他们与雍正个人关系的好坏，允祥一生追随雍正，自然是雍正最信任的人，他因此就是最早的军机大臣。除了允祥，雍正信任的人还有大学士张廷玉、鄂尔泰、銮仪使纳亲等，雍正走到哪里，这些人便跟到哪里，无论是皇帝巡幸、谒陵，还是驻园，莫不把这些人带在身边，便于他们随时汇报军机处的工作。这样一来，与其说军机处是雍正创办的一个新机构，倒不如说它是雍正的一个可随身携带的办公室、一个随身携带的议政机构，它的重要性可想而知。
很多目光短浅的官员最初并不看重军机处，再加上军机处设立之初，各方面制度都很不完善，因此大家也都没有把它当成什么重要机构。雍正却不这么认为。
雍正十年（1732）春天，雍正命人议定军机处印信，让吏部铸造银印，打制了镌有“军机处”三字的金牌。同时规定，银印由内奏处保管，印匙由领班军机大臣随身携带，金牌由值日章京佩带。若用到军机处印信，值班的章京凭金牌到内奏处领取印信，再凭金牌向领班军机大臣索取印匙，然后在很多人的监督下打开印匣取出印信。用完印信，金牌再交给值班章京，印匙归还领班军机大臣，印信则要重新归还内奏处。过程虽然烦琐，但却很严密，符合雍正一贯喜欢保密的作风。
雍正之所以如此小心谨慎，与其早年经历有关。他是从九王夺嫡中冲杀出来的黑马，虽然他登基后狠狠打击了失败者，但不能保证八爷党残余等与内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处诸王大臣仍有千丝万缕的内在联系。他又不可能将所有大臣都免掉，只有建立一个由既有权柄又能服从他指挥的亲信人员组成的新机构，这就是他为什么连南书房也信不过、重建军机处的根本目的。最妙的是，军机处出现后，南书房的地位降低了，内阁和议政处会议也被架空了，军机处成为雍正直接控制的首要枢廷，是皇帝行使强权的有力工具。
不得不说，军机处是雍正加强皇权的重要手段。
在创立军机处的时候，雍正就明确了军机处的主要职责：商议军机要务；面奉谕旨草拟文书；管理文书档案。这些工作，看似责任重大，其实军机处官员本身并无什么实权，只是皇帝处理政务的一个秘书班子而已。
以商议军机要务为例。雍正召集军机大臣参议国家大事时，“主持人”主要是皇上自己，他有什么想法，先说出来，听听大家的看法，军机大臣只起着顾问和参谋的作用，并无决定事务的权力。最终结果，该要如何处理，还要看雍正本人的意思，军机大臣和军机章京无权过问或从中阻挠。
至于奉谕旨草拟文书、为皇上管理文书档案，说白一点，就是对皇上指令的执行。这样的工作内容，原本由内阁、议政大臣完成，只是他们可能会阻挠皇上的某项政令，皇上的指令上行下达就不那么顺畅。军机处既绕开了内阁和议政大臣，又不致于使军机大臣干扰自己的指令，一举两得。
军机处的出现，将皇帝的权力推向了金字塔的顶峰，整个国家的政治体制为此发生了巨变，原来内阁承旨、六科封驳，现在变成皇帝亲书谕旨、军机大臣承旨“廷寄”各地的方式，进一步加强了中央和地方的联系，使皇帝的旨意畅通无阻地达到三省六部，大大提高了行政效率。由于军机大臣没有实权，又克服了历代权臣专政、外戚专权、宦官干政等弊端，维持了社会的长期稳定，推动社会稳步前进，这在当时是一个历史进步。